Difference between revisions of "Team:USTC/Parts"

Line 9: Line 9:
 
         <ul class="tabs tabs-wrapper transparent">
 
         <ul class="tabs tabs-wrapper transparent">
 
             <li class="tab col l2 m2 s2">
 
             <li class="tab col l2 m2 s2">
−
                 <a href="#Overview" class="blue-text active waves-effect waves-light">Overview</a>
+
                 <a href="#Basic_Parts" class="blue-text active waves-effect waves-light">Basic Parts</a>
 
             </li>
 
             </li>
 
             <li class="tab col l2 m2 s2">
 
             <li class="tab col l2 m2 s2">
−
                 <a href="#Chemotaxis_Modification" class="blue-text waves-effect waves-light">Chemotaxis
+
                 <a href="#Composite_Parts" class="blue-text waves-effect waves-light">Composite Parts</a>
−
                    Modification</a>
+
−
            </li>
+
−
            <li class="tab col l2 m2 s2">
+
−
                <a href="#Permeability_Improvement"
+
−
                  class="blue-text waves-effect waves-light">Permeability Improvement</a>
+
−
            </li>
+
−
            <li class="tab col l2 m2 s2">
+
−
                <a href="#Adhesion_Assay" class="blue-text waves-effect waves-light">Adhesion Assay</a>
+
 
             </li>
 
             </li>
 
             <li class="tab col l2 m2 s2">
 
             <li class="tab col l2 m2 s2">
 
                 <a href="#Parts" class="blue-text waves-effect waves-light">Parts</a>
 
                 <a href="#Parts" class="blue-text waves-effect waves-light">Parts</a>
 
             </li>
 
             </li>
 +
 
         </ul>
 
         </ul>
 
     </div>
 
     </div>
Line 31: Line 24:
 
     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:USTC" class="waves-effect waves-light">Home</a></li>
 
     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:USTC" class="waves-effect waves-light">Home</a></li>
 
     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:USTC/Description" class="waves-effect waves-light">Project</a></li>
 
     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:USTC/Description" class="waves-effect waves-light">Project</a></li>
−
    <li><a href="https://2015.igem.org/Team:USTC/Modeling" class="waves-effect waves-light">Modeling</a></li>
 
 
     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:USTC/Achievements" class="waves-effect waves-light">Achivements</a></li>
 
     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:USTC/Achievements" class="waves-effect waves-light">Achivements</a></li>
 
     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:USTC/Tutorials" class="waves-effect waves-light">Tutorials</a></li>
 
     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:USTC/Tutorials" class="waves-effect waves-light">Tutorials</a></li>
Line 44: Line 36:
 
<div class="row">
 
<div class="row">
 
     <div class="col offset-m1 offset-l2 s12 m10 l8">
 
     <div class="col offset-m1 offset-l2 s12 m10 l8">
−
         <div id="Overview" class="row">
+
         <div id="Basic_Parts" class="row">
 
             <div class="card hoverable">
 
             <div class="card hoverable">
−
                 <div class="col s12">
+
                 <div class="col s12 m9">
 
                     <div class="card-content">
 
                     <div class="card-content">
−
                         <p>That is so amazing! We finally made NDM this year! The results page will deliver the fresh
+
                         <p>This year, we choose several parts to conduct our projects. The main functions of the
−
                             results from us. Our results include these sections:</p>
+
                             function we use are as follow:</p>
−
                         <ul>
+
                         <ol>
−
                             <li><p>Permeability Improvement: In this section, we will demonstrate our synthetic
+
                             <li>Promoters.</li>
−
                                 bioloical base constrcuction, characterization of permeability improvement. This is the
+
                            <li>Proteins to improve the bactial permeability.</li>
−
                                 fundation of CACCI construction, as well as NDM.</p>
+
                            <li>Porins.</li>
−
                             </li>
+
                            <li>Proteins to improve the mobile of bacteria.</li>
−
                             <li><p>Chemotaxis Modification: This section introduces results of chemotaxis
+
                            <li>Sense system.</li>
−
                                 engineering.</p>
+
                        </ol>
−
                             </li>
+
                        <table class="striped">
−
                             <li><p>Adhesion Assay: This section explicitly explain adhesion methods, adhesion dynamics
+
                            <thead>
−
                                 and adhesion protocols recommended for all users, which is an important part of our
+
                            <tr>
−
                                 results.</p>
+
                                <th>Code Name</th>
−
                             </li>
+
                                <th>Part Name</th>
−
                             <li><p>Antibiotics Concentration Detection Demo: This section includes our initial test on
+
                                <th>Function</th>
−
                                 our system, how we define our final methods and how we establshed protocols for
+
                            </tr>
−
                                 users.</p>
+
                            </thead>
−
                             </li>
+
                            <tbody>
−
                             <li><p>Calibration</p>
+
                            <tr>
−
                            </li>
+
                                <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593207">BBa_K1593207</a></td>
−
                        </ul>
+
                                 <td>micF</td>
−
                        <p>Want to get them now? Click their title directly!</p>
+
                                <td>Promoter sensing sulfoamid</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593208">BBa_K1593208</a></td>
 +
                                <td>SoxS</td>
 +
                                <td>Promoter sensing tetracycline</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593209">BBa_K1593209</a></td>
 +
                                <td>OprF</td>
 +
                                <td>The major porin of Pseudomonas aeruginosa allowing diffusion of polysaccharides in a
 +
                                    range of 2000 to 3000 Da.
 +
                                </td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593666">BBa_K1593666</a></td>
 +
                                <td>SCVE</td>
 +
                                <td>SARS Coronavirus Envelope Protein, improving the bactial permeability.</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593998">BBa_K1593998</a></td>
 +
                                <td>cheZ</td>
 +
                                <td>Chemotactic protein. When it is overexpressed, the mobility of bacteria will be
 +
                                    improved.
 +
                                 </td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593667">BBa_K1593667</a></td>
 +
                                <td>T7-RBS-SCVE</td>
 +
                                <td>Circuit containing strong expression of SCVE regulated by T7, which will
 +
                                    significantly improve bacterial permeability.
 +
                                </td>
 +
                             </tr>
 +
                             <tr>
 +
                                <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593210">BBa_K1593210</a></td>
 +
                                 <td>T7-RBS-OprF</td>
 +
                                <td>Using T7 strong promoter to express OprF, derived from Pseudomonus areuginosa, would
 +
                                    strongly improve the bacterial permeability.
 +
                                </td>
 +
                             </tr>
 +
                             <tr>
 +
                                <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593997">BBa_K1593997</a></td>
 +
                                 <td>R0010-RBS-cheZ</td>
 +
                                 <td>Used to coding a chemotactci protein, cheZ, downstream of lac promotor.</td>
 +
                             </tr>
 +
                             <tr>
 +
                                <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593211">BBa_K1593211</a></td>
 +
                                 <td>micF-RBS-GFP</td>
 +
                                 <td>A basic part on antibiotic substance sensing-reporting system.</td>
 +
                             </tr>
 +
                             <tr>
 +
                                <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593001">BBa_K1593001</a></td>
 +
                                <td>COMPX</td>
 +
                                <td>Express an outmembrane protein with a point mutation</td>
 +
                            </tr>
 +
                            </tbody>
 +
                        </table>
  
 
                     </div>
 
                     </div>
Line 78: Line 126:
  
  
−
         <div id="Chemotaxis_Modification" class="row">
+
         <div id="Composite_Parts" class="row">
 
             <div class="card hoverable">
 
             <div class="card hoverable">
−
                 <div class="row">
+
                 <div class="col s12 m9">
−
                     <div class="col s12">
+
                     <div class="card-content">
−
                         <div class="card-content">
+
                         <p>A list of composit parts USTC iGEM 2015 have submitted to the Registry.The main functions of
−
                             <p><strong>Growth characteristics</strong><br>We detected OD600(nm) to identify the effect
+
                            these composite parts are as following:</p>
−
                                 of cheZ expression on <em>E. coli</em> through time.<br><img
+
                        <ol>
−
                                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/d6/Ustc-growth.png" alt="图片名称"></p>
+
                            <li>To improve the permeability of bacteria;</li>
 +
                            <li>To modify the chemotaxis of bacteria;</li>
 +
                            <li>To modify outmembrane protein;</li>
 +
                            <li>To test the response of promtor.</li>
 +
                        </ol>
 +
                        <table class="striped">
 +
                             <thead>
 +
                            <tr>
 +
                                <th>Code Name</th>
 +
                                <th>Parts Name</th>
 +
                                <th>Type</th>
 +
                                <th>Function</th>
 +
                            </tr>
 +
                            </thead>
 +
                            <tbody>
 +
                            <tr>
 +
                                <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593667">BBa_K1593667</a></td>
 +
                                <td>T7-RBS-SCVE</td>
 +
                                <td>Translational_Unit</td>
 +
                                <td>overexpress SCVE to improve the permeability of bacterial</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                 <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593210">BBa_K1593210</a></td>
 +
                                <td>T7-RBS-OprF</td>
 +
                                <td>Coding</td>
 +
                                <td>overexpress OprF to improve the permeability of bacterial</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593997">BBa_K1593997</a></td>
 +
                                <td>R0010-RBS-cheZ</td>
 +
                                <td>Coding</td>
 +
                                <td>overexpress cheZ under the control of lac to improve the chemotaxis of bacterial
 +
                                </td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593211">BBa_K1593211</a></td>
 +
                                <td>micF-RBS-GFP</td>
 +
                                <td>Translational_Unit</td>
 +
                                <td>test the response of micF to antibiotics using the GFP report system</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>
 +
                                    <a href="http://parts.igem.org/cgi/partsdb/part_info.cgi?part_id=38524">BBa_K1593888</a>
 +
                                </td>
 +
                                <td>tRNA&amp;tRNA Synthetase</td>
 +
                                <td>Translational_Unit</td>
 +
                                <td>express a rare amino acid,pAzF</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593002">BBa_K1593002</a></td>
 +
                                <td>tRNA complex with Compx</td>
 +
                                <td>Device</td>
 +
                                <td>orthogonal system to express Compx</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593000">BBa_K1593000</a></td>
 +
                                <td>lac-compx with RFP</td>
 +
                                <td>Device</td>
 +
                                <td>overexpress compx and detect its quantity by GFP</td>
 +
                            </tr>
 +
                            </tbody>
 +
                        </table>
  
−
                            <p>The exogenous protein expression affects the growth of bacteria, which was indicated by
 
−
                                slight slower grow-up in <em>E. coli</em> containing cheZ plasmid. In total, cheZ
 
−
                                doesn't have obvious negative impact on bacteria grown. </p>
 
−
 
−
                            <p><strong>SDS-PAGE</strong><br>After induced by IPTG in 1mM about 4 h, cheZ was found in
 
−
                                SDS-PAGE gel, compared to the wild type (Top10) and bacteria without IPTG induction.
 
−
                                Through this result, we concluded that cheZ has been successfully expressed with the
 
−
                                IPTG induction.<br><img
 
−
                                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/72/Ustc-chez_expression.png" alt="图片名称"><br>See
 
−
                                protocol in <a href="http://tower.im">Protocols: SDS-PAGE</a></p>
 
−
                        </div>
 
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
−
            </div>
 
−
        </div>
 
  
−
        <div id="Permeability_Improvement" class="row">
 
−
            <div class="card hoverable">
 
−
                <div class="row">
 
−
                    <div class="col s12 m9">
 
−
                        <div class="card-content">
 
−
                            <h4 id="Extraction_of_Permeability_Improvement_Fragements" class="scrollspy">Extraction of
 
−
                                Permeability Improvement Fragements</h4>
 
−
 
−
                            <p>We successfully get
 
−
                                gene fragements that are used for improving bacterial permeability, which including,
 
−
                            </p>
 
−
                            <ul>
 
−
                                <li>SCVE, a viroporin originally from SARS virus, is synthesized by Sangon Co. ctd.</li>
 
−
                            </ul>
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/1d/Ustc-scve.jpeg"
 
−
                                    alt="Figure 1: Extraction of SCVE fragement"></p>
 
−
                            <ul>
 
−
                                <li>OprF, a bigger porin compared with OmpF in <em>E. coli</em>, is extracted from <em>P.aeruginosa，
 
−
                                    PAO1</em> genome by PCR.
 
−
                                </li>
 
−
                            </ul>
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6d/Ustc-t7oprf_lac-chez.jpeg"
 
−
                                    alt="Figure 2: Extraction of OprF fragement"></p>
 
−
                            <ul>
 
−
                                <li><p>T7 is a strong promoter which we got form Parts Registry. T7 will be used to
 
−
                                    trigger the expression of both OprF and SCVE.<br><img
 
−
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/7a/Ustc-T7.jpeg"
 
−
                                            alt="Figure 3: T7 extraction from parts"></p>
 
−
                                </li>
 
−
                                <li><p>Cas9 is got from 2015 Part Distribution.</p>
 
−
                                </li>
 
−
                            </ul>
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/1c/USTC-Cas9.png"
 
−
                                    alt="Figure 4: Extraction of Cas9 from parts"></p>
 
−
                            <ul>
 
−
                                <li>gRNA-AcrB and gRNA-EmrE, these two fragments are for silencing bacterial
 
−
                                    transmembrane protein AcrB and EmrE to strongly block drug efflux system. These two
 
−
                                    parts are synthesized by Sangon Biotech Company.
 
−
                                </li>
 
−
                            </ul>
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/5/54/USTC-gRNA_extraction.png"
 
−
                                    alt="Figure 5: Extraction of gRNA-AceB and gRNA-EmrE, two fragments are synthesized by Sangon Biotech Company">
 
−
                            </p>
 
−
 
−
                            <h4 id="Construction_of_Permeability_Improving_Plasmid" class="scrollspy">Construction of
 
−
                                Permeability Improving Plasmid</h4>
 
−
                            <ul>
 
−
                                <li>Construction of plasimid with T7-SCVE (<a
 
−
                                        href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593667">BBa_K1593667</a>) . We finally
 
−
                                    ligated the T7 with SCVE and got T7-SCVE (<a
 
−
                                            href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593667">BBa_K1593667</a>).
 
−
                                </li>
 
−
                            </ul>
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/ed/Ustc-scve_jp_t7.jpeg"
 
−
                                    alt="Figure 6: Construction of T7-SCVE ([BBa_K1593667](http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593667))">
 
−
                            </p>
 
−
                            <ul>
 
−
                                <li>Construction of plasimid containing T7-OprF (<a
 
−
                                        href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593210">BBa_K1593210</a>). This is the
 
−
                                    result of T7 with OprF.
 
−
                                </li>
 
−
                            </ul>
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6d/Ustc-t7oprf_lac-chez.jpeg"
 
−
                                    alt="Figure 7: Construction of T7-OprF ([BBa_K1593210](http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593210))">
 
−
                            </p>
 
−
 
−
                            <h4 id="Growth_Characterization" class="scrollspy">Growth Characterization</h4>
 
−
 
−
                            <p>We firstly characterized the growth rate of genetically modified CACCI along with wild
 
−
                                type BL21 using optical density at 600 nm, which is called OD 600, in order to
 
−
                                demonstrate that the overexpression of porin(OprF with T7,<a href="http://tower.im">BBa_K1593209</a>)
 
−
                                or viroporin(SCVE with T7, (<a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593667">BBa_K1593667</a>)
 
−
                                won't severely affect the growth of bacteria, at least it won't significantly inhibit
 
−
                                bacteria growth and become a kill switch.</p>
 
−
 
−
                            <p>All bacteria are cultured previously in LB medium about 12 h. And then the measurement of
 
−
                                bacteria growth through time began at 8 A.M. the other day.</p>
 
−
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/d8/Ustc-growth2.png"
 
−
                                    alt="Figure 8: Bacteria growth characterization"></p>
 
−
 
−
                            <p>As the images above illustrated, we found <em>E. coli</em> BL21 wild type has the best
 
−
                                growth characteristics with a maximal OD600=3.427. Whereas <em>E. coli</em> BL21 with
 
−
                                OprF (<a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593210">BBa_K1593210</a>) has a
 
−
                                relatively low optical density as its OD600 after 12 h is 2.808 compared to the
 
−
                                wildtype. In the same way, characterization of <em>E. coli</em> BL21 with SCVE, <a
 
−
                                        href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593667">http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593667</a>
 
−
                                showed a slightly smaller OD600, as its finally turned to 2.835. <em>E. coli</em> BL21
 
−
                                with T7-OprF (<a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593210">BBa_K1593210</a>) and
 
−
                                <em>E. coli</em> BL21 with T7-SCVE, (<a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593667">BBa_K1593667</a>)
 
−
                                are showing 19% decreased maximal cell density and 18.5% decreased maximal cell density
 
−
                                respectively in comparison with wild type.</p>
 
−
 
−
                            <p>Consequently, the result implies that the genetical modification on bacterial
 
−
                                permeability, at least the overexpression of OprF and SCVE with a strong promoter T7,
 
−
                                won't significantly influence the bacterial growth. Thus, genetically modified bacteria
 
−
                                can be used in the following experiments.</p>
 
−
 
−
                            <p>Later on, we will characterize the basic permeability capability of <em>E. coli</em> BL21
 
−
                                with T7-OprF (<a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593210">BBa_K1593210</a>) and
 
−
                                <em>E. coli</em> BL21 with T7-SCVE, (<a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593667">BBa_K1593667</a>).
 
−
                            </p>
 
−
 
−
                            <h4 id="ONPG_Assay" class="scrollspy">ONPG Assay</h4>
 
−
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/5/54/ONPG-ustc-sche.png"
 
−
                                    alt="Figure 9: ONPG reaction"></p>
 
−
 
−
                            <p>ONPG, that is the abbreviation of ortho-Nitrophenyl-β-galactoside. ONPG is a colorimetric
 
−
                                and spectrophotometric substrate, previously used for detecting β-galactosidase
 
−
                                activity. ONPG is actually colorless at normal situation, however if it triggers the
 
−
                                degradation reaction catalyzed by β-galactosidase, we will get galactose and
 
−
                                ortho-nitrophenol. Surprisingly, the compound ortho-nitrophenol has a yellow color,
 
−
                                which means we are able to detect the chemical reaction through OD detection. Besides,
 
−
                                owing to the existence of β-galactosidase in bacteria, a more intense optical density we
 
−
                                detected, that means there are more ONPG uptaked by bacteria. Therefore, using ONPG we
 
−
                                are able to distinguish the permeability capability of different bacteria.</p>
 
−
 
−
                            <p>Here's our result.</p>
 
−
 
−
                            <p>Note: The wavelength for detecting the bacterial concentration and absortion of ONPG are
 
−
                                respectively 600nm and 406nm.</p>
 
−
 
−
                            <p>First, we detected the bacterial solutions to control the initial concentrations. </p>
 
−
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/32/Ustc-board.png"
 
−
                                    alt="Figure 10: ONPG assay schematic show"></p>
 
−
 
−
                            <p>The OD values for <em>E.coli </em>BL21, <em>E.coli </em>BL21 with T7-OprF (<a
 
−
                                    href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593210">BBa_K1593210</a>) , <em>E.coli</em>
 
−
                                BL21 with T7-SCVE(<a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593667">BBa_K1593667</a>)
 
−
                                are respectively 2.856,1.806 and 1.889. Based on these, we know that the concentrations
 
−
                                of these three bacteria are close.</p>
 
−
 
−
                            <p>Then we add ONPG to the bacterial solutions and detect the OD.</p>
 
−
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/5/52/Ustc-onpg88.png"
 
−
                                    alt="Figure 11: ONPG assay, absorption OD406"></p>
 
−
 
−
                            <p>From this figure, we can see a rising trend in all bacterial solutions. The OD values for
 
−
                                <em>E.coli</em> BL21 with T7-OprF(<a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593210">BBa_K1593210</a>)
 
−
                                and <em>E.coli </em>BL21 with T7-SCVE(<a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593667">BBa_K1593667</a>)
 
−
                                are respectively 0.2520 and 0.2588,both are higher than <em>E.coli</em> BL21,the wild
 
−
                                type. We can infer that the absorbtion of modified bacteria is higher than the wild
 
−
                                type.</p>
 
−
 
−
                            <p>There is a more visual figure for comparing the absorbtions. We made a zero calibration
 
−
                                using the OD value of wild type as the zero level.</p>
 
−
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/00/Ustc-onpg55.png"
 
−
                                    alt="Figure 12: ONPG assay, absorption OD406 in average"></p>
 
−
 
−
                            <p>In general, the OD values of both two modified bacteria are rising. For<em> E.coli</em>
 
−
                                BL21 with T7-OprF(<a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593210">BBa_K1593210</a>),
 
−
                                the rising is relatively smooth. For <em>E.coli</em> BL21 with T7-SCVE(<a
 
−
                                        href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593667">BBa_K1593667</a>),the value goes
 
−
                                down first, then goes up .And the <em>E.coli</em> BL21 with T7-SCVE(<a
 
−
                                        href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593667">BBa_K1593667</a>) has a higher
 
−
                                absorbtion than <em>E.coli </em>BL21 with T7-OprF(<a
 
−
                                        href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593210">BBa_K1593210</a>).</p>
 
−
 
−
                            <h4 id="NPN_Assay" class="scrollspy">NPN Assay</h4>
 
−
 
−
                            <p><img
 
−
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/16/Ustc-npn.gif"
 
−
                                    alt="Figure 13: Schematic Structure of N-Phenyl-1-naphthylamine, NPN"></p>
 
−
 
−
                            <p>N-Phenyl-1-naphthylamine(NPN),C16H13N, CAS:90-30-2, FW: 219.29, is a nonpolar probe,
 
−
                                whose fluorescence signal is relatively strong in a phospholipid environment, but weak
 
−
                                in aqueous surroundings. Consequently, using this feature, we are able to characterize
 
−
                                bacteria permeability by measuring the fluorescence intensity of the bacteria solution.
 
−
                                When NPN molecules are absorbed by bacteria, we will observe a significantly rising
 
−
                                fluorescence intensity. The more fluorescence intensity we got, the more permeable the
 
−
                                bacteria are. Here are what we got from NPN uptake assay and the conclusion on
 
−
                                genetically engineered bacteria permeability improvement. </p>
 
−
 
−
                            <p>Here's our results, the first picture illustrate the total fluorescence intensity
 
−
                                measurement by <a href="http://www.bmglabtech.com/en/products/clariostar/">BMG Labtech
 
−
                                    CLARIOstar®</a>.</p>
 
−
 
−
                            <p><em>Note</em>: The fluorescence intensity signal at excitation wavelength range is 305nm
 
−
                                to 335nm and emission wavelength range is 370nm to 410nm, which is recommended by
 
−
                                previous research. </p>
 
−
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e5/Ustc-npn1.png"
 
−
                                    alt="Figure 14: NPN uptake result-1"></p>
 
−
 
−
                            <p>The total fluorescence intensity of <em>E. coli</em> BL21 wild type is 126451. On the
 
−
                                other hand, the fluorescence intensity in <em>E. coli</em> BL21 with T7-OprF (<a
 
−
                                        href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593210">BBa_K1593210</a>) and <em>E.
 
−
                                    coli</em> BL21 with T7-SCVE, (<a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593667">BBa_K1593667</a>)
 
−
                                are respectively 207322 and 151820, which are significantly larger than the wildtype
 
−
                                assay.</p>
 
−
 
−
                            <p>Though we have already got the exact data on NPN uptake, we still need to revise its
 
−
                                effectiveness because of the different bacteria concentration of <em>E. coli</em> BL21
 
−
                                wild type, <em>E. coli</em> BL21 with T7-OprF (<a
 
−
                                        href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593210">BBa_K1593210</a>) and <em>E.
 
−
                                    coli</em> BL21 with T7-SCVE, (<a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593667">BBa_K1593667</a>).
 
−
                                Here is the exact bacteria concentration data, based on OD600nm,</p>
 
−
                            <table>
 
−
                                <thead>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <th>Strain</th>
 
−
                                    <th>OD600nm</th>
 
−
                                </tr>
 
−
                                </thead>
 
−
                                <tbody>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td><em>E. coli</em> BL21 wild type</td>
 
−
                                    <td>3.663</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td><em>E. coli</em> BL21 with T7-OprF (<a
 
−
                                            href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593210">BBa_K1593210</a>)
 
−
                                    </td>
 
−
                                    <td>2.431</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td><em>E. coli</em> BL21 with T7-SCVE, (<a
 
−
                                            href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593667">BBa_K1593667</a>)
 
−
                                    </td>
 
−
                                    <td>2.441</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                </tbody>
 
−
                            </table>
 
−
                            <p>After correcting these data, we are able to get bacteria absorption uptake capability in
 
−
                                average, which is a more accurate value to characterize bacterial permeability
 
−
                                property.</p>
 
−
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/1a/Ustc-npn2.png"
 
−
                                    alt="Figure 15: NPN uptake result in average "></p>
 
−
 
−
                            <p>The fluorescence intensity in average of <em>E. coli</em> BL21 wild type is 34521.16. On
 
−
                                the contrary, the fluorescence intensity revised by bacterial concentration in <em>E.
 
−
                                    coli</em> BL21 with T7-OprF (<a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593210">BBa_K1593210</a>)
 
−
                                and <em>E. coli</em> BL21 with T7-SCVE, (<a
 
−
                                        href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593667">BBa_K1593667</a>) are
 
−
                                respectively 85282.60 and 62195.8, which are relatively 2.5 folds and approximately 2
 
−
                                folds to <em>E. coli</em> wild type, that is a significantly improvement compared to
 
−
                                wild type.</p>
 
−
 
−
                            <p>Consequently, through NPN uptake assay, we are able to conclude that the small molecule
 
−
                                uptake capability of bacteria improved after our genetical modification. Thus <em>E.
 
−
                                    coli</em> BL21 with T7-OprF (<a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593210">BBa_K1593210</a>)
 
−
                                and <em>E. coli</em> BL21 with T7-SCVE, (<a
 
−
                                        href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1593667">BBa_K1593667</a>) are both able
 
−
                                to use as the candidate bacteria strains for NDM measurement.</p>
 
−
 
−
                            <h4 id="bibliography" class="scrollspy">Bibliography</h4>
 
−
                            <ol>
 
−
                                <li><p><em>T. Mattila-Sandholm et al.</em> Fluorometric assessment of Gram-negative
 
−
                                    bacterial permeabilization. <strong>Journal of Applied Microbiology</strong> 2000,
 
−
                                    88, 213–219</p>
 
−
                                </li>
 
−
                                <li><p><em>Scott Banta et al.</em> Genetic Manipulation of Outer Membrane Permeability:
 
−
                                    Generating Porous Heterogeneous Catalyst Analogs in <em>Escherichia coli</em>
 
−
                                    dx.doi.org/10.1021/sb400202s <strong>ACS Synth. Biol.</strong> 2014, 3, 848−854</p>
 
−
                                </li>
 
−
                            </ol>
 
−
 
−
                        </div>
 
−
                    </div>
 
−
                    <div class="col hide-on-small-only m3">
 
−
                        <div class="toc-wrapper pinned">
 
−
                            <ul class="section table-of-contents">
 
−
                                <li>
 
−
                                    <a href="#Extraction_of_Permeability_Improvement_Fragements">Extraction of
 
−
                                        Permeability Improvement Fragement</a>
 
−
                                </li>
 
−
                                <div class="divider"></div>
 
−
                                <li>
 
−
                                    <a href="#Construction_of_Permeability_Improving_Plasmid">Construction of
 
−
                                        Permeability Improving Plasmid</a>
 
−
                                </li>
 
−
                                <div class="divider"></div>
 
−
                                <li>
 
−
                                    <a href="#Growth_Characterization">Growth Characterization</a>
 
−
                                </li>
 
−
                                <div class="divider"></div>
 
−
                                <li>
 
−
                                    <a href="#ONPG_Assay">ONPG Assay</a>
 
−
 
−
                                    <div class="divider"></div>
 
−
                                <li>
 
−
                                    <a href="#NPN_Assay">NPN Assa</a>
 
−
 
−
                                    <div class="divider"></div>
 
−
                                <li>
 
−
                                    <a href="#bibliography">Bibliography</a>
 
−
                                </li>
 
−
                            </ul>
 
−
                        </div>
 
−
                    </div>
 
−
                </div>
 
 
             </div>
 
             </div>
 
         </div>
 
         </div>
−
 
−
        <div id="Adhesion_Assay" class="row">
 
−
            <div class="card hoverable">
 
−
                <div class="col s12 m9">
 
−
                    <div class="card-content">
 
−
                        <h3 id="characterization-of-optimal-conditions-on-polylysine-pll-coated-assay" class="scrollspy">
 
−
                            Characterization of Optimal Conditions on Polylysine(PLL) Coated Assay</h3>
 
−
 
−
                            <p>To see the details on the mechanism of polylysine adhesion, please refer to <a
 
−
                                    href="http://tower.im">Adhesion: Polylysine</a>.</p>
 
−
 
−
                            <p>To get the final PLL-coated protocol, check <a href="http://tower.im">Protocols: PLL
 
−
                                Coated Assay</a> for further information.</p>
 
−
 
−
                            <p>Our original characterization of optimal conditions on polylysine(PLL)-coated assay
 
−
                                requires several factors to get, including:</p>
 
−
                            <ol>
 
−
                                <li>Best bacterial developmental interval along with recommended dilution conditions.
 
−
                                </li>
 
−
                                <li>Best PLL-Coated Concentration and Pre-treatment Time.</li>
 
−
                                <li>Best PLL-Coated Time, given full consideration to the completion of bacterial
 
−
                                    adhesion time.
 
−
                                </li>
 
−
                                <li>Best Measurement Interval, which illustrates the possible time for bacterial
 
−
                                    response on antibiotics pressure.
 
−
                                </li>
 
−
                                <li>Possible Determination Interval, which refers to antibiotics response interval.</li>
 
−
                            </ol>
 
−
                            <p>Here we present all the optimistic conditions for users to get the effective results on
 
−
                                antibiotics using our CACCI and SPRING.</p>
 
−
 
−
                            <h3 id="Best_Bacterial_Developmental_Interval_Along_with_Recommended_Dilution_Conditions" class="scrollspy">Best Bacterial Developmental Interval Along with Recommended Dilution
 
−
                                Conditions</h3>
 
−
 
−
                            <p>According to experience on <em>E. coli</em> development based on OD detector. We
 
−
                                concluded that bacteria exploding during <strong>Logarithmic Period(OD:535nm about
 
−
                                    0.4~0.5)</strong> are at the most energetic moments with proper bacterial density.
 
−
                                Consequently, we highly recommend user to culture bacteria at Logarithmic Period and
 
−
                                then <strong>dilute bacterial solution about twenty times to fifty times.</strong></p>
 
−
 
−
                            <h3 id="Best_PLL-Coated_Concentration_and_Pre-treatment_Time" class="scrollspy">Best PLL-Coated Concentration and Pre-treatment Time.</h3>
 
−
 
−
                            <p>Best PLL-Coated Conditions, which include PLL-Pretreatment time, PLL-Coated concentration
 
−
                                and PLL-Coated time are measured for best adhesive condictions for bacterial
 
−
                                treatment.</p>
 
−
 
−
                            <p>As for PLL-Pretreatment time, we adopt traditional pretreatment time, incubating about
 
−
                                12~16 h, for recommendation, which is originally used for neurons coated on neural
 
−
                                science research. And when it comes to PLL-coated concentration, experience on neurons
 
−
                                adhesion is also precious. According to previous research, PLL concentration in the
 
−
                                interval of 20 ug/mL to 100 ug/mL is quite effective for bacterial adhesion.</p>
 
−
 
−
                            <h3 id="Adhesion_Assay_with_PLL_treatment" class="scrollspy">Adhesion Assay with PLL treatment</h3>
 
−
                            <p>Here we deliver the PLL treatment
 
−
                                results comparing with no PLL treatment assay. During pre-experiment adhesion assay,
 
−
                                PAO1, a strain of <em>Pseudomonas aeruginosa</em>, is used for adhesion effects. </p>
 
−
 
−
                            <p>The picture below showed the amount of bacteria(PAO1) under microscope without PLL
 
−
                                treatment, which is abbreviated as PLL(-). To observe capability of bacterial adhesion,
 
−
                                we wash observed place with PBS:</p>
 
−
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/c3/Control_-1.png"
 
−
                                    alt="Figure 1: Control Assay-Without PLL treatment"></p>
 
−
 
−
                            <p>After elution, a significant decline in the number of bacteria is recorded. As a matter
 
−
                                of fact, there is no bacteria in observed field after PBS washing. </p>
 
−
 
−
                            <p><em>To get the algorithm of bacterial counting, please refer to <a
 
−
                                    href="http://tower.im">Modeling: Bacterial number and movement analysis</a></em>.
 
−
                            </p>
 
−
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e9/PAO1-PLL--.png"
 
−
                                    alt="Figure 2: Control Assay-Without PLL treatment2"></p>
 
−
 
−
                            <p>As for treatment with PLL in 20 ug/mL, which is abbreviated as PLL(+,20), the impressive
 
−
                                adhesion effect is observed. To ensure the exact effect, bacteria observing field is
 
−
                                washed twice by PBS.</p>
 
−
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/96/Adhesion_Assay.png"
 
−
                                    alt="Figure 3: Adhesion Assay-With PLL treatment in 20 ug/mL"></p>
 
−
 
−
                            <p>The number of bacteria doesn't decline, and on the contrary, we see slight increase of
 
−
                                bacteria number. The possible reason is constant bacterial settlement during adhesion
 
−
                                assay. After twice PBS wash, the number of bacteria is relatively stable as well.
 
−
                                Consequently, we concluded PLL has significant adhesive ability on bacteria.</p>
 
−
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9e/PAO-Withoug.png"
 
−
                                    alt="Figure 4: Adhesion Assay-With PLL treatment in 20 ug/mL"></p>
 
−
 
−
                            <h3 id="Best_PLL-Coated_Time" class="scrollspy">Best PLL-Coated Time</h3>
 
−
                            <p>Then, we tried to figure out the cohesive effect
 
−
                                of polylysine through time to get the best PLL-coated time. We gathered data just after
 
−
                                PLL treatment(0s), after 1min and after 5min. And we also recorded bacteria number in
 
−
                                the following 20 s. Here we provide the analysis of bacterial number variation after PLL
 
−
                                treatment.We respectively use PAO1, a kind of <em>Pseudomonas aeruginosa</em> and HCB1,
 
−
                                a kind of <em>E. coli</em> to handle the assay. PAO1 contains self-adhesive ability and
 
−
                                HCB1 has strong mobile ability. Using these genetically natural bacteria, we would
 
−
                                conclude with the effect of polylysine treatment.</p>
 
−
 
−
                            <p><em>As for PAO1</em>, Without polylysine coated, bacteria have strong swimming ability.
 
−
                                Because PAO1 is a kind of self-adhesive bacteria for experiment, thus we could see
 
−
                                adhesive bacteria increasing during assay.</p>
 
−
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/5/5c/Ustc-2015-pll90.png"
 
−
                                    alt="Figure 5: no antibiotics bacterial number variation through time without PLL">
 
−
                            </p>
 
−
 
−
                            <p>With 20 ug/mL polylysine treatement, bacterial adhesive effect due to strong
 
−
                                electrostatic adhesion becomes stronger, and we, as well are able to observe the number
 
−
                                of adherent bacteria gradually rising until reaching equilibrium. </p>
 
−
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/ee/Developemnt.png"
 
−
                                    alt="Figure 6: no antibiotics bacterial number variation through time with PLL"></p>
 
−
 
−
                            <p>After mathematical simulation we found that the adhesion rate of PAO1 by polylysine after
 
−
                                treatment of PLL is increased, while for E. coli, the adhesion quantity rise, not
 
−
                                fall.</p>
 
−
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/0d/USTC-PAO1.png" alt="图片名称"></p>
 
−
 
−
                            <p><em>As for HCB1</em>, a kind of <em>E. coli</em> and the number of bacteria inside
 
−
                                observed field is stable and relatively declined because of its lack of capability of
 
−
                                adhesion.<br><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6f/Development22.png"
 
−
                                                  alt="图片名称"></p>
 
−
 
−
                            <p>After treated with 20ug/mL polylysine, adhesive bacteria number obviously
 
−
                                increased:<br><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/96/4141414.png" alt="图片名称">
 
−
                            </p>
 
−
 
−
                            <p>Modeling on adhesion process strictly demonstrated the adhesion assay fits Langmuir
 
−
                                absorption isoform.</p>
 
−
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/a9/Ustc-bacterial_HCB1.png"
 
−
                                    alt="图片名称"><br><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/d8/20150901022.png"
 
−
                                                        alt="图片名称"><br>Simulation result:<br><img
 
−
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/86/20150903028.png" alt=""><br>Constants
 
−
                                value and details:<br><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/66/20150903029.png"
 
−
                                                          alt=""></p>
 
−
 
−
                            <p>To know more about our modeling, please check <a href="http://tower.im">Modeling:
 
−
                                Adhesion Assay Modeling</a></p>
 
−
 
−
                            <p>This significant reverse of bacterial adhesion tendency stronly proved that polylysine
 
−
                                has effective adhesive ability for SPRING.</p>
 
−
 
−
                            <p>After we confirmed the feasibility of PLL treatment for bacterial adhesion, then the
 
−
                                treating time should be taken into consideration because only in the case of stable
 
−
                                adhesion is effective for SPRING to gather effective and stable data.</p>
 
−
 
−
                            <p>As the plot illustrates, bacteria number is growing at the beginning of PLL treatment
 
−
                                because of opening strong electrostatic adsorption derived from PLL. And after 1min, the
 
−
                                number of bacteria become stable, and there is nearly no difference on bacteria number
 
−
                                comparing after 1 min treatment to after 5 min treatment.</p>
 
−
 
−
                            <p>Consequently, we recommended that PLL treatment after 5 min would be a promising set for
 
−
                                SPRING to output stable data.</p>
 
−
 
−
                            <h3 id="Best_Measurement_Interval" class="scrollspy">Best Measurement Interval</h3>
 
−
 
−
                            <p>According to chemotaxis, bacteria responsing to surrounding pressure or beneficits will
 
−
                                be presented as change of bacteria movement. Here we analyzed bacterial movement data
 
−
                                treating with different antibiotics concentration, specificly, chloromycetin
 
−
                                concentration. And we gathered bacterial movement data just after antibiotics
 
−
                                treatment(0s), after 1 min treatment and after 5 min treatment, and we again recorded
 
−
                                all pictures in the following 18 s to get the dynamic data. Then, we concluded from the
 
−
                                percentage of bacterial movement as an important data to intercept the effect of
 
−
                                bacterial response on antibiotics.</p>
 
−
 
−
                            <p>The measurement assay is illustrated as following:</p>
 
−
 
−
                            <p><em>PLL(-)</em></p>
 
−
                            <table>
 
−
                                <thead>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <th>Antibiotics Concentration(ug/mL)</th>
 
−
                                    <th>Incubation Time(s)</th>
 
−
                                </tr>
 
−
                                </thead>
 
−
                                <tbody>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>0</td>
 
−
                                    <td>0</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>0</td>
 
−
                                    <td>60</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>0</td>
 
−
                                    <td>120</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>0</td>
 
−
                                    <td>180</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>0</td>
 
−
                                    <td>240</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>0</td>
 
−
                                    <td>300</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>1</td>
 
−
                                    <td>0</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>1</td>
 
−
                                    <td>60</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>1</td>
 
−
                                    <td>300</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                </tbody>
 
−
                            </table>
 
−
                            <p><em>PLL(+,20)</em></p>
 
−
                            <table>
 
−
                                <thead>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <th>Antibiotics Concentration(ug/mL)</th>
 
−
                                    <th>Incubation Time(s)</th>
 
−
                                </tr>
 
−
                                </thead>
 
−
                                <tbody>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>0</td>
 
−
                                    <td>0</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>0</td>
 
−
                                    <td>60</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>0</td>
 
−
                                    <td>120</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>0</td>
 
−
                                    <td>180</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>0</td>
 
−
                                    <td>240</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>0</td>
 
−
                                    <td>300</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>0.1</td>
 
−
                                    <td>0</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>0.1</td>
 
−
                                    <td>60</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>0.1</td>
 
−
                                    <td>300</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>0.5</td>
 
−
                                    <td>0</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>0.5</td>
 
−
                                    <td>60</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>0.5</td>
 
−
                                    <td>300</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>1</td>
 
−
                                    <td>0</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>1</td>
 
−
                                    <td>60</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                <tr>
 
−
                                    <td>1</td>
 
−
                                    <td>300</td>
 
−
                                </tr>
 
−
                                </tbody>
 
−
                            </table>
 
−
                            <p>When bacteria are treated with PLL, the movement of bacteria is been limited for strong
 
−
                                adhesion, after 5 min treatment, the proportion of movement decreased through
 
−
                                time.<br><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9b/-ustc-nosd.png" alt="图片名称"></p>
 
−
 
−
                            <p>However, when bacteria are not treated with PLL, incubated in 1ug/mL chloromycetin
 
−
                                solution, we got the movement percentage of bacteria as following:</p>
 
−
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/ca/Results-0.png" alt="图片名称"></p>
 
−
 
−
                            <p>The amount of moving bacteria is relatively increasing after 5 min antibiotics treatment.
 
−
                                Bacause of no PLL treatment, we could see the relative increase of bacteria movement
 
−
                                percentage.</p>
 
−
 
−
                            <p>As for bacteria treated with 20 ug/mL PLL, different pattern is observed:</p>
 
−
 
−
                            <p>This is the bacterial movement percentage variation with time, treated with 0.1 ug/mL
 
−
                                chloromycetin solution. Antibiotics pressure is not that strong, consequently, the
 
−
                                movement of bacteria is not ignited significantly.</p>
 
−
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b0/Results-1.png" alt="图片名称"></p>
 
−
 
−
                            <p>When it comes to 0.5 ug/mL chloromycetin solution, the proportion of the moving bacteria
 
−
                                is increased. And as a matter of fact, the increase is quite corresponding through time,
 
−
                                reflecting bacteria impressive response on antibiotics substance.<br><img
 
−
                                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/32/Ustc-2015-results-2.png" alt="图片名称">
 
−
                            </p>
 
−
 
−
                            <p>What if the concentration of chloromycetin solution up to 1 ug/mL?<br><img
 
−
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/0a/Ustc-2015-results-4.png" alt="图片名称"><br>A
 
−
                                quite linear increase of the proportion of the moving bacteria with time is observed.
 
−
                            </p>
 
−
 
−
                            <p>Consequently, according to our experiment, genetically naturally bacteria could respond
 
−
                                to chloromycetin solution from 0.1 ug/mL to more than 1ug/mL, which is quite promising
 
−
                                after genetic modification.</p>
 
−
 
−
                            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/c3/Finalresult.png" alt="图片名称"></p>
 
−
                        </div>
 
−
                    </div>
 
−
                    <div class="col hide-on-small-only m3">
 
−
                        <div class="toc-wrapper pinned">
 
−
                            <ul class="section table-of-contents">
 
−
                                <li>
 
−
                                    <a href="#characterization-of-optimal-conditions-on-polylysine-pll-coated-assay">Characterization of Optimal Conditions on Polylysine(PLL) Coated Assay</a>
 
−
                                </li>
 
−
                                <div class="divider"></div>
 
−
                                <li>
 
−
                                    <a href="#Best_Bacterial_Developmental_Interval_Along_with_Recommended_Dilution_Conditions">Best Bacterial Developmental Interval Along with Recommended Dilution Conditions</a>
 
−
                                </li>
 
−
                                <div class="divider"></div>
 
−
                                <li>
 
−
                                    <a href="#Best_PLL-Coated_Concentration_and_Pre-treatment_Time">Best PLL-Coated Concentration and Pre-treatment Time.</a>
 
−
                                </li>
 
−
                                <div class="divider"></div>
 
−
                                <li>
 
−
                                    <a href="#Adhesion_Assay_with_PLL_treatment">Adhesion Assay with PLL treatment</a>
 
−
                                </li>
 
−
                                <div class="divider"></div>
 
−
                                <li>
 
−
                                    <a href="#Best_PLL-Coated_Time">Best PLL-Coated Time</a>
 
−
                                </li>
 
−
                                <div class="divider"></div>
 
−
                                <li>
 
−
                                    <a href="#Best_Measurement_Interval">Best Measurement Interval</a>
 
−
                                </li>
 
−
                            </ul>
 
−
                        </div>
 
−
                    </div>
 
−
                </div>
 
−
            </div>
 
  
 
         <div id="Parts" class="row">
 
         <div id="Parts" class="row">
Line 764: Line 207:
 
                     <div class="card-content">
 
                     <div class="card-content">
 
                         <groupparts>iGEM015 Example</groupparts>
 
                         <groupparts>iGEM015 Example</groupparts>
−
                    </div>
 
 
                     </div>
 
                     </div>
  
 
                 </div>
 
                 </div>
 +
               
 
             </div>
 
             </div>
−
 
 
         </div>
 
         </div>
 +
 +
  
 
     </div>
 
     </div>

Revision as of 01:49, 19 September 2015

PARTSarrow_drop_down

This year, we choose several parts to conduct our projects. The main functions of the function we use are as follow:

  1. Promoters.
  2. Proteins to improve the bactial permeability.
  3. Porins.
  4. Proteins to improve the mobile of bacteria.
  5. Sense system.
Code Name Part Name Function
BBa_K1593207 micF Promoter sensing sulfoamid
BBa_K1593208 SoxS Promoter sensing tetracycline
BBa_K1593209 OprF The major porin of Pseudomonas aeruginosa allowing diffusion of polysaccharides in a range of 2000 to 3000 Da.
BBa_K1593666 SCVE SARS Coronavirus Envelope Protein, improving the bactial permeability.
BBa_K1593998 cheZ Chemotactic protein. When it is overexpressed, the mobility of bacteria will be improved.
BBa_K1593667 T7-RBS-SCVE Circuit containing strong expression of SCVE regulated by T7, which will significantly improve bacterial permeability.
BBa_K1593210 T7-RBS-OprF Using T7 strong promoter to express OprF, derived from Pseudomonus areuginosa, would strongly improve the bacterial permeability.
BBa_K1593997 R0010-RBS-cheZ Used to coding a chemotactci protein, cheZ, downstream of lac promotor.
BBa_K1593211 micF-RBS-GFP A basic part on antibiotic substance sensing-reporting system.
BBa_K1593001 COMPX Express an outmembrane protein with a point mutation

A list of composit parts USTC iGEM 2015 have submitted to the Registry.The main functions of these composite parts are as following:

  1. To improve the permeability of bacteria;
  2. To modify the chemotaxis of bacteria;
  3. To modify outmembrane protein;
  4. To test the response of promtor.
Code Name Parts Name Type Function
BBa_K1593667 T7-RBS-SCVE Translational_Unit overexpress SCVE to improve the permeability of bacterial
BBa_K1593210 T7-RBS-OprF Coding overexpress OprF to improve the permeability of bacterial
BBa_K1593997 R0010-RBS-cheZ Coding overexpress cheZ under the control of lac to improve the chemotaxis of bacterial
BBa_K1593211 micF-RBS-GFP Translational_Unit test the response of micF to antibiotics using the GFP report system
BBa_K1593888 tRNA&tRNA Synthetase Translational_Unit express a rare amino acid,pAzF
BBa_K1593002 tRNA complex with Compx Device orthogonal system to express Compx
BBa_K1593000 lac-compx with RFP Device overexpress compx and detect its quantity by GFP
iGEM015 Example
publish
Contact Us

University of Science and Technology of China, No.96, JinZhai Road Baohe District,Hefei,Anhui, 230026,P.R.China.

Links