Difference between revisions of "Team:KU Leuven/Modeling"

(Undo revision 258615 by V0lta (talk))
Line 1: Line 1:
 
{{KU_Leuven}}
 
{{KU_Leuven}}
 
{{KU_Leuven/css}}
 
{{KU_Leuven/css}}
−
<html>
+
<html>
  
−
<script>
+
    <script>
−
$(document).onload(function() {
+
        $(document).onload(function () {
−
  $(".main-navm").hide();
+
            $(".main-navm").hide();
−
});
+
        });
−
</script>
+
    </script>
  
−
<style>
+
    <style>
  
−
#topimg {
+
        #topimg {
−
    background: url(https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/19/KUL_Chameleon_stripes.jpg) no-repeat center center fixed;  
+
            background: url("https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/19/KUL_Chameleon_stripes.jpg") no-repeat center center fixed;
−
    background-size: contain
+
            background-size:contain -webkit-background-size: cover;
−
  -webkit-background-size: cover;
+
            -moz-background-size: cover;
−
  -moz-background-size: cover;
+
            -o-background-size: cover;
−
  -o-background-size: cover;
+
            background-size: cover;
−
  background-size: cover;
+
        }
−
}
+
        #modeling {
 +
            background-color: transparent;
 +
            border-style: solid;
 +
            border: 0 solid transparent;
 +
            border-bottom: 5px solid #8b7a57;
 +
        }
 +
        #centernav:hover #modeling {
 +
            /* this is active when your mouse moves is over the item */
 +
            border: 0 solid transparent;
 +
            border-bottom: 0 solid transparent;
 +
        }
 +
        .main-navm:hover #modeling {
 +
            /* this is active when your mouse moves is over the item */
 +
            border: 0 solid transparent;
 +
            border-right: 0 solid transparent;
 +
        }
 +
        @media screen and (max-width: 1000px) {#modeling {
 +
                border-bottom: 5px solid transparent;
 +
                border-right: 5px solid #8b7a57;
 +
            }
 +
        }
 +
        #content {
 +
            background-color: transparent;
 +
        }
 +
    </style>
 +
    <head>
 +
        <link href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif"
 +
            rel="icon"/>
 +
        <link / </head
 +
            href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif"
 +
            rel="shortcut icon">
 +
        <body>
 +
            <div id="headimg">
 +
                <div id="topimg"></div>
  
−
#modeling{
+
                <div id="hiddenimg">
−
    background-color: transparent;
+
                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/bb/KU_Leuven_Zebra2.PNG"
−
    border-style: solid;
+
                        width="100%">
−
    border: 0px solid transparent;
+
                </div>
−
    border-bottom: 5px solid #8b7a57;   
+
−
}
+
  
−
#centernav:hover #modeling {  /* this is active when your mouse moves is over the item */
+
            </div>
−
    border: 0px solid transparent;
+
−
    border-bottom: 0px solid transparent;
+
−
}
+
  
−
.main-navm:hover #modeling {  /* this is active when your mouse moves is over the item */
+
            <div id="summarywrapper">
−
    border: 0px solid transparent;
+
                <div id="logowrapper">
−
    border-right: 0px solid transparent;
+
                    <div id="logoiGEMKUL">
−
}
+
                        <img alt="Logo"
 +
                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/23/Team_KU_Leuven_banner.jpg"
 +
                            width="100%">
 +
                    </div>
  
−
@media screen and (max-width: 1000px) {
+
                    <div id="center">
−
#modeling {
+
                        <div id="pagetitle">
−
    border-bottom: 5px solid transparent;
+
                            <h2>Modeling</h2>
−
    border-right: 5px solid #8b7a57;
+
                        </div>
−
}
+
−
}
+
  
−
#content {
+
                        <div class="center" id="scrolldown">
−
    background-color:transparent;
+
                            <img alt="Scroll down"
−
}
+
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/1d/KU_Leuven_Arrows_wiki.png"
 +
                                width="100%">
 +
                        </div>
  
−
</style>
+
                    </div>
−
<head>
+
−
<link rel="icon" href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif" />
+
−
<link rel="shortcut icon" href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif" /
+
−
</head>
+
−
<body>
+
−
<div id="headimg">
+
−
<div id="topimg">
+
−
</div>
+
  
−
<div id="hiddenimg">
+
                    <div id="summarylogos">
−
  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/bb/KU_Leuven_Zebra2.PNG" width="100%">
+
−
</div>
+
  
 +
                        <div id="summarylogotwitter">
 +
                            <a height="100%" href="https://twitter.com/kuleuven_igem"><img alt="Twitter"
 +
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b8/KU_Leuven_Twitter-logo.png"
 +
                                width="100%"></a>
 +
                        </div>
  
−
</div>
+
                        <div id="summarylogofacebook">
 +
                            <a alt="Facebook" height="50px"
 +
                                href="https://www.facebook.com/KULeuveniGEM?fref=ts"><img alt="mail" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/df/KU_Leuven_Fblogo.png"
 +
                                width="100%"></a>
 +
                        </div>
  
 +
                        <div id="summarylogomail">
 +
                            <a href="mailto:igem@chem.kuleuven.be"><img alt="mail" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/11/KU_Leuven_mail.png"
 +
                                width="100%"></a>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>
  
−
<div id="summarywrapper">
+
                <div class="summary">
−
<div id="logowrapper">
+
                    <p>
−
<div id="logoiGEMKUL">
+
                        The fascinating properties of pattern creating bacteria may be translated into
−
  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/23/Team_KU_Leuven_banner.jpg"  alt="Logo" width="100%" >
+
                        the language of mathematics. In this subsection we are investigating the
−
</div>
+
                        equations behind the behaviour of the genetically modified organisms created in
−
 
+
                        the wetlab. We do so using a layered approach. Colony level modeling employs
−
<div id="center">
+
                        partial differential equations to describe large cell groups which are treated
−
<div id="pagetitle">
+
                        as a continuum. Internal level models describe the interactions that happen
−
<h2>Modeling</h2>
+
                        within single cells. Finally the hybrid model merges the two approaches into a
−
</div>
+
                        final description of our pattern forming cells.
−
 
+
                    </p>
−
<div id="scrolldown" class="center">
+
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/1d/KU_Leuven_Arrows_wiki.png" alt="Scroll down" width="100%">
+
−
</div>
+
−
 
+
−
</div>
+
−
 
+
−
<div id="summarylogos">
+
−
 
+
−
<div id="summarylogotwitter">
+
−
<a href="https://twitter.com/kuleuven_igem" height="100%"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b8/KU_Leuven_Twitter-logo.png" alt="Twitter" width="100%"></a> 
+
−
</div>
+
−
 
+
−
<div id="summarylogofacebook">
+
−
<a href="https://www.facebook.com/KULeuveniGEM?fref=ts" alt="Facebook" height="50px"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/df/KU_Leuven_Fblogo.png" alt="mail" width="100%"></a> 
+
−
</div>
+
−
 
+
−
<div id="summarylogomail">
+
−
<a href="mailto:igem@chem.kuleuven.be"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/11/KU_Leuven_mail.png" alt="mail" width="100%"></a> 
+
−
</div>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
−
 
+
−
<div class="summary">
+
−
<p>
+
−
The fascinating properties of pattern creating bacteria may be translated into the language of mathematics. In this subsection we are investigating the equations behind the behaviour of the genetically modified organisms created in the wetlab. We do so using a layered approach. Colony level modeling employs partial differential equations to describe large cell groups which are treated as a continuum. Internal level models describe the interactions that happen within single cells. Finally the hybrid model merges the two approaches into a final description of our pattern forming cells.
+
−
</p>                    <br/>
+
 
                     <br/>
 
                     <br/>
 
                     <br/>
 
                     <br/>
 
                     <br/>
 
                     <br/>
−
</div>
+
                    <br/>
−
 
+
                </div>
−
 
+
−
 
+
−
<div class="subsections">
+
−
<div class="subsectionwrapper">
+
−
<div class="subimgrow">
+
−
<div class="whitespace1"></div>
+
−
<div class="subimg">
+
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top" >
+
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png" width="100%" ></a>
+
−
</div>
+
−
 
+
−
<div class="whitespace">
+
−
</div>
+
−
 
+
−
<div class="subimg">
+
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/02/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Hybrid_model2.png" width="100%">
+
−
</div>
+
−
 
+
−
<div class="whitespace">
+
−
</div>
+
−
 
+
−
<div class="subimg">
+
−
  <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
+
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/47/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Internal_model2.png" width="100%"></a>
+
−
</div>
+
−
 
+
  
 +
                <div class="subsections">
 +
                    <div class="subsectionwrapper">
 +
                        <div class="subimgrow">
 +
                            <div class="whitespace1"></div>
 +
                            <div class="subimg">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
 +
                                    <img
 +
                                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png"
 +
                                        width="100%"></a>
 +
                            </div>
  
−
<div class="whitespace">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
</div>
+
  
−
<div class="subimg">
+
                            <div class="subimg">
−
  <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
+
                                <img
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b1/KU_Leuven_Wiki_Button_Flux2.png" width="100%"></a>
+
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/02/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Hybrid_model2.png"
−
</div>
+
                                    width="100%">
 +
                            </div>
  
 +
                            <div class="whitespace"></div>
  
 +
                            <div class="subimg">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
 +
                                    <img
 +
                                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/47/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Internal_model2.png"
 +
                                        width="100%"></a>
 +
                            </div>
  
−
<div class="whitespace1"></div>
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
</div>
+
  
−
<div class="subtextrow">
+
                            <div class="subimg">
−
<div class="whitespace1"></div>
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
−
  <div class="subtext">
+
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b1/KU_Leuven_Wiki_Button_Flux2.png"
−
    <a href = "https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
+
                                        width="100%"></a>
−
    <h2>Colony level</h2>
+
                            </div>
−
        <p>
+
−
          Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential equations. These equations are simulated    using finite differences. <br/>
+
−
            <div class="more"><p>Learn more</p>
+
−
            </div>
+
−
        </p>
+
−
    </a>  
+
−
  </div>
+
  
−
<div class="whitespace">
+
                            <div class="whitespace1"></div>
−
</div>
+
                        </div>
  
−
  <div class="subtext">
+
                        <div class="subtextrow">
−
    <a href = "">
+
                            <div class="whitespace1"></div>
−
    <h2>Hybrid model</h2>
+
                            <div class="subtext">
−
        <p>
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
−
          Coming soon <br/>
+
                                    <h2>Colony level</h2>
−
        </p>
+
                                    <p>
−
    </a>  
+
                                        Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential
−
  </div>
+
                                        equations. These equations are simulated using finite differences.
 +
                                        <br/>
 +
                                        <div class="more">
 +
                                            <p>Learn more</p>
 +
                                        </div>
 +
                                    </p>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
  
−
<div class="whitespace">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
</div>
+
  
−
  <div class="subtext">
+
                            <div class="subtext">
−
    <a href = "Modeling/Internal">
+
                                <a href="">
−
    <h2>Internal model</h2>
+
                                    <h2>Hybrid model</h2>
−
        <p>
+
                                    <p>
−
          Coming soon <br/>
+
                                        Coming soon
−
        </p>
+
                                        <br/>
−
    </a>  
+
                                    </p>
−
  </div>
+
                                </a>
 +
                            </div>
  
 +
                            <div class="whitespace"></div>
  
 +
                            <div class="subtext">
 +
                                <a href="Modeling/Internal">
 +
                                    <h2>Internal model</h2>
 +
                                    <p>
 +
                                        Coming soon
 +
                                        <br/>
 +
                                    </p>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
  
−
<div class="whitespace">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
</div>
+
  
−
  <div class="subtext">
+
                            <div class="subtext">
−
    <a href = "https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
−
    <h2>The Toulouse model</h2>
+
                                    <h2>The Toulouse model</h2>
−
        <p>
+
                                    <p>
−
          As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse team. This is the flux balance analysis  
+
                                        As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse
−
          they performed for us.<br/>
+
                                        team. This is the flux balance analysis they performed for us.<br/>
−
        </p>
+
                                    </p>
−
    </a>  
+
                                </a>
−
  </div>
+
                            </div>
−
<div class="whitespace1"></div>
+
                            <div class="whitespace1"></div>
−
</div>
+
                        </div>
  
−
<div class="subimgreadmore">
+
                        <div class="subimgreadmore">
−
<div class="whitespace1"></div>
+
                            <div class="whitespace1"></div>
−
<div class="subimgrm">
+
                            <div class="subimgrm">
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
−
<div id="more">
+
                                    <div id="more">
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png" height="40%" width="85%" alt="Read more">
+
                                        <img alt="Read more" height="40%"
−
</div>
+
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
−
</a>
+
                                            width="85%">
−
</div>
+
                                    </div>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
  
−
<div class="whitespace">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
</div>  
+
  
−
<div class="subimgrm">
+
                            <div class="subimgrm">
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/">
−
<div id="more">
+
                                    <div id="more">
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png" height="40%" width="85%" alt="Read more">
+
                                        <img alt="Read more" height="40%"
−
</div>
+
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
−
</a>
+
                                            width="85%">
−
</div>
+
                                    </div>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
  
−
<div class="whitespace">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
</div>  
+
  
−
<div class="subimgrm">
+
                            <div class="subimgrm">
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
−
<div id="more">
+
                                    <div id="more">
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png" height="40%" width="85%" alt="Read more">
+
                                        <img alt="Read more" height="40%"
−
</div>
+
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
−
</a>
+
                                            width="85%">
−
</div>
+
                                    </div>
−
<div class="whitespace1"></div>
+
                                </a>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="whitespace1"></div>
  
−
<div class="subimgrm">
+
                            <div class="subimgrm">
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
−
<div id="more">
+
                                    <div id="more">
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png" height="40%" width="85%" alt="Read more">
+
                                        <img alt="Read more" height="40%"
−
</div>
+
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
−
</a>
+
                                            width="85%">
−
<div class="whitespace1"></div>
+
                                    </div>
−
</div>
+
                                </a>
 +
                                <div class="whitespace1"></div>
 +
                            </div>
  
−
</div>
+
                        </div>
−
</div>
+
                    </div>
  
−
<div class="subimgrowm">
+
                    <div class="subimgrowm">
−
<div class="subimgm">
+
                        <div class="subimgm">
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top" >
+
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
−
    <b>Colony level</b>
+
                                <b>Colony level</b>
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png" width="100%" ></a>
+
                                <img
−
</div>
+
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png"
 +
                                    width="100%"></a>
 +
                        </div>
  
−
<div class="whitespace">
+
                        <div class="whitespace"></div>
−
</div>
+
  
−
  <div class="subtextm">
+
                        <div class="subtextm">
−
    <a href = "https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
+
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
−
        <p>
+
                                <p>
−
          Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential equations. These equations are simulated   using finite differences. <br/>
+
                                    Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential
−
        </p>
+
                                    equations. These equations are simulated using finite differences.
−
    </a>  
+
                                    <br/>
−
  </div>
+
                                </p>
−
</div>
+
                            </a>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
  
−
<div class="subimgrowm">
+
                    <div class="subimgrowm">
−
<div class="whiterow">
+
                        <div class="whiterow"></div>
−
</div>
+
                    </div>
−
</div>
+
  
−
<div class="subimgrowm">
+
                    <div class="subimgrowm">
−
<div class="subimgm">
+
                        <div class="subimgm">
−
    <b>Hybrid model</b>
+
                            <b>Hybrid model</b>
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/02/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Hybrid_model2.png" width="100%">
+
                            <img
−
</div>
+
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/02/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Hybrid_model2.png"
 +
                                width="100%">
 +
                        </div>
  
−
<div class="whitespace">
+
                        <div class="whitespace"></div>
−
</div>
+
  
−
<div class="subtextm">
+
                        <div class="subtextm">
−
    <a href = "">
+
                            <a href="">
−
        <p>
+
                                <p>
−
          Coming soon <br/>
+
                                    Coming soon
−
        </p>
+
                                    <br/>
−
    </a>  
+
                                </p>
−
</div>
+
                            </a>
−
</div>
+
                        </div>
 +
                    </div>
  
−
<div class="subimgrowm">
+
                    <div class="subimgrowm">
−
<div class="whiterow">
+
                        <div class="whiterow"></div>
−
</div>
+
                    </div>
−
</div>
+
  
−
<div class="subimgrowm">
+
                    <div class="subimgrowm">
−
<div class="subimgm">
+
                        <div class="subimgm">
−
    <b>Internal model</b>
+
                            <b>Internal model</b>
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/47/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Internal_model2.png" width="100%">
+
                            <img
−
</div>
+
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/47/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Internal_model2.png"
 +
                                width="100%">
 +
                        </div>
  
−
<div class="whitespace">
+
                        <div class="whitespace"></div>
−
</div>
+
  
−
  <div class="subtextm">
+
                        <div class="subtextm">
−
    <a href = "">
+
                            <a href="">
−
        <p>
+
                                <p>
−
          Coming soon <br/>
+
                                    Coming soon
−
        </p>
+
                                    <br/>
−
    </a>  
+
                                </p>
−
  </div>
+
                            </a>
−
</div>
+
                        </div>
−
</div>
+
                    </div>
−
</div>
+
                </div>
−
</div>
+
            </div>
 +
        </div>
  
−
<div id="summarywrapper">
+
        <div id="summarywrapper">
−
<div class="summary">
+
            <div class="summary">
−
<h3> Contact </h3>
+
                <h3>
−
<p style="font-size:1.3em; text-align: center">
+
                    Contact
−
Address: Celestijnenlaan 200G room 00.08 - 3001 Heverlee<br>
+
                </h3>
−
Telephone: +32(0)16 32 73 19<br>
+
                <p style="font-size:1.3em; text-align: center">
−
Email: igem@chem.kuleuven.be<br>
+
                    Address: Celestijnenlaan 200G room 00.08 - 3001 Heverlee<br>
−
</p>
+
                    Telephone: +32(0)16 32 73 19<br>
−
</div>
+
                    Email: igem@chem.kuleuven.be<br>
−
</div>
+
                </p>
 +
            </div>
 +
        </div>
  
−
<div class="whiterow"></div>
+
        <div class="whiterow"></div>
  
−
<div id="footer">
+
        <div id="footer">
−
<div class="rowfooter">
+
            <div class="rowfooter">
−
  <div class="emptyfooter">
+
                <div class="emptyfooter"></div>
−
  </div>
+
                <div id="bioscenter">
−
  <div id="bioscenter">
+
                    <a href="http://www.kuleuven.be/bioscenter/"><img alt="bioSCENTer"
−
      <a href="http://www.kuleuven.be/bioscenter/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3c/KU_Leuven_Logo_BioSCENTer.png" alt="bioSCENTer" width="95%"></a>
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3c/KU_Leuven_Logo_BioSCENTer.png"
−
  </div>
+
                        width="95%"></a>
−
  <div class="emptyfooter">
+
                </div>
−
  </div>
+
                <div class="emptyfooter"></div>
−
</div>
+
            </div>
  
−
<div class="rowfooter">
+
            <div class="rowfooter">
−
      <div id="lrd">
+
                <div id="lrd">
−
      <a href="http://lrd.kuleuven.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b4/KU_Leuven_HR_LRD_CMYK_LOGO.jpg" alt="KU Leuven Research & Development" width="95%"></a>
+
                    <a href="http://lrd.kuleuven.be/"><img alt="KU Leuven Research & Development"
−
  </div>  
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b4/KU_Leuven_HR_LRD_CMYK_LOGO.jpg"
−
  <div id="youreca">
+
                        width="95%"></a>
−
      <a href="http://www.kuleuven.be/onderzoek/youreca/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4f/KU_Leuven_YOURECA.png" alt="YOURECA" width="95%"></a>
+
                </div>
−
  </div>
+
                <div id="youreca">
−
  <div id="solvay">
+
                    <a href="http://www.kuleuven.be/onderzoek/youreca/"><img alt="YOURECA"
−
      <a href="http://www.solvay.com/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/89/KU_Leuven_Solvay_Transparant.png" alt="SOLVAY" width="95%"></a>
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4f/KU_Leuven_YOURECA.png" width="95%"></a>
−
  </div>
+
                </div>
−
  <div id="medicine">
+
                <div id="solvay">
−
      <a href="http://gbiomed.kuleuven.be/english"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/83/KU_Leuven_Biomedische_Wetenschappen_logo_.png" alt="Faculty of Medicine" width="95%"></a>
+
                    <a href="http://www.solvay.com/"><img alt="SOLVAY"
−
  </div>
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/89/KU_Leuven_Solvay_Transparant.png"
−
</div>
+
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="medicine">
 +
                    <a href="http://gbiomed.kuleuven.be/english"><img alt="Faculty of Medicine"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/83/KU_Leuven_Biomedische_Wetenschappen_logo_.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
            </div>
  
−
  <div class="rowfooter">
+
            <div class="rowfooter">
−
<div id="imec">
+
                <div id="imec">
−
      <a href="http://www2.imec.be/be_en/home.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/70/KU_Leuven_Imec_logo_transparant.png" alt="imec" width="95%"></a>
+
                    <a href="http://www2.imec.be/be_en/home.html"><img alt="imec"
−
  </div>
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/70/KU_Leuven_Imec_logo_transparant.png"
−
<div id="genzyme">
+
                        width="95%"></a>
−
      <a href="http://www.genzyme.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b7/KU_Leuven_Genzyme_logo_transparant.png" alt="Genzyme" width="95%"></a>
+
                </div>
−
  </div>
+
                <div id="genzyme">
−
  <div id="eppendorf">
+
                    <a href="http://www.genzyme.be/"><img alt="Genzyme"
−
      <a href="https://www.eppendorf.com/BE-en/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/96/KU_Leuven_Logo_Eppendorf_transparant.png" alt="Eppendorf" width="95%"></a>
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b7/KU_Leuven_Genzyme_logo_transparant.png"
−
  </div>
+
                        width="95%"></a>
−
<div id="kuleuven">
+
                </div>
−
      <a href="http://www.kuleuven.be/english"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/08/KULEUVEN_groot.png" alt="bioSCENTer" width="95%"></a>
+
                <div id="eppendorf">
−
  </div>
+
                    <a href="https://www.eppendorf.com/BE-en/"><img alt="Eppendorf"
−
<div class="spacefooter">
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/96/KU_Leuven_Logo_Eppendorf_transparant.png"
−
</div>
+
                        width="95%"></a>
−
<div id="gips">
+
                </div>
−
      <a href="http://www.gipsmineral.de/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3d/KU_Leuven_Gips_Mineral_logo_transparant.png" alt="Gips Mineral" width="95%"></a>
+
                <div id="kuleuven">
−
  </div>
+
                    <a href="http://www.kuleuven.be/english"><img alt="bioSCENTer"
−
<div id="kolo">
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/08/KULEUVEN_groot.png" width="95%"></a>
−
      <a><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/15/KUL_Ko-Lo_Instruments_logo_transparant.png" alt="Ko-Lo Instruments" width="95%"></a>
+
                </div>
−
    </div>
+
                <div class="spacefooter"></div>
−
<div id="regensys">
+
                <div id="gips">
−
      <a href="http://regenesys.eu/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/eb/KU_Leuven_Logo_Regenesys_Transparant.png" alt="Regenesys" width="95%"></a>
+
                    <a href="http://www.gipsmineral.de/"><img alt="Gips Mineral"
−
  </div>
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3d/KU_Leuven_Gips_Mineral_logo_transparant.png"
−
</div>
+
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="kolo">
 +
                    <a><img alt="Ko-Lo Instruments"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/15/KUL_Ko-Lo_Instruments_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="regensys">
 +
                    <a href="http://regenesys.eu/"><img alt="Regenesys"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/eb/KU_Leuven_Logo_Regenesys_Transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
            </div>
  
−
<div class="rowfooter">
+
            <div class="rowfooter">
−
<div id="bioke">
+
                <div id="bioke">
−
      <a href="https://www.bioke.com/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e1/KUL_Biok%C3%A9_logo_transparant.png" alt="Bioké" width="95%"></a>
+
                    <a href="https://www.bioke.com/"><img alt="Bioké"
−
  </div>
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e1/KUL_Biok%C3%A9_logo_transparant.png"
−
  <div id="thermofisher">
+
                        width="95%"></a>
−
      <a href="https://www.fishersci.com/us/en/home.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/KUL_Fischer_Scientific_logo_transparant.png" alt="Thermo Fisher Scientific" width="95%"></a>
+
                </div>
−
  </div>
+
                <div id="thermofisher">
−
<div id="vwr">
+
                    <a href="https://www.fishersci.com/us/en/home.html"><img alt="Thermo Fisher Scientific"
−
      <a href="https://be.vwr.com/store/?&_requestid=866148&_DARGS=/store/cms/be.vwr.com/nl_BE/header_20159241139103.jsp.1_AF&_dynSessConf=4047468000326453053&targetURL=/store/%3F%26_requestid%3D866148&lastLanguage=en&/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=&_D%3AcurrentLanguage=+&currentLanguage=en&_D%3AlastLanguage=+&_D%3A/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=+"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/8d/KU_Leuven_Logo_VWR_transparant_.png" alt="VWR" width="95%"></a>
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/KUL_Fischer_Scientific_logo_transparant.png"
−
  </div>
+
                        width="95%"></a>
−
<div id="footerimg">
+
                </div>
−
  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b9/KU_Leuven_Zebra_spots_wiki_footer_main.png" width="95%">
+
                <div id="vwr">
−
  </div>
+
                    <a
−
<div id="gimv">
+
                        href="https://be.vwr.com/store/?&_requestid=866148&_DARGS=/store/cms/be.vwr.com/nl_BE/header_20159241139103.jsp.1_AF&_dynSessConf=4047468000326453053&targetURL=/store/%3F%26_requestid%3D866148&lastLanguage=en&/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=&_D%3AcurrentLanguage=+&currentLanguage=en&_D%3AlastLanguage=+&_D%3A/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=+"><img alt="VWR"
−
      <a href="http://www.gimv.com/en"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/ac/KU_Leuven_Logo_Gimv_Transparant.png" alt="Gimv" width="95%"></a>
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/8d/KU_Leuven_Logo_VWR_transparant_.png"
−
  </div>
+
                        width="95%"></a>
−
  <div id="machery">
+
                </div>
−
      <a href="http://www.filterservice.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/41/KU_Leuven_Macherey_Nagel_logo_transparant.png" alt="Machery Nagel" width="95%"></a>
+
                <div id="footerimg">
−
  </div>
+
                    <img
−
<div class="logosmall">
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b9/KU_Leuven_Zebra_spots_wiki_footer_main.png"
−
    <div id="sigma">
+
                        width="95%">
−
      <a href="https://www.sigmaaldrich.com/belgium-nederlands.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4b/KUL_Sigma-Aldrich_logo_transparant.png" alt="Sigma-Aldrich" width="95%"></a>
+
                </div>
−
    </div>
+
                <div id="gimv">
−
    <div id="egilabo">
+
                    <a href="http://www.gimv.com/en"><img alt="Gimv"
−
      <a href="http://www.egilabo.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e9/KUL_Egilabo_logo_transparant.png" alt="Egilabo" width="95%"></a>
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/ac/KU_Leuven_Logo_Gimv_Transparant.png"
−
    </div>
+
                        width="95%"></a>
−
  </div>  
+
                </div>
−
</div>
+
                <div id="machery">
 +
                    <a href="http://www.filterservice.be/"><img alt="Machery Nagel"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/41/KU_Leuven_Macherey_Nagel_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div class="logosmall">
 +
                    <div id="sigma">
 +
                        <a href="https://www.sigmaaldrich.com/belgium-nederlands.html"><img alt="Sigma-Aldrich"
 +
                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4b/KUL_Sigma-Aldrich_logo_transparant.png"
 +
                            width="95%"></a>
 +
                    </div>
 +
                    <div id="egilabo">
 +
                        <a href="http://www.egilabo.be/"><img alt="Egilabo"
 +
                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e9/KUL_Egilabo_logo_transparant.png"
 +
                            width="95%"></a>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
  
−
</body>
+
        </body>
−
</html>
+
    </html>

Revision as of 01:58, 16 September 2015

Logo
Logo

Modeling

Twitter
mail
mail

The fascinating properties of pattern creating bacteria may be translated into the language of mathematics. In this subsection we are investigating the equations behind the behaviour of the genetically modified organisms created in the wetlab. We do so using a layered approach. Colony level modeling employs partial differential equations to describe large cell groups which are treated as a continuum. Internal level models describe the interactions that happen within single cells. Finally the hybrid model merges the two approaches into a final description of our pattern forming cells.





Colony level

Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential equations. These equations are simulated using finite differences.

Learn more

Hybrid model

Coming soon

Internal model

Coming soon

The Toulouse model

As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse team. This is the flux balance analysis they performed for us.
Read more
Read more
Read more
Read more
Colony level

Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential equations. These equations are simulated using finite differences.

Hybrid model

Coming soon

Internal model

Coming soon

Contact

Address: Celestijnenlaan 200G room 00.08 - 3001 Heverlee
Telephone: +32(0)16 32 73 19
Email: igem@chem.kuleuven.be