Difference between revisions of "Team:KU Leuven/Modeling"

 
(12 intermediate revisions by 5 users not shown)
Line 104: Line 104:
 
                 <div class="summary">
 
                 <div class="summary">
 
                     <p>
 
                     <p>
−
                         The fascinating properties of pattern creating bacteria may be translated into
+
                         The fascinating properties of pattern creating bacteria can be translated into
−
                         the language of mathematics. In this subsection we are investigating the
+
                         the language of mathematics. In this subsection we investigate the
−
                         equations behind the behaviour of the genetically modified organisms created in
+
                         equations behind the behavior of the genetically modified organisms created in
−
                         the wetlab. We do so using a layered approach. Colony level modeling employs
+
                         the wetlab. For this purpose, a layered approach seems appropriate. Colony level modeling employs
 
                         partial differential equations to describe large cell groups which are treated
 
                         partial differential equations to describe large cell groups which are treated
 
                         as a continuum. Internal level models describe the interactions that happen
 
                         as a continuum. Internal level models describe the interactions that happen
Line 122: Line 122:
 
                     <div class="subsectionwrapper">
 
                     <div class="subsectionwrapper">
 
                         <div class="subimgrow">
 
                         <div class="subimgrow">
−
+
                         
−
<div class="subimg">
+
                            <div class="subimg">
 
                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
 
                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
−
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png"
+
                                     <img
 +
                                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png"
 
                                         width="100%"></a>
 
                                         width="100%"></a>
 
                             </div>
 
                             </div>
Line 138: Line 139:
 
                             </div>
 
                             </div>
  
−
                             <div class="whitespace"></div>                          
+
                             <div class="whitespace"></div>
 +
 
 +
                            <div class="subimg">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
 +
                                    <img
 +
                                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/47/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Internal_model2.png"
 +
                                        width="100%"></a>
 +
                            </div>
 +
 
 +
                            <div class="whitespace"></div>
  
 
                             <div class="subimg">
 
                             <div class="subimg">
Line 145: Line 155:
 
                                         width="100%"></a>
 
                                         width="100%"></a>
 
                             </div>
 
                             </div>
−
 
−
<div class="whitespace"></div>
 
−
 
  
−
                            <div class="subimg">
 
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling" >
 
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/cb/KUL_Wiki_Button_-_Back.png" width="100%" ></a>
 
−
    </div>
 
 
                              
 
                              
 
                         </div>
 
                         </div>
  
−
                         <div class="subtextrow">  
+
                         <div class="subtextrow">
−
 
+
                         
−
<div class="subtext">
+
                            <div class="subtext">
−
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
−
                                     <h2>Colony level</h2>
+
                                     <h2>Colony</h2>
 
                                     <p>
 
                                     <p>
−
                                         Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential
+
                                         Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of partial differential
 
                                         equations. These equations are simulated using finite differences.
 
                                         equations. These equations are simulated using finite differences.
 
                                        
 
                                        
Line 169: Line 172:
 
                             </div>
 
                             </div>
  
−
                             <div class="whitespace"></div>
+
                             <div class="whitespace"></div>
  
 
                             <div class="subtext">
 
                             <div class="subtext">
 
                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
 
                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
−
                                     <h2>Hybrid model</h2>
+
                                     <h2>Hybrid</h2>
−
                                     <p> </p>
+
                                    <p>The hybrid model represents an intermediate level of detail in between the colony level model and the internal model. Bacteria are treated as individual agents, while chemical species are modeled using partial differential equations. </p>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
 +
 
 +
                            <div class="whitespace"></div>
 +
 
 +
                            <div class="subtext">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
 +
                                    <h2>Internal</h2>
 +
                                     <p>Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations. </p>
 
                                 </a>
 
                                 </a>
 
                             </div>
 
                             </div>
Line 182: Line 194:
 
                             <div class="subtext">
 
                             <div class="subtext">
 
                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
 
                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
−
                                     <h2>Toulouse model</h2>
+
                                     <h2>FBA (Toulouse)</h2>
 
                                     <p>
 
                                     <p>
 
                                         As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse
 
                                         As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse
Line 189: Line 201:
 
                                 </a>
 
                                 </a>
 
                             </div>
 
                             </div>
−
+
                         
−
<div class="whitespace"></div>
+
−
+
−
<div class="subtext">
+
−
    <a href = "https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling">
+
−
            <h2>Back</h2>
+
−
    <p>
+
−
Go back to the Modeling page.
+
−
    </p>
+
−
    </a>
+
−
</div>
+
−
                                                   
+
 
                         </div>
 
                         </div>
  
Line 219: Line 220:
 
                             <div class="subimgrm">
 
                             <div class="subimgrm">
 
                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
 
                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
 +
                                    <div id="more">
 +
                                        <img alt="Read more" height="40%"
 +
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
 +
                                            width="85%">
 +
                                    </div>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
 +
 +
                            <div class="whitespace"></div>
 +
 +
                            <div class="subimgrm">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
 
                                     <div id="more">
 
                                     <div id="more">
 
                                         <img alt="Read more" height="40%"
 
                                         <img alt="Read more" height="40%"
Line 238: Line 251:
 
                                  
 
                                  
 
                             </div>
 
                             </div>
−
 
−
    <div class="whitespace"></div>
 
−
 
−
    <div class="subimgrm">
 
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling">
 
−
    <div id="back">
 
−
    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
 
−
                                        height="40%" width="85%" alt="Read more">
 
−
    </div>
 
−
</a>
 
−
    </div>
 
  
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
−
 
  
 
                     <div class="subimgrowm">
 
                     <div class="subimgrowm">
 
                         <div class="subimgm">
 
                         <div class="subimgm">
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
−
                                 <b>Colony level</b>
+
                                 <b>Colony</b>
 
                                 <img
 
                                 <img
 
                                     src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png"
 
                                     src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png"
Line 282: Line 283:
 
                     <div class="subimgrowm">
 
                     <div class="subimgrowm">
 
                         <div class="subimgm">
 
                         <div class="subimgm">
−
                             <b>Hybrid model</b>
+
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
 +
                             <b>Hybrid</b>
 
                             <img
 
                             <img
 
                                 src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/02/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Hybrid_model2.png"
 
                                 src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/02/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Hybrid_model2.png"
−
                                 width="100%">
+
                                 width="100%"></a>
 
                         </div>
 
                         </div>
  
Line 291: Line 293:
  
 
                         <div class="subtextm">
 
                         <div class="subtextm">
−
                             <a href="">
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
 
                                 <p>
 
                                 <p>
−
                                     Coming soon
+
                                     Our hybrid model merges both colony and internal level to define the cell-cell
−
                                     <br/>
+
                                     interactions of our pattern forming cells.
 
                                 </p>
 
                                 </p>
 
                             </a>
 
                             </a>
Line 306: Line 308:
 
                     <div class="subimgrowm">
 
                     <div class="subimgrowm">
 
                         <div class="subimgm">
 
                         <div class="subimgm">
−
                             <b>Internal model</b>
+
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
 +
                             <b>Internal</b>
 
                             <img
 
                             <img
 
                                 src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/47/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Internal_model2.png"
 
                                 src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/47/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Internal_model2.png"
−
                                 width="100%">
+
                                 width="100%"></a>
 
                         </div>
 
                         </div>
  
Line 315: Line 318:
  
 
                         <div class="subtextm">
 
                         <div class="subtextm">
−
                             <a href="">
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
−
                                 <p>
+
                                 <p>Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations.
−
                                    Coming soon
+
−
                                    <br/>
+
 
                                 </p>
 
                                 </p>
 
                             </a>
 
                             </a>
Line 332: Line 333:
 
                         <div class="subimgm">
 
                         <div class="subimgm">
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
−
                             <b>The Toulouse model</b>
+
                             <b>FBA (Toulouse)</b>
 
                             <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b1/KU_Leuven_Wiki_Button_Flux2.png"
 
                             <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b1/KU_Leuven_Wiki_Button_Flux2.png"
 
                                 width="100%">
 
                                 width="100%">
Line 420: Line 421:
 
                         width="95%"></a>
 
                         width="95%"></a>
 
                 </div>
 
                 </div>
 +
<div id="saillart">
 +
      <a href="http://www.glasatelier-saillart.be/English/english.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/ce/KU_Leuven_Sponsor_Saillard.png" alt="Glasatelier Saillart" width="95%"></a>
 +
  </div>
 
                 <div id="kuleuven">
 
                 <div id="kuleuven">
 
                     <a href="http://www.kuleuven.be/english"><img alt="bioSCENTer"
 
                     <a href="http://www.kuleuven.be/english"><img alt="bioSCENTer"
Line 433: Line 437:
 
                     <a><img alt="Ko-Lo Instruments"
 
                     <a><img alt="Ko-Lo Instruments"
 
                         src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/15/KUL_Ko-Lo_Instruments_logo_transparant.png"
 
                         src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/15/KUL_Ko-Lo_Instruments_logo_transparant.png"
−
                        width="95%"></a>
 
−
                </div>
 
−
                <div id="regensys">
 
−
                    <a href="http://regenesys.eu/"><img alt="Regenesys"
 
−
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/eb/KU_Leuven_Logo_Regenesys_Transparant.png"
 
 
                         width="95%"></a>
 
                         width="95%"></a>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 448: Line 447:
 
                         width="95%"></a>
 
                         width="95%"></a>
 
                 </div>
 
                 </div>
−
                <div id="thermofisher">
+
<div class="logonormal">
−
                    <a href="https://www.fishersci.com/us/en/home.html"><img alt="Thermo Fisher Scientific"
+
<div id="regensys">
−
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/KUL_Fischer_Scientific_logo_transparant.png"
+
      <a href="http://regenesys.eu/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/eb/KU_Leuven_Logo_Regenesys_Transparant.png" alt="Regenesys" width="95%"></a>
−
                        width="95%"></a>
+
  </div>
−
                </div>
+
<div class="whiterow"></div>
−
                <div id="vwr">
+
  <div id="thermofisher">
−
                    <a
+
      <a href="https://www.fishersci.com/us/en/home.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/KUL_Fischer_Scientific_logo_transparant.png" alt="Thermo Fisher Scientific" width="95%"></a>
−
                        href="https://be.vwr.com/store/?&_requestid=866148&_DARGS=/store/cms/be.vwr.com/nl_BE/header_20159241139103.jsp.1_AF&_dynSessConf=4047468000326453053&targetURL=/store/%3F%26_requestid%3D866148&lastLanguage=en&/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=&_D%3AcurrentLanguage=+&currentLanguage=en&_D%3AlastLanguage=+&_D%3A/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=+"><img alt="VWR"
+
  </div>
−
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/8d/KU_Leuven_Logo_VWR_transparant_.png"
+
</div>
−
                        width="95%"></a>
+
    <div class="logonormal2">
−
                </div>
+
<div id="vwr">
 +
      <a href="https://be.vwr.com/store/?&_requestid=866148&_DARGS=/store/cms/be.vwr.com/nl_BE/header_20159241139103.jsp.1_AF&_dynSessConf=4047468000326453053&targetURL=/store/%3F%26_requestid%3D866148&lastLanguage=en&/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=&_D%3AcurrentLanguage=+&currentLanguage=en&_D%3AlastLanguage=+&_D%3A/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=+"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/8d/KU_Leuven_Logo_VWR_transparant_.png" alt="VWR" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
<div class = "whiterow"></div>
 +
<div id="lgc">
 +
<a href="http://www.lgcgroup.com/our-science/genomics-solutions/#.Vfx9V9yLTIU">
 +
                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e6/KU_Leuven_LOGO_LGC.png" alt="LGC Genomics" width="80%">
 +
</a>
 +
</div>
 +
</div>
 
                 <div id="footerimg">
 
                 <div id="footerimg">
 
                     <img
 
                     <img
Line 464: Line 472:
 
                         width="95%">
 
                         width="95%">
 
                 </div>
 
                 </div>
−
                <div id="gimv">
+
              <div class="logonormal2">
−
                    <a href="http://www.gimv.com/en"><img alt="Gimv"
+
<div id="gimv">
−
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/ac/KU_Leuven_Logo_Gimv_Transparant.png"
+
      <a href="http://www.gimv.com/en"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/ac/KU_Leuven_Logo_Gimv_Transparant.png" alt="Gimv" width="95%"></a>
−
                        width="95%"></a>
+
  </div>
−
                </div>
+
<div class = "whiterow"></div>
 +
<div id="sopach">
 +
      <a href="http://www.sopachem.com/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/5/55/KU_Leuven_Sopachem.jpeg" alt="Sopachem" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
</div>
 
                 <div id="machery">
 
                 <div id="machery">
 
                     <a href="http://www.filterservice.be/"><img alt="Machery Nagel"
 
                     <a href="http://www.filterservice.be/"><img alt="Machery Nagel"
Line 474: Line 486:
 
                         width="95%"></a>
 
                         width="95%"></a>
 
                 </div>
 
                 </div>
−
                <div class="logosmall">
+
<div class="logosmall">
−
                    <div id="sigma">
+
    <div id="sigma">
−
                        <a href="https://www.sigmaaldrich.com/belgium-nederlands.html"><img alt="Sigma-Aldrich"
+
      <a href="https://www.sigmaaldrich.com/belgium-nederlands.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4b/KUL_Sigma-Aldrich_logo_transparant.png" alt="Sigma-Aldrich" width="95%"></a>
−
                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4b/KUL_Sigma-Aldrich_logo_transparant.png"
+
    </div>
−
                            width="95%"></a>
+
    <div class="whiterow"></div>
−
                    </div>
+
    <div id="egilab">
−
                    <div id="egilabo">
+
      <a href="http://www.egilabo.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e9/KUL_Egilabo_logo_transparant.png" alt="Egilabo" width="95%"></a>
−
                        <a href="http://www.egilabo.be/"><img alt="Egilabo"
+
    </div>
−
                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e9/KUL_Egilabo_logo_transparant.png"
+
    <div class="whiterow"></div>
−
                            width="95%"></a>
+
    <div id="novolab">
−
                    </div>
+
      <a href="https://www.novolab.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4c/KU_Leuven_Novalab.png" alt="Novolab" height="95%"></a>
−
                </div>
+
    </div>
 +
  </div>  
 
             </div>
 
             </div>
  
 
         </body>
 
         </body>
 
     </html>
 
     </html>

Latest revision as of 09:37, 20 October 2015

Logo
Logo

Modeling

Twitter
mail
mail

The fascinating properties of pattern creating bacteria can be translated into the language of mathematics. In this subsection we investigate the equations behind the behavior of the genetically modified organisms created in the wetlab. For this purpose, a layered approach seems appropriate. Colony level modeling employs partial differential equations to describe large cell groups which are treated as a continuum. Internal level models describe the interactions that happen within single cells. Finally the hybrid model merges the two approaches into a final description of our pattern forming cells.





Colony

Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of partial differential equations. These equations are simulated using finite differences.

Hybrid

The hybrid model represents an intermediate level of detail in between the colony level model and the internal model. Bacteria are treated as individual agents, while chemical species are modeled using partial differential equations.

Internal

Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations.

FBA (Toulouse)

As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse team. This is the flux balance analysis they performed for us.
Read more
Read more
Read more
Read more
Colony

Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential equations. These equations are simulated using finite differences.

Hybrid

Our hybrid model merges both colony and internal level to define the cell-cell interactions of our pattern forming cells.

Internal

Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations.

FBA (Toulouse)

As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse team. This is the flux balance analysis they performed for us.

Contact

Address: Celestijnenlaan 200G room 00.08 - 3001 Heverlee
Telephone: +32(0)16 32 73 19
Email: igem@chem.kuleuven.be