Difference between revisions of "Team:Lethbridge HS/Notebook"

Line 230: Line 230:
 
          
 
          
 
                 <div class="container-fluid" id="regularPageBody">
 
                 <div class="container-fluid" id="regularPageBody">
−
                     <div class="row">
+
                    <p>Please click on the different events on the lab to read more about them. Also, feel free to click on the months on the sidebar to reveal a list of lab dates.</p>
−
                         <div class="col-md-3" id="mainBodySideBar">
+
                     <div class="row" style="text-align:center;">
−
                             <div class="sideBarContent">
+
                         <div class="col-md-2 col-md-push-10 notebookSideBar">
−
                                 <ul>
+
                            <h1 class="noteBookMonthLabels"> April </h1>
−
                                    <li><a href="#section1"><h2>Overview</h2></a></li>
+
                             <ul id="dateList">
−
                                    <li><a href="#section2"><h2>Government</h2></a></li>
+
                                 <li>Date</li>
−
<li><a href="#section3"><p>Meeting with MLA―Shannon Phillips</p></a></li>
+
                                <li>Date</li>
−
<li><a href="#section4"><p>City Council By-Law and Petition</p></a></li>
+
                                <li>Date</li>
−
<li><a href="#section5"><h2>Community</h2></a></li>
+
                                <li>Date</li>
−
<li><a href="#section6"><p>Seed bombs</p></a></li>
+
                                <li>Date</li>
−
<li><a href="#section7"><h2>Integrated Human Practices</h2></a></li>
+
                                <li>Date</li>
−
<li><a href="#section8"><p>Beekeepers Visit and Interview</p></a></li>
+
                                <li>Date</li>
−
<li><a href="#section9"><h2>Outreach</h2></a></li>
+
                                <li>Date</li>
−
<li><a href="#section10"><p>School Presentations</p></a></li>                                  
+
                                <li>Date</li>
−
                                 </ul>
+
                                <li>Date</li>
−
                             </div>
+
                                <li>Date</li>
 +
                               
 +
                            </ul>
 +
 
 +
                            <h1 class="noteBookMonthLabels"> May </h1>
 +
                            <ul id="dateList">
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                               
 +
                            </ul>
 +
 
 +
                            <h1 class="noteBookMonthLabels"> June </h1>
 +
                            <ul id="dateList">
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                               
 +
                            </ul>
 +
 
 +
                            <h1 class="noteBookMonthLabels"> July </h1>
 +
                            <ul id="dateList">
 +
                                <li><a href="#July1">2015-July-10</li></a>
 +
                                <li><a href="#July2">2015-July-10</li></a>
 +
                                <li><a href="#July3">2015-July-10</li></a>
 +
                                <li><a href="#July4">2015-July-10</li></a>
 +
                                <li><a href="#July5">2015-July-10</li></a>
 +
 
 +
                               
 +
                            </ul>
 +
 
 +
                            <h1 class="noteBookMonthLabels"> August </h1>
 +
                            <ul id="dateList">
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                               
 +
                            </ul>
 +
 
 +
                            <h1 class="noteBookMonthLabels"> September </h1>
 +
                            <ul id="dateList">
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                 <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                                <li>Date</li>
 +
                               
 +
                             </ul>
 
                         </div>
 
                         </div>
−
                         <div class="col-md-9 col-sm-12">
+
                         <div class="col-md-10 col-md-pull-2">
−
                             <section id="section1">
+
                             <ul class="timeline">
−
<h1 id="" class="contentSubTitle"> Overview <br><small></small></h1>
+
                                <li>
−
<p id="humanpractices_hp">Although the science is an integral part of our project, we put some emphasis on human practices as well. Every team member contributed so that we could have a diverse and engaging set of human practices. We reached out many individuals, including one of our MLAs, who is also the Minister of Environment to get her support of our project; rural beekeepers in Southern Alberta to ask about the viability of our project; we also talked to our city council, and an urban planner to see how we could make our city more “bee-friendly”. We interacted with the public by handing out seed packets in parks, and informing them about the decline of bees and the city by-law that makes urban bee-keeping illegal; many signed a petition that we created to remove this by-law. To promote iGEM, we went to two middle schools to tell the students a little bit about our project and what iGEM is.</p>
+
                                    <div class="tl_month">
−
</section>
+
                                        <h2>June</h2>
−
<section id="section2">
+
                                    </div>
−
<h1 id="" class="contentSubTitle"> Government <br><small></small></h1>
+
                                </li>
 +
                                <li>
 +
                                    <a name="June6"></a>
 +
                                    <p class="tl_time">2015-June-06</p>
 +
                                    <div class="tl_icon">
 +
                                        <img src="images/Plasmid.png" width="30px" height="30px">
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="tl_label">
 +
                                        <h2 class="tl_label_header">Lab book june 6</h2>
 +
                                        <div class="dateContent">
 +
                                        <h3>Names: Jon and Kieran</h3>
 +
                                        <div class="row">
 +
                                            <div class="col-md-6">
 +
                                       
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-12">
 +
                                       
 +
<p>We stained inoculated biofilms and performed the Crystal Violet assay. Left in 37 C for 36 hours. We did 4 trials 100uL, 4 trials 200uL, and 4 trials 300uL. Biofilm formation was successful, with varying band thickness. We also replicated this with two 5mL LB petri dish inoculated with 20uL E.coli. We added 5mL of crystal violet each to the petri dishes to cover the whole plate.<br><br>
 +
We also performed an oxalic acid gradient with 0%, 0.05%, 0.1%, 0.2%, 0.3%, 0.4%, 0.5%, and 2.0% oxalic acid to give a final volume of 6mL. We added 20uL of E.coli to each 6mL tube. Left in 37 C.<br><br>
 +
We did a 1/100 dilution of E.coli into LB media, and left it in 37 C for (hopefully) 24 hours. We did 4 trials 100uL, 4 trials 200uL, and 4 trials 300uL.</p>
  
−
<section id="section3">
+
                                            </div>
−
<h2 id="" class="contentSubSubTitle"> Meeting with MLA—Shannon Phillips<br><small></small></h2>
+
                                    </div>
−
</section>
+
                                    </div>
−
<section id="section4">
+
                                       
−
<h2 id="" class="contentSubSubTitle"> City Council By-Law<br><small></small></h2>
+
                                </li><li>
−
<p>Prior to 1983, residents of the City of Lethbridge were able to beekeep within city limits. However, an amendment to Bylaw 3383 that pertains to bees now prevents residents from being able to do so. In Southern Alberta, bee populations are currently decreasing with reports saying that North American beekeepers are losing approximately one third of their bees each year. As a way to help the bee population, our team made it a goal to try and have this bylaw amended to allow urban beekeeping within city limits.<br><br>
+
                                    <a name="June8"></a>
−
</section>
+
                                    <p class="tl_time">2015-June-08</p>
−
</section>
+
                                    <div class="tl_icon">
−
<section id="section5">                  
+
                                        <img src="images/Plasmid.png" width="30px" height="30px">
−
<h1 id="" class="contentSubTitle"> Community<br><small></small></h1>
+
                                    </div>
 +
                                    <div class="tl_label">
 +
                                        <h2 class="tl_label_header">Lab book june 8</h2>
 +
                                        <div class="dateContent">
 +
                                        <h3>Names: Kieran</h3>
 +
                                        <div class="row">
 +
                                            <div class="col-md-6">
 +
                                       
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-12">
 +
                                       
 +
<p>Biofilm produced on 24h 96 well plate. <br><br>
 +
Testing to see if biofilm will produce on 12h 96 well plate (1 in 100 culture dilution).<br><br>
 +
And also doing 24h 96 well biofilm formation testing to see what detergents and chemical impacts have on the decrease in biofilm production. <br><br>
 +
*Biofilms placed at 8:00pm<br><br>
 +
Oxalic acid test run for 12 hours (0, 0.01, 0.05, 0.1, 0.15, 0.2, 0.4, 0.4, 0.5, 2.0%) <br><br>
 +
*Oxalic acid placed at 7:30pm<br><br>
  
−
<section id="section6">
+
 
−
<h2 id="" class="seedbombs"> Seed bombs<br><small></small></h2>
+
Tested the production of parafilm sacs for in vitro Varroa feeding. (using kimwipes and 2mL tubes as containment methods)
−
<p>We made seed bombs to help spread awareness about the decline of bees, while simultaneously promoting bee population growth. A seed bomb is basically a ball of soil, clay, water, and seeds. The idea is that people plant them in empty lots, undeveloped fields, or even their backyards so that flowers can grow, giving the bees more access to food. We used Smooth Blue Aster, Purple Prairie Clover, and Prairie Coneflower to make our seed bombs because they are native to Southern Alberta, and they would not be considered an invasive species.<br><br>
+
.</p>
−
+
 
−
We distributed seed bombs to members of the public and informed them about our project and the plight of the bees. Many people accepted our project and showed their support by signing a petition that supported urban beekeeping in Lethbridge, which is currently illegal.  </p>
+
                                            </div>
−
</section>
+
                                    </div>
−
</section>
+
                                    </div>
−
<section id="section7">
+
                                       
−
<h1 id="" class="contentSubTitle"> Integrated Human Practices<br><small></small></h1>
+
                                </li>
−
<section id="section8">
+
−
<h2 id="" class="contentSubSubTitle">Beekeepers Visit and Interview<br><small></small></h2>
+
</li><li>
−
</section>
+
                                    <a name="June10"></a>
−
</section>
+
                                    <p class="tl_time">2015-June-10</p>
−
<section id="section9">
+
                                    <div class="tl_icon">
−
<h1 id="" class="contentSubTitle"> Outreach<br><small></small></h1>
+
                                        <img src="images/Plasmid.png" width="30px" height="30px">
−
<section id="section10">
+
                                    </div>
−
<h2 id="" class="contentSubSubTitle">School Presentations<br><small></small></h2>
+
                                    <div class="tl_label">
−
</section>
+
                                        <h2 class="tl_label_header">Lab book june 10</h2>
−
</section>
+
                                        <div class="dateContent">
−
</div>
+
                                        <h3>Names: Kieran</h3>
 +
                                        <div class="row">
 +
                                            <div class="col-md-6">
 +
                                       
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-12">
 +
                                       
 +
<p>Performed oxalic acid testing of E.coli growth in LB media at (0, 0.01, 0.05, 0.1, 0.15, 0.2, 0.4, 0.4, 0.5, 2.0%) concentrations. Placed at 6:50pm.<br><br>
 +
Produced more biofilms.<br><br>
 +
Had mites and created pouches including Water, LB, Supernatent, E.coli, E.coli RFP. Placed at room temperature and in chris’s drawer.<br><br>
 +
Took 48 and 24 hour biofilms and performed a bleach treatment on them (0.252%) for 30 minutes.
 +
 
 +
.</p>
 +
                                    </div>
 +
                                    </div>
 +
                                       
 +
                                </li>
 +
 
 +
<li>
 +
                                    <a name="June16"></a>
 +
                                    <p class="tl_time">2015-June-16</p>
 +
                                    <div class="tl_icon">
 +
                                        <img src="images/Plasmid.png" width="30px" height="30px">
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="tl_label">
 +
                                        <h2 class="tl_label_header">Lab book june 16</h2>
 +
                                        <div class="dateContent">
 +
                                        <h3>Names: Kieran</h3>
 +
                                        <div class="row">
 +
                                            <div class="col-md-6">
 +
                                       
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-12">
 +
                                       
 +
<p>Took oxalic acid readings after 23 hours of incubation</p>
 +
 
 +
 
 +
.</p> <table class="table table-striped table-bordered"> <caption>Title for table</caption>
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>Oxalic Acid Concentration (%)</th>
 +
                                                    <th>OD600</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>0.0</td>
 +
                                                    <td>1.745</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>0.01</td>
 +
                                                    <td>1.771</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>0.05</td>
 +
                                                    <td>1.882</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>0.1</td>
 +
                                                    <td>0.980</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>0.15</td>
 +
                                                    <td>0.125</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>0.2</td>
 +
                                                    <td>0.104</td>
 +
                                                </tr>
 +
<tr>
 +
                                                    <td>0.3</td>
 +
                                                    <td>0.118</td>
 +
                                                </tr>
 +
<tr>
 +
                                                    <td>0.4</td>
 +
                                                    <td>0.174</td>
 +
                                                </tr>
 +
<tr>
 +
                                                    <td>0.5</td>
 +
                                                    <td>0.1456</td>
 +
                                                </tr>
 +
<tr>
 +
                                                    <td>2.0</td>
 +
                                                    <td>0.017</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                   
 +
                                            </tbody>
 +
                                        </table>
 +
 
 +
<p>Readings are unrealiable as the cultures were left in the shaking incubator for over 23 hours. Still show the same general trend as past gradients. </p>
 +
<li>
 +
                                    <a name="June17"></a>
 +
                                    <p class="tl_time">2015-June-17</p>
 +
                                    <div class="tl_icon">
 +
                                        <img src="images/Plasmid.png" width="30px" height="30px">
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="tl_label">
 +
                                        <h2 class="tl_label_header">Lab book june 17</h2>
 +
                                        <div class="dateContent">
 +
                                        <h3>Names: Kieran</h3>
 +
                                        <div class="row">
 +
                                            <div class="col-md-6">
 +
                                       
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-12">
 +
                                       
 +
<p>Make oxalic acid samples again. <br><br>
 +
Make 24h biofilms.</p>
 +
 
 +
 
 +
 
 +
.</p> <table class="table table-striped table-bordered"> <caption>Title for table</caption>
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>Biofilm test (30 minutes contact) (24 hour biofilm)</th>
 +
                                                    <th>Result</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>Windex</td>
 +
                                                    <td>Negative</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>Bleach</td>
 +
                                                    <td>Negative</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>Tilex</td>
 +
                                                    <td>Biofilm remained</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                   
 +
                                            </tbody>
 +
                                        </table>
 +
 
 +
 +
                                            </div>
 +
                                    </div>
 +
                                    </div>
 +
                                       
 +
                                </li>
 +
                                <li>
 +
                                    <a name="July2"></a>
 +
                                    <p class="tl_time">2015-July-10</p>
 +
                                    <div class="tl_icon">
 +
                                        <img src="images/Plasmid.png" width="30px" height="30px">
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="tl_label">
 +
                                        <h2 class="tl_label_header">Ligation</h2>
 +
                                        <p>We did this stuff...</p>
 +
                                    </div>
 +
                                </li>
 +
                                <a name="July3"></a>
 +
                                <li>
 +
                                    <p class="tl_time">2015-July-10</p>
 +
                                    <div class="tl_icon">
 +
                                        <img src="images/Plasmid.png" width="30px" height="30px">
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="tl_label">
 +
                                        <h2 class="tl_label_header">Ligation</h2>
 +
                                        <p>We did this stuff...</p>
 +
                                    </div>
 +
                                </li>
 +
                                <li>
 +
                                    <a name="July4"></a>
 +
                                    <p class="tl_time">2015-July-10</p>
 +
                                    <div class="tl_icon">
 +
                                        <img src="images/Plasmid.png" width="30px" height="30px">
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="tl_label">
 +
                                        <h2 class="tl_label_header">Ligation</h2>
 +
                                        <p>Pellentesque habitant morbi tristique senectus et netus et malesuada fames ac turpis egestas. Etiam maximus erat vitae orci rutrum finibus. Nullam quis nunc tincidunt, sodales risus id, dignissim neque. Pellentesque efficitur, sem non lobortis euismod, justo mi laoreet turpis, sed fringilla enim diam non massa. Suspendisse imperdiet vel enim a elementum. Nam pretium diam vel metus rhoncus ullamcorper. Suspendisse in consectetur tortor. Nulla diam justo, lobortis suscipit erat quis, rhoncus accumsan tellus. Cras rutrum, lorem ac sodales accumsan, ante diam ornare tellus, in tincidunt metus magna quis lacus. Ut auctor metus sed lectus auctor volutpat. Aliquam ac nulla maximus, congue sem a, feugiat mauris.
 +
 
 +
</p>
 +
                                    </div>
 +
                                </li>
 +
                                <li>
 +
                                    <a name="July5">                          </a>
 +
                                    <p class="tl_time">2015-July-10</p>
 +
                                    <div class="tl_icon">
 +
                                        <img src="images/Plasmid.png" width="30px" height="30px">
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="tl_label">
 +
                                        <h2 class="tl_label_header">Ligation</h2>
 +
                                        <p>Pellentesque habitant morbi tristique senectus et netus et malesuada fames ac turpis egestas. Etiam maximus erat vitae orci rutrum finibus. Nullam quis nunc tincidunt, sodales risus id, dignissim neque. Pellentesque efficitur, sem non lobortis euismod, justo mi laoreet turpis, sed fringilla enim diam non massa. Suspendisse imperdiet vel enim a elementum. Nam pretium diam vel metus rhoncus ullamcorper. Suspendisse in consectetur tortor. Nulla diam justo, lobortis suscipit erat quis, rhoncus accumsan tellus. Cras rutrum, lorem ac sodales accumsan, ante diam ornare tellus, in tincidunt metus magna quis lacus. Ut auctor metus sed lectus auctor volutpat. Aliquam ac nulla maximus, congue sem a, feugiat mauris.
 +
 
 +
</p>
 +
                                    </div>
 +
                                </li>
 +
                                <li>
 +
                                    <div class="tl_month">
 +
                                        <h2>August</h2>
 +
                                    </div>
 +
 
 +
                                </li>
 +
                                <li>
 +
                                    <p class="tl_time">2015-July-10</p>
 +
                                    <div class="tl_icon">
 +
                                        <img src="images/Plasmid.png" width="30px" height="30px">
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="tl_label">
 +
                                        <h2 class="tl_label_header">Ligation</h2>
 +
                                        <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Proin sed commodo dui, id ultricies massa. Aliquam erat volutpat. Proin maximus, nibh eu luctus tincidunt, libero dui euismod ex, a pellentesque sem nulla ac lorem. Pellentesque sagittis leo eget ornare efficitur. Nullam vulputate rutrum eros, quis mollis ipsum tempus eu. Integer porttitor quam vitae finibus blandit. Nulla vulputate dolor dui, et cursus dolor ullamcorper nec. Nunc dictum scelerisque purus, ut pulvinar sapien tristique eget. Donec feugiat risus vel nibh pellentesque auctor id id neque. Aenean facilisis dui vitae massa finibus, et condimentum dui consectetur. Pellentesque tempus imperdiet posuere. Sed ornare urna in dictum dictum. Vestibulum suscipit, tortor sit amet finibus bibendum, dui nunc semper enim, eget pulvinar sem justo nec risus. Integer justo ex, aliquet sit amet massa at, aliquam vestibulum dolor. Sed dictum nunc eu sem finibus eleifend.</p>
 +
                                    </div>
 +
                                </li>
 +
                                <li>
 +
                                    <p class="tl_time">2015-July-10</p>
 +
                                    <div class="tl_icon">
 +
                                        <img src="images/Plasmid.png" width="30px" height="30px">
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="tl_label">
 +
                                        <h2 class="tl_label_header">Ligation</h2>
 +
                                        <p>We did this stuff...</p>
 +
                                    </div>
 +
                                </li>
 +
                                <li>
 +
                                    <p class="tl_time">2015-July-10</p>
 +
                                    <div class="tl_icon">
 +
                                        <img src="images/Plasmid.png" width="30px" height="30px">
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="tl_label">
 +
                                        <h2 class="tl_label_header">Ligation</h2>
 +
                                        <p>We did this stuff...</p>
 +
                                    </div>
 +
                                </li>
 +
                                <li>
 +
                                    <p class="tl_time">2015-July-10</p>
 +
                                    <div class="tl_icon">
 +
                                        <img src="images/Plasmid.png" width="30px" height="30px">
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="tl_label">
 +
                                        <h2 class="tl_label_header">Ligation</h2>
 +
                                        <p>Pellentesque habitant morbi tristique senectus et netus et malesuada fames ac turpis egestas. Etiam maximus erat vitae orci rutrum finibus. Nullam quis nunc tincidunt, sodales risus id, dignissim neque. Pellentesque efficitur, sem non lobortis euismod, justo mi laoreet turpis, sed fringilla enim diam non massa. Suspendisse imperdiet vel enim a elementum. Nam pretium diam vel metus rhoncus ullamcorper. Suspendisse in consectetur tortor. Nulla diam justo, lobortis suscipit erat quis, rhoncus accumsan tellus. Cras rutrum, lorem ac sodales accumsan, ante diam ornare tellus, in tincidunt metus magna quis lacus. Ut auctor metus sed lectus auctor volutpat. Aliquam ac nulla maximus, congue sem a, feugiat mauris.
 +
 
 +
</p>
 +
                                    </div>
 +
                                </li>
 +
                                <li>
 +
                                    <p class="tl_time">2015-July-10</p>
 +
                                    <div class="tl_icon">
 +
                                        <img src="images/Plasmid.png" width="30px" height="30px">
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="tl_label">
 +
                                        <h2 class="tl_label_header">Ligation</h2>
 +
                                        <p>Pellentesque habitant morbi tristique senectus et netus et malesuada fames ac turpis egestas. Etiam maximus erat vitae orci rutrum finibus. Nullam quis nunc tincidunt, sodales risus id, dignissim neque. Pellentesque efficitur, sem non lobortis euismod, justo mi laoreet turpis, sed fringilla enim diam non massa. Suspendisse imperdiet vel enim a elementum. Nam pretium diam vel metus rhoncus ullamcorper. Suspendisse in consectetur tortor. Nulla diam justo, lobortis suscipit erat quis, rhoncus accumsan tellus. Cras rutrum, lorem ac sodales accumsan, ante diam ornare tellus, in tincidunt metus magna quis lacus. Ut auctor metus sed lectus auctor volutpat. Aliquam ac nulla maximus, congue sem a, feugiat mauris.
 +
 
 +
</p>
 +
                                    </div>
 +
                                </li>
 +
                            </ul>
 +
                           
 +
                        </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
 +
                       
 +
                   
 
                     </div>
 
                     </div>
 +
       
 +
   
 
          
 
          
 
     <script src="https://2015.igem.org/Team:Lethbridge_HS/Animations_JS?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
     <script src="https://2015.igem.org/Team:Lethbridge_HS/Animations_JS?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
     </body>
 
     </body>
 
</html>
 
</html>

Revision as of 01:53, 10 September 2015

Notebook

Record of our work

Please click on the different events on the lab to read more about them. Also, feel free to click on the months on the sidebar to reveal a list of lab dates.

April

  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date

May

  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date

June

  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date

July

August

  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date

September

  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date
  • Date

  • June

  • 2015-June-06

    Lab book june 6

    Names: Jon and Kieran

    We stained inoculated biofilms and performed the Crystal Violet assay. Left in 37 C for 36 hours. We did 4 trials 100uL, 4 trials 200uL, and 4 trials 300uL. Biofilm formation was successful, with varying band thickness. We also replicated this with two 5mL LB petri dish inoculated with 20uL E.coli. We added 5mL of crystal violet each to the petri dishes to cover the whole plate.

    We also performed an oxalic acid gradient with 0%, 0.05%, 0.1%, 0.2%, 0.3%, 0.4%, 0.5%, and 2.0% oxalic acid to give a final volume of 6mL. We added 20uL of E.coli to each 6mL tube. Left in 37 C.

    We did a 1/100 dilution of E.coli into LB media, and left it in 37 C for (hopefully) 24 hours. We did 4 trials 100uL, 4 trials 200uL, and 4 trials 300uL.

  • 2015-June-08

    Lab book june 8

    Names: Kieran

    Biofilm produced on 24h 96 well plate.

    Testing to see if biofilm will produce on 12h 96 well plate (1 in 100 culture dilution).

    And also doing 24h 96 well biofilm formation testing to see what detergents and chemical impacts have on the decrease in biofilm production.

    *Biofilms placed at 8:00pm

    Oxalic acid test run for 12 hours (0, 0.01, 0.05, 0.1, 0.15, 0.2, 0.4, 0.4, 0.5, 2.0%)

    *Oxalic acid placed at 7:30pm

    Tested the production of parafilm sacs for in vitro Varroa feeding. (using kimwipes and 2mL tubes as containment methods) .

  • 2015-June-10

    Lab book june 10

    Names: Kieran

    Performed oxalic acid testing of E.coli growth in LB media at (0, 0.01, 0.05, 0.1, 0.15, 0.2, 0.4, 0.4, 0.5, 2.0%) concentrations. Placed at 6:50pm.

    Produced more biofilms.

    Had mites and created pouches including Water, LB, Supernatent, E.coli, E.coli RFP. Placed at room temperature and in chris’s drawer.

    Took 48 and 24 hour biofilms and performed a bleach treatment on them (0.252%) for 30 minutes. .

  • 2015-June-16

    Lab book june 16

    Names: Kieran

    Took oxalic acid readings after 23 hours of incubation

    .

    Title for table
    Oxalic Acid Concentration (%) OD600
    0.0 1.745
    0.01 1.771
    0.05 1.882
    0.1 0.980
    0.15 0.125
    0.2 0.104
    0.3 0.118
    0.4 0.174
    0.5 0.1456
    2.0 0.017

    Readings are unrealiable as the cultures were left in the shaking incubator for over 23 hours. Still show the same general trend as past gradients.

  • 2015-June-17

    Lab book june 17

    Names: Kieran

    Make oxalic acid samples again.

    Make 24h biofilms.

    .

    Title for table
    Biofilm test (30 minutes contact) (24 hour biofilm) Result
    Windex Negative
    Bleach Negative
    Tilex Biofilm remained

  • 2015-July-10

    Ligation

    We did this stuff...

  • 2015-July-10

    Ligation

    We did this stuff...

  • 2015-July-10

    Ligation

    Pellentesque habitant morbi tristique senectus et netus et malesuada fames ac turpis egestas. Etiam maximus erat vitae orci rutrum finibus. Nullam quis nunc tincidunt, sodales risus id, dignissim neque. Pellentesque efficitur, sem non lobortis euismod, justo mi laoreet turpis, sed fringilla enim diam non massa. Suspendisse imperdiet vel enim a elementum. Nam pretium diam vel metus rhoncus ullamcorper. Suspendisse in consectetur tortor. Nulla diam justo, lobortis suscipit erat quis, rhoncus accumsan tellus. Cras rutrum, lorem ac sodales accumsan, ante diam ornare tellus, in tincidunt metus magna quis lacus. Ut auctor metus sed lectus auctor volutpat. Aliquam ac nulla maximus, congue sem a, feugiat mauris.

  • 2015-July-10

    Ligation

    Pellentesque habitant morbi tristique senectus et netus et malesuada fames ac turpis egestas. Etiam maximus erat vitae orci rutrum finibus. Nullam quis nunc tincidunt, sodales risus id, dignissim neque. Pellentesque efficitur, sem non lobortis euismod, justo mi laoreet turpis, sed fringilla enim diam non massa. Suspendisse imperdiet vel enim a elementum. Nam pretium diam vel metus rhoncus ullamcorper. Suspendisse in consectetur tortor. Nulla diam justo, lobortis suscipit erat quis, rhoncus accumsan tellus. Cras rutrum, lorem ac sodales accumsan, ante diam ornare tellus, in tincidunt metus magna quis lacus. Ut auctor metus sed lectus auctor volutpat. Aliquam ac nulla maximus, congue sem a, feugiat mauris.

  • August

  • 2015-July-10

    Ligation

    Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Proin sed commodo dui, id ultricies massa. Aliquam erat volutpat. Proin maximus, nibh eu luctus tincidunt, libero dui euismod ex, a pellentesque sem nulla ac lorem. Pellentesque sagittis leo eget ornare efficitur. Nullam vulputate rutrum eros, quis mollis ipsum tempus eu. Integer porttitor quam vitae finibus blandit. Nulla vulputate dolor dui, et cursus dolor ullamcorper nec. Nunc dictum scelerisque purus, ut pulvinar sapien tristique eget. Donec feugiat risus vel nibh pellentesque auctor id id neque. Aenean facilisis dui vitae massa finibus, et condimentum dui consectetur. Pellentesque tempus imperdiet posuere. Sed ornare urna in dictum dictum. Vestibulum suscipit, tortor sit amet finibus bibendum, dui nunc semper enim, eget pulvinar sem justo nec risus. Integer justo ex, aliquet sit amet massa at, aliquam vestibulum dolor. Sed dictum nunc eu sem finibus eleifend.

  • 2015-July-10

    Ligation

    We did this stuff...

  • 2015-July-10

    Ligation

    We did this stuff...

  • 2015-July-10

    Ligation

    Pellentesque habitant morbi tristique senectus et netus et malesuada fames ac turpis egestas. Etiam maximus erat vitae orci rutrum finibus. Nullam quis nunc tincidunt, sodales risus id, dignissim neque. Pellentesque efficitur, sem non lobortis euismod, justo mi laoreet turpis, sed fringilla enim diam non massa. Suspendisse imperdiet vel enim a elementum. Nam pretium diam vel metus rhoncus ullamcorper. Suspendisse in consectetur tortor. Nulla diam justo, lobortis suscipit erat quis, rhoncus accumsan tellus. Cras rutrum, lorem ac sodales accumsan, ante diam ornare tellus, in tincidunt metus magna quis lacus. Ut auctor metus sed lectus auctor volutpat. Aliquam ac nulla maximus, congue sem a, feugiat mauris.

  • 2015-July-10

    Ligation

    Pellentesque habitant morbi tristique senectus et netus et malesuada fames ac turpis egestas. Etiam maximus erat vitae orci rutrum finibus. Nullam quis nunc tincidunt, sodales risus id, dignissim neque. Pellentesque efficitur, sem non lobortis euismod, justo mi laoreet turpis, sed fringilla enim diam non massa. Suspendisse imperdiet vel enim a elementum. Nam pretium diam vel metus rhoncus ullamcorper. Suspendisse in consectetur tortor. Nulla diam justo, lobortis suscipit erat quis, rhoncus accumsan tellus. Cras rutrum, lorem ac sodales accumsan, ante diam ornare tellus, in tincidunt metus magna quis lacus. Ut auctor metus sed lectus auctor volutpat. Aliquam ac nulla maximus, congue sem a, feugiat mauris.