Difference between revisions of "Team:EPF Lausanne/Notebook/Protocols"

Line 20: Line 20:
 
   max-height:50%;
 
   max-height:50%;
 
}
 
}
#sidebar.affix-top {
+
body {
    position: static;
+
      position: relative;
    margin-top:30px;
+
    width:228px;
+
 
   }
 
   }
 
+
   ul.nav-pills {
   #sidebar.affix {
+
      top: 20px;
    position: fixed;
+
      position: relative;
    top:70px;
+
    width:228px;
+
 
   }
 
   }
 
</style>
 
</style>
Line 56: Line 52:
  
 
     <script src="https://2015.igem.org/Team:EPF_Lausanne/Test/js/mordernizr-2.6.2?action=raw&amp;ctype=text/js"></script>
 
     <script src="https://2015.igem.org/Team:EPF_Lausanne/Test/js/mordernizr-2.6.2?action=raw&amp;ctype=text/js"></script>
 +
 
</head>
 
</head>
<body  class="loading" data-spy="scroll" data-target="#myScrollspy" data-offset="20">
+
<body  class="loading">
 
     <!--[if lt IE 7]>
 
     <!--[if lt IE 7]>
 
     <p class="chromeframe">You are using an <strong>outdated</strong> browser. Please <a href="http://browsehappy.com/">upgrade your browser</a> or <a href="http://www.google.com/chromeframe/?redirect=true">activate Google Chrome Frame</a> to improve your experience.</p>
 
     <p class="chromeframe">You are using an <strong>outdated</strong> browser. Please <a href="http://browsehappy.com/">upgrade your browser</a> or <a href="http://www.google.com/chromeframe/?redirect=true">activate Google Chrome Frame</a> to improve your experience.</p>
Line 137: Line 134:
 
         </div>
 
         </div>
 
     </div>
 
     </div>
 +
    <body data-spy="scroll" data-target="#myScrollspy" data-offset="20">
  
 
     <div class="first-section">
 
     <div class="first-section">
 
         <div class="row">
 
         <div class="row">
             <div class="col-md-3" id="leftCol">
+
             <nav class="col-sm-3" id="myScrollspy">
                <nav id="affix-nav" class="sidebar hidden-sm hidden-xs">
+
              <ul class="nav nav-pills nav-stacked">
                    <ul class="nav sidenav box" >
+
                <li class="active"><a href="#section1">Section 1</a></li>
                        <li><a href="#Prot1">Protocol 1</a></li>
+
                <li><a href="#section2">Section 2</a></li>
                        <li><a href="#Prot2">Protocol 2</a></li>
+
                <li><a href="#section3">Section 3</a></li>
                        <li><a href="#Prot3">Protocol 3</a></li>
+
                <li class="dropdown">
                        <li><a href="#Prot4">Protocol 4</a></li>
+
                  <a class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" href="#">Section 4 <span class="caret"></span></a>
                        <li><a href="#Prot5">Protocol 5</a></li>
+
                  <ul class="dropdown-menu">
                        <li><a href="#Prot6">Protocol 6</a></li>
+
                    <li><a href="#section41">Section 4-1</a></li>
                        <li><a href="#Prot7">Protocol 7</a></li>
+
                    <li><a href="#section42">Section 4-2</a></li>                    
                        <li><a href="#Prot8">Protocol 8</a></li>
+
                  </ul>
                        <li><a href="#Prot9">Protocol 9</a></li>
+
                </li>
                        <li><a href="#Prot10">Protocol 10</a></li>
+
              </ul>
                    </ul>
+
            </nav>
                </nav>
+
             <div class="col-sm-9">
            </div>
+
              <div id="section1" class="well">  
             <div class="col-md-9">
+
                <h1>Agarose Gel Preparation</h1>
                <div id="Prot1" class="well">
+
    <h2>1,2% agarose gel – for small DNA fragments</h2>
                    <h3>Protocol #1</h3>
+
<p> • Mix 50 mL 1X TAE and 0.6 g Agarose</p>
                    <p>Materials</p>
+
<p> • Melt in microwave until agarose has melted (about 50 seconds)</p>
                    <ul>
+
<p> • Add 1.3 μL Gel Red</p>
                        <li>First item</li>
+
<p> • Pour solution into agarose gel mold with comb</p>
                        <li>Second one</li>
+
<p> • Let set for 20 minutes or until solid</p>
                    </ul>
+
<p> • Place gel in 1X TAE and remove comb</p>
                    <p>Procedure</p>
+
<p> • Load samples of 200 ng (or 2  μL) DNA mixed with 2  μL 6X loading dye and water up to 12  μL</p>
                    <ol>
+
<p> • Run gel at 100-120 Volts for 40-50 minutes (depending on size of fragments)</p>
                        <li>Take the first item</li>
+
<p> Take a picture of the gel at the UV detector</p>
                        <li>Put it in the second</li>
+
<h2>3% agarose gel – for large DNA fragments</h2>
                        <li>Voilà</li>
+
<p> • Mix 50 mL 1X TAE and 1.5 g Agarose</p>
                    </ol>
+
<p> • Melt in microwave until agarose has melted (about 50 seconds)</p>
                </div>
+
<p> • Add 1.5 μL Gel Red</p>
 
+
<p> • Pour solution into agarose gel mold with comb</p>
                <div id="Prot2" class="well">
+
<p> • Let set for 20 minutes or until solid</p>
                    <h3>Protocol #2</h3>
+
<p> • Place gel in 1X TAE and remove comb</p>
                    <p>Materials</p>
+
<p> • Load samples of 200 ng (or 2  μL) DNA mixed with 2  μL 6X loading dye and water up to 12  μL</p>
                    <ul>
+
<p> • Run gel at 80 Volts for 2 hours</p>
                        <li>First item</li>
+
<p> Take a picture of the gel at the UV detector</p>
                        <li>Second one</li>
+
              </div>
                    </ul>
+
              <div id="section2" class="well">  
                    <p>Procedure</p>
+
                <h1>Section 2</h1>
                    <ol>
+
                <p>Try to scroll this section and look at the navigation list while scrolling!</p>
                        <li>Take the first item</li>
+
              </div>      
                        <li>Put it in the second</li>
+
              <div id="section3" class="well">        
                        <li>Voilà</li>
+
                <h1>Section 3</h1>
                    </ol>
+
                <p>Try to scroll this section and look at the navigation list while scrolling!</p>
                </div>
+
              </div>
 
+
              <div id="section41" class="well">        
                <div id="Prot3" class="well">
+
                <h1>Section 4-1</h1>
                    <h3>Protocol #3</h3>
+
                <p>Try to scroll this section and look at the navigation list while scrolling!</p>
                    <p>Materials</p>
+
              </div>    
                    <ul>
+
              <div id="section42" class="well">        
                        <li>First item</li>
+
                <h1>Section 4-2</h1>
                        <li>Second one</li>
+
                <p>Try to scroll this section and look at the navigation list while scrolling!</p>
                    </ul>
+
              </div>
                    <p>Procedure</p>
+
                    <ol>
+
                        <li>Take the first item</li>
+
                        <li>Put it in the second</li>
+
                        <li>Voilà</li>
+
                    </ol>
+
                </div>
+
 
+
                <div id="Prot4" class="well">
+
                    <h3>Protocol #4</h3>
+
                    <p>Materials</p>
+
                    <ul>
+
                        <li>First item</li>
+
                        <li>Second one</li>
+
                    </ul>
+
                    <p>Procedure</p>
+
                    <ol>
+
                        <li>Take the first item</li>
+
                        <li>Put it in the second</li>
+
                        <li>Voilà</li>
+
                    </ol>
+
                </div>
+
 
+
                <div id="Prot5" class="well">
+
                    <h3>Protocol #5</h3>
+
                    <p>Materials</p>
+
                    <ul>
+
                        <li>First item</li>
+
                        <li>Second one</li>
+
                    </ul>
+
                    <p>Procedure</p>
+
                    <ol>
+
                        <li>Take the first item</li>
+
                        <li>Put it in the second</li>
+
                        <li>Voilà</li>
+
                    </ol>
+
                </div>
+
 
+
                <div id="Prot6" class="well">
+
                    <h3>Protocol #6</h3>
+
                    <p>Materials</p>
+
                    <ul>
+
                        <li>First item</li>
+
                        <li>Second one</li>
+
                    </ul>
+
                    <p>Procedure</p>
+
                    <ol>
+
                        <li>Take the first item</li>
+
                        <li>Put it in the second</li>
+
                        <li>Voilà</li>
+
                    </ol>
+
                </div>
+
 
+
                <div id="Prot7" class="well">
+
                    <h3>Protocol #7</h3>
+
                    <p>Materials</p>
+
                    <ul>
+
                        <li>First item</li>
+
                        <li>Second one</li>
+
                    </ul>
+
                    <p>Procedure</p>
+
                    <ol>
+
                        <li>Take the first item</li>
+
                        <li>Put it in the second</li>
+
                        <li>Voilà</li>
+
                    </ol>
+
                </div>
+
 
+
                <div id="Prot8" class="well">
+
                    <h3>Protocol #8</h3>
+
                    <p>Materials</p>
+
                    <ul>
+
                        <li>First item</li>
+
                        <li>Second one</li>
+
                    </ul>
+
                    <p>Procedure</p>
+
                    <ol>
+
                        <li>Take the first item</li>
+
                        <li>Put it in the second</li>
+
                        <li>Voilà</li>
+
                    </ol>
+
                </div>
+
 
+
                <div id="Prot9" class="well">
+
                    <h3>Protocol #9</h3>
+
                    <p>Materials</p>
+
                    <ul>
+
                        <li>First item</li>
+
                        <li>Second one</li>
+
                    </ul>
+
                    <p>Procedure</p>
+
                    <ol>
+
                        <li>Take the first item</li>
+
                        <li>Put it in the second</li>
+
                        <li>Voilà</li>
+
                    </ol>
+
                </div>
+
 
+
                <div id="Prot10" class="well">
+
                    <h3>Protocol #10</h3>
+
                    <p>Materials</p>
+
                    <ul>
+
                        <li>First item</li>
+
                        <li>Second one</li>
+
                    </ul>
+
                    <p>Procedure</p>
+
                    <ol>
+
                        <li>Take the first item</li>
+
                        <li>Put it in the second</li>
+
                        <li>Voilà</li>
+
                    </ol>
+
                </div>
+
 
             </div>
 
             </div>
 
         </div>
 
         </div>
 
+
    </div>
 
+
  
 
     <div class="fourth-section">
 
     <div class="fourth-section">

Revision as of 12:24, 21 July 2015

Protocols

Agarose Gel Preparation

1,2% agarose gel – for small DNA fragments

• Mix 50 mL 1X TAE and 0.6 g Agarose

• Melt in microwave until agarose has melted (about 50 seconds)

• Add 1.3 μL Gel Red

• Pour solution into agarose gel mold with comb

• Let set for 20 minutes or until solid

• Place gel in 1X TAE and remove comb

• Load samples of 200 ng (or 2 μL) DNA mixed with 2 μL 6X loading dye and water up to 12 μL

• Run gel at 100-120 Volts for 40-50 minutes (depending on size of fragments)

• Take a picture of the gel at the UV detector

3% agarose gel – for large DNA fragments

• Mix 50 mL 1X TAE and 1.5 g Agarose

• Melt in microwave until agarose has melted (about 50 seconds)

• Add 1.5 μL Gel Red

• Pour solution into agarose gel mold with comb

• Let set for 20 minutes or until solid

• Place gel in 1X TAE and remove comb

• Load samples of 200 ng (or 2 μL) DNA mixed with 2 μL 6X loading dye and water up to 12 μL

• Run gel at 80 Volts for 2 hours

• Take a picture of the gel at the UV detector

Section 2

Try to scroll this section and look at the navigation list while scrolling!

Section 3

Try to scroll this section and look at the navigation list while scrolling!

Section 4-1

Try to scroll this section and look at the navigation list while scrolling!

Section 4-2

Try to scroll this section and look at the navigation list while scrolling!

Still under construction