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Let's consider <math><mi>a</mi><mo></mo><mn>0</mn></math>.
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 +
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 +
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 +
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 +
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 +
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 +
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 +
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 +
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 +
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    <msub><mi>V</mi><mi>c2</mi></msub>
 +
    <mo>&CenterDot;</mo>
 +
    <mfenced>
 +
<mfrac>
 +
<mrow>
 +
<mrow>
 +
<msub><mi>por</mi><mi>(K6)</mi></msub>
 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
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 +
</mrow>
 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
<mfenced>
 +
<mrow>
 +
<mfrac>
 +
<mrow>
 +
<mrow>
 +
<msub><mi>Vf</mi><mi>(K6)</mi></msub>
 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
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 +
</mrow>
 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
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 +
</mrow>
 +
<msub><mi>Kms</mi><mi>(K6)</mi></msub>
 +
</mfrac>
 +
<mo>-</mo>
 +
<mfrac>
 +
<mrow>
 +
<mrow>
 +
<msub><mi>Vr</mi><mi>(K6)</mi></msub>
 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
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 +
</mrow>
 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
<mi>[Acetate]</mi>
 +
</mrow>
 +
<msub><mi>Kmp</mi><mi>(K6)</mi></msub>
 +
</mfrac>
 +
</mrow>
 +
</mfenced>
 +
</mrow>
 +
<mrow>
 +
<mrow>
 +
<mn>1</mn>
 +
<mo>+</mo>
 +
<mfrac>
 +
<mrow>
 +
<mi>[Lactate{c2}]</mi>
 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
<mi>["acetyl-CoA"]</mi>
 +
</mrow>
 +
<msub><mi>Kms</mi><mi>(K6)</mi></msub>
 +
</mfrac>
 +
</mrow>
 +
<mo>+</mo>
 +
<mfrac>
 +
<mrow>
 +
<mi>["Lactyl-CoA"]</mi>
 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
<mi>[Acetate]</mi>
 +
</mrow>
 +
<msub><mi>Kmp</mi><mi>(K6)</mi></msub>
 +
</mfrac>
 +
</mrow>
 +
</mfrac>
 +
    </mfenced>
 +
  </mrow>
 +
  </mtd>
 +
</mtr>
 +
<mtr>
 +
  <mtd>
 +
  <mfrac>
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    <mrow>
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    <mo>d</mo>
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 +
      <mrow>
 +
      <mi>[dphaC]</mi>
 +
      <mo>&CenterDot;</mo>
 +
      <msub><mi>V</mi><mi>c2</mi></msub>
 +
      </mrow>
 +
    </mfenced>
 +
    </mrow>
 +
    <mrow>
 +
    <mo>d</mo><mi>t</mi>
 +
    </mrow>
 +
  </mfrac>
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  </mtd>
 +
  <mtd>
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  <mo>=</mo>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd columnalign='left'>
 +
  <mrow>
 +
    <mo>+</mo>
 +
    <msub><mi>V</mi><mi>c2</mi></msub>
 +
    <mo>&CenterDot;</mo>
 +
    <mfenced>
 +
<mfrac>
 +
<mrow>
 +
<msub><mi>V</mi><mi>(d10)</mi></msub>
 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
<mi>[phaC]</mi>
 +
</mrow>
 +
<mrow>
 +
<msub><mi>Km</mi><mi>(d10)</mi></msub>
 +
<mo>+</mo>
 +
<mi>[phaC]</mi>
 +
</mrow>
 +
</mfrac>
 +
    </mfenced>
 +
  </mrow>
 +
  </mtd>
 +
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 +
<mtr>
 +
  <mtd>
 +
  <mfrac>
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    <mrow>
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    <mo>d</mo>
 +
    <mfenced>
 +
      <mrow>
 +
      <mi>[phaC]</mi>
 +
      <mo>&CenterDot;</mo>
 +
      <msub><mi>V</mi><mi>c2</mi></msub>
 +
      </mrow>
 +
    </mfenced>
 +
    </mrow>
 +
    <mrow>
 +
    <mo>d</mo><mi>t</mi>
 +
    </mrow>
 +
  </mfrac>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd>
 +
  <mo>=</mo>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd columnalign='left'>
 +
  <mrow>
 +
    <mo>+</mo>
 +
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 +
    <mo>&CenterDot;</mo>
 +
    <mfenced>
 +
<mrow>
 +
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 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
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 +
</mrow>
 +
    </mfenced>
 +
  </mrow>
 +
  </mtd>
 +
</mtr>
 +
<mtr>
 +
  <mtd>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd columnalign='left'>
 +
  <mrow>
 +
    <mo>-</mo>
 +
    <msub><mi>V</mi><mi>c2</mi></msub>
 +
    <mo>&CenterDot;</mo>
 +
    <mfenced>
 +
<mfrac>
 +
<mrow>
 +
<msub><mi>V</mi><mi>(d10)</mi></msub>
 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
<mi>[phaC]</mi>
 +
</mrow>
 +
<mrow>
 +
<msub><mi>Km</mi><mi>(d10)</mi></msub>
 +
<mo>+</mo>
 +
<mi>[phaC]</mi>
 +
</mrow>
 +
</mfrac>
 +
    </mfenced>
 +
  </mrow>
 +
  </mtd>
 +
</mtr>
 +
<mtr>
 +
  <mtd>
 +
  <mfrac>
 +
    <mrow>
 +
    <mo>d</mo>
 +
    <mfenced>
 +
      <mrow>
 +
      <mi>["Phasin-Hly"]</mi>
 +
      <mo>&CenterDot;</mo>
 +
      <msub><mi>V</mi><mi>c2</mi></msub>
 +
      </mrow>
 +
    </mfenced>
 +
    </mrow>
 +
    <mrow>
 +
    <mo>d</mo><mi>t</mi>
 +
    </mrow>
 +
  </mfrac>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd>
 +
  <mo>=</mo>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd columnalign='left'>
 +
  <mrow>
 +
    <mo>+</mo>
 +
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 +
    <mo>&CenterDot;</mo>
 +
    <mfenced>
 +
<mrow>
 +
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 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
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 +
</mrow>
 +
    </mfenced>
 +
  </mrow>
 +
  </mtd>
 +
</mtr>
 +
<mtr>
 +
  <mtd>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd columnalign='left'>
 +
  <mrow>
 +
    <mo>-</mo>
 +
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 +
    <mo>&CenterDot;</mo>
 +
    <mfenced>
 +
<mfrac>
 +
<mrow>
 +
<msub><mi>V</mi><mi>(d11)</mi></msub>
 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
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 +
</mrow>
 +
<mrow>
 +
<msub><mi>Km</mi><mi>(d11)</mi></msub>
 +
<mo>+</mo>
 +
<mi>["Phasin-Hly"]</mi>
 +
</mrow>
 +
</mfrac>
 +
    </mfenced>
 +
  </mrow>
 +
  </mtd>
 +
</mtr>
 +
<mtr>
 +
  <mtd>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd columnalign='left'>
 +
  <mrow>
 +
    <mo>-</mo>
 +
    <msub><mi>V</mi><mi>c2</mi></msub>
 +
    <mo>&CenterDot;</mo>
 +
    <mfenced>
 +
<mfenced>
 +
<mrow>
 +
<msub><mi>k1</mi><mi>(K12)</mi></msub>
 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
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 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
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 +
<mo>-</mo>
 +
<msub><mi>k2</mi><mi>(K12)</mi></msub>
 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
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 +
</mrow>
 +
</mfenced>
 +
    </mfenced>
 +
  </mrow>
 +
  </mtd>
 +
</mtr>
 +
<mtr>
 +
  <mtd>
 +
  <mfrac>
 +
    <mrow>
 +
    <mo>d</mo>
 +
    <mfenced>
 +
      <mrow>
 +
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 +
      <mo>&CenterDot;</mo>
 +
      <msub><mi>V</mi><mi>c2</mi></msub>
 +
      </mrow>
 +
    </mfenced>
 +
    </mrow>
 +
    <mrow>
 +
    <mo>d</mo><mi>t</mi>
 +
    </mrow>
 +
  </mfrac>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd>
 +
  <mo>=</mo>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd columnalign='left'>
 +
  <mrow>
 +
    <mo>+</mo>
 +
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 +
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 +
    <mfenced>
 +
<mfrac>
 +
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 +
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 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
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 +
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 +
<mrow>
 +
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 +
<mo>+</mo>
 +
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 +
</mrow>
 +
</mfrac>
 +
    </mfenced>
 +
  </mrow>
 +
  </mtd>
 +
</mtr>
 +
<mtr>
 +
  <mtd>
 +
  <mfrac>
 +
    <mrow>
 +
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 +
    <mfenced>
 +
      <mrow>
 +
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 +
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 +
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 +
      </mrow>
 +
    </mfenced>
 +
    </mrow>
 +
    <mrow>
 +
    <mo>d</mo><mi>t</mi>
 +
    </mrow>
 +
  </mfrac>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd>
 +
  <mo>=</mo>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd columnalign='left'>
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  <mrow>
 +
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 +
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 +
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 +
    <mfenced>
 +
<mfrac>
 +
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 +
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 +
<mrow>
 +
<msub><mi>Km</mi><mi>(d11,2)</mi></msub>
 +
<mo>+</mo>
 +
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 +
</mrow>
 +
</mfrac>
 +
    </mfenced>
 +
  </mrow>
 +
  </mtd>
 +
</mtr>
 +
<mtr>
 +
  <mtd>
 +
  <mfrac>
 +
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 +
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 +
    <mfenced>
 +
      <mrow>
 +
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 +
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 +
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 +
      </mrow>
 +
    </mfenced>
 +
    </mrow>
 +
    <mrow>
 +
    <mo>d</mo><mi>t</mi>
 +
    </mrow>
 +
  </mfrac>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd>
 +
  <mo>=</mo>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd columnalign='left'>
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  <mrow>
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 +
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 +
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 +
<mrow>
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 +
    </mfenced>
 +
  </mrow>
 +
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 +
</mtr>
 +
<mtr>
 +
  <mtd>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd>
 +
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 +
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 +
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 +
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 +
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 +
    </mfenced>
 +
  </mrow>
 +
  </mtd>
 +
</mtr>
 +
<mtr>
 +
  <mtd>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd columnalign='left'>
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 +
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 +
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 +
<mrow>
 +
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 +
<mo>+</mo>
 +
<mi>["mPhasin-Hly"]</mi>
 +
</mrow>
 +
</mfrac>
 +
    </mfenced>
 +
  </mrow>
 +
  </mtd>
 +
</mtr>
 +
<mtr>
 +
  <mtd>
 +
  <mfrac>
 +
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 +
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 +
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 +
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 +
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 +
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 +
      </mrow>
 +
    </mfenced>
 +
    </mrow>
 +
    <mrow>
 +
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 +
    </mrow>
 +
  </mfrac>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd>
 +
  <mo>=</mo>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd columnalign='left'>
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 +
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 +
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 +
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 +
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 +
<msup>
 +
<mfenced>
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 +
<mrow>
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 +
<mo>+</mo>
 +
<mfrac>
 +
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 +
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 +
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<msup>
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 +
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 +
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 +
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 +
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 +
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 +
<msup>
 +
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 +
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 +
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 +
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 +
</msup>
 +
</mrow>
 +
</mfenced>
 +
<mrow>
 +
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 +
</mrow>
 +
</msup>
 +
</mrow>
 +
</mfenced>
 +
</mrow>
 +
    </mfenced>
 +
  </mrow>
 +
  </mtd>
 +
</mtr>
 +
<mtr>
 +
  <mtd>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd>
 +
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 +
  <mtd columnalign='left'>
 +
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 +
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 +
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 +
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 +
    <mfenced>
 +
<mrow>
 +
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 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
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 +
</mrow>
 +
    </mfenced>
 +
  </mrow>
 +
  </mtd>
 +
</mtr>
 +
<mtr>
 +
  <mtd>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd columnalign='left'>
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 +
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 +
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 +
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 +
    <mfenced>
 +
<mfrac>
 +
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 +
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 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
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 +
</mrow>
 +
<mrow>
 +
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 +
<mo>+</mo>
 +
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 +
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 +
</mfrac>
 +
    </mfenced>
 +
  </mrow>
 +
  </mtd>
 +
</mtr>
 +
<mtr>
 +
  <mtd>
 +
  <mfrac>
 +
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 +
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 +
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 +
      </mrow>
 +
    </mfenced>
 +
    </mrow>
 +
    <mrow>
 +
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 +
    </mrow>
 +
  </mfrac>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd>
 +
  <mo>=</mo>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd columnalign='left'>
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 +
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 +
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 +
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 +
    <mfenced>
 +
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 +
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 +
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 +
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 +
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 +
<mrow>
 +
<msub><mi>Km</mi><mi>(d8)</mi></msub>
 +
<mo>+</mo>
 +
<mi>[LuxR]</mi>
 +
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 +
</mfrac>
 +
    </mfenced>
 +
  </mrow>
 +
  </mtd>
 +
</mtr>
 +
<mtr>
 +
  <mtd>
 +
  <mfrac>
 +
    <mrow>
 +
    <mo>d</mo>
 +
    <mfenced>
 +
      <mrow>
 +
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 +
      <mo>&CenterDot;</mo>
 +
      <msub><mi>V</mi><mi>c2</mi></msub>
 +
      </mrow>
 +
    </mfenced>
 +
    </mrow>
 +
    <mrow>
 +
    <mo>d</mo><mi>t</mi>
 +
    </mrow>
 +
  </mfrac>
 +
  </mtd>
 +
  <mtd>
 +
  <mo>=</mo>
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<mrow>
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<mo>+</mo>
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<mo>+</mo>
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<mrow>
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<mrow>
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<mrow>
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 +
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 +
</mrow>
 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
<mi>[HSL/LuxR]</mi>
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 +
<mo>&CenterDot;</mo>
 +
<mi>["Phasin-Hlyg"]</mi>
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</mrow>
 +
</mrow>
 +
</mfrac>
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    </mfenced>
 +
  </mrow>
 +
  </mtd>
 +
</mtr>
 +
<mtr>
 +
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 +
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 +
    </mfenced>
 +
    </mrow>
 +
    <mrow>
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 +
    </mrow>
 +
  </mfrac>
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  <mtd>
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<mo>&CenterDot;</mo>
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Revision as of 12:55, 17 September 2015

TODO supply a title

d Vc1 dt = Vc1 + 0.8 &CenterDot; 5 7 &CenterDot; 3600 &CenterDot; [Lactate{default}] [Lactate{default}] + 9.8e-3 &CenterDot; 1 - "[Lactic acid]" 0.448 d Vc2 dt = Vc2 + 0.8 &CenterDot; 5 7 &CenterDot; 3600 &CenterDot; [Lactate{default}] [Lactate{default}] + 9.8e-3 &CenterDot; 1 - "[Lactic acid]" 0.448 d [TetR] &CenterDot; Vc1 dt = + Vc1 &CenterDot; k1(K1) &CenterDot; [mTetR] - Vc1 &CenterDot; k1(K2,1) &CenterDot; [TetR] &CenterDot; ["Gen 1"] - k2(K2,1) &CenterDot; ["complex 2"] - V(d1) &CenterDot; [TetR] Km(d1) + [TetR] d ["Gen 1"] &CenterDot; Vc1 dt = - Vc1 &CenterDot; k1(K2,1) &CenterDot; [TetR] &CenterDot; ["Gen 1"] - k2(K2,1) &CenterDot; ["complex 2"] - Vc1 &CenterDot; k1(K2,2) &CenterDot; ["Gen 1"] - Vc1 &CenterDot; k1(K2,3) &CenterDot; ["Gen 1"] d ["complex 1"] &CenterDot; Vc1 dt = + Vc1 &CenterDot; Vo(K1,1) + V1(K1,1) &CenterDot; 1 - tanh [TetRg] &CenterDot; - ln ["H+{c1}"] - 5.5 &CenterDot; GR(K1,1) - ["complex 1"] &CenterDot; dm(K1,1) + umax(K1,1) &CenterDot; [Lactate{default}] [Lactate{default}] + Ks(K1,1) &CenterDot; 1 - ["Lactic acid"] Kla(K1,1) - Vc1 &CenterDot; k1(K1,2) &CenterDot; ["complex 1"] d ["complex 2"] &CenterDot; Vc1 dt = + Vc1 &CenterDot; k1(K2,1) &CenterDot; [TetR] &CenterDot; ["Gen 1"] - k2(K2,1) &CenterDot; ["complex 2"] d ["D-LDH"] &CenterDot; Vc1 dt = - Vc1 &CenterDot; V(d2) &CenterDot; ["D-LDH"] Km(d2) + ["D-LDH"] + Vc1 &CenterDot; k1(K2) &CenterDot; ["mD-LDH"] d ["NAD+"] &CenterDot; Vc1 dt = + Vc1 &CenterDot; V(K4) &CenterDot; ["D-LDH"] &CenterDot; 1 Kmb(K4) &CenterDot; Kmd(K4) &CenterDot; [Pyruvate] &CenterDot; [NADH] - [Lactate{c1}] &CenterDot; ["NAD+"] Keq(K4) 1 + [Pyruvate] Kmb(K4) + [Lactate{c1}] Kmd(K4) &CenterDot; 1 + [NADH] Kma(K4) + ["NAD+"] Kmc(K4) d [Pyruvate] &CenterDot; Vc1 dt = Vc1 &CenterDot; 6e-6 &CenterDot; 0.00550965 - [Pyruvate] d [NADH] &CenterDot; Vc1 dt = Vc1 &CenterDot; 6e-6 &CenterDot; 0.00550965 - [Pyruvate] d [LuxI] &CenterDot; Vc1 dt = + Vc1 &CenterDot; k1(K3) &CenterDot; [mLuxI] - Vc1 &CenterDot; V(d3) &CenterDot; [LuxI] Km(d3) + [LuxI] d ["S-adenosyl-L-methionine"] &CenterDot; Vc1 dt = + Vc1 &CenterDot; k1(G2) &CenterDot; ["5'-methylthioadenosine"] - Vc1 &CenterDot; Vf(K13) &CenterDot; [LuxI] &CenterDot; ["S-adenosyl-L-methionine"] &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] - [HSL{c1}] &CenterDot; ["5'-methylthioadenosine"] &CenterDot; ["[acyl-carrier protein]"] Keq(K13) ["S-adenosyl-L-methionine"] &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] &CenterDot; 1 + [HSL{c1}] Ki3(K13) + Km1(K13) &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] + Km2(K13) &CenterDot; ["S-adenosyl-L-methionine"] + Vf(K13) Vr(K13) &CenterDot; Keq(K13) &CenterDot; Km4(K13) &CenterDot; [HSL{c1}] &CenterDot; 1 + ["S-adenosyl-L-methionine"] Ki1(K13) + ["5'-methylthioadenosine"] &CenterDot; Km3(K13) &CenterDot; 1 + Km1(K13) &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki1(K13) &CenterDot; Km2(K13) + [HSL{c1}] &CenterDot; 1 + ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki2(K13) d ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] &CenterDot; Vc1 dt = + Vc1 &CenterDot; k1(G3) &CenterDot; ["[acyl-carrier protein]"] - Vc1 &CenterDot; Vf(K13) &CenterDot; [LuxI] &CenterDot; ["S-adenosyl-L-methionine"] &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] - [HSL{c1}] &CenterDot; ["5'-methylthioadenosine"] &CenterDot; ["[acyl-carrier protein]"] Keq(K13) ["S-adenosyl-L-methionine"] &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] &CenterDot; 1 + [HSL{c1}] Ki3(K13) + Km1(K13) &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] + Km2(K13) &CenterDot; ["S-adenosyl-L-methionine"] + Vf(K13) Vr(K13) &CenterDot; Keq(K13) &CenterDot; Km4(K13) &CenterDot; [HSL{c1}] &CenterDot; 1 + ["S-adenosyl-L-methionine"] Ki1(K13) + ["5'-methylthioadenosine"] &CenterDot; Km3(K13) &CenterDot; 1 + Km1(K13) &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki1(K13) &CenterDot; Km2(K13) + [HSL{c1}] &CenterDot; 1 + ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki2(K13) d ["5'-methylthioadenosine"] &CenterDot; Vc1 dt = - Vc1 &CenterDot; k1(G2) &CenterDot; ["5'-methylthioadenosine"] + Vc1 &CenterDot; Vf(K13) &CenterDot; [LuxI] &CenterDot; ["S-adenosyl-L-methionine"] &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] - [HSL{c1}] &CenterDot; ["5'-methylthioadenosine"] &CenterDot; ["[acyl-carrier protein]"] Keq(K13) ["S-adenosyl-L-methionine"] &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] &CenterDot; 1 + [HSL{c1}] Ki3(K13) + Km1(K13) &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] + Km2(K13) &CenterDot; ["S-adenosyl-L-methionine"] + Vf(K13) Vr(K13) &CenterDot; Keq(K13) &CenterDot; Km4(K13) &CenterDot; [HSL{c1}] &CenterDot; 1 + ["S-adenosyl-L-methionine"] Ki1(K13) + ["5'-methylthioadenosine"] &CenterDot; Km3(K13) &CenterDot; 1 + Km1(K13) &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki1(K13) &CenterDot; Km2(K13) + [HSL{c1}] &CenterDot; 1 + ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki2(K13) d ["[acyl-carrier protein]"] &CenterDot; Vc1 dt = - Vc1 &CenterDot; k1(G3) &CenterDot; ["[acyl-carrier protein]"] + Vc1 &CenterDot; Vf(K13) &CenterDot; [LuxI] &CenterDot; ["S-adenosyl-L-methionine"] &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] - [HSL{c1}] &CenterDot; ["5'-methylthioadenosine"] &CenterDot; ["[acyl-carrier protein]"] Keq(K13) ["S-adenosyl-L-methionine"] &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] &CenterDot; 1 + [HSL{c1}] Ki3(K13) + Km1(K13) &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] + Km2(K13) &CenterDot; ["S-adenosyl-L-methionine"] + Vf(K13) Vr(K13) &CenterDot; Keq(K13) &CenterDot; Km4(K13) &CenterDot; [HSL{c1}] &CenterDot; 1 + ["S-adenosyl-L-methionine"] Ki1(K13) + ["5'-methylthioadenosine"] &CenterDot; Km3(K13) &CenterDot; 1 + Km1(K13) &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki1(K13) &CenterDot; Km2(K13) + [HSL{c1}] &CenterDot; 1 + ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki2(K13) d [Lactate{c1}] &CenterDot; Vc1 dt = + Vc1 &CenterDot; V(K4) &CenterDot; ["D-LDH"] &CenterDot; 1 Kmb(K4) &CenterDot; Kmd(K4) &CenterDot; [Pyruvate] &CenterDot; [NADH] - [Lactate{c1}] &CenterDot; ["NAD+"] Keq(K4) 1 + [Pyruvate] Kmb(K4) + [Lactate{c1}] Kmd(K4) &CenterDot; 1 + [NADH] Kma(K4) + ["NAD+"] Kmc(K4) - Vf(S1) &CenterDot; [Lactate{c1}] Kms(S1) - Vr(S1) &CenterDot; [Lactate{default}] Kmp(S1) 1 + [Lactate{c1}] Kms(S1) + [Lactate{default}] Kmp(S1) d [HSL{c1}] &CenterDot; Vc1 dt = + Vc1 &CenterDot; Vf(K13) &CenterDot; [LuxI] &CenterDot; ["S-adenosyl-L-methionine"] &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] - [HSL{c1}] &CenterDot; ["5'-methylthioadenosine"] &CenterDot; ["[acyl-carrier protein]"] Keq(K13) ["S-adenosyl-L-methionine"] &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] &CenterDot; 1 + [HSL{c1}] Ki3(K13) + Km1(K13) &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] + Km2(K13) &CenterDot; ["S-adenosyl-L-methionine"] + Vf(K13) Vr(K13) &CenterDot; Keq(K13) &CenterDot; Km4(K13) &CenterDot; [HSL{c1}] &CenterDot; 1 + ["S-adenosyl-L-methionine"] Ki1(K13) + ["5'-methylthioadenosine"] &CenterDot; Km3(K13) &CenterDot; 1 + Km1(K13) &CenterDot; ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki1(K13) &CenterDot; Km2(K13) + [HSL{c1}] &CenterDot; 1 + ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki2(K13) - D(S2) &CenterDot; [HSL{c1}] - [HSL{default}] + k1(S2) &CenterDot; fl(S2) - k2(S2) &CenterDot; [HSL{c1}] d ["H+{c1}"] &CenterDot; Vc1 dt = + Vf(E4) &CenterDot; ["H+{default}"] Kms(E4) - Vr(E4) &CenterDot; ["H+{c1}"] Kmp(E4) 1 + ["H+{default}"] Kms(E4) + ["H+{c1}"] Kmp(E4) - Vc1 &CenterDot; Vo(K1,1) + V1(K1,1) &CenterDot; 1 - tanh [TetRg] &CenterDot; - ln ["H+{c1}"] - 5.5 &CenterDot; GR(K1,1) - ["complex 1"] &CenterDot; dm(K1,1) + umax(K1,1) &CenterDot; [Lactate{default}] [Lactate{default}] + Ks(K1,1) &CenterDot; 1 - ["Lactic acid"] Kla(K1,1) d [TetRg] &CenterDot; Vc1 dt = - Vc1 &CenterDot; Vo(K1,1) + V1(K1,1) &CenterDot; 1 - tanh [TetRg] &CenterDot; - ln ["H+{c1}"] - 5.5 &CenterDot; GR(K1,1) - ["complex 1"] &CenterDot; dm(K1,1) + umax(K1,1) &CenterDot; [Lactate{default}] [Lactate{default}] + Ks(K1,1) &CenterDot; 1 - ["Lactic acid"] Kla(K1,1) d [mTetR] &CenterDot; Vc1 dt = - Vc1 &CenterDot; k1(K1) &CenterDot; [mTetR] + Vc1 &CenterDot; k1(K1,2) &CenterDot; ["complex 1"] - Vc1 &CenterDot; V(d1,2) &CenterDot; [mTetR] Km(d1,2) + [mTetR] d [dmLuxI] &CenterDot; Vc1 dt = + Vc1 &CenterDot; V(d2,3) &CenterDot; [mLuxI] Km(d2,3) + [mLuxI] d [dLuxI] &CenterDot; Vc1 dt = + Vc1 &CenterDot; V(d3) &CenterDot; [LuxI] Km(d3) + [LuxI] d [dmTetR] &CenterDot; Vc1 dt = + Vc1 &CenterDot; V(d1,2) &CenterDot; [mTetR] Km(d1,2) + [mTetR] d ["dmD-LDH"] &CenterDot; Vc1 dt = + Vc1 &CenterDot; V(d2,2) &CenterDot; ["mD-LDH"] Km(d2,2) + ["mD-LDH"] d [mLuxI] &CenterDot; Vc1 dt = - Vc1 &CenterDot; k1(K3) &CenterDot; [mLuxI] - Vc1 &CenterDot; V(d2,3) &CenterDot; [mLuxI] Km(d2,3) + [mLuxI] + Vc1 &CenterDot; k1(K2,3) &CenterDot; ["Gen 1"] d ["dD-LDH"] &CenterDot; Vc1 dt = + Vc1 &CenterDot; V(d2) &CenterDot; ["D-LDH"] Km(d2) + ["D-LDH"] d ["mD-LDH"] &CenterDot; Vc1 dt = - Vc1 &CenterDot; k1(K2) &CenterDot; ["mD-LDH"] + Vc1 &CenterDot; k1(K2,2) &CenterDot; ["Gen 1"] - Vc1 &CenterDot; V(d2,2) &CenterDot; ["mD-LDH"] Km(d2,2) + ["mD-LDH"] d ["H+{default}"] &CenterDot; Vdefault dt = - Vf(E4) &CenterDot; ["H+{default}"] Kms(E4) - Vr(E4) &CenterDot; ["H+{c1}"] Kmp(E4) 1 + ["H+{default}"] Kms(E4) + ["H+{c1}"] Kmp(E4) - Vdefault &CenterDot; k1(Ka) &CenterDot; ["H+{default}"] &CenterDot; [Lactate{default}] - k2(Ka) &CenterDot; ["Lactic acid"] d [Lactate{default}] &CenterDot; Vdefault dt = - Vdefault &CenterDot; k1(Ka) &CenterDot; ["H+{default}"] &CenterDot; [Lactate{default}] - k2(Ka) &CenterDot; ["Lactic acid"] + Vf(S1) &CenterDot; [Lactate{c1}] Kms(S1) - Vr(S1) &CenterDot; [Lactate{default}] Kmp(S1) 1 + [Lactate{c1}] Kms(S1) + [Lactate{default}] Kmp(S1) - Vf(E1) &CenterDot; [Lactate{default}] Kms(E1) - Vr(E1) &CenterDot; [Lactate{c2}] Kmp(E1) 1 + [Lactate{default}] Kms(E1) + [Lactate{c2}] Kmp(E1) d ["Lactic acid"] &CenterDot; Vdefault dt = + Vdefault &CenterDot; k1(Ka) &CenterDot; ["H+{default}"] &CenterDot; [Lactate{default}] - k2(Ka) &CenterDot; ["Lactic acid"] d [HSL{default}] &CenterDot; Vdefault dt = - D(E2) &CenterDot; [HSL{default}] - [HSL{c2}] + k1(E2) &CenterDot; fl(E2) - k2(E2) &CenterDot; [HSL{default}] + D(S2) &CenterDot; [HSL{c1}] - [HSL{default}] + k1(S2) &CenterDot; fl(S2) - k2(S2) &CenterDot; [HSL{c1}] d ["PLA-Phasin-Hly{default}"] &CenterDot; Vdefault dt = + k1(S3) &CenterDot; ["PLA-Phasin-Hly{c2}"] d [dTetR] &CenterDot; Vdefault dt = + V(d1) &CenterDot; [TetR] Km(d1) + [TetR] d [HSL{c2}] &CenterDot; Vc2 dt = + D(E2) &CenterDot; [HSL{default}] - [HSL{c2}] + k1(E2) &CenterDot; fl(E2) - k2(E2) &CenterDot; [HSL{default}] - Vc2 &CenterDot; 0.5 3600e-9 &CenterDot; [LuxR] + K(K5) 4 &CenterDot; [HSL{c2}] 2 - [LuxR] + K(K5) 4 &CenterDot; [HSL{c2}] 2 - [LuxR] 2 0.5 d [PLA] &CenterDot; Vc2 dt = + Vc2 &CenterDot; Vf(K7) &CenterDot; [phaC] &CenterDot; ["Lactyl-CoA"] - [PLA] Keq(K7) ["Lactyl-CoA"] + Kms(K7) &CenterDot; 1 + [PLA] Kmp(K7) - Vc2 &CenterDot; k1(K12) &CenterDot; ["Phasin-Hly"] &CenterDot; [PLA] - k2(K12) &CenterDot; ["PLA-Phasin-Hly{c2}"] d ["PLA-Phasin-Hly{c2}"] &CenterDot; Vc2 dt = + Vc2 &CenterDot; k1(K12) &CenterDot; ["Phasin-Hly"] &CenterDot; [PLA] - k2(K12) &CenterDot; ["PLA-Phasin-Hly{c2}"] - k1(S3) &CenterDot; ["PLA-Phasin-Hly{c2}"] d [Acetate] &CenterDot; Vc2 dt = + Vc2 &CenterDot; por(K6) &CenterDot; ["P-CoA-T"] &CenterDot; Vf(K6) &CenterDot; [Lactate{c2}] &CenterDot; ["acetyl-CoA"] Kms(K6) - Vr(K6) &CenterDot; ["Lactyl-CoA"] &CenterDot; [Acetate] Kmp(K6) 1 + [Lactate{c2}] &CenterDot; ["acetyl-CoA"] Kms(K6) + ["Lactyl-CoA"] &CenterDot; [Acetate] Kmp(K6) d [Lactate{c2}] &CenterDot; Vc2 dt = + Vf(E1) &CenterDot; [Lactate{default}] Kms(E1) - Vr(E1) &CenterDot; [Lactate{c2}] Kmp(E1) 1 + [Lactate{default}] Kms(E1) + [Lactate{c2}] Kmp(E1) - Vc2 &CenterDot; por(K6) &CenterDot; ["P-CoA-T"] &CenterDot; Vf(K6) &CenterDot; [Lactate{c2}] &CenterDot; ["acetyl-CoA"] Kms(K6) - Vr(K6) &CenterDot; ["Lactyl-CoA"] &CenterDot; [Acetate] Kmp(K6) 1 + [Lactate{c2}] &CenterDot; ["acetyl-CoA"] Kms(K6) + ["Lactyl-CoA"] &CenterDot; [Acetate] Kmp(K6) d ["Lactyl-CoA"] &CenterDot; Vc2 dt = + Vc2 &CenterDot; por(K6) &CenterDot; ["P-CoA-T"] &CenterDot; Vf(K6) &CenterDot; [Lactate{c2}] &CenterDot; ["acetyl-CoA"] Kms(K6) - Vr(K6) &CenterDot; ["Lactyl-CoA"] &CenterDot; [Acetate] Kmp(K6) 1 + [Lactate{c2}] &CenterDot; ["acetyl-CoA"] Kms(K6) + ["Lactyl-CoA"] &CenterDot; [Acetate] Kmp(K6) - Vc2 &CenterDot; Vf(K7) &CenterDot; [phaC] &CenterDot; ["Lactyl-CoA"] - [PLA] Keq(K7) ["Lactyl-CoA"] + Kms(K7) &CenterDot; 1 + [PLA] Kmp(K7) d ["acetyl-CoA"] &CenterDot; Vc2 dt = - Vc2 &CenterDot; por(K6) &CenterDot; ["P-CoA-T"] &CenterDot; Vf(K6) &CenterDot; [Lactate{c2}] &CenterDot; ["acetyl-CoA"] Kms(K6) - Vr(K6) &CenterDot; ["Lactyl-CoA"] &CenterDot; [Acetate] Kmp(K6) 1 + [Lactate{c2}] &CenterDot; ["acetyl-CoA"] Kms(K6) + ["Lactyl-CoA"] &CenterDot; [Acetate] Kmp(K6) d [dphaC] &CenterDot; Vc2 dt = + Vc2 &CenterDot; V(d10) &CenterDot; [phaC] Km(d10) + [phaC] d [phaC] &CenterDot; Vc2 dt = + Vc2 &CenterDot; k1(K10) &CenterDot; [mphaC] - Vc2 &CenterDot; V(d10) &CenterDot; [phaC] Km(d10) + [phaC] d ["Phasin-Hly"] &CenterDot; Vc2 dt = + Vc2 &CenterDot; k1(K11) &CenterDot; ["mPhasin-Hly"] - Vc2 &CenterDot; V(d11) &CenterDot; ["Phasin-Hly"] Km(d11) + ["Phasin-Hly"] - Vc2 &CenterDot; k1(K12) &CenterDot; ["Phasin-Hly"] &CenterDot; [PLA] - k2(K12) &CenterDot; ["PLA-Phasin-Hly{c2}"] d ["dPhasin-Hly"] &CenterDot; Vc2 dt = + Vc2 &CenterDot; V(d11) &CenterDot; ["Phasin-Hly"] Km(d11) + ["Phasin-Hly"] d ["dmPhasin-Hly"] &CenterDot; Vc2 dt = + Vc2 &CenterDot; V(d11,2) &CenterDot; ["mPhasin-Hly"] Km(d11,2) + ["mPhasin-Hly"] d ["mPhasin-Hly"] &CenterDot; Vc2 dt = - Vc2 &CenterDot; k1(K11) &CenterDot; ["mPhasin-Hly"] + Vc2 &CenterDot; k1(K11,2) &CenterDot; ["complex 4"] - Vc2 &CenterDot; V(d11,2) &CenterDot; ["mPhasin-Hly"] Km(d11,2) + ["mPhasin-Hly"] d [LuxR] &CenterDot; Vc2 dt = - Vc2 &CenterDot; 0.5 3600e-9 &CenterDot; [LuxR] + K(K5) 4 &CenterDot; [HSL{c2}] 2 - [LuxR] + K(K5) 4 &CenterDot; [HSL{c2}] 2 - [LuxR] 2 0.5 + Vc2 &CenterDot; k1(K8) &CenterDot; [mLuxR] - Vc2 &CenterDot; V(d8) &CenterDot; [LuxR] Km(d8) + [LuxR] d [dLuxR] &CenterDot; Vc2 dt = + Vc2 &CenterDot; V(d8) &CenterDot; [LuxR] Km(d8) + [LuxR] d [dmLuxR] &CenterDot; Vc2 dt = + Vc2 &CenterDot; V(d8,1) &CenterDot; [mLuxR] Km(d8,1) + [mLuxR] d [mLuxR] &CenterDot; Vc2 dt = - Vc2 &CenterDot; k1(K8) &CenterDot; [mLuxR] + Vc2 &CenterDot; k1(K8,1) &CenterDot; [LuxRg] - Vc2 &CenterDot; V(d8,1) &CenterDot; [mLuxR] Km(d8,1) + [mLuxR] d ["P-CoA-T"] &CenterDot; Vc2 dt = + Vc2 &CenterDot; k1(K9) &CenterDot; ["mP-CoA-T"] - Vc2 &CenterDot; V(d9) &CenterDot; ["P-CoA-T"] Km(d9) + ["P-CoA-T"] d ["dP-CoA-T"] &CenterDot; Vc2 dt = + Vc2 &CenterDot; V(d9) &CenterDot; ["P-CoA-T"] Km(d9) + ["P-CoA-T"] d ["dmP-CoA-T"] &CenterDot; Vc2 dt = + Vc2 &CenterDot; V(d9,2) &CenterDot; ["mP-CoA-T"] Km(d9,2) + ["mP-CoA-T"] d ["mP-CoA-T"] &CenterDot; Vc2 dt = - Vc2 &CenterDot; k1(K9) &CenterDot; ["mP-CoA-T"] + Vc2 &CenterDot; k1(K9,2) &CenterDot; ["complex 3"] - Vc2 &CenterDot; V(d9,2) &CenterDot; ["mP-CoA-T"] Km(d9,2) + ["mP-CoA-T"] d [dmphaC] &CenterDot; Vc2 dt = + Vc2 &CenterDot; V(d9,3) &CenterDot; [mphaC] Km(d9,3) + [mphaC] d [mphaC] &CenterDot; Vc2 dt = - Vc2 &CenterDot; k1(K10) &CenterDot; [mphaC] + Vc2 &CenterDot; k1(K9,3) &CenterDot; ["complex 3"] - Vc2 &CenterDot; V(d9,3) &CenterDot; [mphaC] Km(d9,3) + [mphaC] d ["Phasin-Hlyg"] &CenterDot; Vc2 dt = - Vc2 &CenterDot; c0(K11,1) + c1(K11,1) &CenterDot; [HSL/LuxR] 1 + c0(K11,1) + c1(K11,1) &CenterDot; [HSL/LuxR] + c2(K11,1) &CenterDot; ["Phasin-Hlyg"] + c1(K11,1) &CenterDot; c2(K11,1) &CenterDot; [HSL/LuxR] &CenterDot; ["Phasin-Hlyg"] d [LuxRg] &CenterDot; Vc2 dt = - Vc2 &CenterDot; k1(K8,1) &CenterDot; [LuxRg] d [HSL/LuxR] &CenterDot; Vc2 dt = + Vc2 &CenterDot; 0.5 3600e-9 &CenterDot; [LuxR] + K(K5) 4 &CenterDot; [HSL{c2}] 2 - [LuxR] + K(K5) 4 &CenterDot; [HSL{c2}] 2 - [LuxR] 2 0.5 - Vc2 &CenterDot; c0(K9,1) + c1(K9,1) &CenterDot; [HSL/LuxR] 1 + c0(K9,1) + c1(K9,1) &CenterDot; [HSL/LuxR] + c2(K9,1) &CenterDot; ["Gen 2"] + c1(K9,1) &CenterDot; c2(K9,1) &CenterDot; [HSL/LuxR] &CenterDot; ["Gen 2"] - Vc2 &CenterDot; c0(K11,1) + c1(K11,1) &CenterDot; [HSL/LuxR] 1 + c0(K11,1) + c1(K11,1) &CenterDot; [HSL/LuxR] + c2(K11,1) &CenterDot; ["Phasin-Hlyg"] + c1(K11,1) &CenterDot; c2(K11,1) &CenterDot; [HSL/LuxR] &CenterDot; ["Phasin-Hlyg"] d ["complex 4"] &CenterDot; Vc2 dt = + Vc2 &CenterDot; c0(K11,1) + c1(K11,1) &CenterDot; [HSL/LuxR] 1 + c0(K11,1) + c1(K11,1) &CenterDot; [HSL/LuxR] + c2(K11,1) &CenterDot; ["Phasin-Hlyg"] + c1(K11,1) &CenterDot; c2(K11,1) &CenterDot; [HSL/LuxR] &CenterDot; ["Phasin-Hlyg"] - Vc2 &CenterDot; k1(K11,2) &CenterDot; ["complex 4"] d ["complex 3"] &CenterDot; Vc2 dt = + Vc2 &CenterDot; c0(K9,1) + c1(K9,1) &CenterDot; [HSL/LuxR] 1 + c0(K9,1) + c1(K9,1) &CenterDot; [HSL/LuxR] + c2(K9,1) &CenterDot; ["Gen 2"] + c1(K9,1) &CenterDot; c2(K9,1) &CenterDot; [HSL/LuxR] &CenterDot; ["Gen 2"] - Vc2 &CenterDot; k1(K9,2) &CenterDot; ["complex 3"] - Vc2 &CenterDot; k1(K9,3) &CenterDot; ["complex 3"] d ["Gen 2"] &CenterDot; Vc2 dt = - Vc2 &CenterDot; c0(K9,1) + c1(K9,1) &CenterDot; [HSL/LuxR] 1 + c0(K9,1) + c1(K9,1) &CenterDot; [HSL/LuxR] + c2(K9,1) &CenterDot; ["Gen 2"] + c1(K9,1) &CenterDot; c2(K9,1) &CenterDot; [HSL/LuxR] &CenterDot; ["Gen 2"]