Difference between revisions of "Team:William and Mary"

Line 310: Line 310:
 
                                                     </div>
 
                                                     </div>
 
                                                     <h3>Youth Education</h3>
 
                                                     <h3>Youth Education</h3>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-4">
 +
                                                <div class="card">
 +
                                                    <div class="icon">
 +
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3e/WMTimeIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <h3>Long-Term Sustainability</h3>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-4">
 +
                                                <div class="card">
 +
                                                    <div class="icon">
 +
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3e/WMTimeIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <h3>Long-Term Sustainability</h3>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-4">
 +
                                                <div class="card">
 +
                                                    <div class="icon">
 +
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3e/WMTimeIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <h3>Long-Term Sustainability</h3>
 
                                                 </div>
 
                                                 </div>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
Line 326: Line 350:
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <!-- End Section "What We do" example 3: Small Title & 3 columns icons -->
 
                         <!-- End Section "What We do" example 3: Small Title & 3 columns icons -->
−
                   
+
 
−
                    <!-- Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
+
                        <!-- Section "What We do" example 3: Small Title & 3 columns icons -->
−
                                            <div class="section section-we-made-1 section-with-hover" id="projects1">
+
                        <div class="section section-we-do-2" id="workflow2">
−
                                                <div class="text-area">
+
                            <div class="container">
−
                                                    <div class="title">
+
                                <div class="row">
−
                                                        <p class="h2WM">Collaboration</p>
+
                                    <div class="title">
−
                    <!--                                    <div class="separator-container">
+
                                        <p class = "h2WM">Human Practices</p>
−
                                                            <div class="separator line-separator">✻</div>
+
                                    </div>
−
                                                        </div>-->
+
<p>Our Human Practices effort was a multi-faceted outreach approach to science literacy, focusing specifically on spreading a basic understanding of synthetic biology to the general public. We collaborated with numerous organizations (logos below) to host nine educational Synthetic Biology workshops for the public (from first graders to adults!) and to implement our original, 24-activity Synthetic Biology curriculum into schools worldwide, to further sustain our efforts for years to come.  </p>
−
                                                         <p>W&M iGEM met and exceeded iGEM's collaboration requirements by collaborating with other researchers in four main ways: creating a pen pal program to connect teams with similar projects, participating in the interlab measurement study, interviewing the general public to provide data to future teams about how to communicate synthetic biology, and collaborating on individual research projects with iGEM teams from University of Georgia, University of Maryland, and Cambridge. </p>
+
                                    <div class="col-md-10 col-md-offset-1">
 +
                                        <div class="row">
 +
                                            <div class="col-md-3">
 +
                                                <div class="card">
 +
                                                    <div class="icon">
 +
                                                         <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/28/WMSpeechIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
 
                                                     </div>
 
                                                     </div>
 
                                                 </div>
 
                                                 </div>
−
                                                <div class="row" id="projectsLine1">
+
                                            </div>
−
                                                    <div class="col-md-4">
+
                                            <div class="col-md-3">
−
                                                        <div class="project">
+
                                                <div class="card">
−
                                                            <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/c8/WmInter.jpg">
+
                                                    <div class="icon">
−
                                                            <a class="over-area color-green" href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Interlab">
+
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/28/WMSpeechIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
−
                                                                <div class="content">
+
−
                                                                    <h4>Interlab Study</h4>
+
−
                                                                    <p>Click for details.</p>
+
−
                                                                </div>
+
−
                                                            </a>
+
−
                                                        </div>
+
 
                                                     </div>
 
                                                     </div>
−
                                                    <div class="col-md-4">
+
                                                </div>
−
                                                        <div class="project">
+
                                            </div>
−
                                                            <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6f/Wmpenpal.jpg">
+
                                            <div class="col-md-3">
−
                                                            <a class="over-area color-black" href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Collaborations#penpals">
+
                                                <div class="card">
−
                                                                <div class="content">
+
                                                    <div class="icon">
−
                                                                    <h4>PenPal Program</h4>
+
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/28/WMSpeechIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
−
                                                                    <p>Click for details.</p>
+
−
                                                                </div>
+
−
                                                            </a>
+
−
                                                        </div>
+
 
                                                     </div>
 
                                                     </div>
−
                                                    <div class="col-md-4">
+
                                                </div>
−
                                                        <div class="project">
+
                                            </div>
−
                                                            <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/af/WmCollCam.png">                                   
+
                                            <div class="col-md-3">
−
                                                            <a class="over-area color-blue " href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Collaborations#otherteams">
+
                                                <div class="card">
−
                                                                <div class="content">
+
                                                    <div class="icon">
−
                                                                    <h4>With Other Teams</h4>
+
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/28/WMSpeechIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
−
                                                                    <p>Click for details.</p>
+
−
                                                                </div>
+
−
                                                            </a>
+
−
                                                        </div>
+
 
                                                     </div>
 
                                                     </div>
 
                                                 </div>
 
                                                 </div>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
−
                                             <!-- End Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
+
                                             <div class="col-md-3">
−
                   
+
                                                <div class="card">
−
                   
+
                                                    <div class="icon">
−
                   
+
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/28/WMSpeechIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
 +
                                                    </div>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-3">
 +
                                                <div class="card">
 +
                                                    <div class="icon">
 +
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/28/WMSpeechIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
 +
                                                    </div>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-3">
 +
                                                <div class="card">
 +
                                                    <div class="icon">
 +
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/28/WMSpeechIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
 +
                                                    </div>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-3">
 +
                                                <div class="card">
 +
                                                    <div class="icon">
 +
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/28/WMSpeechIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
 +
                                                    </div>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-3">
 +
                                                <div class="card">
 +
                                                    <div class="icon">
 +
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/28/WMSpeechIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
 +
                                                    </div>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-3">
 +
                                                <div class="card">
 +
                                                    <div class="icon">
 +
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/28/WMSpeechIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
 +
                                                    </div>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-3">
 +
                                                <div class="card">
 +
                                                    <div class="icon">
 +
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/28/WMSpeechIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
 +
                                                    </div>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-3">
 +
                                                <div class="card">
 +
                                                    <div class="icon">
 +
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/28/WMSpeechIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
 +
                                                    </div>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-3">
 +
                                                <div class="card">
 +
                                                    <div class="icon">
 +
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/28/WMSpeechIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
 +
                                                    </div>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <!-- End Section "What We do" example 3: Small Title & 3 columns icons -->
 +
 
 
                         <!-- Section "Team" example 1: Title & Full Image -->
 
                         <!-- Section "Team" example 1: Title & Full Image -->
 
                         <div class="section section-team-1" id="team1">
 
                         <div class="section section-team-1" id="team1">
Line 410: Line 491:
 
                                     <div class="title">
 
                                     <div class="title">
 
                                         <p class="h2WM">References</p>
 
                                         <p class="h2WM">References</p>
−
<!--                                      <div class="separator-container">
 
−
                                            <div class="separator line-separator">✻</div>
 
−
                                        </div>-->
 
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
Line 421: Line 499:
 
                                         <div class="card">
 
                                         <div class="card">
 
                                             <div class="icon">
 
                                             <div class="icon">
−
                                                 <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/a6/WMNotebookIconColor.png" height= "100" width= "90"/>
+
                                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Notebook"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/a6/WMNotebookIconColor.png" height= "100" width= "90"/></a>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                             <h3>
 
                                             <h3>
Line 435: Line 513:
 
                                         <div class="card">
 
                                         <div class="card">
 
                                             <div class="icon">
 
                                             <div class="icon">
−
                                                 <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/79/WMGogglesIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
+
                                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Safety"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/79/WMGogglesIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                             <h3>
 
                                             <h3>
Line 449: Line 527:
 
                                         <div class="card">
 
                                         <div class="card">
 
                                             <div class="icon">
 
                                             <div class="icon">
−
                                                 <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/WMTUIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
+
                                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Attributions"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/WMTUIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                             <h3>
 
                                             <h3>

Revision as of 01:21, 19 September 2015

NOISE - W&M iGEM

NOISE

Characterization of promoter-derived transcriptional noise in E. coli

Parts

In deciding which parts to submit to the iGEM Registry we focused on three main aspects.

First: ensuring our project is as reproducible and extensible as possible. To that end we have submitted all of new composite fluorescent protein parts that we constructed during the project. Second: Making genome integration as straightforward as possible for iGEM teams. In order to accomplish this goal we designed, tested, and validated a new integrator cassette that allows for simple genome integration using either 3A or Gibson Assembly. Third: Increasing the number of tools available for promoter-mediated regulation in synthetic biology. We created and validated an E. coli codon optimized dCas9 variant and a suite of gRNAs to target the most commonly used promoters in iGEM.

Measurement & Modeling

We measured noise in fluorescence data for dual-integrated sets of CFP and YFP under three promoters: BBa_R0010, BBa_R0011, and BBa_R0051. We also developed an analytic model of the impact of plasmid copy number fluctuations on transcriptional noise, which revealed that intrinsic noise cannot be accurately measured from reporters on the pSB1X3 plasmid series.

Click to go to Measurement

Data & Analysis

Click to go to the Model.

Plasmid Fluctuation Model

Human practices

Our Human Practices effort was a multi-faceted outreach approach to science literacy, focusing specifically on spreading a basic understanding of synthetic biology to the general public. We collaborated with numerous organizations (logos below) to host nine educational Synthetic Biology workshops for the public (from first graders to adults!) and to implement our original, 24-activity Synthetic Biology curriculum into schools worldwide, to further sustain our efforts for years to come.

...

Adult Communication

...

Youth Education

...

Long-Term Sustainability

...

Long-Term Sustainability

...

Long-Term Sustainability

...

Long-Term Sustainability

Human Practices

Our Human Practices effort was a multi-faceted outreach approach to science literacy, focusing specifically on spreading a basic understanding of synthetic biology to the general public. We collaborated with numerous organizations (logos below) to host nine educational Synthetic Biology workshops for the public (from first graders to adults!) and to implement our original, 24-activity Synthetic Biology curriculum into schools worldwide, to further sustain our efforts for years to come.

...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

Team

Noise, one promoter at a time.

...