Team:UChile-OpenBio/Experiments
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PROJECT
PROJECT DESCRIPTION
EXPERIMENT AND PROTOCOLS
RESULTS
NOTEBOOK
ATTRIBUTIONS
COLLABORATION
HUMAN PRACTICES
SAFETY
MODELING
TEAM
d
V
c1
d
t
=
V
c1
+
0.8
·
5
7
·
3600
·
[Lactate{default}]
[Lactate{default}]
+
9.8e-3
·
1
-
"[Lactic acid]"
0.448
d
V
c2
d
t
=
V
c2
+
0.8
·
5
7
·
3600
·
[Lactate{default}]
[Lactate{default}]
+
9.8e-3
·
1
-
"[Lactic acid]"
0.448
d
[TetR]
·
V
c1
d
t
=
+
V
c1
·
k1
(K1)
·
[mTetR]
-
V
c1
·
k1
(K2,1)
·
[TetR]
·
["Gen 1"]
-
k2
(K2,1)
·
["complex 2"]
-
V
(d1)
·
[TetR]
Km
(d1)
+
[TetR]
d
["Gen 1"]
·
V
c1
d
t
=
-
V
c1
·
k1
(K2,1)
·
[TetR]
·
["Gen 1"]
-
k2
(K2,1)
·
["complex 2"]
-
V
c1
·
k1
(K2,2)
·
["Gen 1"]
-
V
c1
·
k1
(K2,3)
·
["Gen 1"]
d
["complex 1"]
·
V
c1
d
t
=
+
V
c1
·
Vo
(K1,1)
+
V1
(K1,1)
·
1
-
tanh
[TetRg]
·
-
ln
["H+{c1}"]
-
5.5
·
GR
(K1,1)
-
["complex 1"]
·
dm
(K1,1)
+
umax
(K1,1)
·
[Lactate{default}]
[Lactate{default}]
+
Ks
(K1,1)
·
1
-
["Lactic acid"]
Kla
(K1,1)
-
V
c1
·
k1
(K1,2)
·
["complex 1"]
d
["complex 2"]
·
V
c1
d
t
=
+
V
c1
·
k1
(K2,1)
·
[TetR]
·
["Gen 1"]
-
k2
(K2,1)
·
["complex 2"]
d
["D-LDH"]
·
V
c1
d
t
=
-
V
c1
·
V
(d2)
·
["D-LDH"]
Km
(d2)
+
["D-LDH"]
+
V
c1
·
k1
(K2)
·
["mD-LDH"]
d
["NAD+"]
·
V
c1
d
t
=
+
V
c1
·
V
(K4)
·
["D-LDH"]
·
1
Kmb
(K4)
·
Kmd
(K4)
·
[Pyruvate]
·
[NADH]
-
[Lactate{c1}]
·
["NAD+"]
Keq
(K4)
1
+
[Pyruvate]
Kmb
(K4)
+
[Lactate{c1}]
Kmd
(K4)
·
1
+
[NADH]
Kma
(K4)
+
["NAD+"]
Kmc
(K4)
d
[Pyruvate]
·
V
c1
d
t
=
V
c1
·
6e-6
·
0.00550965
-
[Pyruvate]
d
[NADH]
·
V
c1
d
t
=
V
c1
·
6e-6
·
0.00550965
-
[Pyruvate]
d
[LuxI]
·
V
c1
d
t
=
+
V
c1
·
k1
(K3)
·
[mLuxI]
-
V
c1
·
V
(d3)
·
[LuxI]
Km
(d3)
+
[LuxI]
d
["S-adenosyl-L-methionine"]
·
V
c1
d
t
=
+
V
c1
·
k1
(G2)
·
["5'-methylthioadenosine"]
-
V
c1
·
Vf
(K13)
·
[LuxI]
·
["S-adenosyl-L-methionine"]
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
-
[HSL{c1}]
·
["5'-methylthioadenosine"]
·
["[acyl-carrier protein]"]
Keq
(K13)
["S-adenosyl-L-methionine"]
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
·
1
+
[HSL{c1}]
Ki3
(K13)
+
Km1
(K13)
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
+
Km2
(K13)
·
["S-adenosyl-L-methionine"]
+
Vf
(K13)
Vr
(K13)
·
Keq
(K13)
·
Km4
(K13)
·
[HSL{c1}]
·
1
+
["S-adenosyl-L-methionine"]
Ki1
(K13)
+
["5'-methylthioadenosine"]
·
Km3
(K13)
·
1
+
Km1
(K13)
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
Ki1
(K13)
·
Km2
(K13)
+
[HSL{c1}]
·
1
+
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
Ki2
(K13)
d
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
·
V
c1
d
t
=
+
V
c1
·
k1
(G3)
·
["[acyl-carrier protein]"]
-
V
c1
·
Vf
(K13)
·
[LuxI]
·
["S-adenosyl-L-methionine"]
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
-
[HSL{c1}]
·
["5'-methylthioadenosine"]
·
["[acyl-carrier protein]"]
Keq
(K13)
["S-adenosyl-L-methionine"]
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
·
1
+
[HSL{c1}]
Ki3
(K13)
+
Km1
(K13)
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
+
Km2
(K13)
·
["S-adenosyl-L-methionine"]
+
Vf
(K13)
Vr
(K13)
·
Keq
(K13)
·
Km4
(K13)
·
[HSL{c1}]
·
1
+
["S-adenosyl-L-methionine"]
Ki1
(K13)
+
["5'-methylthioadenosine"]
·
Km3
(K13)
·
1
+
Km1
(K13)
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
Ki1
(K13)
·
Km2
(K13)
+
[HSL{c1}]
·
1
+
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
Ki2
(K13)
d
["5'-methylthioadenosine"]
·
V
c1
d
t
=
-
V
c1
·
k1
(G2)
·
["5'-methylthioadenosine"]
+
V
c1
·
Vf
(K13)
·
[LuxI]
·
["S-adenosyl-L-methionine"]
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
-
[HSL{c1}]
·
["5'-methylthioadenosine"]
·
["[acyl-carrier protein]"]
Keq
(K13)
["S-adenosyl-L-methionine"]
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
·
1
+
[HSL{c1}]
Ki3
(K13)
+
Km1
(K13)
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
+
Km2
(K13)
·
["S-adenosyl-L-methionine"]
+
Vf
(K13)
Vr
(K13)
·
Keq
(K13)
·
Km4
(K13)
·
[HSL{c1}]
·
1
+
["S-adenosyl-L-methionine"]
Ki1
(K13)
+
["5'-methylthioadenosine"]
·
Km3
(K13)
·
1
+
Km1
(K13)
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
Ki1
(K13)
·
Km2
(K13)
+
[HSL{c1}]
·
1
+
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
Ki2
(K13)
d
["[acyl-carrier protein]"]
·
V
c1
d
t
=
-
V
c1
·
k1
(G3)
·
["[acyl-carrier protein]"]
+
V
c1
·
Vf
(K13)
·
[LuxI]
·
["S-adenosyl-L-methionine"]
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
-
[HSL{c1}]
·
["5'-methylthioadenosine"]
·
["[acyl-carrier protein]"]
Keq
(K13)
["S-adenosyl-L-methionine"]
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
·
1
+
[HSL{c1}]
Ki3
(K13)
+
Km1
(K13)
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
+
Km2
(K13)
·
["S-adenosyl-L-methionine"]
+
Vf
(K13)
Vr
(K13)
·
Keq
(K13)
·
Km4
(K13)
·
[HSL{c1}]
·
1
+
["S-adenosyl-L-methionine"]
Ki1
(K13)
+
["5'-methylthioadenosine"]
·
Km3
(K13)
·
1
+
Km1
(K13)
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
Ki1
(K13)
·
Km2
(K13)
+
[HSL{c1}]
·
1
+
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
Ki2
(K13)
d
[Lactate{c1}]
·
V
c1
d
t
=
+
V
c1
·
V
(K4)
·
["D-LDH"]
·
1
Kmb
(K4)
·
Kmd
(K4)
·
[Pyruvate]
·
[NADH]
-
[Lactate{c1}]
·
["NAD+"]
Keq
(K4)
1
+
[Pyruvate]
Kmb
(K4)
+
[Lactate{c1}]
Kmd
(K4)
·
1
+
[NADH]
Kma
(K4)
+
["NAD+"]
Kmc
(K4)
-
Vf
(S1)
·
[Lactate{c1}]
Kms
(S1)
-
Vr
(S1)
·
[Lactate{default}]
Kmp
(S1)
1
+
[Lactate{c1}]
Kms
(S1)
+
[Lactate{default}]
Kmp
(S1)
d
[HSL{c1}]
·
V
c1
d
t
=
+
V
c1
·
Vf
(K13)
·
[LuxI]
·
["S-adenosyl-L-methionine"]
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
-
[HSL{c1}]
·
["5'-methylthioadenosine"]
·
["[acyl-carrier protein]"]
Keq
(K13)
["S-adenosyl-L-methionine"]
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
·
1
+
[HSL{c1}]
Ki3
(K13)
+
Km1
(K13)
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
+
Km2
(K13)
·
["S-adenosyl-L-methionine"]
+
Vf
(K13)
Vr
(K13)
·
Keq
(K13)
·
Km4
(K13)
·
[HSL{c1}]
·
1
+
["S-adenosyl-L-methionine"]
Ki1
(K13)
+
["5'-methylthioadenosine"]
·
Km3
(K13)
·
1
+
Km1
(K13)
·
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
Ki1
(K13)
·
Km2
(K13)
+
[HSL{c1}]
·
1
+
["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"]
Ki2
(K13)
-
D
(S2)
·
[HSL{c1}]
-
[HSL{default}]
+
k1
(S2)
·
fl
(S2)
-
k2
(S2)
·
[HSL{c1}]
d
["H+{c1}"]
·
V
c1
d
t
=
+
Vf
(E4)
·
["H+{default}"]
Kms
(E4)
-
Vr
(E4)
·
["H+{c1}"]
Kmp
(E4)
1
+
["H+{default}"]
Kms
(E4)
+
["H+{c1}"]
Kmp
(E4)
-
V
c1
·
Vo
(K1,1)
+
V1
(K1,1)
·
1
-
tanh
[TetRg]
·
-
ln
["H+{c1}"]
-
5.5
·
GR
(K1,1)
-
["complex 1"]
·
dm
(K1,1)
+
umax
(K1,1)
·
[Lactate{default}]
[Lactate{default}]
+
Ks
(K1,1)
·
1
-
["Lactic acid"]
Kla
(K1,1)
d
[TetRg]
·
V
c1
d
t
=
-
V
c1
·
Vo
(K1,1)
+
V1
(K1,1)
·
1
-
tanh
[TetRg]
·
-
ln
["H+{c1}"]
-
5.5
·
GR
(K1,1)
-
["complex 1"]
·
dm
(K1,1)
+
umax
(K1,1)
·
[Lactate{default}]
[Lactate{default}]
+
Ks
(K1,1)
·
1
-
["Lactic acid"]
Kla
(K1,1)
d
[mTetR]
·
V
c1
d
t
=
-
V
c1
·
k1
(K1)
·
[mTetR]
+
V
c1
·
k1
(K1,2)
·
["complex 1"]
-
V
c1
·
V
(d1,2)
·
[mTetR]
Km
(d1,2)
+
[mTetR]
d
[dmLuxI]
·
V
c1
d
t
=
+
V
c1
·
V
(d2,3)
·
[mLuxI]
Km
(d2,3)
+
[mLuxI]
d
[dLuxI]
·
V
c1
d
t
=
+
V
c1
·
V
(d3)
·
[LuxI]
Km
(d3)
+
[LuxI]
d
[dmTetR]
·
V
c1
d
t
=
+
V
c1
·
V
(d1,2)
·
[mTetR]
Km
(d1,2)
+
[mTetR]
d
["dmD-LDH"]
·
V
c1
d
t
=
+
V
c1
·
V
(d2,2)
·
["mD-LDH"]
Km
(d2,2)
+
["mD-LDH"]
d
[mLuxI]
·
V
c1
d
t
=
-
V
c1
·
k1
(K3)
·
[mLuxI]
-
V
c1
·
V
(d2,3)
·
[mLuxI]
Km
(d2,3)
+
[mLuxI]
+
V
c1
·
k1
(K2,3)
·
["Gen 1"]
d
["dD-LDH"]
·
V
c1
d
t
=
+
V
c1
·
V
(d2)
·
["D-LDH"]
Km
(d2)
+
["D-LDH"]
d
["mD-LDH"]
·
V
c1
d
t
=
-
V
c1
·
k1
(K2)
·
["mD-LDH"]
+
V
c1
·
k1
(K2,2)
·
["Gen 1"]
-
V
c1
·
V
(d2,2)
·
["mD-LDH"]
Km
(d2,2)
+
["mD-LDH"]
d
["H+{default}"]
·
V
default
d
t
=
-
Vf
(E4)
·
["H+{default}"]
Kms
(E4)
-
Vr
(E4)
·
["H+{c1}"]
Kmp
(E4)
1
+
["H+{default}"]
Kms
(E4)
+
["H+{c1}"]
Kmp
(E4)
-
V
default
·
k1
(Ka)
·
["H+{default}"]
·
[Lactate{default}]
-
k2
(Ka)
·
["Lactic acid"]
d
[Lactate{default}]
·
V
default
d
t
=
-
V
default
·
k1
(Ka)
·
["H+{default}"]
·
[Lactate{default}]
-
k2
(Ka)
·
["Lactic acid"]
+
Vf
(S1)
·
[Lactate{c1}]
Kms
(S1)
-
Vr
(S1)
·
[Lactate{default}]
Kmp
(S1)
1
+
[Lactate{c1}]
Kms
(S1)
+
[Lactate{default}]
Kmp
(S1)
-
Vf
(E1)
·
[Lactate{default}]
Kms
(E1)
-
Vr
(E1)
·
[Lactate{c2}]
Kmp
(E1)
1
+
[Lactate{default}]
Kms
(E1)
+
[Lactate{c2}]
Kmp
(E1)
d
["Lactic acid"]
·
V
default
d
t
=
+
V
default
·
k1
(Ka)
·
["H+{default}"]
·
[Lactate{default}]
-
k2
(Ka)
·
["Lactic acid"]
d
[HSL{default}]
·
V
default
d
t
=
-
D
(E2)
·
[HSL{default}]
-
[HSL{c2}]
+
k1
(E2)
·
fl
(E2)
-
k2
(E2)
·
[HSL{default}]
+
D
(S2)
·
[HSL{c1}]
-
[HSL{default}]
+
k1
(S2)
·
fl
(S2)
-
k2
(S2)
·
[HSL{c1}]
d
["PLA-Phasin-Hly{default}"]
·
V
default
d
t
=
+
k1
(S3)
·
["PLA-Phasin-Hly{c2}"]
d
[dTetR]
·
V
default
d
t
=
+
V
(d1)
·
[TetR]
Km
(d1)
+
[TetR]
d
[HSL{c2}]
·
V
c2
d
t
=
+
D
(E2)
·
[HSL{default}]
-
[HSL{c2}]
+
k1
(E2)
·
fl
(E2)
-
k2
(E2)
·
[HSL{default}]
-
V
c2
·
0.5
3600e-9
·
[LuxR]
+
K
(K5)
4
·
[HSL{c2}]
2
-
[LuxR]
+
K
(K5)
4
·
[HSL{c2}]
2
-
[LuxR]
2
0.5
d
[PLA]
·
V
c2
d
t
=
+
V
c2
·
Vf
(K7)
·
[phaC]
·
["Lactyl-CoA"]
-
[PLA]
Keq
(K7)
["Lactyl-CoA"]
+
Kms
(K7)
·
1
+
[PLA]
Kmp
(K7)
-
V
c2
·
k1
(K12)
·
["Phasin-Hly"]
·
[PLA]
-
k2
(K12)
·
["PLA-Phasin-Hly{c2}"]
d
["PLA-Phasin-Hly{c2}"]
·
V
c2
d
t
=
+
V
c2
·
k1
(K12)
·
["Phasin-Hly"]
·
[PLA]
-
k2
(K12)
·
["PLA-Phasin-Hly{c2}"]
-
k1
(S3)
·
["PLA-Phasin-Hly{c2}"]
d
[Acetate]
·
V
c2
d
t
=
+
V
c2
·
por
(K6)
·
["P-CoA-T"]
·
Vf
(K6)
·
[Lactate{c2}]
·
["acetyl-CoA"]
Kms
(K6)
-
Vr
(K6)
·
["Lactyl-CoA"]
·
[Acetate]
Kmp
(K6)
1
+
[Lactate{c2}]
·
["acetyl-CoA"]
Kms
(K6)
+
["Lactyl-CoA"]
·
[Acetate]
Kmp
(K6)
d
[Lactate{c2}]
·
V
c2
d
t
=
+
Vf
(E1)
·
[Lactate{default}]
Kms
(E1)
-
Vr
(E1)
·
[Lactate{c2}]
Kmp
(E1)
1
+
[Lactate{default}]
Kms
(E1)
+
[Lactate{c2}]
Kmp
(E1)
-
V
c2
·
por
(K6)
·
["P-CoA-T"]
·
Vf
(K6)
·
[Lactate{c2}]
·
["acetyl-CoA"]
Kms
(K6)
-
Vr
(K6)
·
["Lactyl-CoA"]
·
[Acetate]
Kmp
(K6)
1
+
[Lactate{c2}]
·
["acetyl-CoA"]
Kms
(K6)
+
["Lactyl-CoA"]
·
[Acetate]
Kmp
(K6)
d
["Lactyl-CoA"]
·
V
c2
d
t
=
+
V
c2
·
por
(K6)
·
["P-CoA-T"]
·
Vf
(K6)
·
[Lactate{c2}]
·
["acetyl-CoA"]
Kms
(K6)
-
Vr
(K6)
·
["Lactyl-CoA"]
·
[Acetate]
Kmp
(K6)
1
+
[Lactate{c2}]
·
["acetyl-CoA"]
Kms
(K6)
+
["Lactyl-CoA"]
·
[Acetate]
Kmp
(K6)
-
V
c2
·
Vf
(K7)
·
[phaC]
·
["Lactyl-CoA"]
-
[PLA]
Keq
(K7)
["Lactyl-CoA"]
+
Kms
(K7)
·
1
+
[PLA]
Kmp
(K7)
d
["acetyl-CoA"]
·
V
c2
d
t
=
-
V
c2
·
por
(K6)
·
["P-CoA-T"]
·
Vf
(K6)
·
[Lactate{c2}]
·
["acetyl-CoA"]
Kms
(K6)
-
Vr
(K6)
·
["Lactyl-CoA"]
·
[Acetate]
Kmp
(K6)
1
+
[Lactate{c2}]
·
["acetyl-CoA"]
Kms
(K6)
+
["Lactyl-CoA"]
·
[Acetate]
Kmp
(K6)
d
[dphaC]
·
V
c2
d
t
=
+
V
c2
·
V
(d10)
·
[phaC]
Km
(d10)
+
[phaC]
d
[phaC]
·
V
c2
d
t
=
+
V
c2
·
k1
(K10)
·
[mphaC]
-
V
c2
·
V
(d10)
·
[phaC]
Km
(d10)
+
[phaC]
d
["Phasin-Hly"]
·
V
c2
d
t
=
+
V
c2
·
k1
(K11)
·
["mPhasin-Hly"]
-
V
c2
·
V
(d11)
·
["Phasin-Hly"]
Km
(d11)
+
["Phasin-Hly"]
-
V
c2
·
k1
(K12)
·
["Phasin-Hly"]
·
[PLA]
-
k2
(K12)
·
["PLA-Phasin-Hly{c2}"]
d
["dPhasin-Hly"]
·
V
c2
d
t
=
+
V
c2
·
V
(d11)
·
["Phasin-Hly"]
Km
(d11)
+
["Phasin-Hly"]
d
["dmPhasin-Hly"]
·
V
c2
d
t
=
+
V
c2
·
V
(d11,2)
·
["mPhasin-Hly"]
Km
(d11,2)
+
["mPhasin-Hly"]
d
["mPhasin-Hly"]
·
V
c2
d
t
=
-
V
c2
·
k1
(K11)
·
["mPhasin-Hly"]
+
V
c2
·
k1
(K11,2)
·
["complex 4"]
-
V
c2
·
V
(d11,2)
·
["mPhasin-Hly"]
Km
(d11,2)
+
["mPhasin-Hly"]
d
[LuxR]
·
V
c2
d
t
=
-
V
c2
·
0.5
3600e-9
·
[LuxR]
+
K
(K5)
4
·
[HSL{c2}]
2
-
[LuxR]
+
K
(K5)
4
·
[HSL{c2}]
2
-
[LuxR]
2
0.5
+
V
c2
·
k1
(K8)
·
[mLuxR]
-
V
c2
·
V
(d8)
·
[LuxR]
Km
(d8)
+
[LuxR]
d
[dLuxR]
·
V
c2
d
t
=
+
V
c2
·
V
(d8)
·
[LuxR]
Km
(d8)
+
[LuxR]
d
[dmLuxR]
·
V
c2
d
t
=
+
V
c2
·
V
(d8,1)
·
[mLuxR]
Km
(d8,1)
+
[mLuxR]
d
[mLuxR]
·
V
c2
d
t
=
-
V
c2
·
k1
(K8)
·
[mLuxR]
+
V
c2
·
k1
(K8,1)
·
[LuxRg]
-
V
c2
·
V
(d8,1)
·
[mLuxR]
Km
(d8,1)
+
[mLuxR]
d
["P-CoA-T"]
·
V
c2
d
t
=
+
V
c2
·
k1
(K9)
·
["mP-CoA-T"]
-
V
c2
·
V
(d9)
·
["P-CoA-T"]
Km
(d9)
+
["P-CoA-T"]
d
["dP-CoA-T"]
·
V
c2
d
t
=
+
V
c2
·
V
(d9)
·
["P-CoA-T"]
Km
(d9)
+
["P-CoA-T"]
d
["dmP-CoA-T"]
·
V
c2
d
t
=
+
V
c2
·
V
(d9,2)
·
["mP-CoA-T"]
Km
(d9,2)
+
["mP-CoA-T"]
d
["mP-CoA-T"]
·
V
c2
d
t
=
-
V
c2
·
k1
(K9)
·
["mP-CoA-T"]
+
V
c2
·
k1
(K9,2)
·
["complex 3"]
-
V
c2
·
V
(d9,2)
·
["mP-CoA-T"]
Km
(d9,2)
+
["mP-CoA-T"]
d
[dmphaC]
·
V
c2
d
t
=
+
V
c2
·
V
(d9,3)
·
[mphaC]
Km
(d9,3)
+
[mphaC]
d
[mphaC]
·
V
c2
d
t
=
-
V
c2
·
k1
(K10)
·
[mphaC]
+
V
c2
·
k1
(K9,3)
·
["complex 3"]
-
V
c2
·
V
(d9,3)
·
[mphaC]
Km
(d9,3)
+
[mphaC]
d
["Phasin-Hlyg"]
·
V
c2
d
t
=
-
V
c2
·
c0
(K11,1)
+
c1
(K11,1)
·
[HSL/LuxR]
1
+
c0
(K11,1)
+
c1
(K11,1)
·
[HSL/LuxR]
+
c2
(K11,1)
·
["Phasin-Hlyg"]
+
c1
(K11,1)
·
c2
(K11,1)
·
[HSL/LuxR]
·
["Phasin-Hlyg"]
d
[LuxRg]
·
V
c2
d
t
=
-
V
c2
·
k1
(K8,1)
·
[LuxRg]
d
[HSL/LuxR]
·
V
c2
d
t
=
+
V
c2
·
0.5
3600e-9
·
[LuxR]
+
K
(K5)
4
·
[HSL{c2}]
2
-
[LuxR]
+
K
(K5)
4
·
[HSL{c2}]
2
-
[LuxR]
2
0.5
-
V
c2
·
c0
(K9,1)
+
c1
(K9,1)
·
[HSL/LuxR]
1
+
c0
(K9,1)
+
c1
(K9,1)
·
[HSL/LuxR]
+
c2
(K9,1)
·
["Gen 2"]
+
c1
(K9,1)
·
c2
(K9,1)
·
[HSL/LuxR]
·
["Gen 2"]
-
V
c2
·
c0
(K11,1)
+
c1
(K11,1)
·
[HSL/LuxR]
1
+
c0
(K11,1)
+
c1
(K11,1)
·
[HSL/LuxR]
+
c2
(K11,1)
·
["Phasin-Hlyg"]
+
c1
(K11,1)
·
c2
(K11,1)
·
[HSL/LuxR]
·
["Phasin-Hlyg"]
d
["complex 4"]
·
V
c2
d
t
=
+
V
c2
·
c0
(K11,1)
+
c1
(K11,1)
·
[HSL/LuxR]
1
+
c0
(K11,1)
+
c1
(K11,1)
·
[HSL/LuxR]
+
c2
(K11,1)
·
["Phasin-Hlyg"]
+
c1
(K11,1)
·
c2
(K11,1)
·
[HSL/LuxR]
·
["Phasin-Hlyg"]
-
V
c2
·
k1
(K11,2)
·
["complex 4"]
d
["complex 3"]
·
V
c2
d
t
=
+
V
c2
·
c0
(K9,1)
+
c1
(K9,1)
·
[HSL/LuxR]
1
+
c0
(K9,1)
+
c1
(K9,1)
·
[HSL/LuxR]
+
c2
(K9,1)
·
["Gen 2"]
+
c1
(K9,1)
·
c2
(K9,1)
·
[HSL/LuxR]
·
["Gen 2"]
-
V
c2
·
k1
(K9,2)
·
["complex 3"]
-
V
c2
·
k1
(K9,3)
·
["complex 3"]
d
["Gen 2"]
·
V
c2
d
t
=
-
V
c2
·
c0
(K9,1)
+
c1
(K9,1)
·
[HSL/LuxR]
1
+
c0
(K9,1)
+
c1
(K9,1)
·
[HSL/LuxR]
+
c2
(K9,1)
·
["Gen 2"]
+
c1
(K9,1)
·
c2
(K9,1)
·
[HSL/LuxR]
·
["Gen 2"]