Team:UChile-OpenBio/Experiments

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d Vc1 dt = Vc1 + 0.8 · 5 7 · 3600 · [Lactate{default}] [Lactate{default}] + 9.8e-3 · 1 - "[Lactic acid]" 0.448 d Vc2 dt = Vc2 + 0.8 · 5 7 · 3600 · [Lactate{default}] [Lactate{default}] + 9.8e-3 · 1 - "[Lactic acid]" 0.448 d [TetR] · Vc1 dt = + Vc1 · k1(K1) · [mTetR] - Vc1 · k1(K2,1) · [TetR] · ["Gen 1"] - k2(K2,1) · ["complex 2"] - V(d1) · [TetR] Km(d1) + [TetR] d ["Gen 1"] · Vc1 dt = - Vc1 · k1(K2,1) · [TetR] · ["Gen 1"] - k2(K2,1) · ["complex 2"] - Vc1 · k1(K2,2) · ["Gen 1"] - Vc1 · k1(K2,3) · ["Gen 1"] d ["complex 1"] · Vc1 dt = + Vc1 · Vo(K1,1) + V1(K1,1) · 1 - tanh [TetRg] · - ln ["H+{c1}"] - 5.5 · GR(K1,1) - ["complex 1"] · dm(K1,1) + umax(K1,1) · [Lactate{default}] [Lactate{default}] + Ks(K1,1) · 1 - ["Lactic acid"] Kla(K1,1) - Vc1 · k1(K1,2) · ["complex 1"] d ["complex 2"] · Vc1 dt = + Vc1 · k1(K2,1) · [TetR] · ["Gen 1"] - k2(K2,1) · ["complex 2"] d ["D-LDH"] · Vc1 dt = - Vc1 · V(d2) · ["D-LDH"] Km(d2) + ["D-LDH"] + Vc1 · k1(K2) · ["mD-LDH"] d ["NAD+"] · Vc1 dt = + Vc1 · V(K4) · ["D-LDH"] · 1 Kmb(K4) · Kmd(K4) · [Pyruvate] · [NADH] - [Lactate{c1}] · ["NAD+"] Keq(K4) 1 + [Pyruvate] Kmb(K4) + [Lactate{c1}] Kmd(K4) · 1 + [NADH] Kma(K4) + ["NAD+"] Kmc(K4) d [Pyruvate] · Vc1 dt = Vc1 · 6e-6 · 0.00550965 - [Pyruvate] d [NADH] · Vc1 dt = Vc1 · 6e-6 · 0.00550965 - [Pyruvate] d [LuxI] · Vc1 dt = + Vc1 · k1(K3) · [mLuxI] - Vc1 · V(d3) · [LuxI] Km(d3) + [LuxI] d ["S-adenosyl-L-methionine"] · Vc1 dt = + Vc1 · k1(G2) · ["5'-methylthioadenosine"] - Vc1 · Vf(K13) · [LuxI] · ["S-adenosyl-L-methionine"] · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] - [HSL{c1}] · ["5'-methylthioadenosine"] · ["[acyl-carrier protein]"] Keq(K13) ["S-adenosyl-L-methionine"] · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] · 1 + [HSL{c1}] Ki3(K13) + Km1(K13) · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] + Km2(K13) · ["S-adenosyl-L-methionine"] + Vf(K13) Vr(K13) · Keq(K13) · Km4(K13) · [HSL{c1}] · 1 + ["S-adenosyl-L-methionine"] Ki1(K13) + ["5'-methylthioadenosine"] · Km3(K13) · 1 + Km1(K13) · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki1(K13) · Km2(K13) + [HSL{c1}] · 1 + ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki2(K13) d ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] · Vc1 dt = + Vc1 · k1(G3) · ["[acyl-carrier protein]"] - Vc1 · Vf(K13) · [LuxI] · ["S-adenosyl-L-methionine"] · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] - [HSL{c1}] · ["5'-methylthioadenosine"] · ["[acyl-carrier protein]"] Keq(K13) ["S-adenosyl-L-methionine"] · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] · 1 + [HSL{c1}] Ki3(K13) + Km1(K13) · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] + Km2(K13) · ["S-adenosyl-L-methionine"] + Vf(K13) Vr(K13) · Keq(K13) · Km4(K13) · [HSL{c1}] · 1 + ["S-adenosyl-L-methionine"] Ki1(K13) + ["5'-methylthioadenosine"] · Km3(K13) · 1 + Km1(K13) · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki1(K13) · Km2(K13) + [HSL{c1}] · 1 + ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki2(K13) d ["5'-methylthioadenosine"] · Vc1 dt = - Vc1 · k1(G2) · ["5'-methylthioadenosine"] + Vc1 · Vf(K13) · [LuxI] · ["S-adenosyl-L-methionine"] · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] - [HSL{c1}] · ["5'-methylthioadenosine"] · ["[acyl-carrier protein]"] Keq(K13) ["S-adenosyl-L-methionine"] · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] · 1 + [HSL{c1}] Ki3(K13) + Km1(K13) · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] + Km2(K13) · ["S-adenosyl-L-methionine"] + Vf(K13) Vr(K13) · Keq(K13) · Km4(K13) · [HSL{c1}] · 1 + ["S-adenosyl-L-methionine"] Ki1(K13) + ["5'-methylthioadenosine"] · Km3(K13) · 1 + Km1(K13) · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki1(K13) · Km2(K13) + [HSL{c1}] · 1 + ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki2(K13) d ["[acyl-carrier protein]"] · Vc1 dt = - Vc1 · k1(G3) · ["[acyl-carrier protein]"] + Vc1 · Vf(K13) · [LuxI] · ["S-adenosyl-L-methionine"] · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] - [HSL{c1}] · ["5'-methylthioadenosine"] · ["[acyl-carrier protein]"] Keq(K13) ["S-adenosyl-L-methionine"] · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] · 1 + [HSL{c1}] Ki3(K13) + Km1(K13) · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] + Km2(K13) · ["S-adenosyl-L-methionine"] + Vf(K13) Vr(K13) · Keq(K13) · Km4(K13) · [HSL{c1}] · 1 + ["S-adenosyl-L-methionine"] Ki1(K13) + ["5'-methylthioadenosine"] · Km3(K13) · 1 + Km1(K13) · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki1(K13) · Km2(K13) + [HSL{c1}] · 1 + ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki2(K13) d [Lactate{c1}] · Vc1 dt = + Vc1 · V(K4) · ["D-LDH"] · 1 Kmb(K4) · Kmd(K4) · [Pyruvate] · [NADH] - [Lactate{c1}] · ["NAD+"] Keq(K4) 1 + [Pyruvate] Kmb(K4) + [Lactate{c1}] Kmd(K4) · 1 + [NADH] Kma(K4) + ["NAD+"] Kmc(K4) - Vf(S1) · [Lactate{c1}] Kms(S1) - Vr(S1) · [Lactate{default}] Kmp(S1) 1 + [Lactate{c1}] Kms(S1) + [Lactate{default}] Kmp(S1) d [HSL{c1}] · Vc1 dt = + Vc1 · Vf(K13) · [LuxI] · ["S-adenosyl-L-methionine"] · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] - [HSL{c1}] · ["5'-methylthioadenosine"] · ["[acyl-carrier protein]"] Keq(K13) ["S-adenosyl-L-methionine"] · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] · 1 + [HSL{c1}] Ki3(K13) + Km1(K13) · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] + Km2(K13) · ["S-adenosyl-L-methionine"] + Vf(K13) Vr(K13) · Keq(K13) · Km4(K13) · [HSL{c1}] · 1 + ["S-adenosyl-L-methionine"] Ki1(K13) + ["5'-methylthioadenosine"] · Km3(K13) · 1 + Km1(K13) · ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki1(K13) · Km2(K13) + [HSL{c1}] · 1 + ["3-oxohexanoyl-[acyl-carrier protein]"] Ki2(K13) - D(S2) · [HSL{c1}] - [HSL{default}] + k1(S2) · fl(S2) - k2(S2) · [HSL{c1}] d ["H+{c1}"] · Vc1 dt = + Vf(E4) · ["H+{default}"] Kms(E4) - Vr(E4) · ["H+{c1}"] Kmp(E4) 1 + ["H+{default}"] Kms(E4) + ["H+{c1}"] Kmp(E4) - Vc1 · Vo(K1,1) + V1(K1,1) · 1 - tanh [TetRg] · - ln ["H+{c1}"] - 5.5 · GR(K1,1) - ["complex 1"] · dm(K1,1) + umax(K1,1) · [Lactate{default}] [Lactate{default}] + Ks(K1,1) · 1 - ["Lactic acid"] Kla(K1,1) d [TetRg] · Vc1 dt = - Vc1 · Vo(K1,1) + V1(K1,1) · 1 - tanh [TetRg] · - ln ["H+{c1}"] - 5.5 · GR(K1,1) - ["complex 1"] · dm(K1,1) + umax(K1,1) · [Lactate{default}] [Lactate{default}] + Ks(K1,1) · 1 - ["Lactic acid"] Kla(K1,1) d [mTetR] · Vc1 dt = - Vc1 · k1(K1) · [mTetR] + Vc1 · k1(K1,2) · ["complex 1"] - Vc1 · V(d1,2) · [mTetR] Km(d1,2) + [mTetR] d [dmLuxI] · Vc1 dt = + Vc1 · V(d2,3) · [mLuxI] Km(d2,3) + [mLuxI] d [dLuxI] · Vc1 dt = + Vc1 · V(d3) · [LuxI] Km(d3) + [LuxI] d [dmTetR] · Vc1 dt = + Vc1 · V(d1,2) · [mTetR] Km(d1,2) + [mTetR] d ["dmD-LDH"] · Vc1 dt = + Vc1 · V(d2,2) · ["mD-LDH"] Km(d2,2) + ["mD-LDH"] d [mLuxI] · Vc1 dt = - Vc1 · k1(K3) · [mLuxI] - Vc1 · V(d2,3) · [mLuxI] Km(d2,3) + [mLuxI] + Vc1 · k1(K2,3) · ["Gen 1"] d ["dD-LDH"] · Vc1 dt = + Vc1 · V(d2) · ["D-LDH"] Km(d2) + ["D-LDH"] d ["mD-LDH"] · Vc1 dt = - Vc1 · k1(K2) · ["mD-LDH"] + Vc1 · k1(K2,2) · ["Gen 1"] - Vc1 · V(d2,2) · ["mD-LDH"] Km(d2,2) + ["mD-LDH"] d ["H+{default}"] · Vdefault dt = - Vf(E4) · ["H+{default}"] Kms(E4) - Vr(E4) · ["H+{c1}"] Kmp(E4) 1 + ["H+{default}"] Kms(E4) + ["H+{c1}"] Kmp(E4) - Vdefault · k1(Ka) · ["H+{default}"] · [Lactate{default}] - k2(Ka) · ["Lactic acid"] d [Lactate{default}] · Vdefault dt = - Vdefault · k1(Ka) · ["H+{default}"] · [Lactate{default}] - k2(Ka) · ["Lactic acid"] + Vf(S1) · [Lactate{c1}] Kms(S1) - Vr(S1) · [Lactate{default}] Kmp(S1) 1 + [Lactate{c1}] Kms(S1) + [Lactate{default}] Kmp(S1) - Vf(E1) · [Lactate{default}] Kms(E1) - Vr(E1) · [Lactate{c2}] Kmp(E1) 1 + [Lactate{default}] Kms(E1) + [Lactate{c2}] Kmp(E1) d ["Lactic acid"] · Vdefault dt = + Vdefault · k1(Ka) · ["H+{default}"] · [Lactate{default}] - k2(Ka) · ["Lactic acid"] d [HSL{default}] · Vdefault dt = - D(E2) · [HSL{default}] - [HSL{c2}] + k1(E2) · fl(E2) - k2(E2) · [HSL{default}] + D(S2) · [HSL{c1}] - [HSL{default}] + k1(S2) · fl(S2) - k2(S2) · [HSL{c1}] d ["PLA-Phasin-Hly{default}"] · Vdefault dt = + k1(S3) · ["PLA-Phasin-Hly{c2}"] d [dTetR] · Vdefault dt = + V(d1) · [TetR] Km(d1) + [TetR] d [HSL{c2}] · Vc2 dt = + D(E2) · [HSL{default}] - [HSL{c2}] + k1(E2) · fl(E2) - k2(E2) · [HSL{default}] - 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Vr(K6) · ["Lactyl-CoA"] · [Acetate] Kmp(K6) 1 + [Lactate{c2}] · ["acetyl-CoA"] Kms(K6) + ["Lactyl-CoA"] · [Acetate] Kmp(K6) - Vc2 · Vf(K7) · [phaC] · ["Lactyl-CoA"] - [PLA] Keq(K7) ["Lactyl-CoA"] + Kms(K7) · 1 + [PLA] Kmp(K7) d ["acetyl-CoA"] · Vc2 dt = - Vc2 · por(K6) · ["P-CoA-T"] · Vf(K6) · [Lactate{c2}] · ["acetyl-CoA"] Kms(K6) - Vr(K6) · ["Lactyl-CoA"] · [Acetate] Kmp(K6) 1 + [Lactate{c2}] · ["acetyl-CoA"] Kms(K6) + ["Lactyl-CoA"] · [Acetate] Kmp(K6) d [dphaC] · Vc2 dt = + Vc2 · V(d10) · [phaC] Km(d10) + [phaC] d [phaC] · Vc2 dt = + Vc2 · k1(K10) · [mphaC] - Vc2 · V(d10) · [phaC] Km(d10) + [phaC] d ["Phasin-Hly"] · Vc2 dt = + Vc2 · k1(K11) · ["mPhasin-Hly"] - Vc2 · V(d11) · ["Phasin-Hly"] Km(d11) + ["Phasin-Hly"] - Vc2 · k1(K12) · ["Phasin-Hly"] · [PLA] - k2(K12) · ["PLA-Phasin-Hly{c2}"] d ["dPhasin-Hly"] · Vc2 dt = + Vc2 · V(d11) · ["Phasin-Hly"] Km(d11) + ["Phasin-Hly"] d ["dmPhasin-Hly"] · Vc2 dt = + Vc2 · V(d11,2) · ["mPhasin-Hly"] Km(d11,2) + ["mPhasin-Hly"] d ["mPhasin-Hly"] · Vc2 dt = - 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Vc2 · k1(K10) · [mphaC] + Vc2 · k1(K9,3) · ["complex 3"] - Vc2 · V(d9,3) · [mphaC] Km(d9,3) + [mphaC] d ["Phasin-Hlyg"] · Vc2 dt = - Vc2 · c0(K11,1) + c1(K11,1) · [HSL/LuxR] 1 + c0(K11,1) + c1(K11,1) · [HSL/LuxR] + c2(K11,1) · ["Phasin-Hlyg"] + c1(K11,1) · c2(K11,1) · [HSL/LuxR] · ["Phasin-Hlyg"] d [LuxRg] · Vc2 dt = - Vc2 · k1(K8,1) · [LuxRg] d [HSL/LuxR] · Vc2 dt = + Vc2 · 0.5 3600e-9 · [LuxR] + K(K5) 4 · [HSL{c2}] 2 - [LuxR] + K(K5) 4 · [HSL{c2}] 2 - [LuxR] 2 0.5 - Vc2 · c0(K9,1) + c1(K9,1) · [HSL/LuxR] 1 + c0(K9,1) + c1(K9,1) · [HSL/LuxR] + c2(K9,1) · ["Gen 2"] + c1(K9,1) · c2(K9,1) · [HSL/LuxR] · ["Gen 2"] - Vc2 · c0(K11,1) + c1(K11,1) · [HSL/LuxR] 1 + c0(K11,1) + c1(K11,1) · [HSL/LuxR] + c2(K11,1) · ["Phasin-Hlyg"] + c1(K11,1) · c2(K11,1) · [HSL/LuxR] · ["Phasin-Hlyg"] d ["complex 4"] · Vc2 dt = + Vc2 · c0(K11,1) + c1(K11,1) · [HSL/LuxR] 1 + c0(K11,1) + c1(K11,1) · [HSL/LuxR] + c2(K11,1) · ["Phasin-Hlyg"] + c1(K11,1) · c2(K11,1) · [HSL/LuxR] · ["Phasin-Hlyg"] - Vc2 · k1(K11,2) · ["complex 4"] d ["complex 3"] · Vc2 dt = + Vc2 · c0(K9,1) + c1(K9,1) · [HSL/LuxR] 1 + c0(K9,1) + c1(K9,1) · [HSL/LuxR] + c2(K9,1) · ["Gen 2"] + c1(K9,1) · c2(K9,1) · [HSL/LuxR] · ["Gen 2"] - Vc2 · k1(K9,2) · ["complex 3"] - Vc2 · k1(K9,3) · ["complex 3"] d ["Gen 2"] · Vc2 dt = - Vc2 · c0(K9,1) + c1(K9,1) · [HSL/LuxR] 1 + c0(K9,1) + c1(K9,1) · [HSL/LuxR] + c2(K9,1) · ["Gen 2"] + c1(K9,1) · c2(K9,1) · [HSL/LuxR] · ["Gen 2"]