Difference between revisions of "Team:Peking/Parts"

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<html lang="en">
 
<html lang="en">
 
<head>
 
<head>
−
  <!-- Define Charset -->
 
 
   <meta charset="utf-8">
 
   <meta charset="utf-8">
−
  <!-- Responsive Metatag -->
 
 
   <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1, maximum-scale=1">
 
   <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1, maximum-scale=1">
−
    <!-- Page Description and Author -->
 
 
   <meta name="Peking-iGEM-2015" content="iGEM - Peking iGEM 2015">
 
   <meta name="Peking-iGEM-2015" content="iGEM - Peking iGEM 2015">
−
 
 
 
   <!--add  ?action=raw&amp;ctype=text/css    when using Css-->
 
   <!--add  ?action=raw&amp;ctype=text/css    when using Css-->
−
  <!-- Bootstrap CSS V  -->
+
   <link rel="stylesheet" href="https://2015.igem.org/Template:Peking/new?action=raw&amp;ctype=text/css" type="text/css" media="screen">
−
   <link rel="stylesheet" href="https://2015.igem.org/Template:Peking/CSS?action=raw&amp;ctype=text/css" type="text/css" media="screen">
+
   <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2015.igem.org/Template:Peking/Style/new?action=raw&amp;ctype=text/css" media="screen">
−
  <!-- Font Awesome CSS V -->
+
   <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2015.igem.org/Template:Peking/Responsive/new?action=raw&amp;ctype=text/css" media="screen">
−
  <!--<link rel="stylesheet" href="https://2015.igem.org/Template:Peking/CSS/Font?action=raw&amp;ctype=text/css" type="text/css" media="screen">-->
+
   <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2015.igem.org/Template:Peking/Animate/new?action=raw&amp;ctype=text/css" media="screen">
−
  <!-- Margo CSS Styles  V-->
+
   <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2015.igem.org/Template:Peking/Blue/new?action=raw&amp;ctype=text/css " title="blue" media="screen" />
−
   <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2015.igem.org/Template:Peking/CSS/Style?action=raw&amp;ctype=text/css" media="screen">
+
   <style type="text/css">/*get rid of the annoying iGEM style*/
−
  <!-- Responsive CSS Styles  -->
+
      #content{padding:0;border:0;width:100%;}
−
   <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2015.igem.org/Template:Peking/CSS/Responsive?action=raw&amp;ctype=text/css" media="screen">
+
       .firstHeading{visibility:hidden;}
−
  <!-- Css3 Transitions Styles  -->
+
       h2{border-bottom:none;padding-bottom:.5em;}     
−
   <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2015.igem.org/Template:Peking/CSS/Animate?action=raw&amp;ctype=text/css" media="screen">
+
      .carousel-control.left, .carousel-control.right{background-image: none}
−
  <!-- Color CSS Styles  -->
+
     /* to style the sidebar*/
−
   <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2015.igem.org/Template:Peking/Blue?action=raw&amp;ctype=text/css " title="blue" media="screen" />
+
−
 
+
−
   <style type="text/css">
+
−
      /*get rid of the annoying iGEM style*/
+
−
        #content{
+
−
            padding:0;
+
−
            border:0;
+
−
            width:100%;
+
−
        }
+
−
       .firstHeading{
+
−
        visibility:hidden;
+
−
      }
+
−
       h2{
+
−
        border-bottom:none;
+
−
        padding-bottom:.5em;
+
−
       
+
−
      }     
+
−
        .carousel-control.left, .carousel-control.right {
+
−
          background-image: none
+
−
        }
+
−
     /* to style the team page*/
+
−
        .individual-picture{
+
−
        max-width:200px;margin-top:5px; margin-bottom:10px;
+
−
        }
+
 
         @media (min-width:1024px){
 
         @media (min-width:1024px){
−
       #sidebar1{position:relative;top:120px;}
+
       #sidebar1{position:relative;top:120px;max-width:200px;}
 
       #sidebar2{display:none;}
 
       #sidebar2{display:none;}
 
       #nav-top{height:88px;}
 
       #nav-top{height:88px;}
−
 
 
     }
 
     }
 
       @media (max-width: 1023px){
 
       @media (max-width: 1023px){
 
       #sidebar1{display:none;}
 
       #sidebar1{display:none;}
 
       #sidebar2{display:block;}
 
       #sidebar2{display:block;}
−
 
 
     }
 
     }
−
        
+
    .back-to-top{z-index:9999;}
 +
       ul.dropdown{margin-left: 0px; margin-top: 0px;}
 +
    .classic-title span {
 +
    position: absolute;
 +
    margin-top: -30px;
 +
    border-bottom-color: #00afd1;
 +
}
 +
.page-banner{
 +
  background-color:#e0e0e0;margin-top:1%;margin-bottom:20px;padding:20px;padding-top:40px;
 +
}
 
     </style>
 
     </style>
−
   
+
</head>
  
−
  <!--[if IE 8]><script src="http://html5shiv.googlecode.com/svn/trunk/html5.js"></script><![endif]-->
 
−
  <!--[if lt IE 9]><script src="http://html5shiv.googlecode.com/svn/trunk/html5.js"></script><![endif]-->
 
−
 
 
−
</head>
 
 
<body>
 
<body>
 
   <!-- Container -->
 
   <!-- Container -->
 
   <div id="container">
 
   <div id="container">
−
   
+
    <!-- Start Header -->
−
    <!-- Start Header -->
+
−
    <div class="hidden-header"></div>
+
 
     <header class="clearfix">
 
     <header class="clearfix">
−
         
 
 
         <!-- Start  Logo & Naviagtion  -->
 
         <!-- Start  Logo & Naviagtion  -->
 
             <div class="navbar navbar-default navbar-top">
 
             <div class="navbar navbar-default navbar-top">
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                     <div class="navbar-header" >
 
                     <div class="navbar-header" >
 
                         <!-- Stat Toggle Nav Link For Mobiles -->
 
                         <!-- Stat Toggle Nav Link For Mobiles -->
−
                         <button type="button" class="navbar-toggle" data-toggle="collapse" data-target=".navbar-collapse" style="marginn-top:20px">
+
                         <button type="button" class="navbar-toggle" data-toggle="collapse" data-target=".navbar-collapse" style="margin-top:40px">
 
                             <i class="fa"><img  style="margin-left:0;height:30px;"src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/45/Peking-Hambergur-1.png" ></i>
 
                             <i class="fa"><img  style="margin-left:0;height:30px;"src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/45/Peking-Hambergur-1.png" ></i>
 
                         </button>
 
                         </button>
Line 87: Line 59:
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                     <div class="navbar-collapse collapse"  style="padding-top:5px;padding-bottom:0">
 
                     <div class="navbar-collapse collapse"  style="padding-top:5px;padding-bottom:0">
−
                       
 
 
                         <!-- Start Navigation List -->
 
                         <!-- Start Navigation List -->
−
                         <ul class="nav navbar-nav navbar-right " id="nav-top" style="padding-bottom:15px;padding-top:10px">
+
                         <ul class="nav navbar-nav navbar-right " style="padding-bottom:15px;height:88px;padding-top:10px">
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:Peking">Home</a>
+
                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/JudgingCriteria" class="active">Achievements</a>
−
                            </li>
+
−
              <li>
+
−
                                <a class="active" href="https://2015.igem.org/Team:Peking/JudgingCriteria">Achievements</a>
+
 
                                 <ul class="dropdown">
 
                                 <ul class="dropdown">
 
                                     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/JudgingCriteria">Judging Criteria</a>
 
                                     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/JudgingCriteria">Judging Criteria</a>
 
                                     </li>
 
                                     </li>
−
                                     <li><a class="active" href="#">Parts</a>
+
                                     <li><a class="active" href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Parts">Parts</a>
 
                                     </li>
 
                                     </li>
 
                                     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Collaborations">Collaborations</a>
 
                                     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Collaborations">Collaborations</a>
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                                     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Design">Overview</a>
 
                                     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Design">Overview</a>
 
                                     </li>
 
                                     </li>
−
<li><a href="#">Background</a>
+
<li><a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Design/PC_Reporter">Paired<span style="text-transform:lowercase"> d</span>Cas9 Reporter</a>                                   
 +
</li>
 +
                                    <li><a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Design/Isothermal">Iso-<span style="text-transform:lowercase">t</span>hermal Amplification</a></li>
 +
                                    <li><a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Device">Hardware</a>
 
                                     </li>
 
                                     </li>
−
                                     <li><a href="#">CRIPSR</a>
+
                                     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Design/Speculation">Speculation</a>
−
                                    </li>
+
−
                                    <li><a href="#">Isothermal PCR</a>
+
−
                                    </li>
+
−
                                    <li><a href="#">B. subtillis</a>
+
−
                                    </li>
+
−
                                    <li><a href="#">Device</a>
+
 
                                     </li>
 
                                     </li>
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Modeling">Modelling</a>
+
                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Modeling">Modeling</a>
 
                                 <ul class="dropdown">
 
                                 <ul class="dropdown">
−
                                     <li><a href="#">Link 1</a>
+
                                     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Modeling">Array Design</a>
 
                                     </li>
 
                                     </li>
−
                                     <li><a href="#">Link 2</a>
+
                                     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Modeling/Analysis">Analysis algorithm</a>
 
                                     </li>
 
                                     </li>
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Practices">Human Practice</a>
+
                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Practices">Practices</a>
 
                                 <ul class="dropdown">
 
                                 <ul class="dropdown">
−
                                     <li><a href="#">Link 1</a>
+
                                     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Practices">Overview</a>
 
                                     </li>
 
                                     </li>
−
                                     <li><a href="#">Link 2</a>
+
                                     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Practices/Background">TB Facts</a>
 +
                                    </li>
 +
                                    <li><a  href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Practices/Consultation">Consultation and Interview</a>
 
                                     </li>
 
                                     </li>
−
                                     <li><a href="#">Link 3</a>
+
                                     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Practices/Engagement">Public Engagement</a>
 
                                     </li>
 
                                     </li>
−
                                     <li><a href="#">Link 4</a>
+
                                     <li><a href="https://2015.igem.org/Team:Peking/Practices/Outreach">Ethics and Economics Issues</a>
 
                                     </li>
 
                                     </li>
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
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     <div class="page-banner">  
 
       <div class="container">
 
       <div class="container">
 
         <div class="row">
 
         <div class="row">
 
           <div class="col-md-6">
 
           <div class="col-md-6">
−
             <h2><b>Parts</b></h2>
+
             <h2 style="font-size:20px; margin-bottom:5px; padding-bottom:0" >Safety</h2>
−
             <p>Each part give us a new experience.</p>
+
             <p style="margin-top:0px;font-size:14px" id="Overview">Better to be safe than sorry.</p>
 
           </div>
 
           </div>
 
           <div class="col-md-6">
 
           <div class="col-md-6">
 
             <ul class="breadcrumbs">
 
             <ul class="breadcrumbs">
 
               <li><a href="https://2015.igem.org/Team:Peking">Home</a></li>
 
               <li><a href="https://2015.igem.org/Team:Peking">Home</a></li>
−
               <li>Achievements</li>
+
               <li>Lab</li>
 
             </ul>
 
             </ul>
 
           </div>
 
           </div>
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 +
 
     <!-- Start Content -->
 
     <!-- Start Content -->
 
     <div id="content">
 
     <div id="content">
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             <!--divider-->
 
             <!--divider-->
 
              
 
              
−
 
+
 
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        <!--FOOTER************FOOTER*******************FOOTER***************FOOTER************-->
+
   
 +
      <!--FOOTER************FOOTER*******************FOOTER***************FOOTER************-->
 
<!--******************************* the only thing to CHANGE is the SHARE LINK******************************-->
 
<!--******************************* the only thing to CHANGE is the SHARE LINK******************************-->
 
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     <!-- Start Footer -->
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     <footer style="margin-top:30px; padding:0">
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+
       <div class="container" >
−
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+
         <div class="row footer-widgets" style="padding:0:margin:0">  
 
            
 
            
 
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                             <ul class="social-icons" style="padding-top:0:padding-bottom:0;margin-top:0;margin-bottom:0">
−
                                 <li><!--HERE need to be changed-->
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                                 <li style="padding-top:0:padding-bottom:0;margin-top:0;margin-bottom:0"><!--HERE need to be changed-->
−
                                     <a class="twitter" target="_blank" href="https://twitter.com/home/?status=https://2015.igem.org/Team:Peking/Parts">
+
                                     <a class="twitter" target="_blank" href="https://twitter.com/home/?status=https://2015.igem.org/Team:Peking">
 
                                       <i class="fa">
 
                                       <i class="fa">
 
                                         <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/d0/Peking-twitter.png" style="height:20px;width:auto; margin-top:7px;">
 
                                         <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/d0/Peking-twitter.png" style="height:20px;width:auto; margin-top:7px;">
Line 336: Line 305:
 
                                     </a>
 
                                     </a>
 
                                 </li>
 
                                 </li>
−
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                                 <li><span>Email:</span> pekingigem@gmail.com</li>
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                                 <li><span>Email:</span> <a href="Mailto:pekingigem@gmail.com&amp;Subject=Hello&amp;Body=Hi, Peking iGEM!"style="color:#b4b4b4">pekingigem@gmail.com</li>
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                                 <li><span>Website:</span> <a href="2015.igem.org/Team:Peking" style="color:#b4b4b4">2015.igem.org/Team:Peking</a></li>
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                                 <li><span>Website:</span> <a href="2015.igem.org/Team:Peking" style="color:#b4b4b4"> 2015.igem.org/Team:Peking</a></li>
 
                                 <li><span>Address:</span> Peking University, <br>No.5 Yiheyuan Road Haidian District, <br>Beijing, P.R.China 100871</li>
 
                                 <li><span>Address:</span> Peking University, <br>No.5 Yiheyuan Road Haidian District, <br>Beijing, P.R.China 100871</li>
 
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                             <p>&copy; 2015 Peking iGEM -  All Rights Reserved. Based on Bootstrap and Margo template.</p>
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                             <p class="text-center">&copy; 2015 Peking iGEM -  All Rights Reserved. Based on <a href="http://getbootstrap.com/"style="color:#b4b4b4">Bootstrap</a> and Margo template.</p>
 
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obj.style.position = 'fixed';
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Revision as of 23:56, 18 September 2015

Peking iGEM 2015

Safety

Better to be safe than sorry.

Favorite Parts

Nluc-dCas9 fusion protein

(BBa_K1689010)

Nluc was fused to the N terminus of dCas9 to form the Nluc-dCas9 fusion protein. It is used to bind a DNA sequence guided by sgRNA. Paired with Cluc-dCas9 fusion protein ( BBa_K1689009) and sgRNAs, our paired dCas9 reporter system were constructed.

Cluc-dCas9 fusion protein

( BBa_K1689009)

Cluc was fused to the N terminus of dCas9 to form the Cluc-dCas9 fusion protein. It is used to bind a DNA sequence guided by sgRNA. Paired with Nluc-dCas9 fusion protein ( BBa_K1689010) and sgRNAs, our paired dCas9 reporter system were constructed.

sgRNA generator

(BBa_K1689000)

sgRNA generator is used for generating sgRNA which recognizes targeted DNA, then guiding dCas9 to it.

Part List

Loading.....

Parts for paired dCas9 reporter system

Nluc416-FRB(BBa_K1689003), FKBP-Cluc398(BBa_K1689005), Nluc398-FRB(BBa_K1689004) and FKBP-Cluc394(BBa_K1689006) are used to validate the reconsitituation activity of split luciferase.

Nluc-dCas9 (BBa_K1689010), Cluc-dCas9 ( BBa_K1689009), dCas9-Nluc(BBa_K1689008) and dCas9-Cluc (BBa_K1689007) fusion proteins are used for constructing paired dCas9 reporter system.

Δα-dCas9(BBa_K1689011), dCas9-Nlact(BBa_K1689012), Nlact-dCas9(BBa_K1689013), dCas9-Clact(BBa_K1689014), F[1,2]-dCas9(BBa_K1689015), dCas9- F[1,2](BBa_K1689016), F3-dCas9(BBa_K1689017), dCas9- F3(BBa_K1689018), dCas9-Δα(BBa_K1689019), delta omega-dCas9(BBa_K1689020) are used for further development of dectection.

Parts for Molecular Beacon

STV-Nluc(BBa_K1689001) and Cluc-STV(BBa_K1689002) are used for binding to molecular beocon.

Parts for sgRNA generation

sgRNA generator(BBa_K1689000) is used for generating sgRNA

Part collection

2015 Peking iGEM has not only transformed the sequence information into detectable bioluminescence, but also explore a wide range in which Paired dCas9 (PC) Reporter System is able to be applied. Since we have chosen split enzyme as our reporter, it can be substituted by various kinds of enzymes, thus the form of read-out will be abundant at the same time. That is, our PC reporter system has successfully provided a platform to produce a variety of signals.

We combine the specific sequence binding activity of dCas9 with diverse characteristics of split enzymes, thus creating a part collection named "PC Reporters Collection".

The Collection includes:

dCas9-split luciferase Parts

Nluc-dCas9 (BBa_K1689010)

Cluc-dCas9 ( BBa_K1689009)

dCas9-Nluc(BBa_K1689008)

dCas9-Cluc (BBa_K1689007)

dCas9-split Dihydrofolate Reductase Parts

F[1,2]-dCas9(BBa_K1689015)

F3-dCas9(BBa_K1689017)

dCas9-F[1,2](BBa_K1689016)

dCas9-F3(BBa_K1689018)

dCas9-split β–Lactamase Parts

dCas9-Nlact(BBa_K1689012)

Nlact-dCas9(BBa_K1689013)

dCas9-Clact(BBa_K1689014)

dCas9-splitβ–Galactosidase Parts

delta alpha-dCas9(BBa_K1689011)

dCas9-delta alpha(BBa_K1689019)

delta omega-dCas9(BBa_K1689020)

Among them, the PC reporters with split luciferase oxidizes luciferin and gives out bioluminescence signal, while the other three reporters take electric signal as their output, which is also able to be detected and qualified.