Difference between revisions of "Team:William and Mary/Part Collection"

 
(16 intermediate revisions by 4 users not shown)
Line 76: Line 76:
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary#parts" data-scroll="true" data-id="#parts">
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary#parts">
 
                             Parts
 
                             Parts
 
                             </a>
 
                             </a>
Line 82: Line 82:
 
                         <li>
 
                         <li>
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement">  
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement">  
                             Measurement
+
                             Results
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Modeling">
 +
                            Modeling
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
Line 106: Line 111:
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
                             <a href="http://issuu.com/wmigem/docs/wmigemsynbiodraft150806">  
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary#ref">  
                             Curriculum on ISSUU.com
+
                             References
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary#ref" data-scroll="true" data-id="#ref">  
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Medal_Criteria">  
                             Notebook, Safety, & Attributions
+
                             Medal Criteria
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Medal_Criteria">  
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Team">  
                             Medal Criteria
+
                             Team
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
Line 142: Line 147:
 
                             <div class="text-area">
 
                             <div class="text-area">
 
                                 <div class="title">
 
                                 <div class="title">
                                     <p class="h2WM">Part Collections</p>
+
                                     <p class="h2WM">Part Collection</p>
<!--                                    <div class="separator-container">
+
<p>In keeping with our theme of promoter effects on transcription, we created a suite of guide RNAs for the targeted dCas9 repression of 11 of the most frequently used promoters in the Registry. For cells which express a dCas9 protein, the transformation of any of our guide RNA parts will repress the expression of any protein under the associated promoter. We also included a scrambled guide RNA to serve as a negative control for troubleshooting purposes.
                                        <div class="separator line-separator"></div>
+
 
                                    </div>-->
+
<p>(BELOW) An example of repression: fluorescence values for RFP under the R0010 promoter, in cells with and without the R0010 guide RNA.</p>
                                    <p>In deciding which parts to submit to the iGEM Registry we focused on three main aspects.</p>
+
<p><img src = "https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/cf/WMdCas9_Repression_Plot.png" width = 500></p>
<p>First: ensuring our project is as reproducible and extensible as possible. To that end we have submitted all of new composite fluorescent protein parts that we constructed during the project. Second: Making genome integration as straightforward as possible for iGEM teams. In order to accomplish this goal we designed, tested, and validated a new integrator cassette that allows for simple genome integration using either 3A or Gibson Assembly.  Third: Increasing the number of tools available for promoter-mediated regulation in synthetic biology. We created and validated an E. coli codon optimized dCas9 variant and a suite of gRNAs to target the most commonly used promoters in iGEM.   </p>
+
 
 +
<p>The breadth of the variety in our part collection provides future teams with the flexibility required to actualize their network designs without inhibition from a lack of resources. </p>
 
</p>
 
</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <div class="row" id="projectsLine1">
+
             
                                <div class="col-md-4">
+
                     
                                    <div class="project">
+
     
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/bf/Wm15integration.jpg">
+
        <div class="body-layer"></div>
                                        <a class="over-area color-green" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="integrator">
+
    </body>
                                            <div class="content">
+
   
                                                <h4>Integrator Suites</h4>
+
                      <footer class="footer footer-color-black" data-color="black">
                                                <p>Click for details.</p>
+
                            <div class="container">
                                            </div>
+
                                <nav class="pull-left navbar-burger">
                                         </a>
+
                                    <ul>
                                     </div>
+
                                        <li>
 +
                                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary">
 +
                                                Home
 +
                                            </a>
 +
                                        </li>
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="mailto:igem@wm.edu">
 +
                                                Contact
 +
                                            </a>
 +
                                        </li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </nav>
 +
                                <div class="social-area pull-right">               
 +
                                    <a href="https://www.facebook.com/wmigem2015">
 +
                                        <i class="fa fa-facebook-square"></i>
 +
                                    </a>
 +
                                    <a href="https://twitter.com/wmigem">
 +
                                         <i class="fa fa-twitter"></i>
 +
                                     </a>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                 <div class="col-md-4">
+
                                 <div class="copyright">
                                     <div class="project">
+
                                     © 2015 William & Mary iGEM
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/cf/Wm15repression.jpg">
+
                                        <a class="over-area color-black" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="antibiotic">
+
                                            <div class="content">
+
                                                <h4>Antibiotic Operons</h4>
+
                                                <p>Click for details.</p>
+
                                            </div>
+
                                        </a>
+
                                    </div>
+
                                </div>
+
                                <div class="col-md-4">
+
                                    <div class="project">
+
                                        <img alt="dCas9 Plates" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/36/WMdCas9Plates.png">                                   
+
                                        <a class="over-area color-blue " href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="dcas">
+
                                            <div class="content">
+
                                                <h4>dCas9s</h4>
+
                                                <p>Click for details.</p>
+
                                            </div>
+
                                        </a>
+
                                    </div>
+
                                </div>
+
                                <div class="col-md-4">
+
                                    <div class="project">
+
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/dc/Wm15guide.jpg">
+
                                        <a class="over-area color-purple" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="grna">
+
                                            <div class="content">
+
                                                <h4>gRNAs</h4>
+
                                                <p>Click for details.</p>
+
                                            </div>
+
                                        </a>
+
                                    </div>
+
                                </div>
+
                                <div class="col-md-4">
+
                                    <div class="project">
+
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4f/Wm15antibiotic.jpg">
+
                                        <a class="over-area color-green" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="xfp">
+
                                            <div class="content">
+
                                                <h4>XFPs under various promoters</h4>
+
                                                <p>Click for details.</p>
+
                                            </div>
+
                                        </a>
+
                                    </div>
+
                                </div>
+
                                <div class="col-md-4">
+
                                    <div class="project">
+
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3c/WMG2.png">
+
                                        <a class="over-area color-gold" href="#" target="g2">
+
                                            <div class="content">
+
                                                <h4>G^2</h4>
+
                                                <p>Click for details.</p>
+
                                            </div>
+
                                        </a>
+
                                    </div>
+
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
                         </div>
+
                         </footer>  
                        <!-- End Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
+
                     
+
       
+
       
+
        <!--  Here are the examples of the content for each project that is viewed inside of the page. You can create how many projects you want if you set the specific #id     
+
        -->
+
       
+
        <div class="project-content" id="integrator">
+
          <div>
+
            <div class="project-details">
+
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
+
              <div class="container">
+
                <div class="project-title">
+
                  <p class "h2WM">Integrator Suites</p>
+
                </div>
+
                <div class="row">
+
                  <div class="col-md-4">
+
                    <div class="project-text">
+
                      <p><span>Detail</span>1</p>
+
                      <p><span>Detail</span>2</p>
+
                      <p><span>Detail</span>3</p>
+
                      <p><span>Detail</span>4</p>
+
                      <br>
+
                      <p>text</p>
+
                      <p>text</p>
+
                    </div>
+
                  </div>
+
                  <div class="col-md-8">
+
                    <div class="row">
+
                        <div class="col-md-6">
+
                            <div class="project-image">
+
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
                            </div>
+
                        </div>
+
                        <div class="col-md-6">
+
                            <div class="project-image">
+
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
                            </div>
+
                        </div>
+
                          <div class="col-md-6">
+
                            <div class="project-image">
+
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
                            </div>
+
                        </div>
+
                        <div class="col-md-6">
+
                            <div class="project-image">
+
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
                            </div>
+
                        </div>
+
                    </div>
+
                  </div>
+
                </div>
+
              </div>
+
            </div>
+
          </div>
+
 
         </div>
 
         </div>
 
              <div class="project-content" id="antibiotic">
 
          <div>
 
            <div class="project-details">
 
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
 
              <div class="container">
 
                <div class="project-title">
 
                    <p class "h2WM">Antibiotic Operons</p>
 
                </div>
 
                <div class="row">
 
                  <div class="col-md-4">
 
                    <div class="project-text">
 
                      <p><span>Detail</span>1</p>
 
                      <p><span>Detail</span>2</p>
 
                      <p><span>Detail</span>3</p>
 
                      <p><span>Detail</span>4</p>
 
                      <br>
 
                      <p>text</p>
 
                      <p>text</p>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                  <div class="col-md-8">
 
                    <div class="row">
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                          <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                </div>
 
              </div>
 
            </div>
 
          </div>
 
        </div>
 
 
 
              <div class="project-content" id="dcas">
 
          <div>
 
            <div class="project-details">
 
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
 
              <div class="container">
 
                <div class="project-title">
 
                    <p class "h2WM">dCas9s</p>
 
                </div>
 
                <div class="row">
 
                  <div class="col-md-4">
 
                    <div class="project-text">
 
                      <p><span>Detail</span>1</p>
 
                      <p><span>Detail</span>2</p>
 
                      <p><span>Detail</span>3</p>
 
                      <p><span>Detail</span>4</p>
 
                      <br>
 
                      <p>text</p>
 
                      <p>text</p>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                  <div class="col-md-8">
 
                    <div class="row">
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                          <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                </div>
 
              </div>
 
            </div>
 
          </div>
 
        </div>
 
 
 
              <div class="project-content" id="grna">
 
          <div>
 
            <div class="project-details">
 
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
 
              <div class="container">
 
                <div class="project-title">
 
                    <p class "h2WM">gRNAs</p>
 
                </div>
 
                <div class="row">
 
                  <div class="col-md-4">
 
                    <div class="project-text">
 
                      <p><span>Detail</span>1</p>
 
                      <p><span>Detail</span>2</p>
 
                      <p><span>Detail</span>3</p>
 
                      <p><span>Detail</span>4</p>
 
                      <br>
 
                      <p>text</p>
 
                      <p>text</p>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                  <div class="col-md-8">
 
                    <div class="row">
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                          <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                </div>
 
              </div>
 
            </div>
 
          </div>
 
        </div>
 
       
 
 
              <div class="project-content" id="xfp">
 
          <div>
 
            <div class="project-details">
 
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
 
              <div class="container">
 
                <div class="project-title">
 
                    <p class "h2WM">XFPs Under Various Promoters</p>
 
                </div>
 
                <div class="row">
 
                  <div class="col-md-4">
 
                    <div class="project-text">
 
                      <p><span>Detail</span>1</p>
 
                      <p><span>Detail</span>2</p>
 
                      <p><span>Detail</span>3</p>
 
                      <p><span>Detail</span>4</p>
 
                      <br>
 
                      <p>text</p>
 
                      <p>text</p>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                  <div class="col-md-8">
 
                    <div class="row">
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                          <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                </div>
 
              </div>
 
            </div>
 
          </div>
 
        </div>
 
 
 
              <div class="project-content" id="g2">
 
          <div>
 
            <div class="project-details">
 
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
 
              <div class="container">
 
                <div class="project-title">
 
                    <p class "h2WM">G^2</p>
 
                </div>
 
                <div class="row">
 
                  <div class="col-md-4">
 
                    <div class="project-text">
 
                      <p><span>Detail</span>1</p>
 
                      <p><span>Detail</span>2</p>
 
                      <p><span>Detail</span>3</p>
 
                      <p><span>Detail</span>4</p>
 
                      <br>
 
                      <p>text</p>
 
                      <p>text</p>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                  <div class="col-md-8">
 
                    <div class="row">
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                          <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                </div>
 
              </div>
 
            </div>
 
          </div>
 
        </div>
 
 
        <div class="body-layer"></div>
 
    </body>
 
   
 
   
 
 
      
 
      
 
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/jquery1112minJS?
 
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/jquery1112minJS?

Latest revision as of 04:43, 21 November 2015

NOISE - W&M iGEM

Part Collection

In keeping with our theme of promoter effects on transcription, we created a suite of guide RNAs for the targeted dCas9 repression of 11 of the most frequently used promoters in the Registry. For cells which express a dCas9 protein, the transformation of any of our guide RNA parts will repress the expression of any protein under the associated promoter. We also included a scrambled guide RNA to serve as a negative control for troubleshooting purposes.

(BELOW) An example of repression: fluorescence values for RFP under the R0010 promoter, in cells with and without the R0010 guide RNA.

The breadth of the variety in our part collection provides future teams with the flexibility required to actualize their network designs without inhibition from a lack of resources.