Difference between revisions of "Team:William and Mary/Part Collection"

(Prototype team page)
 
Line 1: Line 1:
−
{{William_and_Mary}}
 
−
<html>
 
  
−
<h2> Part Collection</h2>
+
<html lang="en">
 +
<cfheader name="X-XSS-Protection" value="1">
 +
    <head>
 +
        <meta charset="utf-8" />
 +
<link rel="icon" type="image/png" href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/ea/WMFavicon.png">
  
 +
        <meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge,chrome=1" />
 +
        <title>NOISE - W&M iGEM</title>
 +
        <meta content='width=device-width, initial-scale=1.0, maximum-scale=1.0, user-scalable=0' name='viewport' />
 +
        <link href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/bootstrap?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
 +
<link href="https://2015.igem.org/Team:Stockholm/fixbootstrap?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
 +
        <link href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/rubick?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
 +
        <link href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/demo?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
 +
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/jquerybxsliderCSS?action=raw&ctype=text/css" />
  
−
<div class="highlightBox">
+
        <!--    Fonts and icons    -->
−
<h4>Note</h4>
+
        <link href="http://maxcdn.bootstrapcdn.com/font-awesome/4.2.0/css/font-awesome.min.css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
−
<p>In order to be considered for the <a href="https://2015.igem.org/Judging/Awards#SpecialPrizes">Best Part Collection award</a>, you must fill out this page.</p>
+
        <link href='http://fonts.googleapis.com/css?family=Droid+Serif:400,700' rel='stylesheet' type='text/css'>
−
</div>
+
        <link href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/pe-icon-7-stroke?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
 +
        <link href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Rubik-Fonts?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
 +
       
 +
<!-- the wiki settings in the section immediately below are from UC San Diego 2015 -->
 +
        <style type="text/css">
 +
/* WIKI SETTINGS*/
 +
 +
/* Hide first heading */
 +
.firstHeading {
 +
display: none;
 +
}
 +
 +
/*-- Remove borders, float content left and remove padding/margin */
 +
#globalWrapper, #content{
 +
background-color: transparent;
 +
border: none;
 +
float: center;
 +
                                width: 101%;
 +
margin-left: -3px;
 +
margin-top: -8px;
 +
padding: auto;
 +
}
  
 +
/*left align Black Menu Bar */
 +
#top_menu_inside {
 +
margin-left: 0px;
 +
}
 +
</style>
  
−
<p>Did your team make a lot of great parts? Is there a theme that ties all your parts together? Do you have more than 10 parts in this collection? Did you make a CRISPR collection, a MoClo collection, or a collection of awesome pigment parts? Describe your parts collection on this page, so the judges can evaluate you for the Best Part Collection award.</p>
+
    </head>
 +
    <body class="landing-page">
 +
        <nav class="navbar navbar-default navbar-fixed-top navbar-burger" role="navigation">
 +
            <!-- if you want to keep the navbar hidden you can add this class to the navbar "navbar-burger"-->
 +
            <div class="container">
 +
                <div class="navbar-header">
 +
                    <button id="menu-toggle" type="button" class="navbar-toggle" data-toggle="collapse" data-target="#example">
 +
                    <span class="sr-only">Toggle navigation</span>
 +
                    <span class="icon-bar bar1"></span>
 +
                    <span class="icon-bar bar2"></span>
 +
                    <span class="icon-bar bar3"></span>
 +
                    </button>
 +
<a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary" class="navbar-brand">W&M iGEM 2015</a>
 +
                </div>
 +
                <div class="collapse navbar-collapse">
 +
                    <ul class="nav navbar-nav navbar-right navbar-uppercase">
 +
<p>     </p>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Description">
 +
                            Project Description
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Parts">
 +
                            Parts
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Basic_Part">
 +
                            Basic Part
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Composite_Part">
 +
                            Composite Part
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Part_Collection">
 +
                            Part Collections
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement">
 +
                            Measurement
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Interlab_Study">
 +
                            Interlab Study
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Collaborations">
 +
                            Collaboration
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Software">
 +
                          Software
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">
 +
                            Human Practices
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary#ref" data-scroll="true" data-id="#ref">
 +
                            Notebook, Safety, & Attributions
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
        </nav>
 +
       
 +
       
 +
       
 +
       
 +
       
 +
       
 +
        <div class="wrapper">
 +
       
 +
       
 +
       
 +
            <!--    replace this line with the code generated with the rubik-builder.html              -->
  
 +
                   
 +
                        <!-- Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
 +
                        <div class="section section-we-made-1 section-with-hover" id="projects1">
 +
                            <div class="text-area">
 +
                                <div class="title">
 +
                                    <p class="h2WM">Part Collections</p>
 +
<!--                                    <div class="separator-container">
 +
                                        <div class="separator line-separator">✻</div>
 +
                                    </div>-->
 +
                                    <p>In deciding which parts to submit to the iGEM Registry we focused on three main aspects.</p>
 +
<p>First: ensuring our project is as reproducible and extensible as possible. To that end we have submitted all of new composite fluorescent protein parts that we constructed during the project. Second: Making genome integration as straightforward as possible for iGEM teams. In order to accomplish this goal we designed, tested, and validated a new integrator cassette that allows for simple genome integration using either 3A or Gibson Assembly.  Third: Increasing the number of tools available for promoter-mediated regulation in synthetic biology. We created and validated an E. coli codon optimized dCas9 variant and a suite of gRNAs to target the most commonly used promoters in iGEM.  </p>
 +
</p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="row" id="projectsLine1">
 +
                                <div class="col-md-4">
 +
                                    <div class="project">
 +
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/bf/Wm15integration.jpg">
 +
                                        <a class="over-area color-green" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="integrator">
 +
                                            <div class="content">
 +
                                                <h4>Integrator Suites</h4>
 +
                                                <p>Click for details.</p>
 +
                                            </div>
 +
                                        </a>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-md-4">
 +
                                    <div class="project">
 +
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/cf/Wm15repression.jpg">
 +
                                        <a class="over-area color-black" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="antibiotic">
 +
                                            <div class="content">
 +
                                                <h4>Antibiotic Operons</h4>
 +
                                                <p>Click for details.</p>
 +
                                            </div>
 +
                                        </a>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-md-4">
 +
                                    <div class="project">
 +
                                        <img alt="dCas9 Plates" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/36/WMdCas9Plates.png">                                   
 +
                                        <a class="over-area color-blue " href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="dcas">
 +
                                            <div class="content">
 +
                                                <h4>dCas9s</h4>
 +
                                                <p>Click for details.</p>
 +
                                            </div>
 +
                                        </a>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-md-4">
 +
                                    <div class="project">
 +
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/dc/Wm15guide.jpg">
 +
                                        <a class="over-area color-purple" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="grna">
 +
                                            <div class="content">
 +
                                                <h4>gRNAs</h4>
 +
                                                <p>Click for details.</p>
 +
                                            </div>
 +
                                        </a>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-md-4">
 +
                                    <div class="project">
 +
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4f/Wm15antibiotic.jpg">
 +
                                        <a class="over-area color-green" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="xfp">
 +
                                            <div class="content">
 +
                                                <h4>XFPs under various promoters</h4>
 +
                                                <p>Click for details.</p>
 +
                                            </div>
 +
                                        </a>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-md-4">
 +
                                    <div class="project">
 +
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3c/WMG2.png">
 +
                                        <a class="over-area color-gold" href="#" target="g2">
 +
                                            <div class="content">
 +
                                                <h4>G^2</h4>
 +
                                                <p>Click for details.</p>
 +
                                            </div>
 +
                                        </a>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <!-- End Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
 +
                     
 +
       
 +
       
 +
        <!--  Here are the examples of the content for each project that is viewed inside of the page. You can create how many projects you want if you set the specific #id     
 +
        -->
 +
       
 +
        <div class="project-content" id="integrator">
 +
          <div>
 +
            <div class="project-details">
 +
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
 +
              <div class="container">
 +
                <div class="project-title">
 +
                  <p class "h2WM">Integrator Suites</p>
 +
                </div>
 +
                <div class="row">
 +
                  <div class="col-md-4">
 +
                    <div class="project-text">
 +
                      <p><span>Detail</span>1</p>
 +
                      <p><span>Detail</span>2</p>
 +
                      <p><span>Detail</span>3</p>
 +
                      <p><span>Detail</span>4</p>
 +
                      <br>
 +
                      <p>text</p>
 +
                      <p>text</p>
 +
                    </div>
 +
                  </div>
 +
                  <div class="col-md-8">
 +
                    <div class="row">
 +
                        <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                          <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                  </div>
 +
                </div>
 +
              </div>
 +
            </div>
 +
          </div>
 +
        </div>
  
−
</div>
+
              <div class="project-content" id="antibiotic">
 +
          <div>
 +
            <div class="project-details">
 +
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
 +
              <div class="container">
 +
                <div class="project-title">
 +
                    <p class "h2WM">Antibiotic Operons</p>
 +
                </div>
 +
                <div class="row">
 +
                  <div class="col-md-4">
 +
                    <div class="project-text">
 +
                      <p><span>Detail</span>1</p>
 +
                      <p><span>Detail</span>2</p>
 +
                      <p><span>Detail</span>3</p>
 +
                      <p><span>Detail</span>4</p>
 +
                      <br>
 +
                      <p>text</p>
 +
                      <p>text</p>
 +
                    </div>
 +
                  </div>
 +
                  <div class="col-md-8">
 +
                    <div class="row">
 +
                        <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                          <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                  </div>
 +
                </div>
 +
              </div>
 +
            </div>
 +
          </div>
 +
        </div>
  
 +
 +
              <div class="project-content" id="dcas">
 +
          <div>
 +
            <div class="project-details">
 +
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
 +
              <div class="container">
 +
                <div class="project-title">
 +
                    <p class "h2WM">dCas9s</p>
 +
                </div>
 +
                <div class="row">
 +
                  <div class="col-md-4">
 +
                    <div class="project-text">
 +
                      <p><span>Detail</span>1</p>
 +
                      <p><span>Detail</span>2</p>
 +
                      <p><span>Detail</span>3</p>
 +
                      <p><span>Detail</span>4</p>
 +
                      <br>
 +
                      <p>text</p>
 +
                      <p>text</p>
 +
                    </div>
 +
                  </div>
 +
                  <div class="col-md-8">
 +
                    <div class="row">
 +
                        <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                          <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                  </div>
 +
                </div>
 +
              </div>
 +
            </div>
 +
          </div>
 +
        </div>
 +
 +
 +
              <div class="project-content" id="grna">
 +
          <div>
 +
            <div class="project-details">
 +
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
 +
              <div class="container">
 +
                <div class="project-title">
 +
                    <p class "h2WM">gRNAs</p>
 +
                </div>
 +
                <div class="row">
 +
                  <div class="col-md-4">
 +
                    <div class="project-text">
 +
                      <p><span>Detail</span>1</p>
 +
                      <p><span>Detail</span>2</p>
 +
                      <p><span>Detail</span>3</p>
 +
                      <p><span>Detail</span>4</p>
 +
                      <br>
 +
                      <p>text</p>
 +
                      <p>text</p>
 +
                    </div>
 +
                  </div>
 +
                  <div class="col-md-8">
 +
                    <div class="row">
 +
                        <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                          <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                  </div>
 +
                </div>
 +
              </div>
 +
            </div>
 +
          </div>
 +
        </div>
 +
       
 +
 +
              <div class="project-content" id="xfp">
 +
          <div>
 +
            <div class="project-details">
 +
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
 +
              <div class="container">
 +
                <div class="project-title">
 +
                    <p class "h2WM">XFPs Under Various Promoters</p>
 +
                </div>
 +
                <div class="row">
 +
                  <div class="col-md-4">
 +
                    <div class="project-text">
 +
                      <p><span>Detail</span>1</p>
 +
                      <p><span>Detail</span>2</p>
 +
                      <p><span>Detail</span>3</p>
 +
                      <p><span>Detail</span>4</p>
 +
                      <br>
 +
                      <p>text</p>
 +
                      <p>text</p>
 +
                    </div>
 +
                  </div>
 +
                  <div class="col-md-8">
 +
                    <div class="row">
 +
                        <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                          <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                  </div>
 +
                </div>
 +
              </div>
 +
            </div>
 +
          </div>
 +
        </div>
 +
 +
 +
              <div class="project-content" id="g2">
 +
          <div>
 +
            <div class="project-details">
 +
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
 +
              <div class="container">
 +
                <div class="project-title">
 +
                    <p class "h2WM">G^2</p>
 +
                </div>
 +
                <div class="row">
 +
                  <div class="col-md-4">
 +
                    <div class="project-text">
 +
                      <p><span>Detail</span>1</p>
 +
                      <p><span>Detail</span>2</p>
 +
                      <p><span>Detail</span>3</p>
 +
                      <p><span>Detail</span>4</p>
 +
                      <br>
 +
                      <p>text</p>
 +
                      <p>text</p>
 +
                    </div>
 +
                  </div>
 +
                  <div class="col-md-8">
 +
                    <div class="row">
 +
                        <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                          <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-md-6">
 +
                            <div class="project-image">
 +
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                  </div>
 +
                </div>
 +
              </div>
 +
            </div>
 +
          </div>
 +
        </div>
 +
 +
        <div class="body-layer"></div>
 +
    </body>
 +
   
 +
   
 +
   
 +
    <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/jquery1112minJS?
 +
action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
   
 +
    <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/bootstrapJS?
 +
action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
 
 +
 +
    <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/jquerywaypointsminJS?
 +
action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
 +
    <script type="text/javascript" src="http://presentation.paperplane.io/assets/js/modernizr.js"></script>
 +
 +
    <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/rubickJS?
 +
action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
</html>
 
</html>

Revision as of 18:55, 17 September 2015

NOISE - W&M iGEM

Part Collections

In deciding which parts to submit to the iGEM Registry we focused on three main aspects.

First: ensuring our project is as reproducible and extensible as possible. To that end we have submitted all of new composite fluorescent protein parts that we constructed during the project. Second: Making genome integration as straightforward as possible for iGEM teams. In order to accomplish this goal we designed, tested, and validated a new integrator cassette that allows for simple genome integration using either 3A or Gibson Assembly. Third: Increasing the number of tools available for promoter-mediated regulation in synthetic biology. We created and validated an E. coli codon optimized dCas9 variant and a suite of gRNAs to target the most commonly used promoters in iGEM.

Integrator Suites

Detail1

Detail2

Detail3

Detail4


text

text

...
...
...
...

Antibiotic Operons

Detail1

Detail2

Detail3

Detail4


text

text

...
...
...
...

dCas9s

Detail1

Detail2

Detail3

Detail4


text

text

...
...
...
...

gRNAs

Detail1

Detail2

Detail3

Detail4


text

text

...
...
...
...

XFPs Under Various Promoters

Detail1

Detail2

Detail3

Detail4


text

text

...
...
...
...

G^2

Detail1

Detail2

Detail3

Detail4


text

text

...
...
...
...