Difference between revisions of "Team:William and Mary/Parts"

 
(47 intermediate revisions by 5 users not shown)
Line 87: Line 87:
 
                         <li>
 
                         <li>
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement">  
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement">  
−
                             Measurement
+
                             Results
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
Line 113: Line 113:
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">  
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">  
 
                             Human Practices
 
                             Human Practices
−
                            </a>
 
−
                        </li>
 
−
                        <li>
 
−
                            <a href="http://issuu.com/wmigem/docs/wmigemsynbiodraft150806">
 
−
                            Curriculum on ISSUU.com
 
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary#ref">  
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary#ref">  
−
                             Notebook, Safety, & Attributions
+
                             References
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
Line 128: Line 123:
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Medal_Criteria">  
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Medal_Criteria">  
 
                             Medal Criteria
 
                             Medal Criteria
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Team">
 +
                            Team
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
Line 136: Line 136:
 
          
 
          
 
          
 
          
−
          
+
         <groupparts>
 
          
 
          
 
          
 
          
Line 154: Line 154:
 
                                     <p class="h2WM">All Parts (By Category)</p>
 
                                     <p class="h2WM">All Parts (By Category)</p>
 
<div class = "description">
 
<div class = "description">
−
                                     <p>In deciding which parts to submit to the iGEM Registry we focused on three main aspects.</p>
+
                                     <p>This year we submitted 25 parts to the iGEM registry. Browse them below. </div>
−
<p>1. Ensuring our project is as reproducible and extensible as possible. To that end we have submitted all of new composite fluorescent protein parts that we constructed during the project. </p><p>2. Making genome integration as straightforward as possible for iGEM teams. In order to accomplish this goal we designed, tested, and validated a new integrator cassette that allows for simple genome integration using either 3A or Gibson Assembly.  </p><p>3. Increasing the number of tools available for promoter-mediated regulation in synthetic biology. We created and validated an E. coli codon optimized dCas9 variant and a suite of gRNAs to target the most commonly used promoters in iGEM. </p></div>
+
 
</p>
 
</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
Line 171: Line 170:
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 +
 +
 +
 +
 
                                 <div class="col-md-4">
 
                                 <div class="col-md-4">
 
                                     <div class="project">
 
                                     <div class="project">
−
                                         <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/cf/Wm15repression.jpg">
+
                                         <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4f/Wm15antibiotic.jpg">
−
                                         <a class="over-area color-black" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="antibiotic">
+
                                         <a class="over-area color-green" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="xfp">
 
                                             <div class="content">
 
                                             <div class="content">
−
                                                 <h4>Antibiotic Operon</h4>
+
                                                 <h4>XFPs under various promoters</h4>
 
                                                 <p>Click for details.</p>
 
                                                 <p>Click for details.</p>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
Line 182: Line 185:
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 
                                 <div class="col-md-4">
 
                                 <div class="col-md-4">
 
                                     <div class="project">
 
                                     <div class="project">
Line 204: Line 213:
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 +
 +
 +
 
                                 <div class="col-md-4">
 
                                 <div class="col-md-4">
 
                                     <div class="project">
 
                                     <div class="project">
−
                                         <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4f/Wm15antibiotic.jpg">
+
                                         <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/cf/Wm15repression.jpg">
−
                                         <a class="over-area color-green" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="xfp">
+
                                         <a class="over-area color-black" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="antibiotic">
 
                                             <div class="content">
 
                                             <div class="content">
−
                                                 <h4>XFPs under various promoters</h4>
+
                                                 <h4>Antibiotic Operon</h4>
 
                                                 <p>Click for details.</p>
 
                                                 <p>Click for details.</p>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
Line 215: Line 227:
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 +
 +
 +
 
                                 <div class="col-md-4">
 
                                 <div class="col-md-4">
 
                                     <div class="project">
 
                                     <div class="project">
Line 220: Line 235:
 
                                         <a class="over-area color-gold" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="g2">
 
                                         <a class="over-area color-gold" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="g2">
 
                                             <div class="content">
 
                                             <div class="content">
−
                                                 <h4>G^2</h4>
+
                                                 <h4>Dual Fluorescent Plasmid</h4>
 
                                                 <p>Click for details.</p>
 
                                                 <p>Click for details.</p>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
Line 242: Line 257:
 
                 <div class="project-title">
 
                 <div class="project-title">
 
                   <p class "h2WM">Integrator Cassette</p>
 
                   <p class "h2WM">Integrator Cassette</p>
 +
                    <p class="large"><a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Composite_Part"> The Composite Part</a></p>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="row">
 
                 <div class="row">
−
                   <div class="col-md-4">
+
                   <div class="col-md-6">
 
                     <div class="project-text">
 
                     <div class="project-text">
 
                       <p><span><a href = "http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795023">BBa_K1795023</a></span></p>
 
                       <p><span><a href = "http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795023">BBa_K1795023</a></span></p>
 
                       <br>
 
                       <br>
−
                       <p>For our method of genome integration (notebook / protocol link) the input is linear DNA, generated by PCR, containing what you would like to integrate onto the genome and an antibiotic resistance cassette to allow for selection. The galK Integrator allows digestion with the standard BioBrick enzymes and 3A assembly of your part of interest to create the integration construct (see left).
+
                       <p>For our method of <a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Protocols:Integration">genome integration</a> the input is linear DNA, generated by PCR, containing what you would like to integrate onto the genome and an antibiotic resistance cassette to allow for selection. The galK Integrator allows digestion with the standard BioBrick enzymes and 3A assembly of your part of interest to create the integration construct (see right).
  
−
This product can then be amplified using primers (<a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Integration">details found here</a>) and then used in the integration protocol. We have successfully used the integrator to incorporate stretches of DNA up to 2.1kb into the galK locus, not including the resistance cassette (1179 bp).</p>
+
This product can then be amplified using primers (<a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Protocols:Integration">details found here</a>) and then used in the integration protocol. We have successfully used the integrator to incorporate stretches of DNA up to 2.1kb into the galK locus, not including the resistance cassette (1179 bp).</p>
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                   </div>
 
                   </div>
−
                <!-- <div class="col-md-3"> >
+
                  <div class="col-md-6">
 
                     <div>
 
                     <div>
 
                         <div>
 
                         <div>
 
                             <div class="project-image">
 
                             <div class="project-image">
−
                               <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/ba/WMIntegratorDiagram.png" width= "500"/>
+
                               <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/ba/WMIntegratorDiagram.png"/>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                   </div>
 
                   </div>
−
        <!--        </div> >
+
                </div>
 
               </div>
 
               </div>
 
             </div>
 
             </div>
Line 279: Line 295:
 
                   <div class="col-md-4">
 
                   <div class="col-md-4">
 
                     <div class="project-text">
 
                     <div class="project-text">
−
                       <p><span>Detail</span>1</p>
+
                       <p><span><a href = "http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795024">BBa_K1795024</a></span></p>
−
                      <p><span>Detail</span>2</p>
+
−
                      <p><span>Detail</span>3</p>
+
−
                      <p><span>Detail</span>4</p>
+
 
                       <br>
 
                       <br>
−
                       <p>text</p>
+
                       <p>Provides Kanamycin Resistance to the cell under the Promoter R0010.</p>
−
                      <p>text</p>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                   </div>
 
                   </div>
Line 292: Line 304:
 
                         <div class="col-md-6">
 
                         <div class="col-md-6">
 
                             <div class="project-image">
 
                             <div class="project-image">
−
                               <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
                               <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4a/WMFKanRMap.png"/>
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                          <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
Line 326: Line 323:
 
                 <div class="project-title">
 
                 <div class="project-title">
 
                     <p class "h2WM">dCas9s</p>
 
                     <p class "h2WM">dCas9s</p>
 +
<p class="large"><a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Basic_Part"> The Basic Part</a></p>
 
                 </div>
 
                 </div>
 +
 
                 <div class="row">
 
                 <div class="row">
−
                   <div class="col-md-4">
+
                   <div class="col-md-6">
 
                     <div class="project-text">
 
                     <div class="project-text">
−
                       <p><span><a href = "http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795000">BBa_K1795000</a></span>1</p>
+
                       <p><span><a href = "http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795000">BBa_K1795000</a></span></p>
−
                       <p><span><a href = "http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795001">BBa_K1795001</a></span>2</p>
+
                       <p><span><a href = "http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795001">BBa_K1795001</a></span></p>
 
                       <br>
 
                       <br>
−
                       <p>Part BBa_K1795000 is a dCas9 protein-coding region that has been optimized for expression in E. coli. Additionally, we created a functional dCas9 operon (http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795001) that, when transformed into E. coli is constitutively expressed.  For further details, please see our <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Basic_Part">Basic Part</a> page.</p>
+
                       <p>Part BBa_K1795000 is a dCas9 protein-coding region that has been optimized for expression in <i>E. coli</i>. Additionally, we created a functional dCas9 operon (<a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795001">BBa_K1795001</a>) that, when transformed into <i>E. coli</i> is constitutively expressed.  For further details, please see our <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Basic_Part">Basic Part</a> page.</p>
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                   </div>
 
                   </div>
−
                   <div class="col-md-8">
+
                   <div class="col-md-6">
 
                     <div class="row">
 
                     <div class="row">
−
                        <div class="col-md-6">
 
−
                            <div class="project-image">
 
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
−
                            </div>
 
−
                        </div>
 
−
                        <div class="col-md-6">
 
−
                            <div class="project-image">
 
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
−
                            </div>
 
−
                        </div>
 
−
                          <div class="col-md-6">
 
−
                            <div class="project-image">
 
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
−
                            </div>
 
−
                        </div>
 
−
                        <div class="col-md-6">
 
 
                             <div class="project-image">
 
                             <div class="project-image">
−
                               <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
                               <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/10/WMFdCas9Map.png"/>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
Line 374: Line 357:
 
                 <div class="project-title">
 
                 <div class="project-title">
 
                     <p class "h2WM">gRNAs</p>
 
                     <p class "h2WM">gRNAs</p>
 +
<p class="large"><a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Part_Collections">The Part Collection</a></p>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="row">
 
                 <div class="row">
−
                   <div class="col-md-4">
+
                   <div class="col-md-6">
 
                     <div class="project-text">
 
                     <div class="project-text">
−
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795002">Part:BBa_K17950002</a></span>1</p>
+
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795002">Part:BBa_K17950002</a></span> R0010 gRNA</p>
−
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795003">Part:BBa_K17950003</a></span>2</p>
+
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795003">Part:BBa_K17950003</a></span>R0051 gRNA</p>
−
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795004">Part:BBa_K17950004</a></span>3</p>
+
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795004">Part:BBa_K17950004</a></span>R0062 gRNA</p>
−
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795005">Part:BBa_K17950005</a></span>4</p>
+
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795005">Part:BBa_K17950005</a></span>R0011 gRNA</p>
−
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795006">Part:BBa_K17950006</a></span>5</p>
+
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795006">Part:BBa_K17950006</a></span>J23100 gRNA</p>
−
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795007">Part:BBa_K17950007</a></span>6</p>
+
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795007">Part:BBa_K17950007</a></span>J23101 gRNA</p>
−
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795008">Part:BBa_K17950008</a></span>7</p>
+
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795008">Part:BBa_K17950008</a></span>J23106 gRNA</p>
−
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795009">Part:BBa_K17950009</a></span>8</p>
+
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795009">Part:BBa_K17950009</a></span>J23117 gRNA</p>
−
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795010">Part:BBa_K17950010</a></span>9</p>
+
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795010">Part:BBa_K17950010</a></span>J23119 gRNA</p>
−
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795011">Part:BBa_K17950011</a></span>10</p>
+
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795011">Part:BBa_K17950011</a></span>I13453 gRNA</p>
−
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795012">Part:BBa_K17950012</a></span>10</p>
+
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795012">Part:BBa_K17950012</a></span>I0500 gRNA</p>
 +
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795013">Part:BBa_K17950013</a></span>Scrambled gRNA</p>
 
                       <br>
 
                       <br>
−
                       <p>To complete our creation of a codon-optimized dCas9 parts, we created functional gRNAs that target the most commonly used promoters in iGEM. These parts (BBa_K1795002- BBa_K1795012), when transformed into E. coli, constitutively express gRNA that, in complex with our dCas9 variant, will repress transcription of the targeted promoter.  We have also contributed a scramble gRNA (<a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K17950013">Part:BBa_K17950013</a>) that does not target any region in the E. coli genome and can be used as a negative control. For further details about our gRNAs, please see our <a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Part_Collection">Part Collections</a> page.
+
                        
−
</p>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                   </div>
 
                   </div>
−
                   <div class="col-md-8">
+
                   <div class="col-md-6">
 
                     <div class="row">
 
                     <div class="row">
−
                        <div class="col-md-6">
 
 
                             <div class="project-image">
 
                             <div class="project-image">
−
                               <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
                               <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/WMgRNAMap.png"/>
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                          <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
 
                         </div>
 
                         </div>
 +
                       
 
                     </div>
 
                     </div>
 +
<p>To complete our creation of a codon-optimized dCas9 parts, we created functional gRNAs that target the most commonly used promoters in iGEM. These parts (BBa_K1795002- BBa_K1795012), when transformed into <i>E. coli</i>, constitutively express gRNA that, in complex with our dCas9 variant, will repress transcription of the targeted promoter.  We have also contributed a Scrambled gRNA (<a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K17950013">Part:BBa_K17950013</a>) that does not target any region in the <i>E. coli</i> genome and can be used as a negative control. For further details about our gRNAs, please see our <a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Part_Collection">Part Collection</a> page.
 +
</p>
 
                   </div>
 
                   </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 431: Line 401:
 
               <div class="container">
 
               <div class="container">
 
                 <div class="project-title">
 
                 <div class="project-title">
−
                     <p class "h2WM">XFPs Under Various Promoters</p>
+
                     <p class "h2WM">CFPs/YFPs Under Various Promoters</p>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="row">
 
                 <div class="row">
−
                   <div class="col-md-4">
+
                   <div class="col-md-6">
 
                     <div class="project-text">
 
                     <div class="project-text">
−
                       <p><span>Detail</span>1</p>
+
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795014">Part:BBa_K1795014</a></span>YFP-LVA under R0040</p>
−
                       <p><span>Detail</span>2</p>
+
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795015">Part:BBa_K1795015</a></span>CFP-LVA under R0011</p>
−
                       <p><span>Detail</span>3</p>
+
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795016">Part:BBa_K1795016</a></span>YFP-LVA under R0011</p>
−
                       <p><span>Detail</span>4</p>
+
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795017">Part:BBa_K1795017</a></span>YFP-LVA under R0062</p>
 +
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795018">Part:BBa_K1795018</a></span>CFP-LVA under I13453</p>
 +
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795019">Part:BBa_K1795019</a></span>YFP-LVA under I13453</p>
 +
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795020">Part:BBa_K1795020</a></span>CFP-LVA under R0051</p>
 +
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795021">Part:BBa_K1795021</a></span>CFP-LVA under I0500</p>
 
                       <br>
 
                       <br>
−
                       <p>text</p>
+
                        
−
                      <p>text</p>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                   </div>
 
                   </div>
−
                   <div class="col-md-8">
+
                   <div class="col-md-6">
 
                     <div class="row">
 
                     <div class="row">
−
                        <div class="col-md-6">
 
 
                             <div class="project-image">
 
                             <div class="project-image">
−
                               <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
                               <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/cd/WMCFPMapExample.png"/>
 
                             </div>
 
                             </div>
−
                        </div>
 
−
                        <div class="col-md-6">
 
−
                            <div class="project-image">
 
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
−
                            </div>
 
−
                        </div>
 
−
                          <div class="col-md-6">
 
−
                            <div class="project-image">
 
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
−
                            </div>
 
−
                        </div>
 
−
                        <div class="col-md-6">
 
−
                            <div class="project-image">
 
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
−
                            </div>
 
−
                        </div>
 
 
                     </div>
 
                     </div>
 +
<p>In order to test multiple promoters for their intrinsic noise, we needed to construct composite parts that had the structure seen to the right.
 +
 +
In each construct the <a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_B0034">RBS</a> and <a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_B0015">DT</a> were kept constant throughout, but the promoter used to drive transcription was changed. Each construct was made in a CFP and YFP variant. Both the <a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_E0022">CFP</a> and <a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_E0032">YFP</a> used in this project have an LVA tag, decreasing the half-life of the protein. All of these parts have been sequenced confirmed and functionally validated.</p>
 
                   </div>
 
                   </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 482: Line 441:
 
               <div class="container">
 
               <div class="container">
 
                 <div class="project-title">
 
                 <div class="project-title">
−
                     <p class "h2WM">G^2</p>
+
                     <p class "h2WM">Dual Fluorescent Plasmid</p>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="row">
 
                 <div class="row">
 
                   <div class="col-md-4">
 
                   <div class="col-md-4">
 
                     <div class="project-text">
 
                     <div class="project-text">
−
                       <p><span><a href = "http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795022">Part:BBa_K1795022</a></span>1</p>
+
                       <p><span><a href = "http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795022">Part:BBa_K1795022</a></span></p>
 
                       <br>
 
                       <br>
−
                       <p>This plasmid (http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795022) consists of both a CFP-LVA driven by R0010 and YFP-LVA driven by R0010. This allows future teams to use this part to investigate transcriptional noise either on a low copy number plasmid or by integrating this part using our galK integrator (http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795023). </p>
+
                       <p>This plasmid consists of both a CFP-LVA driven by R0010 and YFP-LVA driven by R0010. This allows future teams to use this part to investigate transcriptional noise either on a low copy number plasmid or by integrating this part using our <a href= "http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795023">galK integrator</a>. </p>
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                   </div>
 
                   </div>
 
                   <div class="col-md-8">
 
                   <div class="col-md-8">
 
                     <div class="row">
 
                     <div class="row">
−
                        <div class="col-md-6">
 
 
                             <div class="project-image">
 
                             <div class="project-image">
−
                               <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
                               <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/2f/WMG2PlasmidMap.png"/>
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                          <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
Line 525: Line 467:
 
     </body>
 
     </body>
 
      
 
      
 +
                      <footer class="footer footer-color-black" data-color="black">
 +
                            <div class="container">
 +
                                <nav class="pull-left navbar-burger">
 +
                                    <ul>
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary">
 +
                                                Home
 +
                                            </a>
 +
                                        </li>
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="mailto:igem@wm.edu">
 +
                                                Contact
 +
                                            </a>
 +
                                        </li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </nav>
 +
                                <div class="social-area pull-right">               
 +
                                    <a href="https://www.facebook.com/wmigem2015">
 +
                                        <i class="fa fa-facebook-square"></i>
 +
                                    </a>
 +
                                    <a href="https://twitter.com/wmigem">
 +
                                        <i class="fa fa-twitter"></i>
 +
                                    </a>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="copyright">
 +
                                    © 2015 William & Mary iGEM
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </footer>   
 +
        </div>
 
      
 
      
 
      
 
      

Latest revision as of 04:45, 21 November 2015

NOISE - W&M iGEM

Integrator Cassette

The Composite Part

BBa_K1795023


For our method of genome integration the input is linear DNA, generated by PCR, containing what you would like to integrate onto the genome and an antibiotic resistance cassette to allow for selection. The galK Integrator allows digestion with the standard BioBrick enzymes and 3A assembly of your part of interest to create the integration construct (see right). This product can then be amplified using primers (details found here) and then used in the integration protocol. We have successfully used the integrator to incorporate stretches of DNA up to 2.1kb into the galK locus, not including the resistance cassette (1179 bp).

...

Antibiotic Operon

BBa_K1795024


Provides Kanamycin Resistance to the cell under the Promoter R0010.

...

dCas9s

The Basic Part

BBa_K1795000

BBa_K1795001


Part BBa_K1795000 is a dCas9 protein-coding region that has been optimized for expression in E. coli. Additionally, we created a functional dCas9 operon (BBa_K1795001) that, when transformed into E. coli is constitutively expressed. For further details, please see our Basic Part page.

...

gRNAs

The Part Collection

Part:BBa_K17950002 R0010 gRNA

Part:BBa_K17950003R0051 gRNA

Part:BBa_K17950004R0062 gRNA

Part:BBa_K17950005R0011 gRNA

Part:BBa_K17950006J23100 gRNA

Part:BBa_K17950007J23101 gRNA

Part:BBa_K17950008J23106 gRNA

Part:BBa_K17950009J23117 gRNA

Part:BBa_K17950010J23119 gRNA

Part:BBa_K17950011I13453 gRNA

Part:BBa_K17950012I0500 gRNA

Part:BBa_K17950013Scrambled gRNA


...

To complete our creation of a codon-optimized dCas9 parts, we created functional gRNAs that target the most commonly used promoters in iGEM. These parts (BBa_K1795002- BBa_K1795012), when transformed into E. coli, constitutively express gRNA that, in complex with our dCas9 variant, will repress transcription of the targeted promoter. We have also contributed a Scrambled gRNA (Part:BBa_K17950013) that does not target any region in the E. coli genome and can be used as a negative control. For further details about our gRNAs, please see our Part Collection page.

CFPs/YFPs Under Various Promoters

Part:BBa_K1795014YFP-LVA under R0040

Part:BBa_K1795015CFP-LVA under R0011

Part:BBa_K1795016YFP-LVA under R0011

Part:BBa_K1795017YFP-LVA under R0062

Part:BBa_K1795018CFP-LVA under I13453

Part:BBa_K1795019YFP-LVA under I13453

Part:BBa_K1795020CFP-LVA under R0051

Part:BBa_K1795021CFP-LVA under I0500


...

In order to test multiple promoters for their intrinsic noise, we needed to construct composite parts that had the structure seen to the right. In each construct the RBS and DT were kept constant throughout, but the promoter used to drive transcription was changed. Each construct was made in a CFP and YFP variant. Both the CFP and YFP used in this project have an LVA tag, decreasing the half-life of the protein. All of these parts have been sequenced confirmed and functionally validated.

Dual Fluorescent Plasmid

Part:BBa_K1795022


This plasmid consists of both a CFP-LVA driven by R0010 and YFP-LVA driven by R0010. This allows future teams to use this part to investigate transcriptional noise either on a low copy number plasmid or by integrating this part using our galK integrator.

...