Difference between revisions of "Team:William and Mary/Interlab Study"

(Created page with " <html lang="en"> <cfheader name="X-XSS-Protection" value="1"> <head> <meta charset="utf-8" /> <link rel="icon" type="image/png" href="https://2015.igem.org/wiki/im...")
 
 
(21 intermediate revisions by 4 users not shown)
Line 13: Line 13:
 
         <link href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/demo?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
 
         <link href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/demo?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
 
         <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/jquerybxsliderCSS?action=raw&ctype=text/css" />
 
         <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/jquerybxsliderCSS?action=raw&ctype=text/css" />
 +
  
 
         <!--    Fonts and icons    -->
 
         <!--    Fonts and icons    -->
Line 39: Line 40:
 
padding: auto;
 
padding: auto;
 
}
 
}
 +
/* Visited hyperlinks */
 +
a:visited{
 +
color: #393d31;
 +
}
  
 
/*left align Black Menu Bar */
 
/*left align Black Menu Bar */
Line 63: Line 68:
 
                     <ul class="nav navbar-nav navbar-right navbar-uppercase">
 
                     <ul class="nav navbar-nav navbar-right navbar-uppercase">
 
<p>    </p>
 
<p>    </p>
 +
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary">
 +
                            Home
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Description">  
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Description">  
Line 69: Line 80:
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
−
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Parts">  
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary#parts">
 
                             Parts
 
                             Parts
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
−
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Basic_Part">  
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement">  
−
                             Basic Part
+
                             Measurement
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
−
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Composite_Part">  
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Modeling">  
−
                             Composite Part
+
                             Modeling
−
                            </a>
+
−
                        </li>
+
−
                        <li>
+
−
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Part_Collection">
+
−
                            Part Collections
+
−
                            </a>
+
−
                        </li>
+
−
                        <li>
+
−
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement">
+
−
                            Measurement
+
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
Line 116: Line 117:
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary#ref">  
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary#ref">  
 
                             Notebook, Safety, & Attributions
 
                             Notebook, Safety, & Attributions
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Medal_Criteria">
 +
                            Medal Criteria
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Team">
 +
                            Team
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
Line 134: Line 145:
 
             <!--************************    replace this line with the code generated with the rubik-builder.html              *******************************-->
 
             <!--************************    replace this line with the code generated with the rubik-builder.html              *******************************-->
 
  <div class="section section-we-are-1">
 
  <div class="section section-we-are-1">
−
     <div class="text-area">
+
     <div class="text-area" style="padding-bottom: 0px;">
 
         <div class="container">
 
         <div class="container">
 
             <div class="row">
 
             <div class="row">
 
                 <div class="title">
 
                 <div class="title">
 
                     <p class="h2WM">Interlab Study</p>
 
                     <p class="h2WM">Interlab Study</p>
−
                     <p class="large">Some note about interlab study here.</p>
+
                     <p class="description"></p>
−
<p> The William & Mary iGEM team would like to extend special thanks to the following individuals:</p>
+
<p>We created our fluorescent constructs using DNA synthesis and Gibson Assembly. The constructs we measured were J23101 + I13504, J23106 + I13504, and J23117 + I13504.  
−
<p>We participated in the Interlab Measurement Study! We created are fluorescent constructs using DNA synthesis and Gibson Assembly. The constructs we measured were J23101 + I13504, J23106 + I13504, and J23117 + I13504. Results are reported below. After we transformed our constructs into cells, we inoculated individual colonies in separate inoculation tubes. We then performed a series of spins and washes to remove the LB media and resuspend the cells in water. Finally we imaged them and obtained fluorescence values using confocal microscopy. In order to analyze the data, we applied a binary definition of what a cell was to our confocal images. We confirmed that the binary definition was picking up as many of the cells on the image as was reasonably possible. Our software determined the average fluorescence measurement for all the pixels inside the binary 'cells' and we reported the average of these measurements for each sample.</p>
+
We assembled the gBlocks using our <a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Protocols:Gibson">Gibson assembly protocol</a>, and imaged the constructs using our <a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Protocols:Imaging">imaging protocol</a>.</p>
 +
<p> Cells were identified using Nikon Elements Software version 7.1 using binary thresholding on the GFP channel. Nikon Elements Software was then used to calculate mean fluorescence per cell and data was exported to Excel for final data analysis. </p>
 +
<p>Our data are shown below:<p>
 +
<p><img src = "https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/77/WMIMPResults.png" width = 700>
  
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 148: Line 162:
 
     </div>
 
     </div>
 
  </div>                     
 
  </div>                     
−
               
+
 +
 
 +
                    <!-- Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
 +
                                            <div class="section section-we-made-1 section-with-hover" id="projects1" style="padding-top: 0px;">
 +
                                                <div class="text-area">
 +
                                                    <div class="title">
 +
                                                        <p class="h2WM">Sequence Data</p>
 +
                                                    </div>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="row" id="projectsLine1">
 +
                                                    <div class="col-md-4">
 +
                                                        <div class="project">
 +
                                                            <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/c7/WMJ23101_IMP.png">
 +
                                                            <a class="over-area color-green" href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/62/J23101_%2B_I13504_150805.txt">
 +
                                                                <div class="content">
 +
                                                                    <h4>J23101</h4>
 +
                                                                    <p>Click for sequence.</p>
 +
                                                                </div>
 +
                                                            </a>
 +
                                                        </div>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <div class="col-md-4">
 +
                                                        <div class="project">
 +
                                                            <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/WM_J23106_IMP.png">
 +
                                                            <a class="over-area color-black" href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/24/J23106_%2B_I13504_150813.txt">
 +
                                                                <div class="content">
 +
                                                                    <h4>J23106</h4>
 +
                                                                    <p>Click for sequence.</p>
 +
                                                                </div>
 +
                                                            </a>
 +
                                                        </div>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <div class="col-md-4">
 +
                                                        <div class="project">
 +
                                                            <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/ed/WMJ23117_IMP.png">                                   
 +
                                                            <a class="over-area color-blue " href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/df/J23117_%2B_I13504_150813.txt">
 +
                                                                <div class="content">
 +
                                                                    <h4>J23117</h4>
 +
                                                                    <p>Click for sequence.</p>
 +
                                                                </div>
 +
                                                            </a>
 +
                                                        </div>
 +
                                                    </div>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <!-- End Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->             
 
     </body>
 
     </body>
 
      
 
      
Line 164: Line 223:
 
action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
action=raw&ctype=text/javascript"></script>
  
−
     <script type="text/javascript" src="http://presentation.paperplane.io/assets/js/modernizr.js"></script>
+
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/modernizerJS?action=raw&ctype=text/javascript?"></script>
 +
 
 +
<script type="text/javascript" src="http://presentation.paperplane.io/assets/js/modernizr.js"></script>
  
 
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/rubickJS?
 
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/rubickJS?
 
action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
</html>
 
</html>

Latest revision as of 04:41, 21 November 2015

NOISE - W&M iGEM

Interlab Study

We created our fluorescent constructs using DNA synthesis and Gibson Assembly. The constructs we measured were J23101 + I13504, J23106 + I13504, and J23117 + I13504. We assembled the gBlocks using our Gibson assembly protocol, and imaged the constructs using our imaging protocol.

Cells were identified using Nikon Elements Software version 7.1 using binary thresholding on the GFP channel. Nikon Elements Software was then used to calculate mean fluorescence per cell and data was exported to Excel for final data analysis.

Our data are shown below: