Difference between revisions of "Team:William and Mary/Part Collection"

 
(13 intermediate revisions by 4 users not shown)
Line 82: Line 82:
 
                         <li>
 
                         <li>
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement">  
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement">  
                             Measurement
+
                             Results
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
Line 108: Line 108:
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">  
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">  
 
                             Human Practices
 
                             Human Practices
                            </a>
 
                        </li>
 
                        <li>
 
                            <a href="http://issuu.com/wmigem/docs/wmigemsynbiodraft150806">
 
                            Curriculum on ISSUU.com
 
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary#ref">  
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary#ref">  
                             Notebook, Safety, & Attributions
+
                             References
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
Line 123: Line 118:
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Medal_Criteria">  
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Medal_Criteria">  
 
                             Medal Criteria
 
                             Medal Criteria
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Team">
 +
                            Team
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
Line 147: Line 147:
 
                             <div class="text-area">
 
                             <div class="text-area">
 
                                 <div class="title">
 
                                 <div class="title">
                                     <p class="h2WM">Part Collections</p>
+
                                     <p class="h2WM">Part Collection</p>
<!--                                    <div class="separator-container">
+
<p>In keeping with our theme of promoter effects on transcription, we created a suite of guide RNAs for the targeted dCas9 repression of 11 of the most frequently used promoters in the Registry. For cells which express a dCas9 protein, the transformation of any of our guide RNA parts will repress the expression of any protein under the associated promoter. We also included a scrambled guide RNA to serve as a negative control for troubleshooting purposes.
                                        <div class="separator line-separator">✻</div>
+
                                    </div>-->
+
                                    <p>In deciding which parts to submit to the iGEM Registry we focused on three main aspects.</p>
+
<p>In keeping with our theme of promoter effects on transcription, we created a suite of guide RNAs for the targeted dCas9 repression of 11 of the most frequently used promoters in the Registry. For cells which express a dCas9 protein (link to the fdCas9 part page), the transformation of any of our guide RNA parts will repress the expression of any protein under the associated promoter. We also included a scrambled guide RNA to serve as a negative control for troubleshooting purposes.
+
  
<p>(BELOW) An example of repression: fluorescence values for RFP under the R0010 promoter, in cells with and without the R0010 guide RNA”)</p>
+
<p>(BELOW) An example of repression: fluorescence values for RFP under the R0010 promoter, in cells with and without the R0010 guide RNA.</p>
 
<p><img src = "https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/cf/WMdCas9_Repression_Plot.png" width = 500></p>
 
<p><img src = "https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/cf/WMdCas9_Repression_Plot.png" width = 500></p>
  
</p>The breadth of the variety in our part collection provides future teams with the flexibility required to actualize their network designs without inhibition from a lack of resources. </p>
+
<p>The breadth of the variety in our part collection provides future teams with the flexibility required to actualize their network designs without inhibition from a lack of resources. </p>
 
</p>
 
</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <div class="row" id="projectsLine1">
+
             
                                <div class="col-md-4">
+
                     
                                    <div class="project">
+
     
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/bf/Wm15integration.jpg">
+
        <div class="body-layer"></div>
                                        <a class="over-area color-green" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="integrator">
+
    </body>
                                            <div class="content">
+
   
                                                <h4>Integrator Suites</h4>
+
                      <footer class="footer footer-color-black" data-color="black">
                                                <p>Click for details.</p>
+
                            <div class="container">
                                            </div>
+
                                <nav class="pull-left navbar-burger">
                                         </a>
+
                                    <ul>
                                     </div>
+
                                        <li>
 +
                                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary">
 +
                                                Home
 +
                                            </a>
 +
                                        </li>
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="mailto:igem@wm.edu">
 +
                                                Contact
 +
                                            </a>
 +
                                        </li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </nav>
 +
                                <div class="social-area pull-right">               
 +
                                    <a href="https://www.facebook.com/wmigem2015">
 +
                                        <i class="fa fa-facebook-square"></i>
 +
                                    </a>
 +
                                    <a href="https://twitter.com/wmigem">
 +
                                         <i class="fa fa-twitter"></i>
 +
                                     </a>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                 <div class="col-md-4">
+
                                 <div class="copyright">
                                     <div class="project">
+
                                     © 2015 William & Mary iGEM
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/cf/Wm15repression.jpg">
+
                                        <a class="over-area color-black" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="antibiotic">
+
                                            <div class="content">
+
                                                <h4>Antibiotic Operons</h4>
+
                                                <p>Click for details.</p>
+
                                            </div>
+
                                        </a>
+
                                    </div>
+
                                </div>
+
                                <div class="col-md-4">
+
                                    <div class="project">
+
                                        <img alt="dCas9 Plates" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/36/WMdCas9Plates.png">                                   
+
                                        <a class="over-area color-blue " href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="dcas">
+
                                            <div class="content">
+
                                                <h4>dCas9s</h4>
+
                                                <p>Click for details.</p>
+
                                            </div>
+
                                        </a>
+
                                    </div>
+
                                </div>
+
                                <div class="col-md-4">
+
                                    <div class="project">
+
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/dc/Wm15guide.jpg">
+
                                        <a class="over-area color-purple" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="grna">
+
                                            <div class="content">
+
                                                <h4>gRNAs</h4>
+
                                                <p>Click for details.</p>
+
                                            </div>
+
                                        </a>
+
                                    </div>
+
                                </div>
+
                                <div class="col-md-4">
+
                                    <div class="project">
+
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4f/Wm15antibiotic.jpg">
+
                                        <a class="over-area color-green" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="xfp">
+
                                            <div class="content">
+
                                                <h4>XFPs under various promoters</h4>
+
                                                <p>Click for details.</p>
+
                                            </div>
+
                                        </a>
+
                                    </div>
+
                                </div>
+
                                <div class="col-md-4">
+
                                    <div class="project">
+
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3c/WMG2.png">
+
                                        <a class="over-area color-gold" href="#" target="g2">
+
                                            <div class="content">
+
                                                <h4>G^2</h4>
+
                                                <p>Click for details.</p>
+
                                            </div>
+
                                        </a>
+
                                    </div>
+
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
                         </div>
+
                         </footer>  
                        <!-- End Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
+
                     
+
       
+
       
+
        <!--  Here are the examples of the content for each project that is viewed inside of the page. You can create how many projects you want if you set the specific #id     
+
        -->
+
       
+
        <div class="project-content" id="integrator">
+
          <div>
+
            <div class="project-details">
+
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
+
              <div class="container">
+
                <div class="project-title">
+
                  <p class "h2WM">Integrator Suites</p>
+
                </div>
+
                <div class="row">
+
                  <div class="col-md-4">
+
                    <div class="project-text">
+
                      <p><span>Detail</span>1</p>
+
                      <p><span>Detail</span>2</p>
+
                      <p><span>Detail</span>3</p>
+
                      <p><span>Detail</span>4</p>
+
                      <br>
+
                      <p>text</p>
+
                      <p>text</p>
+
                    </div>
+
                  </div>
+
                  <div class="col-md-8">
+
                    <div class="row">
+
                        <div class="col-md-6">
+
                            <div class="project-image">
+
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
                            </div>
+
                        </div>
+
                        <div class="col-md-6">
+
                            <div class="project-image">
+
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
                            </div>
+
                        </div>
+
                          <div class="col-md-6">
+
                            <div class="project-image">
+
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
                            </div>
+
                        </div>
+
                        <div class="col-md-6">
+
                            <div class="project-image">
+
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
                            </div>
+
                        </div>
+
                    </div>
+
                  </div>
+
                </div>
+
              </div>
+
            </div>
+
          </div>
+
 
         </div>
 
         </div>
 
              <div class="project-content" id="antibiotic">
 
          <div>
 
            <div class="project-details">
 
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
 
              <div class="container">
 
                <div class="project-title">
 
                    <p class "h2WM">Antibiotic Operons</p>
 
                </div>
 
                <div class="row">
 
                  <div class="col-md-4">
 
                    <div class="project-text">
 
                      <p><span>Detail</span>1</p>
 
                      <p><span>Detail</span>2</p>
 
                      <p><span>Detail</span>3</p>
 
                      <p><span>Detail</span>4</p>
 
                      <br>
 
                      <p>text</p>
 
                      <p>text</p>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                  <div class="col-md-8">
 
                    <div class="row">
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                          <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                </div>
 
              </div>
 
            </div>
 
          </div>
 
        </div>
 
 
 
              <div class="project-content" id="dcas">
 
          <div>
 
            <div class="project-details">
 
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
 
              <div class="container">
 
                <div class="project-title">
 
                    <p class "h2WM">dCas9s</p>
 
                </div>
 
                <div class="row">
 
                  <div class="col-md-4">
 
                    <div class="project-text">
 
                      <p><span>Detail</span>1</p>
 
                      <p><span>Detail</span>2</p>
 
                      <p><span>Detail</span>3</p>
 
                      <p><span>Detail</span>4</p>
 
                      <br>
 
                      <p>text</p>
 
                      <p>text</p>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                  <div class="col-md-8">
 
                    <div class="row">
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                          <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                </div>
 
              </div>
 
            </div>
 
          </div>
 
        </div>
 
 
 
              <div class="project-content" id="grna">
 
          <div>
 
            <div class="project-details">
 
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
 
              <div class="container">
 
                <div class="project-title">
 
                    <p class "h2WM">gRNAs</p>
 
                </div>
 
                <div class="row">
 
                  <div class="col-md-4">
 
                    <div class="project-text">
 
                      <p><span>Detail</span>1</p>
 
                      <p><span>Detail</span>2</p>
 
                      <p><span>Detail</span>3</p>
 
                      <p><span>Detail</span>4</p>
 
                      <br>
 
                      <p>text</p>
 
                      <p>text</p>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                  <div class="col-md-8">
 
                    <div class="row">
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                          <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                </div>
 
              </div>
 
            </div>
 
          </div>
 
        </div>
 
       
 
 
              <div class="project-content" id="xfp">
 
          <div>
 
            <div class="project-details">
 
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
 
              <div class="container">
 
                <div class="project-title">
 
                    <p class "h2WM">XFPs Under Various Promoters</p>
 
                </div>
 
                <div class="row">
 
                  <div class="col-md-4">
 
                    <div class="project-text">
 
                      <p><span>Detail</span>1</p>
 
                      <p><span>Detail</span>2</p>
 
                      <p><span>Detail</span>3</p>
 
                      <p><span>Detail</span>4</p>
 
                      <br>
 
                      <p>text</p>
 
                      <p>text</p>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                  <div class="col-md-8">
 
                    <div class="row">
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                          <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                </div>
 
              </div>
 
            </div>
 
          </div>
 
        </div>
 
 
 
              <div class="project-content" id="g2">
 
          <div>
 
            <div class="project-details">
 
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
 
              <div class="container">
 
                <div class="project-title">
 
                    <p class "h2WM">G^2</p>
 
                </div>
 
                <div class="row">
 
                  <div class="col-md-4">
 
                    <div class="project-text">
 
                      <p><span>Detail</span>1</p>
 
                      <p><span>Detail</span>2</p>
 
                      <p><span>Detail</span>3</p>
 
                      <p><span>Detail</span>4</p>
 
                      <br>
 
                      <p>text</p>
 
                      <p>text</p>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                  <div class="col-md-8">
 
                    <div class="row">
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                          <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                        <div class="col-md-6">
 
                            <div class="project-image">
 
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                    </div>
 
                  </div>
 
                </div>
 
              </div>
 
            </div>
 
          </div>
 
        </div>
 
 
        <div class="body-layer"></div>
 
    </body>
 
   
 
   
 
 
      
 
      
 
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/jquery1112minJS?
 
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/jquery1112minJS?

Latest revision as of 04:43, 21 November 2015

NOISE - W&M iGEM

Part Collection

In keeping with our theme of promoter effects on transcription, we created a suite of guide RNAs for the targeted dCas9 repression of 11 of the most frequently used promoters in the Registry. For cells which express a dCas9 protein, the transformation of any of our guide RNA parts will repress the expression of any protein under the associated promoter. We also included a scrambled guide RNA to serve as a negative control for troubleshooting purposes.

(BELOW) An example of repression: fluorescence values for RFP under the R0010 promoter, in cells with and without the R0010 guide RNA.

The breadth of the variety in our part collection provides future teams with the flexibility required to actualize their network designs without inhibition from a lack of resources.