Difference between revisions of "Team:William and Mary/Parts"

 
(76 intermediate revisions by 5 users not shown)
Line 1: Line 1:
  
−
<!DOCTYPE html>
+
<html lang="en">
−
<html lang="en" dir="ltr" class="client-nojs">
+
−
<head>
+
−
<meta charset="UTF-8" />
+
−
<title>Team:William and Mary/Description - 2015.igem.org</title>
+
−
<meta name="generator" content="MediaWiki 1.24.1" />
+
−
<meta name="robots" content="noindex,nofollow" />
+
−
<link rel="alternate" type="application/x-wiki" title="Edit" href="/wiki/index.php?title=Team:William_and_Mary/Description&amp;action=edit" />
+
−
<link rel="edit" title="Edit" href="/wiki/index.php?title=Team:William_and_Mary/Description&amp;action=edit" />
+
−
<link rel="shortcut icon" href="/favicon.ico" />
+
−
<link rel="search" type="application/opensearchdescription+xml" href="/wiki/opensearch_desc.php" title="2015.igem.org (en)" />
+
−
<link rel="EditURI" type="application/rsd+xml" href="https://2015.igem.org/wiki/api.php?action=rsd" />
+
−
<link rel="alternate" hreflang="x-default" href="/Team:William_and_Mary/Description" />
+
−
<link rel="copyright" href="http://creativecommons.org/licenses/by/3.0/" />
+
−
<link rel="alternate" type="application/atom+xml" title="2015.igem.org Atom feed" href="/wiki/index.php?title=Special:RecentChanges&amp;feed=atom" />
+
−
<link rel="stylesheet" href="https://2015.igem.org/wiki/load.php?debug=false&amp;lang=en&amp;modules=mediawiki.legacy.commonPrint%2Cshared%7Cmediawiki.skinning.content.externallinks%7Cmediawiki.skinning.interface%7Cmediawiki.ui.button%7Cskins.igem.styles&amp;only=styles&amp;skin=igem&amp;*" />
+
−
<!--[if IE 6]><link rel="stylesheet" href="/wiki/skins/Igem/IE60Fixes.css?303" media="screen" /><![endif]-->
+
−
<!--[if IE 7]><link rel="stylesheet" href="/wiki/skins/Igem/IE70Fixes.css?303" media="screen" /><![endif]--><meta name="ResourceLoaderDynamicStyles" content="" />
+
−
<style>a:lang(ar),a:lang(kk-arab),a:lang(mzn),a:lang(ps),a:lang(ur){text-decoration:none}
+
−
/* cache key: 2015_igem_org:resourceloader:filter:minify-css:7:875d2068ffef0b9ce1dbab8400ce2379 */</style>
+
−
<script src="https://2015.igem.org/wiki/load.php?debug=false&amp;lang=en&amp;modules=startup&amp;only=scripts&amp;skin=igem&amp;*"></script>
+
−
<script>if(window.mw){
+
−
mw.config.set({"wgCanonicalNamespace":"","wgCanonicalSpecialPageName":false,"wgNamespaceNumber":0,"wgPageName":"Team:William_and_Mary/Description","wgTitle":"Team:William and Mary/Description","wgCurRevisionId":335507,"wgRevisionId":315553,"wgArticleId":4044,"wgIsArticle":true,"wgIsRedirect":false,"wgAction":"view","wgUserName":"Cgolino","wgUserGroups":["*","user","autoconfirmed"],"wgCategories":[],"wgBreakFrames":false,"wgPageContentLanguage":"en","wgPageContentModel":"wikitext","wgSeparatorTransformTable":["",""],"wgDigitTransformTable":["",""],"wgDefaultDateFormat":"dmy","wgMonthNames":["","January","February","March","April","May","June","July","August","September","October","November","December"],"wgMonthNamesShort":["","Jan","Feb","Mar","Apr","May","Jun","Jul","Aug","Sep","Oct","Nov","Dec"],"wgRelevantPageName":"Team:William_and_Mary/Description","wgUserId":750,"wgUserEditCount":32,"wgUserRegistration":1427756178000,"wgUserNewMsgRevisionId":null,"wgIsProbablyEditable":true,"wgRestrictionEdit":[],"wgRestrictionMove":[],"wgWikiEditorEnabledModules":{"toolbar":false,"dialogs":false,"hidesig":true,"preview":false,"previewDialog":false,"publish":false}});
+
−
}</script><script>if(window.mw){
+
−
mw.loader.implement("user.options",function($,jQuery){mw.user.options.set({"ccmeonemails":0,"cols":80,"date":"default","diffonly":0,"disablemail":0,"editfont":"default","editondblclick":0,"editsectiononrightclick":0,"enotifminoredits":0,"enotifrevealaddr":0,"enotifusertalkpages":1,"enotifwatchlistpages":1,"extendwatchlist":0,"fancysig":0,"forceeditsummary":0,"gender":"unknown","hideminor":0,"hidepatrolled":0,"imagesize":2,"math":1,"minordefault":0,"newpageshidepatrolled":0,"nickname":"","norollbackdiff":0,"numberheadings":0,"previewonfirst":0,"previewontop":1,"rcdays":7,"rclimit":50,"rows":25,"showhiddencats":0,"shownumberswatching":1,"showtoolbar":1,"skin":"igem","stubthreshold":0,"thumbsize":5,"underline":2,"uselivepreview":0,"usenewrc":1,"watchcreations":1,"watchdefault":1,"watchdeletion":0,"watchlistdays":3,"watchlisthideanons":0,"watchlisthidebots":0,"watchlisthideliu":0,"watchlisthideminor":0,"watchlisthideown":0,"watchlisthidepatrolled":0,"watchmoves":0,"watchrollback":0,
+
−
"wllimit":250,"useeditwarning":1,"prefershttps":1,"language":"en","variant-gan":"gan","variant-iu":"iu","variant-kk":"kk","variant-ku":"ku","variant-shi":"shi","variant-sr":"sr","variant-tg":"tg","variant-uz":"uz","variant-zh":"zh","searchNs0":true,"searchNs1":false,"searchNs2":false,"searchNs3":false,"searchNs4":false,"searchNs5":false,"searchNs6":false,"searchNs7":false,"searchNs8":false,"searchNs9":false,"searchNs10":false,"searchNs11":false,"searchNs12":false,"searchNs13":false,"searchNs14":false,"searchNs15":false});},{},{});mw.loader.implement("user.tokens",function($,jQuery){mw.user.tokens.set({"editToken":"36bc3cf7ba0a555329cfef5dc8e43e35+\\","patrolToken":"99fbde1b9fc21883b827d138e4e57fbd+\\","watchToken":"72e0443d7b7da94846a5c98bbf83d3ed+\\"});},{},{});
+
−
/* cache key: 2015_igem_org:resourceloader:filter:minify-js:7:d7f740c18437e120dac18a9b3544cd18 */
+
−
}</script>
+
−
<script>if(window.mw){
+
−
mw.loader.load(["mediawiki.page.startup","mediawiki.legacy.wikibits","mediawiki.legacy.ajax"]);
+
−
}</script>
+
−
</head>
+
−
<body class="mediawiki ltr sitedir-ltr ns-0 ns-subject page-Team_William_and_Mary_Description skin-igem action-view">
+
−
 
+
−
        <script type='text/javascript'        src ='/common/tablesorter/jquery.tablesorter.min.js'></script>
+
−
        <link rel='stylesheet' type='text/css' href='/common/tablesorter/themes/groupparts/style.css' />
+
−
        <link rel='stylesheet' type='text/css' href='/common/table_styles.css' />
+
−
 
+
−
    <div id='globalWrapper'>
+
−
        <div id='top_menu_under' class='noprint'></div>
+
−
        <div id='top_menu_14' class='noprint'>Loading menubar.....</div> <!-- Will be replaced with the jQuery.load -->
+
−
<script>jQuery('#top_menu_14').load('https://2015.igem.org/cgi/top_menu_14/menubar_reply.cgi',
+
−
    {  t:"Team%3AWilliam%20and%20Mary%2FDescription",
+
−
a:"View+%2FTeam%3AWilliam_and_Mary%2FDescription++Edit+%2Fwiki%2Findex.php%3Ftitle%3DTeam%3AWilliam_and_Mary%2FDescription%26action%3Dedit%26oldid%3D315553++History+%2Fwiki%2Findex.php%3Ftitle%3DTeam%3AWilliam_and_Mary%2FDescription%26action%3Dhistory++Move+%2FSpecial%3AMovePage%2FTeam%3AWilliam_and_Mary%2FDescription++Unwatch+%2Fwiki%2Findex.php%3Ftitle%3DTeam%3AWilliam_and_Mary%2FDescription%26action%3Dunwatch%26token%3D54a78db931e18e4480431d007de08bdb%252B%255C++Page+%2FTeam%3AWilliam_and_Mary%2FDescription++Discussion+%2Fwiki%2Findex.php%3Ftitle%3DTalk%3ATeam%3AWilliam_and_Mary%2FDescription%26action%3Dedit%26redlink%3D1++" });
+
−
+
−
</script>
+
−
<div id="content" class="mw-body" role="main">
+
−
    <a id="top"></a>
+
−
    <h1 id="firstHeading" class="firstHeading">
+
−
        <span dir="auto">Team:William and Mary/Description</span>
+
−
    </h1>
+
−
    <div id="bodyContent">
+
−
<div id="mw-content-text" lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr"><p>
+
 
<cfheader name="X-XSS-Protection" value="1">
 
<cfheader name="X-XSS-Protection" value="1">
 
     <head>
 
     <head>
Line 59: Line 7:
  
 
         <meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge,chrome=1" />
 
         <meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge,chrome=1" />
−
         <title>NOISE - W&amp;M iGEM</title>
+
         <title>NOISE - W&M iGEM</title>
 
         <meta content='width=device-width, initial-scale=1.0, maximum-scale=1.0, user-scalable=0' name='viewport' />
 
         <meta content='width=device-width, initial-scale=1.0, maximum-scale=1.0, user-scalable=0' name='viewport' />
 
         <link href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/bootstrap?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
 
         <link href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/bootstrap?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
Line 65: Line 13:
 
         <link href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/rubick?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
 
         <link href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/rubick?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
 
         <link href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/demo?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
 
         <link href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/demo?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
−
         <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/jquerybxsliderCSS?action=raw&amp;ctype=text/css" />
+
         <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/jquerybxsliderCSS?action=raw&ctype=text/css" />
  
 
         <!--    Fonts and icons    -->
 
         <!--    Fonts and icons    -->
Line 82: Line 30:
 
}
 
}
 
 
 +
                /* Visited hyperlinks */
 +
                        a:visited{
 +
                                color: #b9975b;
 +
                        }
 +
 
/*-- Remove borders, float content left and remove padding/margin */
 
/*-- Remove borders, float content left and remove padding/margin */
 
#globalWrapper, #content{
 
#globalWrapper, #content{
Line 111: Line 64:
 
                     <span class="icon-bar bar3"></span>
 
                     <span class="icon-bar bar3"></span>
 
                     </button>
 
                     </button>
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary" class="navbar-brand">W&amp;M iGEM 2015</a>
+
<a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary" class="navbar-brand">W&M iGEM 2015</a>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="collapse navbar-collapse">
 
                 <div class="collapse navbar-collapse">
Line 134: Line 87:
 
                         <li>
 
                         <li>
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement">  
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement">  
−
                             Measurement
+
                             Results
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Modeling">
 +
                            Modeling
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
Line 155: Line 113:
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">  
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">  
 
                             Human Practices
 
                             Human Practices
−
                            </a>
 
−
                        </li>
 
−
                        <li>
 
−
                            <a href="http://issuu.com/wmigem/docs/wmigemsynbiodraft150806">
 
−
                            Curriculum on ISSUU.com
 
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary#ref">  
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary#ref">  
−
                             Notebook, Safety, &amp; Attributions
+
                             References
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
Line 170: Line 123:
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Medal_Criteria">  
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Medal_Criteria">  
 
                             Medal Criteria
 
                             Medal Criteria
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Team">
 +
                            Team
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
Line 178: Line 136:
 
          
 
          
 
          
 
          
−
          
+
         <groupparts>
 
          
 
          
 
          
 
          
Line 189: Line 147:
 
             <!--    replace this line with the code generated with the rubik-builder.html              -->
 
             <!--    replace this line with the code generated with the rubik-builder.html              -->
  
−
<div class="section section-we-are-2" id="projectdesc">
+
                   
−
                        <A NAME="whatis">
+
                        <!-- Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
 +
                        <div class="section section-we-made-1 section-with-hover" id="projects1">
 
                             <div class="text-area">
 
                             <div class="text-area">
−
                                 <div class="container">
+
                                 <div class="title">
−
                                     <div class="row">
+
                                     <p class="h2WM">All Parts (By Category)</p>
−
                                        <div class="col-md-4">
+
<div class = "description">
−
                                             <div class="title">
+
                                    <p>This year we submitted 25 parts to the iGEM registry. Browse them below. </div>
 +
</p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="row" id="projectsLine1">
 +
                                <div class="col-md-4">
 +
                                    <div class="project">
 +
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/bf/Wm15integration.jpg">
 +
                                        <a class="over-area color-green" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="integrator">
 +
                                             <div class="content">
 +
                                                <h4>Integrator Cassette</h4>
 +
                                                <p>Click for details.</p>
 +
                                            </div>
 +
                                        </a>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
  
−
                                                <p class="h2WM">What is noise?</p>
+
 
 +
 
 +
 
 +
                                <div class="col-md-4">
 +
                                    <div class="project">
 +
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4f/Wm15antibiotic.jpg">
 +
                                        <a class="over-area color-green" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="xfp">
 +
                                            <div class="content">
 +
                                                <h4>XFPs under various promoters</h4>
 +
                                                <p>Click for details.</p>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
−
                                         </div>
+
                                         </a>
−
                                        <div class="col-md-7 col-md-offset-1">
+
                                    </div>
−
                                            <div class="description">
+
                                </div>
−
                                                <p>Despite the extensive characterization of the average strength of the promoters available on the Biobrick registry, very few have information pertaining to the variability in their expression. This variability, also commonly referred to as stochasticity or noise, in gene expression can be split into two components: extrinsic and intrinsic noise.
+
 
−
                                                </p>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
−
<div class = "description">
+
−
<p>
+
−
Extrinsic factors, like differing RNA polymerase concentrations and nucleotide availability, affect transcription equally within the cell, regardless of what cis-regulatory elements drive transcription of the genes in question. Intrinsic components, like DNA-protein binding kinetics, are promoter-specific contributions to noise. Our project aims to tease apart the extrinsic and intrinsic components of gene expression noise, and characterize the noise inherent to commonly used promoters in synthetic biology.
+
−
+
−
Original work done by Michael Elowitz investigated stochasticity in gene expression at the single cell level using a dual-reporter fluorescent system [1]. In this method two constructs are created that both drive expression of a fluorescent protein using the same promoter, RBS, and terminator. One of these reporter constructs uses YFP and the other CFP.  This dual reporter system is what allows the investigator to differentiate between the extrinsic factors of noise, which should affect both constructs equally, and the intrinsic factors, which will result in a difference in the ratio of CFP: YFP fluorescence. These constructs are then integrated (notebook link here) into specific sites on the genome and the fluorescence output measured using fluorescent imaging.  </p> <p>
+
−
<div><p style="float: left;"><IMG SRC="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/74/WMraser.png"></p><p> Panel A shows an example of intrinsic and extrinsic noise; both the ratio of the fluorescence of the two reporters (intrinsic) and the absolute fluorescence of the two reporters (extrinsic) changes. Panel B shows an example of extrinsic noise only; the ratio of the fluorescence of the two reporters stays constant while the absolute fluorescence changes. Figure taken from:[2].</p></div></p>
+
  
−
<p>
 
  
−
References
 
  
−
1: Elowitz, Michael B., et al. "Stochastic gene expression in a single cell." Science 297.5584 (2002): 1183-1186.
 
  
−
2: Raser, Jonathan M., and Erin K. O'Shea. "Noise in gene expression: origins, consequences, and control." Science 309.5743 (2005): 2010-2013.
 
−
</p>
 
  
−
</div>                                          
+
                                <div class="col-md-4">
−
</div>
+
                                    <div class="project">
−
                                         </div>
+
                                        <img alt="dCas9 Plates" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/36/WMdCas9Plates.png">                                   
 +
                                        <a class="over-area color-blue " href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="dcas">
 +
                                            <div class="content">
 +
                                                <h4>dCas9s</h4>
 +
                                                <p>Click for details.</p>
 +
                                            </div>
 +
                                         </a>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-md-4">
 +
                                    <div class="project">
 +
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/f/f7/WMgRNAs3.png">
 +
                                        <a class="over-area color-purple" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="grna">
 +
                                            <div class="content">
 +
                                                <h4>gRNAs</h4>
 +
                                                <p>Click for details.</p>
 +
                                            </div>
 +
                                        </a>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
−
                            </div>
 
  
−
             
 
  
  
−
                        <footer class="footer footer-color-black" data-color="black">
+
                                <div class="col-md-4">
−
                            <div class="container">
+
                                    <div class="project">
−
                                <nav class="pull-left navbar-burger">
+
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/cf/Wm15repression.jpg">
−
                                    <ul>
+
                                        <a class="over-area color-black" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="antibiotic">
−
                                        <li>
+
                                            <div class="content">
−
                                            <a href="#">
+
                                                <h4>Antibiotic Operon</h4>
−
                                                Home
+
                                                <p>Click for details.</p>
−
                                            </a>
+
                                            </div>
−
                                        </li>
+
                                         </a>
−
                                        <li>
+
                                     </div>
−
                                            <a href="#">
+
−
                                                Contact
+
−
                                            </a>
+
−
                                        </li>
+
−
                                        <li>
+
−
                                            <a href="#">
+
−
                                              Blog
+
−
                                            </a>
+
−
                                        </li>
+
−
                                    </ul>
+
−
                                </nav>
+
−
                                <div class="social-area pull-right">               
+
−
                                    <a class="btn btn-social btn-facebook btn-simple">
+
−
                                        <i class="fa fa-facebook-square"></i>
+
−
                                    </a>
+
−
                                    <a class="btn btn-social btn-twitter btn-simple">
+
−
                                         <i class="fa fa-twitter"></i>
+
−
                                     </a>
+
 
                                 </div>
 
                                 </div>
−
                                 <div class="copyright">
+
 
−
                                     © 2015 William &amp; Mary iGEM
+
 
 +
 
 +
                                 <div class="col-md-4">
 +
                                     <div class="project">
 +
                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3c/WMG2.png">
 +
                                        <a class="over-area color-gold" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="g2">
 +
                                            <div class="content">
 +
                                                <h4>Dual Fluorescent Plasmid</h4>
 +
                                                <p>Click for details.</p>
 +
                                            </div>
 +
                                        </a>
 +
                                    </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
−
                         </footer>
+
                         </div>
−
        </div>
+
                        <!-- End Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
−
       
+
                     
 
          
 
          
 
          
 
          
Line 279: Line 256:
 
               <div class="container">
 
               <div class="container">
 
                 <div class="project-title">
 
                 <div class="project-title">
−
                   <p class "h2WM">Integrator Suites</p>
+
                   <p class "h2WM">Integrator Cassette</p>
 +
                    <p class="large"><a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Composite_Part"> The Composite Part</a></p>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="row">
 
                 <div class="row">
−
                   <div class="col-md-4">
+
                   <div class="col-md-6">
 
                     <div class="project-text">
 
                     <div class="project-text">
−
                       <p><span>Detail</span>1</p>
+
                       <p><span><a href = "http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795023">BBa_K1795023</a></span></p>
−
                      <p><span>Detail</span>2</p>
+
−
                      <p><span>Detail</span>3</p>
+
−
                      <p><span>Detail</span>4</p>
+
 
                       <br>
 
                       <br>
−
                       <p>text</p>
+
                       <p>For our method of <a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Protocols:Integration">genome integration</a> the input is linear DNA, generated by PCR, containing what you would like to integrate onto the genome and an antibiotic resistance cassette to allow for selection. The galK Integrator allows digestion with the standard BioBrick enzymes and 3A assembly of your part of interest to create the integration construct (see right).
−
                      <p>text</p>
+
 
 +
This product can then be amplified using primers (<a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Protocols:Integration">details found here</a>) and then used in the integration protocol. We have successfully used the integrator to incorporate stretches of DNA up to 2.1kb into the galK locus, not including the resistance cassette (1179 bp).</p>
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                   </div>
 
                   </div>
−
                   <div class="col-md-8">
+
                   <div class="col-md-6">
−
                     <div class="row">
+
                     <div>
−
                         <div class="col-md-6">
+
                         <div>
 
                             <div class="project-image">
 
                             <div class="project-image">
−
                               <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
                               <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/ba/WMIntegratorDiagram.png"/>
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                          <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
Line 329: Line 290:
 
               <div class="container">
 
               <div class="container">
 
                 <div class="project-title">
 
                 <div class="project-title">
−
                     <p class "h2WM">Antibiotic Operons</p>
+
                     <p class "h2WM">Antibiotic Operon</p>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="row">
 
                 <div class="row">
 
                   <div class="col-md-4">
 
                   <div class="col-md-4">
 
                     <div class="project-text">
 
                     <div class="project-text">
−
                       <p><span>Detail</span>1</p>
+
                       <p><span><a href = "http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795024">BBa_K1795024</a></span></p>
−
                      <p><span>Detail</span>2</p>
+
−
                      <p><span>Detail</span>3</p>
+
−
                      <p><span>Detail</span>4</p>
+
 
                       <br>
 
                       <br>
−
                       <p>text</p>
+
                       <p>Provides Kanamycin Resistance to the cell under the Promoter R0010.</p>
−
                      <p>text</p>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                   </div>
 
                   </div>
Line 347: Line 304:
 
                         <div class="col-md-6">
 
                         <div class="col-md-6">
 
                             <div class="project-image">
 
                             <div class="project-image">
−
                               <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
                               <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4a/WMFKanRMap.png"/>
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                          <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
Line 381: Line 323:
 
                 <div class="project-title">
 
                 <div class="project-title">
 
                     <p class "h2WM">dCas9s</p>
 
                     <p class "h2WM">dCas9s</p>
 +
<p class="large"><a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Basic_Part"> The Basic Part</a></p>
 
                 </div>
 
                 </div>
 +
 
                 <div class="row">
 
                 <div class="row">
−
                   <div class="col-md-4">
+
                   <div class="col-md-6">
 
                     <div class="project-text">
 
                     <div class="project-text">
−
                       <p><span>Detail</span>1</p>
+
                       <p><span><a href = "http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795000">BBa_K1795000</a></span></p>
−
                      <p><span>Detail</span>2</p>
+
                       <p><span><a href = "http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795001">BBa_K1795001</a></span></p>
−
                       <p><span>Detail</span>3</p>
+
−
                      <p><span>Detail</span>4</p>
+
 
                       <br>
 
                       <br>
−
                       <p>text</p>
+
                       <p>Part BBa_K1795000 is a dCas9 protein-coding region that has been optimized for expression in <i>E. coli</i>. Additionally, we created a functional dCas9 operon (<a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795001">BBa_K1795001</a>) that, when transformed into <i>E. coli</i> is constitutively expressed.  For further details, please see our <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Basic_Part">Basic Part</a> page.</p>
−
                      <p>text</p>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                   </div>
 
                   </div>
−
                   <div class="col-md-8">
+
                   <div class="col-md-6">
 
                     <div class="row">
 
                     <div class="row">
−
                        <div class="col-md-6">
 
 
                             <div class="project-image">
 
                             <div class="project-image">
−
                               <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
                               <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/10/WMFdCas9Map.png"/>
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                          <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
Line 432: Line 357:
 
                 <div class="project-title">
 
                 <div class="project-title">
 
                     <p class "h2WM">gRNAs</p>
 
                     <p class "h2WM">gRNAs</p>
 +
<p class="large"><a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Part_Collections">The Part Collection</a></p>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="row">
 
                 <div class="row">
−
                   <div class="col-md-4">
+
                   <div class="col-md-6">
 
                     <div class="project-text">
 
                     <div class="project-text">
−
                       <p><span>Detail</span>1</p>
+
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795002">Part:BBa_K17950002</a></span> R0010 gRNA</p>
−
                       <p><span>Detail</span>2</p>
+
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795003">Part:BBa_K17950003</a></span>R0051 gRNA</p>
−
                       <p><span>Detail</span>3</p>
+
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795004">Part:BBa_K17950004</a></span>R0062 gRNA</p>
−
                       <p><span>Detail</span>4</p>
+
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795005">Part:BBa_K17950005</a></span>R0011 gRNA</p>
 +
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795006">Part:BBa_K17950006</a></span>J23100 gRNA</p>
 +
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795007">Part:BBa_K17950007</a></span>J23101 gRNA</p>
 +
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795008">Part:BBa_K17950008</a></span>J23106 gRNA</p>
 +
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795009">Part:BBa_K17950009</a></span>J23117 gRNA</p>
 +
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795010">Part:BBa_K17950010</a></span>J23119 gRNA</p>
 +
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795011">Part:BBa_K17950011</a></span>I13453 gRNA</p>
 +
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795012">Part:BBa_K17950012</a></span>I0500 gRNA</p>
 +
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795013">Part:BBa_K17950013</a></span>Scrambled gRNA</p>
 
                       <br>
 
                       <br>
−
                       <p>text</p>
+
                        
−
                      <p>text</p>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                   </div>
 
                   </div>
−
                   <div class="col-md-8">
+
                   <div class="col-md-6">
 
                     <div class="row">
 
                     <div class="row">
−
                        <div class="col-md-6">
 
 
                             <div class="project-image">
 
                             <div class="project-image">
−
                               <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
                               <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/WMgRNAMap.png"/>
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                          <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
 
                         </div>
 
                         </div>
 +
                       
 
                     </div>
 
                     </div>
 +
<p>To complete our creation of a codon-optimized dCas9 parts, we created functional gRNAs that target the most commonly used promoters in iGEM. These parts (BBa_K1795002- BBa_K1795012), when transformed into <i>E. coli</i>, constitutively express gRNA that, in complex with our dCas9 variant, will repress transcription of the targeted promoter.  We have also contributed a Scrambled gRNA (<a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K17950013">Part:BBa_K17950013</a>) that does not target any region in the <i>E. coli</i> genome and can be used as a negative control. For further details about our gRNAs, please see our <a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Part_Collection">Part Collection</a> page.
 +
</p>
 
                   </div>
 
                   </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 482: Line 401:
 
               <div class="container">
 
               <div class="container">
 
                 <div class="project-title">
 
                 <div class="project-title">
−
                     <p class "h2WM">XFPs Under Various Promoters</p>
+
                     <p class "h2WM">CFPs/YFPs Under Various Promoters</p>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="row">
 
                 <div class="row">
−
                   <div class="col-md-4">
+
                   <div class="col-md-6">
 
                     <div class="project-text">
 
                     <div class="project-text">
−
                       <p><span>Detail</span>1</p>
+
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795014">Part:BBa_K1795014</a></span>YFP-LVA under R0040</p>
−
                       <p><span>Detail</span>2</p>
+
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795015">Part:BBa_K1795015</a></span>CFP-LVA under R0011</p>
−
                       <p><span>Detail</span>3</p>
+
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795016">Part:BBa_K1795016</a></span>YFP-LVA under R0011</p>
−
                       <p><span>Detail</span>4</p>
+
                       <p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795017">Part:BBa_K1795017</a></span>YFP-LVA under R0062</p>
 +
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795018">Part:BBa_K1795018</a></span>CFP-LVA under I13453</p>
 +
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795019">Part:BBa_K1795019</a></span>YFP-LVA under I13453</p>
 +
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795020">Part:BBa_K1795020</a></span>CFP-LVA under R0051</p>
 +
<p><span><a href ="http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795021">Part:BBa_K1795021</a></span>CFP-LVA under I0500</p>
 
                       <br>
 
                       <br>
−
                       <p>text</p>
+
                        
−
                      <p>text</p>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                   </div>
 
                   </div>
−
                   <div class="col-md-8">
+
                   <div class="col-md-6">
 
                     <div class="row">
 
                     <div class="row">
−
                        <div class="col-md-6">
 
 
                             <div class="project-image">
 
                             <div class="project-image">
−
                               <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
                               <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/cd/WMCFPMapExample.png"/>
 
                             </div>
 
                             </div>
−
                        </div>
 
−
                        <div class="col-md-6">
 
−
                            <div class="project-image">
 
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
−
                            </div>
 
−
                        </div>
 
−
                          <div class="col-md-6">
 
−
                            <div class="project-image">
 
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
−
                            </div>
 
−
                        </div>
 
−
                        <div class="col-md-6">
 
−
                            <div class="project-image">
 
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
−
                            </div>
 
−
                        </div>
 
 
                     </div>
 
                     </div>
 +
<p>In order to test multiple promoters for their intrinsic noise, we needed to construct composite parts that had the structure seen to the right.
 +
 +
In each construct the <a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_B0034">RBS</a> and <a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_B0015">DT</a> were kept constant throughout, but the promoter used to drive transcription was changed. Each construct was made in a CFP and YFP variant. Both the <a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_E0022">CFP</a> and <a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_E0032">YFP</a> used in this project have an LVA tag, decreasing the half-life of the protein. All of these parts have been sequenced confirmed and functionally validated.</p>
 
                   </div>
 
                   </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 533: Line 441:
 
               <div class="container">
 
               <div class="container">
 
                 <div class="project-title">
 
                 <div class="project-title">
−
                     <p class "h2WM">G^2</p>
+
                     <p class "h2WM">Dual Fluorescent Plasmid</p>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="row">
 
                 <div class="row">
 
                   <div class="col-md-4">
 
                   <div class="col-md-4">
 
                     <div class="project-text">
 
                     <div class="project-text">
−
                       <p><span>Detail</span>1</p>
+
                       <p><span><a href = "http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795022">Part:BBa_K1795022</a></span></p>
−
                      <p><span>Detail</span>2</p>
+
−
                      <p><span>Detail</span>3</p>
+
−
                      <p><span>Detail</span>4</p>
+
 
                       <br>
 
                       <br>
−
                       <p>text</p>
+
                       <p>This plasmid consists of both a CFP-LVA driven by R0010 and YFP-LVA driven by R0010. This allows future teams to use this part to investigate transcriptional noise either on a low copy number plasmid or by integrating this part using our <a href= "http://parts.igem.org/Part:BBa_K1795023">galK integrator</a>. </p>
−
                      <p>text</p>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                   </div>
 
                   </div>
 
                   <div class="col-md-8">
 
                   <div class="col-md-8">
 
                     <div class="row">
 
                     <div class="row">
−
                        <div class="col-md-6">
 
 
                             <div class="project-image">
 
                             <div class="project-image">
−
                               <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
                               <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/2f/WMG2PlasmidMap.png"/>
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                          <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="col-md-6">
+
−
                            <div class="project-image">
+
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
+
−
                            </div>
+
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
Line 580: Line 467:
 
     </body>
 
     </body>
 
      
 
      
 +
                      <footer class="footer footer-color-black" data-color="black">
 +
                            <div class="container">
 +
                                <nav class="pull-left navbar-burger">
 +
                                    <ul>
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary">
 +
                                                Home
 +
                                            </a>
 +
                                        </li>
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="mailto:igem@wm.edu">
 +
                                                Contact
 +
                                            </a>
 +
                                        </li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </nav>
 +
                                <div class="social-area pull-right">               
 +
                                    <a href="https://www.facebook.com/wmigem2015">
 +
                                        <i class="fa fa-facebook-square"></i>
 +
                                    </a>
 +
                                    <a href="https://twitter.com/wmigem">
 +
                                        <i class="fa fa-twitter"></i>
 +
                                    </a>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="copyright">
 +
                                    © 2015 William & Mary iGEM
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </footer>   
 +
        </div>
 
      
 
      
 
      
 
      
 
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/jquery1112minJS?
 
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/jquery1112minJS?
−
action=raw&amp;ctype=text/javascript"></script>
+
action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
      
 
      
 
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/bootstrapJS?
 
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/bootstrapJS?
−
action=raw&amp;ctype=text/javascript"></script>
+
action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
    
 
    
  
 
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/jquerywaypointsminJS?
 
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/jquerywaypointsminJS?
−
action=raw&amp;ctype=text/javascript"></script>
+
action=raw&ctype=text/javascript"></script>
  
 
     <script type="text/javascript" src="http://presentation.paperplane.io/assets/js/modernizr.js"></script>
 
     <script type="text/javascript" src="http://presentation.paperplane.io/assets/js/modernizr.js"></script>
  
 
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/rubickJS?
 
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/rubickJS?
−
action=raw&amp;ctype=text/javascript"></script>
+
action=raw&ctype=text/javascript"></script>
−
 
+
−
</p>
+
−
<!--
+
−
NewPP limit report
+
−
CPU time usage: 0.004 seconds
+
−
Real time usage: 0.004 seconds
+
−
Preprocessor visited node count: 4/1000000
+
−
Preprocessor generated node count: 24/1000000
+
−
Post‐expand include size: 0/2097152 bytes
+
−
Template argument size: 0/2097152 bytes
+
−
Highest expansion depth: 2/40
+
−
Expensive parser function count: 0/100
+
−
-->
+
−
</div> <div class="visualClear"></div>
+
−
    </div>
+
−
</div>
+
−
    </div>
+
−
</body>
+
 
</html>
 
</html>

Latest revision as of 04:45, 21 November 2015

NOISE - W&M iGEM

Integrator Cassette

The Composite Part

BBa_K1795023


For our method of genome integration the input is linear DNA, generated by PCR, containing what you would like to integrate onto the genome and an antibiotic resistance cassette to allow for selection. The galK Integrator allows digestion with the standard BioBrick enzymes and 3A assembly of your part of interest to create the integration construct (see right). This product can then be amplified using primers (details found here) and then used in the integration protocol. We have successfully used the integrator to incorporate stretches of DNA up to 2.1kb into the galK locus, not including the resistance cassette (1179 bp).

...

Antibiotic Operon

BBa_K1795024


Provides Kanamycin Resistance to the cell under the Promoter R0010.

...

dCas9s

The Basic Part

BBa_K1795000

BBa_K1795001


Part BBa_K1795000 is a dCas9 protein-coding region that has been optimized for expression in E. coli. Additionally, we created a functional dCas9 operon (BBa_K1795001) that, when transformed into E. coli is constitutively expressed. For further details, please see our Basic Part page.

...

gRNAs

The Part Collection

Part:BBa_K17950002 R0010 gRNA

Part:BBa_K17950003R0051 gRNA

Part:BBa_K17950004R0062 gRNA

Part:BBa_K17950005R0011 gRNA

Part:BBa_K17950006J23100 gRNA

Part:BBa_K17950007J23101 gRNA

Part:BBa_K17950008J23106 gRNA

Part:BBa_K17950009J23117 gRNA

Part:BBa_K17950010J23119 gRNA

Part:BBa_K17950011I13453 gRNA

Part:BBa_K17950012I0500 gRNA

Part:BBa_K17950013Scrambled gRNA


...

To complete our creation of a codon-optimized dCas9 parts, we created functional gRNAs that target the most commonly used promoters in iGEM. These parts (BBa_K1795002- BBa_K1795012), when transformed into E. coli, constitutively express gRNA that, in complex with our dCas9 variant, will repress transcription of the targeted promoter. We have also contributed a Scrambled gRNA (Part:BBa_K17950013) that does not target any region in the E. coli genome and can be used as a negative control. For further details about our gRNAs, please see our Part Collection page.

CFPs/YFPs Under Various Promoters

Part:BBa_K1795014YFP-LVA under R0040

Part:BBa_K1795015CFP-LVA under R0011

Part:BBa_K1795016YFP-LVA under R0011

Part:BBa_K1795017YFP-LVA under R0062

Part:BBa_K1795018CFP-LVA under I13453

Part:BBa_K1795019YFP-LVA under I13453

Part:BBa_K1795020CFP-LVA under R0051

Part:BBa_K1795021CFP-LVA under I0500


...

In order to test multiple promoters for their intrinsic noise, we needed to construct composite parts that had the structure seen to the right. In each construct the RBS and DT were kept constant throughout, but the promoter used to drive transcription was changed. Each construct was made in a CFP and YFP variant. Both the CFP and YFP used in this project have an LVA tag, decreasing the half-life of the protein. All of these parts have been sequenced confirmed and functionally validated.

Dual Fluorescent Plasmid

Part:BBa_K1795022


This plasmid consists of both a CFP-LVA driven by R0010 and YFP-LVA driven by R0010. This allows future teams to use this part to investigate transcriptional noise either on a low copy number plasmid or by integrating this part using our galK integrator.

...