Difference between revisions of "Team:William and Mary"

Line 153: Line 153:
 
                                         <p class="h1WM" style="font-family:WMSlim-Joe">NOISE</p>
 
                                         <p class="h1WM" style="font-family:WMSlim-Joe">NOISE</p>
  
−
                                         <h5>Characterization of promoter-driven transcriptional noise in <i>E. coli</i></h5>
+
                                         <h5>Characterization of promoter-derived transcriptional noise in E. coli</h5>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>  
 
                                 </div>  
Line 285: Line 285:
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                     <!-- End Section "What We do" example 3: Small Title & 3 columns icons -->
 
                     <!-- End Section "What We do" example 3: Small Title & 3 columns icons -->
−
 
+
−
 
+
                        <!-- Section "What We do" example 3: Small Title & 3 columns icons -->
−
    <!-- Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
+
                        <div class="section section-we-do-2" id="workflow2">
 +
                            <div class="container">
 +
                                <div class="row">
 +
                                    <div class="title">
 +
                                        <p class = "h2WM">Human practices</p>
 +
                                    </div>
 +
<p>Our <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">Human Practices effort</a> was a multi-faceted outreach approach to science literacy, focusing specifically on spreading a basic understanding of synthetic biology to the general public. We collaborated with numerous organizations (logos below) to host nine educational Synthetic Biology workshops for the public (from first graders to adults!) and to implement our original, 24-activity Synthetic Biology curriculum into schools worldwide, to further sustain our efforts for years to come.  </p>
 +
                                    <div class="col-md-10 col-md-offset-1">
 +
                                        <div class="row">
 +
                                            <div class="col-md-4">
 +
                                                <div class="card">
 +
                                                    <div class="icon">
 +
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/28/WMSpeechIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <h3>Adult Communication</h3>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-4">
 +
                                                <div class="card">
 +
                                                    <div class="icon">
 +
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/07/WMBooksIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <h3>Youth Education</h3>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-4">
 +
                                                <div class="card">
 +
                                                    <div class="icon">
 +
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3e/WMTimeIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <h3>Long-Term Sustainability</h3>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <!-- End Section "What We do" example 3: Small Title & 3 columns icons -->
 +
                   
 +
                    <!-- Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
 
                                             <div class="section section-we-made-1 section-with-hover" id="projects1">
 
                                             <div class="section section-we-made-1 section-with-hover" id="projects1">
 
                                                 <div class="text-area">
 
                                                 <div class="text-area">
Line 295: Line 335:
 
                                                             <div class="separator line-separator">✻</div>
 
                                                             <div class="separator line-separator">✻</div>
 
                                                         </div>-->
 
                                                         </div>-->
−
                                                         <p>W&amp;M iGEM met and exceeded iGEM's collaboration requirements by collaborating with other researchers in four main ways: creating a pen pal program to connect teams with similar projects, participating in the interlab measurement study, interviewing the general public to provide data to future teams about how to communicate synthetic biology, and collaborating on individual research projects with iGEM teams from University of Georgia, University of Maryland, and Cambridge. </p>
+
                                                         <p>W&M iGEM met and exceeded iGEM's collaboration requirements by collaborating with other researchers in four main ways: creating a pen pal program to connect teams with similar projects, participating in the interlab measurement study, interviewing the general public to provide data to future teams about how to communicate synthetic biology, and collaborating on individual research projects with iGEM teams from University of Georgia, University of Maryland, and Cambridge. </p>
 
                                                     </div>
 
                                                     </div>
 
                                                 </div>
 
                                                 </div>
Line 335: Line 375:
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                             <!-- End Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
 
                                             <!-- End Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
−
+
                   
−
                        <!-- Section "What We do" example 3: Small Title & 3 columns icons -->
+
<!-- MEDAL CRITERIA HERE -->
−
                        <div class="section section-we-do-2" id="workflow2">
+
 
−
                             <div class="container">
+
<div class="section section-we-are-2">
−
                                 <div class="row">
+
                             <div class="text-area">
−
                                     <div class="title">
+
                                 <div class="container">
−
                                         <p class = "h2WM">Human Practices</p>
+
                                     <div class="row">
−
                                    </div>
+
                                         <div class="col-md-4">
−
<p>Our Human Practices effort was a multi-faceted outreach approach to science literacy, focusing specifically on spreading a basic understanding of synthetic biology to the general public. We collaborated with numerous organizations (logos below) to host nine educational Synthetic Biology workshops for the public (from first graders to adults!) and to implement our original, 24-activity Synthetic Biology curriculum into schools worldwide, to further sustain our efforts for years to come. Along the way, we worked with several schools and organizations.  We've listed some of their logos below.</p>
+
                                             <div class="title">
−
                                    <div class="col-md-10 col-md-offset-1">
+
                                                 <p class="h2WM">Medal Criteria</p>
−
                                        <div class="row">
+
−
                                             <div class="col-md-3">
+
−
                                                 <div class="card">
+
−
                                                    <div class="icon">
+
−
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/c1/WmL1.png" height= "100"/>
+
−
                                                    </div>
+
−
                                                </div>
+
 
                                             </div>
 
                                             </div>
−
                                            <div class="col-md-3">
+
                                        </div>
−
                                                <div class="card">
+
                                        <div class="col-md-7 col-md-offset-1">
−
                                                    <div class="icon">
+
                                             <div class="content">
−
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4a/Wml2.png" height= "100"/>
+
                                                 <p>We're very proud of all of our accomplishments from over the summer! You can learn more about what we did to reach our goals <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Medal_Criteria"> here, on our Medal Criteria page.</a></p>
−
                                                    </div>
+
−
                                                </div>
+
−
                                            </div>
+
−
                                            <div class="col-md-3">
+
−
                                                <div class="card">
+
−
                                                    <div class="icon">
+
−
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e8/Wml3.png" height= "100"/>
+
−
                                                    </div>
+
−
                                                </div>
+
−
                                            </div>
+
−
                                            <div class="col-md-3">
+
−
                                                <div class="card">
+
−
                                                    <div class="icon">
+
−
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/f/ff/WMl4.png" height= "100"/>
+
−
                                                    </div>
+
−
                                                </div>
+
−
                                            </div>
+
−
                                            <div class="col-md-3">
+
−
                                                <div class="card">
+
−
                                                    <div class="icon">
+
−
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/20/WMl5.png" height= "100"/>
+
−
                                                    </div>
+
−
                                                </div>
+
−
                                            </div>
+
−
                                             <div class="col-md-3">
+
−
                                                 <div class="card">
+
−
                                                    <div class="icon">
+
−
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b4/WMl6.png" height= "100" width= "100"/>
+
−
                                                    </div>
+
−
                                                </div>
+
−
                                            </div>
+
−
                                            <div class="col-md-3">
+
−
                                                <div class="card">
+
−
                                                    <div class="icon">
+
−
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/f/f6/WMl7.png" height= "100" width= "100"/>
+
−
                                                    </div>
+
−
                                                </div>
+
−
                                            </div>
+
−
                                            <div class="col-md-3">
+
−
                                                <div class="card">
+
−
                                                    <div class="icon">
+
−
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/36/Wml8.png" height= "100" width= "100"/>
+
−
                                                    </div>
+
−
                                                </div>
+
−
                                            </div>
+
−
                                            <div class="col-md-3">
+
−
                                                <div class="card">
+
−
                                                    <div class="icon">
+
−
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/19/Wml9.png" height= "100" width= "100"/>
+
−
                                                    </div>
+
−
                                                </div>
+
−
                                            </div>
+
−
                                            <div class="col-md-3">
+
−
                                                <div class="card">
+
−
                                                    <div class="icon">
+
−
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/17/Wml10.png" height= "100" width= "100"/>
+
−
                                                    </div>
+
−
                                                </div>
+
−
                                            </div>
+
−
                                            <div class="col-md-3">
+
−
                                                <div class="card">
+
−
                                                    <div class="icon">
+
−
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/cd/Wml11.png" height= "100" width= "100"/>
+
−
                                                    </div>
+
−
                                                </div>
+
−
                                            </div>
+
−
                                            <div class="col-md-3">
+
−
                                                <div class="card">
+
−
                                                    <div class="icon">
+
−
                                                        <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/Wml12.png" height= "100" width= "100"/>
+
−
                                                    </div>
+
−
                                                </div>
+
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                         </div>
 
                                         </div>
Line 435: Line 396:
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
−
                        <!-- End Section "What We do" example 3: Small Title & 3 columns icons -->
+
 
−
 
+
<!--End Medal Criteria -->                  
 +
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
                   
 
                         <!-- Section "Team" example 1: Title & Full Image -->
 
                         <!-- Section "Team" example 1: Title & Full Image -->
 
                         <div class="section section-team-1" id="team1">
 
                         <div class="section section-team-1" id="team1">
Line 446: Line 414:
 
                                             <div class="separator line-separator">✻</div>
 
                                             <div class="separator line-separator">✻</div>
 
                                         </div>-->
 
                                         </div>-->
−
                                         <p>Measuring noise, one promoter at a time.</p>
+
                                         <p>Noise, one promoter at a time.</p>
 
<p>  
 
<p>  
  
Line 469: Line 437:
 
                                     <div class="title">
 
                                     <div class="title">
 
                                         <p class="h2WM">References</p>
 
                                         <p class="h2WM">References</p>
 +
<!--                                      <div class="separator-container">
 +
                                            <div class="separator line-separator">✻</div>
 +
                                        </div>-->
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
Line 477: Line 448:
 
                                         <div class="card">
 
                                         <div class="card">
 
                                             <div class="icon">
 
                                             <div class="icon">
−
                                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Notebook"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/a6/WMNotebookIconColor.png" height= "100" width= "90"/></a>
+
                                                 <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/a6/WMNotebookIconColor.png" height= "100" width= "90"/>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                             <h3>
 
                                             <h3>
Line 491: Line 462:
 
                                         <div class="card">
 
                                         <div class="card">
 
                                             <div class="icon">
 
                                             <div class="icon">
−
                                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Safety"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/79/WMGogglesIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
+
                                                 <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/79/WMGogglesIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                             <h3>
 
                                             <h3>
Line 505: Line 476:
 
                                         <div class="card">
 
                                         <div class="card">
 
                                             <div class="icon">
 
                                             <div class="icon">
−
                                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Attributions"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/WMTUIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
+
                                                 <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/WMTUIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                             <h3>
 
                                             <h3>
Line 584: Line 555:
 
action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
action=raw&ctype=text/javascript"></script>
  
−
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/modernizrJS?action=raw&ctype=text/javascript?"></script>
+
     <script type="text/javascript" src="http://presentation.paperplane.io/assets/js/modernizr.js"></script>
  
 
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/rubick2JS?
 
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/rubick2JS?
 
action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
</html>
 
</html>

Revision as of 03:11, 19 September 2015

NOISE - W&M iGEM

NOISE

Characterization of promoter-derived transcriptional noise in E. coli

Parts

In deciding which parts to submit to the iGEM Registry we focused on three main aspects.

First: ensuring our project is as reproducible and extensible as possible. To that end we have submitted all of new composite fluorescent protein parts that we constructed during the project. Second: Making genome integration as straightforward as possible for iGEM teams. In order to accomplish this goal we designed, tested, and validated a new integrator cassette that allows for simple genome integration using either 3A or Gibson Assembly. Third: Increasing the number of tools available for promoter-mediated regulation in synthetic biology. We created and validated an E. coli codon optimized dCas9 variant and a suite of gRNAs to target the most commonly used promoters in iGEM.

Measurement & Modeling

We measured noise in fluorescence data for dual-integrated sets of CFP and YFP under three promoters: BBa_R0010, BBa_R0011, and BBa_R0051. We also developed an analytic model of the impact of plasmid copy number fluctuations on transcriptional noise, which revealed that intrinsic noise cannot be accurately measured from reporters on the pSB1X3 plasmid series.

Click to go to Measurement

Data & Analysis

Click to go to the Model.

Plasmid Fluctuation Model

Human practices

Our Human Practices effort was a multi-faceted outreach approach to science literacy, focusing specifically on spreading a basic understanding of synthetic biology to the general public. We collaborated with numerous organizations (logos below) to host nine educational Synthetic Biology workshops for the public (from first graders to adults!) and to implement our original, 24-activity Synthetic Biology curriculum into schools worldwide, to further sustain our efforts for years to come.

...

Adult Communication

...

Youth Education

...

Long-Term Sustainability

Collaboration

W&M iGEM met and exceeded iGEM's collaboration requirements by collaborating with other researchers in four main ways: creating a pen pal program to connect teams with similar projects, participating in the interlab measurement study, interviewing the general public to provide data to future teams about how to communicate synthetic biology, and collaborating on individual research projects with iGEM teams from University of Georgia, University of Maryland, and Cambridge.

Medal Criteria

We're very proud of all of our accomplishments from over the summer! You can learn more about what we did to reach our goals here, on our Medal Criteria page.

Team

Noise, one promoter at a time.

...