Difference between revisions of "Team:William and Mary"

 
(146 intermediate revisions by 5 users not shown)
Line 10: Line 10:
 
         <meta content='width=device-width, initial-scale=1.0, maximum-scale=1.0, user-scalable=0' name='viewport' />
 
         <meta content='width=device-width, initial-scale=1.0, maximum-scale=1.0, user-scalable=0' name='viewport' />
 
         <link href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/bootstrap?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
 
         <link href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/bootstrap?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
 +
<link href="https://2015.igem.org/Team:Stockholm/fixbootstrap?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
 
         <link href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/rubick?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
 
         <link href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/rubick?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
 
         <link href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/demo?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
 
         <link href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/demo?action=raw&amp;ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
Line 28: Line 29:
 
display: none;
 
display: none;
 
}
 
}
−
+
/* Visited hyperlinks */
 +
                        a:visited{
 +
                                color: #393d31;
 +
                        }
 +
 
 
/*-- Remove borders, float content left and remove padding/margin */
 
/*-- Remove borders, float content left and remove padding/margin */
 
#globalWrapper, #content{
 
#globalWrapper, #content{
Line 44: Line 49:
 
margin-left: 0px;  
 
margin-left: 0px;  
 
}
 
}
 +
.centerImage
 +
{
 +
text-align:center;
 +
display:block;
 +
}
 +
.wraptocenter {
 +
  display: table-cell;
 +
  text-align: center;
 +
  vertical-align: middle;
 +
  width: 200px;
 +
  height: 200px;
 +
  background-color: #999;
 +
}
 +
.wraptocenter * {
 +
  vertical-align: middle;
 +
}
 
</style>
 
</style>
  
Line 62: Line 83:
 
                 <div class="collapse navbar-collapse">
 
                 <div class="collapse navbar-collapse">
 
                     <ul class="nav navbar-nav navbar-right navbar-uppercase">
 
                     <ul class="nav navbar-nav navbar-right navbar-uppercase">
 +
<p>    </p>
  
−
                        <li class="social-links">
 
−
                            <a href="#">
 
−
                            <i class="fa fa-facebook"></i>
 
−
                            </a>
 
−
                            <a href="#">
 
−
                            <i class="fa fa-twitter"></i>
 
−
                            </a>
 
−
                            <a href="#">
 
−
                            <i class="fa fa-instagram"></i>
 
−
                            </a>
 
−
                        </li>
 
 
                         <li>
 
                         <li>
−
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/">  
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary">  
 
                             Home
 
                             Home
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
−
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Project_Description">  
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Description">  
−
                             Project
+
                             Project Description
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
−
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Parts">  
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary#parts">
 
                             Parts
 
                             Parts
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
−
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Part_Collection">  
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement">  
−
                             Part Collections
+
                             Results
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
−
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Project_Description/Interlab_Study">  
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Modeling">
 +
                            Modeling
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Interlab">  
 
                             Interlab Study
 
                             Interlab Study
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
−
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Project_Description/Collaboration">  
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Collaborations">  
 
                             Collaboration
 
                             Collaboration
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
−
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Project_Description/Practices">  
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Software">
 +
                          Software
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">  
 
                             Human Practices
 
                             Human Practices
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
−
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Project_Description/Team">  
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary#ref">  
−
                             Team
+
                             References
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
−
                             <a href="" data-scroll="true" data-id="#ref">  
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Medal_Criteria">  
−
                             Notebook, Safety, & Attributions
+
                             Medal Criteria
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
−
                             <a href="mailto:igem@wm.edu">  
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Team">  
−
                             Contact Us
+
                             Team
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
Line 148: Line 169:
 
                                         <p class="h1WM" style="font-family:WMSlim-Joe">NOISE</p>
 
                                         <p class="h1WM" style="font-family:WMSlim-Joe">NOISE</p>
  
−
                                         <h5>Characterization of promoter-derived transcriptional noise in E. coli</h5>
+
                                         <h5>Characterization of promoter-driven transcriptional noise in E. coli</h5>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>  
 
                                 </div>  
−
                             <video class="bgvid" preload="auto" loop="loop" autoplay="false" muted="muted" volume="0"><source src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/2e/Wm15rfpLoop.webm" type="video/webm" responsive-src="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/rubik_responsive.jpg"><source src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/5/5b/Wm15rfpLoop.mp4" type="video/mp4">Video not supported</video></div>
+
                             <video class="bgvid" preload="auto" loop="loop" autoplay="false" muted="muted" volume="0"><source src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/39/WMCYNoise.webm" type="video/webm" responsive-src="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/rubik_responsive.jpg"><source src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/a7/WMCYNoise.mp4" type="video/mp4">Video not supported</video></div>
 
                              
 
                              
 
                             <a href="" data-scroll="true" data-id="#projectdesc" class="scroll-arrow hidden-xs hidden-sm">
 
                             <a href="" data-scroll="true" data-id="#projectdesc" class="scroll-arrow hidden-xs hidden-sm">
Line 174: Line 195:
 
                                         <div class="col-md-7 col-md-offset-1">
 
                                         <div class="col-md-7 col-md-offset-1">
 
                                             <div class="description">
 
                                             <div class="description">
−
                                                 <p>Transcriptional noise is blah blah blah.
+
                                                 <p>As synthetic biologists continue to construct increasingly complex gene regulatory networks, the need for accurate quantitative characterization of their regulatory components becomes more pressing. Despite the BioBrick registry's thorough characterization of the average strength of promoters, there is insufficient description of the variability in their expression. Our project aims to characterize this variability, or noise, for the most commonly used promoters in synthetic biology and provide additional tools for the regulation of these promoters.  
−
                                                 <p>Project description button here
+
                                                 <p><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Description">Read more on our Project Description page.</a>
 
                                                 </p>
 
                                                 </p>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
Line 183: Line 204:
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                             <div class="parallax full-image pattern-image">
 
                             <div class="parallax full-image pattern-image">
−
                                 <img alt="..." class="parallax-img" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/11/WMplates.jpeg">
+
                                 <img alt="..." class="parallax-img" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/thumb/a/a8/WMlabBench.jpg/800px-WMlabBench.jpg">
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
Line 189: Line 210:
  
 
                      
 
                      
−
                        <!-- Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
+
  <!-- Section "Our Projects" example 1: 2 Columns Full Width -->
−
                         <div class="section section-we-made-1 section-with-hover" id="projects1">
+
                         <div class="section section-we-made-1 section-with-hover" id="parts">
 
                             <div class="text-area">
 
                             <div class="text-area">
−
                                 <div class="title">
+
                                 <div class="title animate">
−
                                     <p class="h2WM">Our Parts</p>
+
                                     <p class = "h2WM">Parts</p2>
−
<!--                                    <div class="separator-container">
+
<div class = "description">                                   <p>In deciding which parts to submit to the iGEM Registry we focused on three main aspects.</p>
−
                                        <div class="separator line-separator">✻</div>
+
<p><i>First:</i> ensuring our project is as reproducible and extensible as possible. To that end we have submitted all of new composite fluorescent protein parts that we constructed during the project.<br> <i>Second:</i> Making genome integration as straightforward as possible for iGEM teams. In order to accomplish this goal we designed, tested, and validated a new integrator cassette that allows simple genome integration using 3A or Gibson Assembly. <br> <i>Third:</i> Increasing the number of tools available for promoter-mediated regulation in synthetic biology. We created and validated an E. coli codon optimized dCas9 variant and a suite of gRNAs to target the most commonly used promoters in iGEM.  </p>
−
                                    </div>-->
+
</p></div>
−
                                    <p>a lil summary of the different parts we wanna submit</p>
+
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                             <div class="row" id="projectsLine1">
 
                             <div class="row" id="projectsLine1">
−
                                 <div class="col-md-4">
+
                                 <div class="col-md-3">
−
                                     <div class="project">
+
                                     <div class="project animate">
−
                                         <img alt="..." src="assets/img/wm15integration.jpg">
+
                                         <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3e/Allparts.jpeg">
−
                                         <a class="over-area color-green" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="project_1">
+
                                         <a class="over-area color-black" href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Parts">
 
                                             <div class="content">
 
                                             <div class="content">
−
                                                 <h4>Integrator Suites</h4>
+
                                                 <h5>All Parts</h5>
−
                                                 <p>Click for details.</p>
+
                                                 <p>A categorized list of all parts.</p>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                         </a>
 
                                         </a>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
−
                                 <div class="col-md-4">
+
                                 <div class="col-md-3">
−
                                     <div class="project">
+
                                     <div class="project animate">
−
                                         <img alt="..." src="assets/img/wm15antibiotic.jpg">
+
                                         <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/7d/WMcollections.jpeg">
−
                                         <a class="over-area color-black" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="project_2">
+
                                         <a class="over-area color-black " href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Part_Collection">
 
                                             <div class="content">
 
                                             <div class="content">
−
                                                 <h4>Antibiotic Operons</h4>
+
                                                 <h5>Part Collection</h5>
−
                                                 <p>Click for details.</p>
+
                                                 <p>Guide RNAs for iGEMs top promoters. </p>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                         </a>
 
                                         </a>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
−
                                 <div class="col-md-4">
+
                                 <div class="col-md-3">
−
                                     <div class="project">
+
                                     <div class="project animate">
−
                                         <img alt="..." src="assets/img/wm15repression.jpg">                                    
+
                                         <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/7d/WMbasic.jpeg">
−
                                         <a class="over-area color-blue " href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="project_2">
+
                                         <a class="over-area color-black " href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Basic_Part">
 
                                             <div class="content">
 
                                             <div class="content">
−
                                                 <h4>dCas9s</h4>
+
                                                 <h5>Basic Part</h5>
−
                                                 <p>Click for details.</p>
+
                                                 <p>Targeted repression with dCAS9.</p>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                         </a>
 
                                         </a>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
−
                                 <div class="col-md-4">
+
                                 <div class="col-md-3">
−
                                     <div class="project">
+
                                     <div class="project animate">
−
                                         <img alt="..." src="assets/img/wm15guide.jpg">
+
                                         <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/f/f4/WMcomposite.jpeg">
−
                                         <a class="over-area color-purple" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="project_3">
+
                                         <a class="over-area color-black " href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Composite_Part">
 
                                             <div class="content">
 
                                             <div class="content">
−
                                                 <h4>gRNAs</h4>
+
                                                 <h5>Composite Part</h5>
−
                                                 <p>Click for details.</p>
+
                                                 <p>An original integrator suite for the E. coli chromosome.</p>
−
                                            </div>
+
−
                                        </a>
+
−
                                    </div>
+
−
                                </div>
+
−
                                <div class="col-md-4">
+
−
                                    <div class="project">
+
−
                                        <img alt="..." src="assets/img/wm15rfp.jpg">
+
−
                                        <a class="over-area color-green" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="project_3">
+
−
                                            <div class="content">
+
−
                                                <h4>XFPs under various promoters</h4>
+
−
                                                <p>Click for details.</p>
+
−
                                            </div>
+
−
                                        </a>
+
−
                                    </div>
+
−
                                </div>
+
−
                                <div class="col-md-4">
+
−
                                    <div class="project">
+
−
                                        <img alt="..." src="assets/img/wm15noise.jpg">
+
−
                                        <a class="over-area color-gold" href="#" target="_blank">
+
−
                                            <div class="content">
+
−
                                                <h4>G^2</h4>
+
−
                                                <p>Click for details.</p>
+
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                         </a>
 
                                         </a>
Line 269: Line 267:
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
−
                         <!-- End Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
+
                         <!-- End Section "Our Projects" example 1: 2 Columns Full Width -->
 
                          
 
                          
−
                     <!-- Section "What We do" example 4: Big Title & 4 columns icons -->
+
                     <!-- Section "What We do" example 4: Big Title & 3 columns icons -->
 +
 
 
                     <div class="section section-we-do-2" id="workflow2">
 
                     <div class="section section-we-do-2" id="workflow2">
 
                         <div class="container">
 
                         <div class="container">
Line 278: Line 277:
 
<!--                                    <h5 class="text-gray">Big Title &amp; 4 Columns Icons</h5>-->
 
<!--                                    <h5 class="text-gray">Big Title &amp; 4 Columns Icons</h5>-->
 
                                     <p class="h2WM">Measurement & Modeling</p>
 
                                     <p class="h2WM">Measurement & Modeling</p>
−
<!--                                    <div class="separator-container">
+
                                     <p>We measured noise in fluorescence data for dual-integrated sets of CFP and YFP under three promoters: BBa_R0010, BBa_R0011, and BBa_R0051. We also developed an analytic model of the impact of plasmid copy number fluctuations on transcriptional noise, which revealed that intrinsic noise cannot be accurately measured from reporters on the pSB1X3 plasmid series.</p>
−
                                        <div class="separator line-separator">✻</div>
+
−
                                    </div>-->
+
−
                                     <p>talk a lil about stuff we measured/math model here. 4 components of math model (each will have an icon: Data, analysis, another model, case study) </p>
+
 
                                 </div>
 
                                 </div>
−
                                 <div class="col-md-3">
+
                                 <div class="col-md-6">
 
                                     <div class="card animation-1 add-animation animate">
 
                                     <div class="card animation-1 add-animation animate">
 
                                         <div class="icon">
 
                                         <div class="icon">
−
                                             <i class="pe-7s-piggy"></i>
+
                                             <a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement"><img alt="Click to go to Measurement" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/0f/WMRulerIconColor.png" height= "100" width= "150"/></a>
 
                                         </div>
 
                                         </div>
−
                                         <h3>Data</h3>
+
                                         <h3><a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement">Data & Analysis</a></h3>
−
                                        <p>integrated/plasmid</p>
+
                                     
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
−
                                 <div class="col-md-3">
+
                                 <div class="col-md-6">
 
                                     <div class="card animation-2 add-animation animate">
 
                                     <div class="card animation-2 add-animation animate">
 
                                         <div class="icon">
 
                                         <div class="icon">
−
                                             <i class="pe-7s-headphones"></i>
+
                                             <a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Modeling"><img alt="Click to go to the Model." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/72/WMNormalIconColor.png" height= "100" width= "150"/></a>
 
                                         </div>
 
                                         </div>
−
                                         <h3>analysis</h3>
+
                                         <h3><a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Modeling">Plasmid Fluctuation Model</a></h3>
−
                                        <p>parameters and stuff.</p>
+
                                     
−
                                    </div>
+
−
                                </div>
+
−
                                <div class="col-md-3">
+
−
                                    <div class="card animation-3 add-animation animate">
+
−
                                        <div class="icon">
+
−
                                            <i class="pe-7s-pen"></i>
+
−
                                        </div>
+
−
                                        <h3>Another Model</h3>
+
−
                                        <p>explain from where</p>
+
−
                                    </div>
+
−
                                </div>
+
−
                                <div class="col-md-3">
+
−
                                    <div class="card animation-4 add-animation animate">
+
−
                                        <div class="icon">
+
−
                                            <i class="pe-7s-plugin"></i>
+
−
                                        </div>
+
−
                                        <h3>Case Study</h3>
+
−
                                        <p>applying our model to someone else's stuff</p>
+
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
Line 323: Line 301:
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                     <!-- End Section "What We do" example 3: Small Title & 3 columns icons -->
 
                     <!-- End Section "What We do" example 3: Small Title & 3 columns icons -->
−
                     
+
−
                         <!-- Section "Clients" example 1: 3 Columns Logos -->
+
                         <!-- Section "What We do" example 3: Small Title & 3 columns icons -->
−
                         <div class="section section-clients-1" id="clients1">
+
                         <div class="section section-we-do-2" id="workflow2">
 
                             <div class="container">
 
                             <div class="container">
−
                                 <div class="text-area">
+
                                 <div class="row">
 
                                     <div class="title">
 
                                     <div class="title">
−
                                         <p class="h2WM">Human Practices</p>
+
                                         <p class = "h2WM">Human practices</p>
−
<!--                                        <div class="separator-container">
+
−
                                            <div class="separator line-separator">✻</div>
+
−
                                        </div>-->
+
−
                                        <p>Our Human Practices effort was a multi-faceted outreach approach to science literacy, focusing specifically on spreading a basic understanding of synthetic biology to the general public. We collaborated with numerous organizations (logos below) to host nine educational Synthetic Biology workshops for the public (from first graders to adults!) and to implement our original, 24-activity Synthetic Biology curriculum into schools worldwide, to further sustain our efforts for years to come.  </p>
+
 
                                     </div>
 
                                     </div>
−
                                </div>
+
<p>Our <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">Human Practices effort</a> was a multi-faceted outreach approach to science literacy, focusing specifically on spreading a basic understanding of synthetic biology to the general public. We collaborated with numerous organizations to host nine educational Synthetic Biology workshops for the public (from first graders to adults!) and to implement our <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices#curriculum">educational 24-activity Synthetic Biology booklet</a> into schools worldwide, to further sustain our efforts for years to come.</p>
−
                                <div class="list-logos">
+
                                    <div class="col-md-10 col-md-offset-1">
−
                                    <div class="row">
+
                                        <div class="row">
−
                                        <div class="col-md-4">
+
                                            <div class="col-md-4">
−
                                            <div class="logo">
+
                                                <div class="card">
−
                                                <a href="#">  
+
                                                    <div class="icon">
−
                                                <img alt="..." src="assets/img/clients/forbes.svg">
+
                                                        <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/28/WMSpeechIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
−
                                                <img alt="..." src="assets/img/clients/forbes_h.svg">
+
                                                    </div>
−
                                                 </a>
+
                                                    <h3><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">Adult Communication</a></h3>
 +
                                                 </div>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
−
                                        </div>
+
                                            <div class="col-md-4">
−
                                        <div class="col-md-4">
+
                                                <div class="card">
−
                                            <div class="logo">
+
                                                    <div class="icon">
−
                                                <a href="#">  
+
                                                        <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/07/WMBooksIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
−
                                                <img alt="..." src="assets/img/clients/intel.svg">
+
                                                    </div>
−
                                                <img alt="..." src="assets/img/clients/intel_h.svg">
+
                                                    <h3><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">Youth Education</a></h3>
−
                                                 </a>
+
                                                 </div>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
−
                                        </div>
+
                                            <div class="col-md-4">
−
                                        <div class="col-md-4">
+
                                                <div class="card">
−
                                            <div class="logo">
+
                                                    <div class="icon">
−
                                                <a href="#">  
+
                                                        <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3e/WMTimeIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
−
                                                <img alt="..." src="assets/img/clients/apple.svg">
+
                                                    </div>
−
                                                <img alt="..." src="assets/img/clients/apple_h.svg">
+
                                                    <h3><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">Long-Term Sustainability</a></h3>
−
                                                 </a>
+
                                                 </div>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                         </div>
 
                                         </div>
Line 366: Line 341:
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
−
                         <!-- End Section "Clients" example 1: 3 Columns Logos -->
+
                         <!-- End Section "What We do" example 3: Small Title & 3 columns icons -->
 
                      
 
                      
 
                     <!-- Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
 
                     <!-- Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
Line 382: Line 357:
 
                                                     <div class="col-md-4">
 
                                                     <div class="col-md-4">
 
                                                         <div class="project">
 
                                                         <div class="project">
−
                                                             <img alt="..." src="assets/img/wm15integration.jpg">
+
                                                             <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/c8/WmInter.jpg">
−
                                                             <a class="over-area color-green" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="project_1">
+
                                                             <a class="over-area color-green" href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Interlab">
 
                                                                 <div class="content">
 
                                                                 <div class="content">
 
                                                                     <h4>Interlab Study</h4>
 
                                                                     <h4>Interlab Study</h4>
Line 393: Line 368:
 
                                                     <div class="col-md-4">
 
                                                     <div class="col-md-4">
 
                                                         <div class="project">
 
                                                         <div class="project">
−
                                                             <img alt="..." src="assets/img/wm15antibiotic.jpg">
+
                                                             <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6f/Wmpenpal.jpg">
−
                                                             <a class="over-area color-black" href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="project_2">
+
                                                             <a class="over-area color-black" href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Collaborations#penpals">
 
                                                                 <div class="content">
 
                                                                 <div class="content">
 
                                                                     <h4>PenPal Program</h4>
 
                                                                     <h4>PenPal Program</h4>
Line 404: Line 379:
 
                                                     <div class="col-md-4">
 
                                                     <div class="col-md-4">
 
                                                         <div class="project">
 
                                                         <div class="project">
−
                                                             <img alt="..." src="assets/img/wm15repression.jpg">                                     
+
                                                             <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/af/WmCollCam.png">                                     
−
                                                             <a class="over-area color-blue " href="javascript:void(0)" onclick="rubik.showModal(this)" data-target="project_2">
+
                                                             <a class="over-area color-blue " href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Collaborations#otherteams">
 
                                                                 <div class="content">
 
                                                                 <div class="content">
−
                                                                     <h4>Imaging</h4>
+
                                                                     <h4>With Other Teams</h4>
−
                                                                     <p>Click for details. (stuff w/ other teams goes here)</p>
+
                                                                     <p>Click for details.</p>
 
                                                                 </div>
 
                                                                 </div>
 
                                                             </a>
 
                                                             </a>
Line 417: Line 392:
 
                                             <!-- End Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
 
                                             <!-- End Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
 
                      
 
                      
−
                   
+
<!-- MEDAL CRITERIA HERE -->
 +
 
 +
<div class="section section-we-are-2">
 +
                            <div class="text-area">
 +
                                <div class="container">
 +
                                    <div class="row">
 +
                                        <div class="col-md-4">
 +
                                            <div class="title">
 +
                                                <p class="h2WM">Medal Criteria</p>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                        <div class="col-md-7 col-md-offset-1">
 +
                                            <div class="content">
 +
                                                <p><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Medal_Criteria">We're very proud of all of our accomplishments from over the summer! Click here to learn more about what we did to reach our goals.</a></p>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
 
 +
<!--End Medal Criteria -->                   
 +
 
 +
<!--Software starts here! -->
 +
<div class="section section-we-are-2">
 +
                            <div class="text-area">
 +
                                <div class="container">
 +
                                    <div class="row">
 +
                                        <div class="col-md-7 col-md-offset-1">
 +
                                            <div class="content">
 +
                                                <p><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Software">Click here to check out the software we made to help us make sense of sequencing results of complex parts!</a> </p>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
<div class="col-md-4">
 +
                                            <div class="title">
 +
                                                <p class="h2WM">Software</p>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
<!--End software -->
 +
 
 +
 
 +
 
 +
 
 
                      
 
                      
 
                         <!-- Section "Team" example 1: Title & Full Image -->
 
                         <!-- Section "Team" example 1: Title & Full Image -->
Line 428: Line 449:
 
                                             <div class="separator line-separator">✻</div>
 
                                             <div class="separator line-separator">✻</div>
 
                                         </div>-->
 
                                         </div>-->
−
                                         <p>a short blurb about our team here.</p>
+
<div class="content">
 +
                                         <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Team"><p>Click here to learn more about our team.</p></a>
 +
</div>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
Line 438: Line 461:
 
                         <!-- End Section "Team" example 1: Description & Full Image -->
 
                         <!-- End Section "Team" example 1: Description & Full Image -->
 
                      
 
                      
 +
 +
 +
<!--Software starts here! -->
 +
<div class="section section-we-are-2">
 +
                            <div class="text-area">
 +
                                <div class="container">
 +
                                    <div class="row">
 +
<div class="title">
 +
<p class="h2WM">2015 Jamboree Results</p>
 +
</div>
 +
                                        <div class="col-md-7 col-md-offset-1">
 +
                                            <div class="content">
 +
                                                <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b7/WM_Wins.jpg" width=600px> </p>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
<div class="col-md-4">
 +
                                            <div class="content" style="vertical-align:middle;">
 +
                                                <p>Undergraduate Grand Prize Winner<br><br>Best in Track: Measurement<br><br>Best Education & Public Engagement<br><br>Best Presentation<br><br>Nominee: Best Mathematical Model</p>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
<!--End software -->
 +
 
                         <!-- Section "ref" example 2: Text & Icons -->
 
                         <!-- Section "ref" example 2: Text & Icons -->
 
                         <div class="section section-numbers-1" id="ref">
 
                         <div class="section section-numbers-1" id="ref">
Line 455: Line 504:
 
                                         <div class="card">
 
                                         <div class="card">
 
                                             <div class="icon">
 
                                             <div class="icon">
−
                                                 <i class="pe-7s-users"></i>
+
                                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Notebook"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/a6/WMNotebookIconColor.png" height= "100" width= "90"/></a>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
−
                                             <h3>Notebook</h3>
+
                                             <h3>
 +
<a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Notebook">
 +
                            Notebook</a></h3>
 
<!--                                            <h5 class="text-gray">explain</h5>-->
 
<!--                                            <h5 class="text-gray">explain</h5>-->
 
  <!--                                          <div class="number" id="customersNo">
 
  <!--                                          <div class="number" id="customersNo">
Line 467: Line 518:
 
                                         <div class="card">
 
                                         <div class="card">
 
                                             <div class="icon">
 
                                             <div class="icon">
−
                                                 <i class="pe-7s-box1"></i>
+
                                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Safety"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/79/WMGogglesIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
−
                                             <h3>Safety</h3>
+
                                             <h3>
 +
<a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Safety">
 +
                            Safety</a></h3>
 
<!--                                            <h5 class="text-gray">explain</h5>-->
 
<!--                                            <h5 class="text-gray">explain</h5>-->
 
<!--                                            <div class="number" id="projectsNo">
 
<!--                                            <div class="number" id="projectsNo">
Line 479: Line 532:
 
                                         <div class="card">
 
                                         <div class="card">
 
                                             <div class="icon">
 
                                             <div class="icon">
−
                                                 <i class="pe-7s-global"></i>
+
                                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Attributions"> <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/WMTUIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
−
                                             <h3>Attributions</h3>
+
                                             <h3>
 +
<a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Attributions">
 +
                            Attributions</a></h3>
 
<!--                                            <h5 class="text-gray">explain</h5>-->
 
<!--                                            <h5 class="text-gray">explain</h5>-->
 
<!--                                            <div class="number" id="citiesNo">
 
<!--                                            <div class="number" id="citiesNo">
Line 495: Line 550:
 
                      
 
                      
 
                      
 
                      
−
                        <footer class="footer footer-color-black" data-color="black">
+
                      <footer class="footer footer-color-black" data-color="black">
 
                             <div class="container">
 
                             <div class="container">
 
                                 <nav class="pull-left navbar-burger">
 
                                 <nav class="pull-left navbar-burger">
 
                                     <ul>
 
                                     <ul>
 
                                         <li>
 
                                         <li>
−
                                             <a href="#">
+
                                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary">
 
                                                 Home
 
                                                 Home
 
                                             </a>
 
                                             </a>
 
                                         </li>
 
                                         </li>
 
                                         <li>
 
                                         <li>
−
                                             <a href="#">
+
                                             <a href="mailto:igem@wm.edu">
 
                                                 Contact
 
                                                 Contact
−
                                            </a>
 
−
                                        </li>
 
−
                                        <li>
 
−
                                            <a href="#">
 
−
                                              Blog
 
 
                                             </a>
 
                                             </a>
 
                                         </li>
 
                                         </li>
Line 517: Line 567:
 
                                 </nav>
 
                                 </nav>
 
                                 <div class="social-area pull-right">                 
 
                                 <div class="social-area pull-right">                 
−
                                     <a class="btn btn-social btn-facebook btn-simple">
+
                                     <a href="https://www.facebook.com/wmigem2015">
 
                                         <i class="fa fa-facebook-square"></i>
 
                                         <i class="fa fa-facebook-square"></i>
 
                                     </a>
 
                                     </a>
−
                                     <a class="btn btn-social btn-twitter btn-simple">
+
                                     <a href="https://twitter.com/wmigem">
 
                                         <i class="fa fa-twitter"></i>
 
                                         <i class="fa fa-twitter"></i>
 
                                     </a>
 
                                     </a>
Line 528: Line 578:
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
−
                         </footer>
+
                         </footer>  
−
                   
+
 
         </div>
 
         </div>
 
          
 
          
Line 540: Line 589:
 
         -->
 
         -->
 
          
 
          
−
        <div class="project-content" id="project_1">
 
−
          <div>
 
−
            <div class="project-details">
 
−
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
 
−
              <div class="container">
 
−
                <div class="project-title">
 
−
                    <h5>Project Content<span>.</span></h5>
 
−
                    <h2>title</h2>
 
−
                    <div class="separator-container">
 
−
                      <div class="separator line-separator">✻</div>
 
−
                    </div>
 
−
                </div>
 
−
                <div class="row">
 
−
                  <div class="col-md-4">
 
−
                    <div class="project-text">
 
−
                      <p><span>Detail</span>1</p>
 
−
                      <p><span>Detail</span>2</p>
 
−
                      <p><span>Detail</span>3</p>
 
−
                      <p><span>Detail</span>4</p>
 
−
                      <br>
 
−
                      <p>text</p>
 
−
                      <p>text</p>
 
−
                    </div>
 
−
                  </div>
 
−
                  <div class="col-md-8">
 
−
                    <div class="row">
 
−
                        <div class="col-md-6">
 
−
                            <div class="project-image">
 
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
−
                            </div>
 
−
                        </div>
 
−
                        <div class="col-md-6">
 
−
                            <div class="project-image">
 
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
−
                            </div>
 
−
                        </div>
 
−
                          <div class="col-md-6">
 
−
                            <div class="project-image">
 
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
−
                            </div>
 
−
                        </div>
 
−
                        <div class="col-md-6">
 
−
                            <div class="project-image">
 
−
                              <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
−
                            </div>
 
−
                        </div>
 
−
                    </div>
 
−
                  </div>
 
−
                </div>
 
−
              </div>
 
−
            </div>
 
−
          </div>
 
−
        </div>
 
  
−
        <div class="project-content" id="project_2">
 
−
          <div>
 
−
            <div class="project-details">
 
−
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
 
−
              <div class="container">
 
−
                <div class="project-title">
 
−
                  <h2>title</h2>
 
−
                  <div class="separator-container">
 
−
                      <div class="separator line-separator">✻</div>
 
−
                    </div>
 
−
                    <p>text</p>
 
−
                </div>
 
−
                <div class="row">
 
−
                  <div class="col-md-10 col-md-offset-1">
 
−
                    <div class="article">
 
−
                      <div class="project-image">
 
−
                        <img alt="..." src="assets/img/rubik_background2.jpg"/>
 
−
                      </div>
 
−
                      <div class="project-text">
 
−
                          <h3>Turnip greens yarrow ricebean rutabaga endive cauliflower sea lettuce<span>.</span></h3>
 
−
                          <p>text</p>
 
−
                      <p>etc<span>.</span></p>
 
−
                      </div>
 
−
                    </div>
 
−
                  </div>
 
−
                </div>
 
−
              </div>
 
−
            </div>
 
−
          </div>
 
−
        </div>
 
−
 
−
        <div class="project-content" id="project_3">
 
−
          <div>
 
−
            <div class="project-details">
 
−
              <span class="icon-close"><i class="pe-7s-close-circle"></i></span>
 
−
              <div class="container">
 
−
                <div class="project-title">
 
−
                  <h5 >Project Content</h5>
 
−
                    <h2>title here</h2>
 
−
                    <div class="separator-container">
 
−
                      <div class="separator line-separator">✻</div>
 
−
                    </div>
 
−
                </div>
 
−
                <div class="product">
 
−
                  <div class="row">
 
−
                    <div class="col-md-4">
 
−
                      <div class="project-text text-right">
 
−
                          <p>text here</p>
 
−
                      </div>
 
−
                    </div>
 
−
                    <div class="col-md-4">
 
−
                        <div class="project-image">
 
−
                          <img alt="..." src="assets/img/rubik_background3.png"/>
 
−
                        </div>
 
−
                    </div>
 
−
                    <div class="col-md-4">
 
−
                      <div class="project-text">
 
−
                          <p>text here</p>
 
−
                        </div>
 
−
                    </div>
 
−
                  </div>
 
−
                </div>
 
−
              </div>
 
−
            </div>
 
−
          </div>
 
−
        </div>
 
 
          
 
          
 
         <div class="body-layer"></div>
 
         <div class="body-layer"></div>
Line 678: Line 608:
 
     <script type="text/javascript" src="http://presentation.paperplane.io/assets/js/modernizr.js"></script>
 
     <script type="text/javascript" src="http://presentation.paperplane.io/assets/js/modernizr.js"></script>
  
−
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/rubickJS?
+
     <script type="text/javascript" src="https://2015.igem.org/Template:William_and_Mary/rubick2JS?
 
action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
</html>
 
</html>

Latest revision as of 03:18, 23 November 2015

NOISE - W&M iGEM

NOISE

Characterization of promoter-driven transcriptional noise in E. coli

Parts

In deciding which parts to submit to the iGEM Registry we focused on three main aspects.

First: ensuring our project is as reproducible and extensible as possible. To that end we have submitted all of new composite fluorescent protein parts that we constructed during the project.
Second: Making genome integration as straightforward as possible for iGEM teams. In order to accomplish this goal we designed, tested, and validated a new integrator cassette that allows simple genome integration using 3A or Gibson Assembly.
Third: Increasing the number of tools available for promoter-mediated regulation in synthetic biology. We created and validated an E. coli codon optimized dCas9 variant and a suite of gRNAs to target the most commonly used promoters in iGEM.

Measurement & Modeling

We measured noise in fluorescence data for dual-integrated sets of CFP and YFP under three promoters: BBa_R0010, BBa_R0011, and BBa_R0051. We also developed an analytic model of the impact of plasmid copy number fluctuations on transcriptional noise, which revealed that intrinsic noise cannot be accurately measured from reporters on the pSB1X3 plasmid series.

Click to go to Measurement

Data & Analysis

Click to go to the Model.

Plasmid Fluctuation Model

Human practices

Our Human Practices effort was a multi-faceted outreach approach to science literacy, focusing specifically on spreading a basic understanding of synthetic biology to the general public. We collaborated with numerous organizations to host nine educational Synthetic Biology workshops for the public (from first graders to adults!) and to implement our educational 24-activity Synthetic Biology booklet into schools worldwide, to further sustain our efforts for years to come.

...

Adult Communication

...

Youth Education

...

Long-Term Sustainability

Collaboration

W&M iGEM met and exceeded iGEM's collaboration requirements by collaborating with other researchers in four main ways: creating a pen pal program to connect teams with similar projects, participating in the interlab measurement study, interviewing the general public to provide data to future teams about how to communicate synthetic biology, and collaborating on individual research projects with iGEM teams from University of Georgia, University of Maryland, and Cambridge.

Medal Criteria

We're very proud of all of our accomplishments from over the summer! Click here to learn more about what we did to reach our goals.

Click here to check out the software we made to help us make sense of sequencing results of complex parts!

Software

2015 Jamboree Results

Undergraduate Grand Prize Winner

Best in Track: Measurement

Best Education & Public Engagement

Best Presentation

Nominee: Best Mathematical Model