Difference between revisions of "Team:William and Mary"

(Undo revision 373585 by Cgolino (talk))
 
(75 intermediate revisions by 5 users not shown)
Line 29: Line 29:
 
display: none;
 
display: none;
 
}
 
}
−
+
/* Visited hyperlinks */
 +
                        a:visited{
 +
                                color: #393d31;
 +
                        }
 +
 
 
/*-- Remove borders, float content left and remove padding/margin */
 
/*-- Remove borders, float content left and remove padding/margin */
 
#globalWrapper, #content{
 
#globalWrapper, #content{
Line 45: Line 49:
 
margin-left: 0px;  
 
margin-left: 0px;  
 
}
 
}
 +
.centerImage
 +
{
 +
text-align:center;
 +
display:block;
 +
}
 +
.wraptocenter {
 +
  display: table-cell;
 +
  text-align: center;
 +
  vertical-align: middle;
 +
  width: 200px;
 +
  height: 200px;
 +
  background-color: #999;
 +
}
 +
.wraptocenter * {
 +
  vertical-align: middle;
 +
}
 
</style>
 
</style>
  
Line 82: Line 102:
 
                         <li>
 
                         <li>
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement">  
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement">  
−
                             Measurement
+
                             Results
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
Line 91: Line 111:
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
−
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Interlab_Study">  
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Interlab">  
 
                             Interlab Study
 
                             Interlab Study
 
                             </a>
 
                             </a>
Line 108: Line 128:
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">  
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">  
 
                             Human Practices
 
                             Human Practices
−
                            </a>
 
−
                        </li>
 
−
                        <li>
 
−
                            <a href="http://issuu.com/wmigem/docs/wmigemsynbiodraft150806">
 
−
                            Curriculum on ISSUU.com
 
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
 
                         <li>
 
                         <li>
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary#ref">  
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary#ref">  
−
                             Notebook, Safety, & Attributions
+
                             References
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
Line 123: Line 138:
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Medal_Criteria">  
 
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Medal_Criteria">  
 
                             Medal Criteria
 
                             Medal Criteria
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Team">
 +
                            Team
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>
 
                         </li>
Line 149: Line 169:
 
                                         <p class="h1WM" style="font-family:WMSlim-Joe">NOISE</p>
 
                                         <p class="h1WM" style="font-family:WMSlim-Joe">NOISE</p>
  
−
                                         <h5>Characterization of promoter-derived transcriptional noise in E. coli</h5>
+
                                         <h5>Characterization of promoter-driven transcriptional noise in E. coli</h5>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>  
 
                                 </div>  
Line 175: Line 195:
 
                                         <div class="col-md-7 col-md-offset-1">
 
                                         <div class="col-md-7 col-md-offset-1">
 
                                             <div class="description">
 
                                             <div class="description">
−
                                                 <p>As synthetic biologists begin to construct increasingly complex gene regulatory networks, the need for accurate quantitative characterization of regulatory components becomes more pressing. Despite the extensive characterization of the average strength of the promoters available on the BioBrick registry, very few have information pertaining to the variability in their expression. Our project aims to characterize this variability, commonly referred to as stochasticity, or noise, in gene expression, for the most commonly used promoters in synthetic biology and provide additional tools for the regulation of these promoters.  
+
                                                 <p>As synthetic biologists continue to construct increasingly complex gene regulatory networks, the need for accurate quantitative characterization of their regulatory components becomes more pressing. Despite the BioBrick registry's thorough characterization of the average strength of promoters, there is insufficient description of the variability in their expression. Our project aims to characterize this variability, or noise, for the most commonly used promoters in synthetic biology and provide additional tools for the regulation of these promoters.  
 
                                                 <p><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Description">Read more on our Project Description page.</a>
 
                                                 <p><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Description">Read more on our Project Description page.</a>
 
                                                 </p>
 
                                                 </p>
Line 195: Line 215:
 
                                 <div class="title animate">
 
                                 <div class="title animate">
 
                                     <p class = "h2WM">Parts</p2>
 
                                     <p class = "h2WM">Parts</p2>
−
<div class = "description"><p>Our team submitted 25 parts to the registry. You can browse these parts below by choosing a page below.</p></div>
+
<div class = "description">                                   <p>In deciding which parts to submit to the iGEM Registry we focused on three main aspects.</p>
 +
<p><i>First:</i> ensuring our project is as reproducible and extensible as possible. To that end we have submitted all of new composite fluorescent protein parts that we constructed during the project.<br> <i>Second:</i> Making genome integration as straightforward as possible for iGEM teams. In order to accomplish this goal we designed, tested, and validated a new integrator cassette that allows simple genome integration using 3A or Gibson Assembly. <br> <i>Third:</i> Increasing the number of tools available for promoter-mediated regulation in synthetic biology. We created and validated an E. coli codon optimized dCas9 variant and a suite of gRNAs to target the most commonly used promoters in iGEM.  </p>
 +
</p></div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                             <div class="row" id="projectsLine1">
 
                             <div class="row" id="projectsLine1">
−
                                 <div class="col-md-6">
+
                                 <div class="col-md-3">
 
                                     <div class="project animate">
 
                                     <div class="project animate">
 
                                         <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3e/Allparts.jpeg">
 
                                         <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3e/Allparts.jpeg">
 
                                         <a class="over-area color-black" href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Parts">
 
                                         <a class="over-area color-black" href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Parts">
 
                                             <div class="content">
 
                                             <div class="content">
−
                                                 <h4>All Parts</h4>
+
                                                 <h5>All Parts</h5>
 
                                                 <p>A categorized list of all parts.</p>
 
                                                 <p>A categorized list of all parts.</p>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
Line 210: Line 232:
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
−
                                 <div class="col-md-6">
+
                                 <div class="col-md-3">
 
                                     <div class="project animate">
 
                                     <div class="project animate">
 
                                         <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/7d/WMcollections.jpeg">
 
                                         <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/7d/WMcollections.jpeg">
 
                                         <a class="over-area color-black " href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Part_Collection">
 
                                         <a class="over-area color-black " href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Part_Collection">
 
                                             <div class="content">
 
                                             <div class="content">
−
                                                 <h4>Part Collections</h4>
+
                                                 <h5>Part Collection</h5>
 
                                                 <p>Guide RNAs for iGEMs top promoters. </p>
 
                                                 <p>Guide RNAs for iGEMs top promoters. </p>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
Line 221: Line 243:
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
−
                                 <div class="col-md-6">
+
                                 <div class="col-md-3">
 
                                     <div class="project animate">
 
                                     <div class="project animate">
 
                                         <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/7d/WMbasic.jpeg">
 
                                         <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/7d/WMbasic.jpeg">
 
                                         <a class="over-area color-black " href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Basic_Part">
 
                                         <a class="over-area color-black " href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Basic_Part">
 
                                             <div class="content">
 
                                             <div class="content">
−
                                                 <h4>Basic Part</h4>
+
                                                 <h5>Basic Part</h5>
 
                                                 <p>Targeted repression with dCAS9.</p>
 
                                                 <p>Targeted repression with dCAS9.</p>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
Line 232: Line 254:
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
−
                                 <div class="col-md-6">
+
                                 <div class="col-md-3">
 
                                     <div class="project animate">
 
                                     <div class="project animate">
 
                                         <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/f/f4/WMcomposite.jpeg">
 
                                         <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/f/f4/WMcomposite.jpeg">
 
                                         <a class="over-area color-black " href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Composite_Part">
 
                                         <a class="over-area color-black " href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Composite_Part">
 
                                             <div class="content">
 
                                             <div class="content">
−
                                                 <h4>Composite Part</h4>
+
                                                 <h5>Composite Part</h5>
 
                                                 <p>An original integrator suite for the E. coli chromosome.</p>
 
                                                 <p>An original integrator suite for the E. coli chromosome.</p>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
Line 263: Line 285:
 
                                         </div>
 
                                         </div>
 
                                         <h3><a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement">Data & Analysis</a></h3>
 
                                         <h3><a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement">Data & Analysis</a></h3>
−
                                        <p>integrated/plasmid</p>
+
                                     
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
Line 272: Line 294:
 
                                         </div>
 
                                         </div>
 
                                         <h3><a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Modeling">Plasmid Fluctuation Model</a></h3>
 
                                         <h3><a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Modeling">Plasmid Fluctuation Model</a></h3>
−
                                        <p>parameters and stuff.</p>
+
                                     
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
Line 279: Line 301:
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                     <!-- End Section "What We do" example 3: Small Title & 3 columns icons -->
 
                     <!-- End Section "What We do" example 3: Small Title & 3 columns icons -->
−
                     
+
−
                         <!-- Section "Clients" example 1: 3 Columns Logos -->
+
                         <!-- Section "What We do" example 3: Small Title & 3 columns icons -->
−
                         <div class="section section-clients-1" id="clients1">
+
                         <div class="section section-we-do-2" id="workflow2">
 
                             <div class="container">
 
                             <div class="container">
−
                                 <div class="text-area">
+
                                 <div class="row">
 
                                     <div class="title">
 
                                     <div class="title">
−
                                         <p class="h2WM">Human Practices</p>
+
                                         <p class = "h2WM">Human practices</p>
−
                                        <p>Our Human Practices effort was a multi-faceted outreach approach to science literacy, focusing specifically on spreading a basic understanding of synthetic biology to the general public. We collaborated with numerous organizations (logos below) to host nine educational Synthetic Biology workshops for the public (from first graders to adults!) and to implement our original, 24-activity Synthetic Biology curriculum into schools worldwide, to further sustain our efforts for years to come.  </p>
+
 
                                     </div>
 
                                     </div>
−
                                </div>
+
<p>Our <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">Human Practices effort</a> was a multi-faceted outreach approach to science literacy, focusing specifically on spreading a basic understanding of synthetic biology to the general public. We collaborated with numerous organizations to host nine educational Synthetic Biology workshops for the public (from first graders to adults!) and to implement our <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices#curriculum">educational 24-activity Synthetic Biology booklet</a> into schools worldwide, to further sustain our efforts for years to come.</p>
−
 
+
                                    <div class="col-md-10 col-md-offset-1">
−
<div class="col-md-4">
+
                                        <div class="row">
−
                                    <div class="card animation-1 add-animation animate">
+
                                            <div class="col-md-4">
−
                                        <div class="icon">
+
                                                <div class="card">
−
                                            <a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices"><img alt="Adult Communication" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/28/WMSpeechIconColor.png= "100" width= "150"/></a>
+
                                                    <div class="icon">
 +
                                                        <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/28/WMSpeechIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <h3><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">Adult Communication</a></h3>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-4">
 +
                                                <div class="card">
 +
                                                    <div class="icon">
 +
                                                        <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/07/WMBooksIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <h3><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">Youth Education</a></h3>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-4">
 +
                                                <div class="card">
 +
                                                    <div class="icon">
 +
                                                        <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3e/WMTimeIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <h3><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">Long-Term Sustainability</a></h3>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 
                                         </div>
 
                                         </div>
−
                                        <h3><a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">Adult Communication</a></h3>
 
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
−
                                <div class="col-md-4">
+
                            </div>
−
                                    <div class="card animation-2 add-animation animate">
+
                        </div>
−
                                        <div class="icon">
+
                        <!-- End Section "What We do" example 3: Small Title & 3 columns icons -->
−
                                            <a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices"><img alt="Youth Education" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3e/WMTimeIconColor.png" height= "100" width= "150"/></a>
+
                   
 +
                    <!-- Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
 +
                                            <div class="section section-we-made-1 section-with-hover" id="projects1">
 +
                                                <div class="text-area">
 +
                                                    <div class="title">
 +
                                                        <p class="h2WM">Collaboration</p>
 +
                    <!--                                    <div class="separator-container">
 +
                                                            <div class="separator line-separator">✻</div>
 +
                                                        </div>-->
 +
                                                        <p>W&M iGEM met and exceeded iGEM's collaboration requirements by collaborating with other researchers in four main ways: creating a pen pal program to connect teams with similar projects, participating in the interlab measurement study, interviewing the general public to provide data to future teams about how to communicate synthetic biology, and collaborating on individual research projects with iGEM teams from University of Georgia, University of Maryland, and Cambridge. </p>
 +
                                                    </div>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="row" id="projectsLine1">
 +
                                                    <div class="col-md-4">
 +
                                                        <div class="project">
 +
                                                            <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/c8/WmInter.jpg">
 +
                                                            <a class="over-area color-green" href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Interlab">
 +
                                                                <div class="content">
 +
                                                                    <h4>Interlab Study</h4>
 +
                                                                    <p>Click for details.</p>
 +
                                                                </div>
 +
                                                            </a>
 +
                                                        </div>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <div class="col-md-4">
 +
                                                        <div class="project">
 +
                                                            <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6f/Wmpenpal.jpg">
 +
                                                            <a class="over-area color-black" href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Collaborations#penpals">
 +
                                                                <div class="content">
 +
                                                                    <h4>PenPal Program</h4>
 +
                                                                    <p>Click for details.</p>
 +
                                                                </div>
 +
                                                            </a>
 +
                                                        </div>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <div class="col-md-4">
 +
                                                        <div class="project">
 +
                                                            <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/af/WmCollCam.png">                                   
 +
                                                            <a class="over-area color-blue " href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Collaborations#otherteams">
 +
                                                                <div class="content">
 +
                                                                    <h4>With Other Teams</h4>
 +
                                                                    <p>Click for details.</p>
 +
                                                                </div>
 +
                                                            </a>
 +
                                                        </div>
 +
                                                    </div>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <!-- End Section "Our Projects" example 2: 3 Columns Full Width -->
 +
                   
 +
<!-- MEDAL CRITERIA HERE -->
 +
 
 +
<div class="section section-we-are-2">
 +
                            <div class="text-area">
 +
                                <div class="container">
 +
                                    <div class="row">
 +
                                        <div class="col-md-4">
 +
                                            <div class="title">
 +
                                                <p class="h2WM">Medal Criteria</p>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                        <div class="col-md-7 col-md-offset-1">
 +
                                            <div class="content">
 +
                                                <p><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Medal_Criteria">We're very proud of all of our accomplishments from over the summer! Click here to learn more about what we did to reach our goals.</a></p>
 +
                                            </div>
 
                                         </div>
 
                                         </div>
−
                                        <h3><a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">Youth Education</a></h3>
 
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
 +
                        </div>
 +
 +
<!--End Medal Criteria -->                   
 +
 +
<!--Software starts here! -->
 +
<div class="section section-we-are-2">
 +
                            <div class="text-area">
 +
                                <div class="container">
 +
                                    <div class="row">
 +
                                        <div class="col-md-7 col-md-offset-1">
 +
                                            <div class="content">
 +
                                                <p><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Software">Click here to check out the software we made to help us make sense of sequencing results of complex parts!</a> </p>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 
<div class="col-md-4">
 
<div class="col-md-4">
−
                                    <div class="card animation-2 add-animation animate">
+
                                            <div class="title">
−
                                        <div class="icon">
+
                                                <p class="h2WM">Software</p>
−
                                            <a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices"><img alt="" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/72/WMNormalIconColor.png" height= "100" width= "150"/></a>
+
                                            </div>
 
                                         </div>
 
                                         </div>
−
                                        <h3><a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">Long-Term Sustainability</a></h3>
 
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
−
 
 
                         </div>
 
                         </div>
−
                    </div>
+
<!--End software -->
 +
 
 +
 
 +
 
  
−
                   
 
−
                   
 
 
                      
 
                      
 
                         <!-- Section "Team" example 1: Title & Full Image -->
 
                         <!-- Section "Team" example 1: Title & Full Image -->
Line 332: Line 449:
 
                                             <div class="separator line-separator">✻</div>
 
                                             <div class="separator line-separator">✻</div>
 
                                         </div>-->
 
                                         </div>-->
−
                                         <p>Noise, one promoter at a time.</p>
+
<div class="content">
−
<p>  
+
                                         <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Team"><p>Click here to learn more about our team.</p></a>
−
 
+
</div>
−
 
+
−
 
+
−
 
+
−
 
+
−
</p>
+
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
Line 349: Line 461:
 
                         <!-- End Section "Team" example 1: Description & Full Image -->
 
                         <!-- End Section "Team" example 1: Description & Full Image -->
 
                      
 
                      
 +
 +
 +
<!--Software starts here! -->
 +
<div class="section section-we-are-2">
 +
                            <div class="text-area">
 +
                                <div class="container">
 +
                                    <div class="row">
 +
<div class="title">
 +
<p class="h2WM">2015 Jamboree Results</p>
 +
</div>
 +
                                        <div class="col-md-7 col-md-offset-1">
 +
                                            <div class="content">
 +
                                                <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b7/WM_Wins.jpg" width=600px> </p>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
<div class="col-md-4">
 +
                                            <div class="content" style="vertical-align:middle;">
 +
                                                <p>Undergraduate Grand Prize Winner<br><br>Best in Track: Measurement<br><br>Best Education & Public Engagement<br><br>Best Presentation<br><br>Nominee: Best Mathematical Model</p>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
<!--End software -->
 +
 
                         <!-- Section "ref" example 2: Text & Icons -->
 
                         <!-- Section "ref" example 2: Text & Icons -->
 
                         <div class="section section-numbers-1" id="ref">
 
                         <div class="section section-numbers-1" id="ref">
Line 366: Line 504:
 
                                         <div class="card">
 
                                         <div class="card">
 
                                             <div class="icon">
 
                                             <div class="icon">
−
                                                 <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/a6/WMNotebookIconColor.png" height= "100" width= "90"/>
+
                                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Notebook"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/a6/WMNotebookIconColor.png" height= "100" width= "90"/></a>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                             <h3>
 
                                             <h3>
Line 380: Line 518:
 
                                         <div class="card">
 
                                         <div class="card">
 
                                             <div class="icon">
 
                                             <div class="icon">
−
                                                 <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/79/WMGogglesIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
+
                                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Safety"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/79/WMGogglesIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                             <h3>
 
                                             <h3>
Line 394: Line 532:
 
                                         <div class="card">
 
                                         <div class="card">
 
                                             <div class="icon">
 
                                             <div class="icon">
−
                                                 <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/WMTUIconColor.png" height= "100" width= "100"/>
+
                                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Attributions"> <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/WMTUIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                             <h3>
 
                                             <h3>
Line 412: Line 550:
 
                      
 
                      
 
                      
 
                      
−
                        <footer class="footer footer-color-black" data-color="black">
+
                      <footer class="footer footer-color-black" data-color="black">
 
                             <div class="container">
 
                             <div class="container">
 
                                 <nav class="pull-left navbar-burger">
 
                                 <nav class="pull-left navbar-burger">
 
                                     <ul>
 
                                     <ul>
 
                                         <li>
 
                                         <li>
−
                                             <a href="#">
+
                                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary">
 
                                                 Home
 
                                                 Home
 
                                             </a>
 
                                             </a>
 
                                         </li>
 
                                         </li>
 
                                         <li>
 
                                         <li>
−
                                             <a href="#">
+
                                             <a href="mailto:igem@wm.edu">
 
                                                 Contact
 
                                                 Contact
−
                                            </a>
 
−
                                        </li>
 
−
                                        <li>
 
−
                                            <a href="#">
 
−
                                              Blog
 
 
                                             </a>
 
                                             </a>
 
                                         </li>
 
                                         </li>
Line 434: Line 567:
 
                                 </nav>
 
                                 </nav>
 
                                 <div class="social-area pull-right">                 
 
                                 <div class="social-area pull-right">                 
−
                                     <a class="btn btn-social btn-facebook btn-simple">
+
                                     <a href="https://www.facebook.com/wmigem2015">
 
                                         <i class="fa fa-facebook-square"></i>
 
                                         <i class="fa fa-facebook-square"></i>
 
                                     </a>
 
                                     </a>
−
                                     <a class="btn btn-social btn-twitter btn-simple">
+
                                     <a href="https://twitter.com/wmigem">
 
                                         <i class="fa fa-twitter"></i>
 
                                         <i class="fa fa-twitter"></i>
 
                                     </a>
 
                                     </a>
Line 445: Line 578:
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
−
                         </footer>
+
                         </footer>  
 
         </div>
 
         </div>
 
          
 
          

Latest revision as of 03:18, 23 November 2015

NOISE - W&M iGEM

NOISE

Characterization of promoter-driven transcriptional noise in E. coli

Parts

In deciding which parts to submit to the iGEM Registry we focused on three main aspects.

First: ensuring our project is as reproducible and extensible as possible. To that end we have submitted all of new composite fluorescent protein parts that we constructed during the project.
Second: Making genome integration as straightforward as possible for iGEM teams. In order to accomplish this goal we designed, tested, and validated a new integrator cassette that allows simple genome integration using 3A or Gibson Assembly.
Third: Increasing the number of tools available for promoter-mediated regulation in synthetic biology. We created and validated an E. coli codon optimized dCas9 variant and a suite of gRNAs to target the most commonly used promoters in iGEM.

Measurement & Modeling

We measured noise in fluorescence data for dual-integrated sets of CFP and YFP under three promoters: BBa_R0010, BBa_R0011, and BBa_R0051. We also developed an analytic model of the impact of plasmid copy number fluctuations on transcriptional noise, which revealed that intrinsic noise cannot be accurately measured from reporters on the pSB1X3 plasmid series.

Click to go to Measurement

Data & Analysis

Click to go to the Model.

Plasmid Fluctuation Model

Human practices

Our Human Practices effort was a multi-faceted outreach approach to science literacy, focusing specifically on spreading a basic understanding of synthetic biology to the general public. We collaborated with numerous organizations to host nine educational Synthetic Biology workshops for the public (from first graders to adults!) and to implement our educational 24-activity Synthetic Biology booklet into schools worldwide, to further sustain our efforts for years to come.

...

Adult Communication

...

Youth Education

...

Long-Term Sustainability

Collaboration

W&M iGEM met and exceeded iGEM's collaboration requirements by collaborating with other researchers in four main ways: creating a pen pal program to connect teams with similar projects, participating in the interlab measurement study, interviewing the general public to provide data to future teams about how to communicate synthetic biology, and collaborating on individual research projects with iGEM teams from University of Georgia, University of Maryland, and Cambridge.

Medal Criteria

We're very proud of all of our accomplishments from over the summer! Click here to learn more about what we did to reach our goals.

Click here to check out the software we made to help us make sense of sequencing results of complex parts!

Software

2015 Jamboree Results

Undergraduate Grand Prize Winner

Best in Track: Measurement

Best Education & Public Engagement

Best Presentation

Nominee: Best Mathematical Model