Difference between revisions of "Team:Pasteur Paris/Week 4"

Line 102: Line 102:
 
                
 
                
 
<ol>
 
<ol>
−
   <li style="text-align:left">MiniPrep of BBa_808026 following the QIAgen MiniPrep protocol. </li>
+
   <li style="text-align:left">MiniPrep of BBa_808026 following the QIAgen MiniPrep protocol. </li>
 
<div align="center">
 
<div align="center">
 
   <table border="1" cellspacing="0" cellpadding="0" width="382">
 
   <table border="1" cellspacing="0" cellpadding="0" width="382">
Line 112: Line 112:
 
     </tr>
 
     </tr>
 
     <tr>
 
     <tr>
−
       <td width="197" valign="top"><p align="center">[DNA] C (ng/µL) </p></td>
+
       <td width="197" valign="top"><p align="center">[DNA] C (ng/µl) </p></td>
−
       <td width="60" valign="top"><p align="center">21,5 </p></td>
+
       <td width="60" valign="top"><p align="center">21.5 </p></td>
−
       <td width="64" valign="top"><p align="center">33,8 </p></td>
+
       <td width="64" valign="top"><p align="center">33.8 </p></td>
−
       <td width="61" valign="top"><p align="center">26,7 </p></td>
+
       <td width="61" valign="top"><p align="center">26.7 </p></td>
 
     </tr>
 
     </tr>
 
     <tr>
 
     <tr>
 
       <td width="197" valign="top"><p align="center">DNA (250ng) Volume </p></td>
 
       <td width="197" valign="top"><p align="center">DNA (250ng) Volume </p></td>
−
       <td width="60" valign="top"><p align="center">11,6 </p></td>
+
       <td width="60" valign="top"><p align="center">11.6 </p></td>
−
       <td width="64" valign="top"><p align="center">7,4 </p></td>
+
       <td width="64" valign="top"><p align="center">7.4 </p></td>
−
       <td width="61" valign="top"><p align="center">9,4 </p></td>
+
       <td width="61" valign="top"><p align="center">9.4 </p></td>
 
     </tr>
 
     </tr>
 
     <tr>
 
     <tr>
−
       <td width="197" valign="top"><p align="center">Mix enzymatique Volume </p></td>
+
       <td width="197" valign="top"><p align="center">Enzymatic Mix Volume </p></td>
−
       <td width="60" valign="top"><p align="center">1 </p></td>
+
       <td width="60" valign="top"><p align="center">1.0 </p></td>
−
       <td width="64" valign="top"><p align="center">1 </p></td>
+
       <td width="64" valign="top"><p align="center">1.0 </p></td>
−
       <td width="61" valign="top"><p align="center">1 </p></td>
+
       <td width="61" valign="top"><p align="center">1.0 </p></td>
 
     </tr>
 
     </tr>
 
     <tr>
 
     <tr>
 
       <td width="197" valign="top"><p align="center">Tampon 10X Volume </p></td>
 
       <td width="197" valign="top"><p align="center">Tampon 10X Volume </p></td>
−
       <td width="60" valign="top"><p align="center">5 </p></td>
+
       <td width="60" valign="top"><p align="center">5.0 </p></td>
−
       <td width="64" valign="top"><p align="center">5 </p></td>
+
       <td width="64" valign="top"><p align="center">5.0 </p></td>
−
       <td width="61" valign="top"><p align="center">5 </p></td>
+
       <td width="61" valign="top"><p align="center">5.0 </p></td>
 
     </tr>
 
     </tr>
 
     <tr>
 
     <tr>
 
       <td width="197" valign="top"><p align="center">Water Volume </p></td>
 
       <td width="197" valign="top"><p align="center">Water Volume </p></td>
−
       <td width="60" valign="top"><p align="center">32,4 </p></td>
+
       <td width="60" valign="top"><p align="center">32.4 </p></td>
−
       <td width="64" valign="top"><p align="center">36,6 </p></td>
+
       <td width="64" valign="top"><p align="center">36.6 </p></td>
−
       <td width="61" valign="top"><p align="center">34,6 </p></td>
+
       <td width="61" valign="top"><p align="center">34.6 </p></td>
 
     </tr>
 
     </tr>
 
     <tr>
 
     <tr>
−
       <td width="197" valign="top"><p align="center">Total </p></td>
+
       <td width="197" valign="top"><p align="center">Total</p></td>
−
       <td width="60" valign="top"><p align="center">50 </p></td>
+
       <td width="60" valign="top"><p align="center">50.0 </p></td>
−
       <td width="64" valign="top"><p align="center">50 </p></td>
+
       <td width="64" valign="top"><p align="center">50.0 </p></td>
−
       <td width="61" valign="top"><p align="center">50 </p></td>
+
       <td width="61" valign="top"><p align="center">50.0 </p></td>
 
     </tr>
 
     </tr>
 
   </table>
 
   </table>
Line 162: Line 162:
 
     <tr>
 
     <tr>
 
       <td width="219" valign="top"><p align="center">Concentration (ng/µL)</p></td>
 
       <td width="219" valign="top"><p align="center">Concentration (ng/µL)</p></td>
−
       <td width="76" valign="top"><p align="center">21,5</p></td>
+
       <td width="76" valign="top"><p align="center">21.5</p></td>
−
       <td width="79" valign="top"><p align="center">33,8</p></td>
+
       <td width="79" valign="top"><p align="center">33.8</p></td>
−
       <td width="80" valign="top"><p align="center">26,7</p></td>
+
       <td width="80" valign="top"><p align="center">26.7</p></td>
 
     </tr>
 
     </tr>
 
     <tr>
 
     <tr>
 
       <td width="219" valign="top"><p align="center">OD(260 nm)</p></td>
 
       <td width="219" valign="top"><p align="center">OD(260 nm)</p></td>
−
       <td width="76" valign="top"><p align="center">0,430</p></td>
+
       <td width="76" valign="top"><p align="center">0.430</p></td>
−
       <td width="79" valign="top"><p align="center">0,665</p></td>
+
       <td width="79" valign="top"><p align="center">0.665</p></td>
−
       <td width="80" valign="top"><p align="center">0,534</p></td>
+
       <td width="80" valign="top"><p align="center">0.534</p></td>
 
     </tr>
 
     </tr>
 
     <tr>
 
     <tr>
 
       <td width="219" valign="top"><p align="center">OD(260 nm)/OD (280nm)</p></td>
 
       <td width="219" valign="top"><p align="center">OD(260 nm)/OD (280nm)</p></td>
−
       <td width="76" valign="top"><p align="center">1,69</p></td>
+
       <td width="76" valign="top"><p align="center">1.69</p></td>
−
       <td width="79" valign="top"><p align="center">1,81</p></td>
+
       <td width="79" valign="top"><p align="center">1.81</p></td>
−
       <td width="80" valign="top"><p align="center">1,77</p></td>
+
       <td width="80" valign="top"><p align="center">1.77</p></td>
 
     </tr>
 
     </tr>
 
     <tr>
 
     <tr>
 
       <td width="219" valign="top"><p align="center">OD(260 nm)/OD (230nm)</p></td>
 
       <td width="219" valign="top"><p align="center">OD(260 nm)/OD (230nm)</p></td>
−
       <td width="76" valign="top"><p align="center">2,64</p></td>
+
       <td width="76" valign="top"><p align="center">2.64</p></td>
−
       <td width="79" valign="top"><p align="center">1,56</p></td>
+
       <td width="79" valign="top"><p align="center">1.56</p></td>
−
       <td width="80" valign="top"><p align="center">1,86</p></td>
+
       <td width="80" valign="top"><p align="center">1.86</p></td>
 
     </tr>
 
     </tr>
 
   </table>
 
   </table>
Line 201: Line 201:
 
     <tr>
 
     <tr>
 
       <td width="197" valign="top"><p align="center">[DNA] C (ng/µL) </p></td>
 
       <td width="197" valign="top"><p align="center">[DNA] C (ng/µL) </p></td>
−
       <td width="60" valign="top"><p align="center">21,5 </p></td>
+
       <td width="60" valign="top"><p align="center">21.5 </p></td>
−
       <td width="64" valign="top"><p align="center">33,8 </p></td>
+
       <td width="64" valign="top"><p align="center">33.8 </p></td>
−
       <td width="61" valign="top"><p align="center">26,7 </p></td>
+
       <td width="61" valign="top"><p align="center">26.7 </p></td>
 
     </tr>
 
     </tr>
 
     <tr>
 
     <tr>
 
       <td width="197" valign="top"><p align="center">DNA (250ng) Volume </p></td>
 
       <td width="197" valign="top"><p align="center">DNA (250ng) Volume </p></td>
−
       <td width="60" valign="top"><p align="center">11,6 </p></td>
+
       <td width="60" valign="top"><p align="center">11.6 </p></td>
−
       <td width="64" valign="top"><p align="center">7,4 </p></td>
+
       <td width="64" valign="top"><p align="center">7.4 </p></td>
−
       <td width="61" valign="top"><p align="center">9,4 </p></td>
+
       <td width="61" valign="top"><p align="center">9.4 </p></td>
 
     </tr>
 
     </tr>
 
     <tr>
 
     <tr>
−
       <td width="197" valign="top"><p align="center">Mix enzymatique Volume </p></td>
+
       <td width="197" valign="top"><p align="center">Enzymatic Mix Volume </p></td>
−
       <td width="60" valign="top"><p align="center">1 </p></td>
+
       <td width="60" valign="top"><p align="center">1.0 </p></td>
−
       <td width="64" valign="top"><p align="center">1 </p></td>
+
       <td width="64" valign="top"><p align="center">1.0 </p></td>
−
       <td width="61" valign="top"><p align="center">1 </p></td>
+
       <td width="61" valign="top"><p align="center">1.0 </p></td>
 
     </tr>
 
     </tr>
 
     <tr>
 
     <tr>
 
       <td width="197" valign="top"><p align="center">Tampon 10X Volume </p></td>
 
       <td width="197" valign="top"><p align="center">Tampon 10X Volume </p></td>
−
       <td width="60" valign="top"><p align="center">5 </p></td>
+
       <td width="60" valign="top"><p align="center">5.0 </p></td>
−
       <td width="64" valign="top"><p align="center">5 </p></td>
+
       <td width="64" valign="top"><p align="center">5.0 </p></td>
−
       <td width="61" valign="top"><p align="center">5 </p></td>
+
       <td width="61" valign="top"><p align="center">5.0 </p></td>
 
     </tr>
 
     </tr>
 
     <tr>
 
     <tr>
 
       <td width="197" valign="top"><p align="center">Water Volume </p></td>
 
       <td width="197" valign="top"><p align="center">Water Volume </p></td>
−
       <td width="60" valign="top"><p align="center">32,4 </p></td>
+
       <td width="60" valign="top"><p align="center">32.4 </p></td>
−
       <td width="64" valign="top"><p align="center">36,6 </p></td>
+
       <td width="64" valign="top"><p align="center">36.6 </p></td>
−
       <td width="61" valign="top"><p align="center">34,6 </p></td>
+
       <td width="61" valign="top"><p align="center">34.6 </p></td>
 
     </tr>
 
     </tr>
 
     <tr>
 
     <tr>
 
       <td width="197" valign="top"><p align="center">Total </p></td>
 
       <td width="197" valign="top"><p align="center">Total </p></td>
−
       <td width="60" valign="top"><p align="center">50 </p></td>
+
       <td width="60" valign="top"><p align="center">50.0 </p></td>
−
       <td width="64" valign="top"><p align="center">50 </p></td>
+
       <td width="64" valign="top"><p align="center">50.0 </p></td>
−
       <td width="61" valign="top"><p align="center">50 </p></td>
+
       <td width="61" valign="top"><p align="center">50.0 </p></td>
 
     </tr>
 
     </tr>
 
   </table>
 
   </table>

Revision as of 19:43, 17 September 2015

Week 1

Week 2

Week 3

Week 4

Week 5

Week 6

Week 7

Week 8

Week 9

Week 10

Week 11

Week 12

Week 13

Week 14

Week 15

Week 4

06/22 - 06/26




  1. MiniPrep of BBa_808026 following the QIAgen MiniPrep protocol.

    2. BBa_K808026

    Clone 1

    Clone 2

    Clone 3

    [DNA] C (ng/µl)

    21.5

    33.8

    26.7

    DNA (250ng) Volume

    11.6

    7.4

    9.4

    Enzymatic Mix Volume

    1.0

    1.0

    1.0

    Tampon 10X Volume

    5.0

    5.0

    5.0

    Water Volume

    32.4

    36.6

    34.6

    Total

    50.0

    50.0

    50.0

    Figure 5: DNA Extraction by using the QiAprep spin protocol for a bioassay and digest.


    - OD measurement using a Spectrophotometer:


    BBa_K808026

    Clone 1

    Clone 2

    Clone 3

    Concentration (ng/µL)

    21.5

    33.8

    26.7

    OD(260 nm)

    0.430

    0.665

    0.534

    OD(260 nm)/OD (280nm)

    1.69

    1.81

    1.77

    OD(260 nm)/OD (230nm)

    2.64

    1.56

    1.86

    - Gel migration of the BioBrick K808026 on a 0,8% Agarose Gel (1h at 130V):

    l
    Figure 6: Results of the Gel Migration (BBa_808026).


  2. Bacterial culture of BBa_K1095000 on a Petri dish LB+Cm34.

  3. Plasmid purification of BBa_808026 following the MidiPrep and MiniPrep protocol.

    4. BBa_K808026

    Clone 1

    Clone 2

    Clone 3

    [DNA] C (ng/µL)

    21.5

    33.8

    26.7

    DNA (250ng) Volume

    11.6

    7.4

    9.4

    Enzymatic Mix Volume

    1.0

    1.0

    1.0

    Tampon 10X Volume

    5.0

    5.0

    5.0

    Water Volume

    32.4

    36.6

    34.6

    Total

    50.0

    50.0

    50.0

    Figure 7: DNA Extraction by using the QiAprep spin protocol for a bioassay and digest.


  4. Transformation of plasmids TeV and pDG022 in DH5-⍺ chemically competent cells.