Difference between revisions of "Team:KU Leuven/Modeling"

(flux balance in navbar.)
 
(27 intermediate revisions by 5 users not shown)
Line 1: Line 1:
 
{{KU_Leuven}}
 
{{KU_Leuven}}
 
{{KU_Leuven/css}}
 
{{KU_Leuven/css}}
−
<html>
+
<html>
  
−
<script>
+
    <script>
−
$(document).onload(function() {
+
        $(document).onload(function () {
−
  $(".main-navm").hide();
+
            $(".main-navm").hide();
−
});
+
        });
−
</script>
+
    </script>
  
−
<style>
+
    <style>
  
−
#topimg {
+
        #topimg {
−
    background: url(https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/19/KUL_Chameleon_stripes.jpg) no-repeat center center fixed;  
+
            background: url("https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/19/KUL_Chameleon_stripes.jpg") no-repeat center center fixed;
−
    background-size: contain
+
            background-size:contain -webkit-background-size: cover;
−
  -webkit-background-size: cover;
+
            -moz-background-size: cover;
−
  -moz-background-size: cover;
+
            -o-background-size: cover;
−
  -o-background-size: cover;
+
            background-size: cover;
−
  background-size: cover;
+
        }
−
}
+
        #modeling {
 +
            background-color: transparent;
 +
            border-style: solid;
 +
            border: 0 solid transparent;
 +
            border-bottom: 5px solid #8b7a57;
 +
        }
 +
        #centernav:hover #modeling {
 +
            /* this is active when your mouse moves is over the item */
 +
            border: 0 solid transparent;
 +
            border-bottom: 0 solid transparent;
 +
        }
 +
        .main-navm:hover #modeling {
 +
            /* this is active when your mouse moves is over the item */
 +
            border: 0 solid transparent;
 +
            border-right: 0 solid transparent;
 +
        }
 +
        @media screen and (max-width: 1000px) {#modeling {
 +
                border-bottom: 5px solid transparent;
 +
                border-right: 5px solid #8b7a57;
 +
            }
 +
        }
 +
        #content {
 +
            background-color: transparent;
 +
        }
 +
    </style>
 +
    <head>
 +
        <link href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif"
 +
            rel="icon"/>
 +
        <link / </head
 +
            href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif"
 +
            rel="shortcut icon">
 +
        <body>
 +
            <div id="headimg">
 +
                <div id="topimg"></div>
  
−
#modeling{
+
                <div id="hiddenimg">
−
    background-color: transparent;
+
                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/bb/KU_Leuven_Zebra2.PNG"
−
    border-style: solid;
+
                        width="100%">
−
    border: 0px solid transparent;
+
                </div>
−
    border-bottom: 5px solid #8b7a57;   
+
−
}
+
  
−
#centernav:hover #modeling {  /* this is active when your mouse moves is over the item */
+
            </div>
−
    border: 0px solid transparent;
+
−
    border-bottom: 0px solid transparent;
+
−
}
+
  
−
.main-navm:hover #modeling {  /* this is active when your mouse moves is over the item */
+
            <div id="summarywrapper">
−
    border: 0px solid transparent;
+
                <div id="logowrapper">
−
    border-right: 0px solid transparent;
+
                    <div id="logoiGEMKUL">
−
}
+
                        <img alt="Logo"
 +
                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/23/Team_KU_Leuven_banner.jpg"
 +
                            width="100%">
 +
                    </div>
  
−
@media screen and (max-width: 1000px) {
+
                    <div id="center">
−
#modeling {
+
                        <div id="pagetitle">
−
    border-bottom: 5px solid transparent;
+
                            <h2>Modeling</h2>
−
    border-right: 5px solid #8b7a57;
+
                        </div>
−
}
+
−
}
+
  
−
#content {
+
                        <div class="center" id="scrolldown">
−
    background-color:transparent;
+
                            <img alt="Scroll down"
−
}
+
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/1d/KU_Leuven_Arrows_wiki.png"
 +
                                width="100%">
 +
                        </div>
  
−
</style>
+
                    </div>
−
<head>
+
−
<link rel="icon" href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif" />
+
−
<link rel="shortcut icon" href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif" /
+
−
</head>
+
−
<body>
+
−
<div id="headimg">
+
−
<div id="topimg">
+
−
</div>
+
  
−
<div id="hiddenimg">
+
                    <div id="summarylogos">
−
  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/bb/KU_Leuven_Zebra2.PNG" width="100%">
+
−
</div>
+
  
 +
                        <div id="summarylogotwitter">
 +
                            <a height="100%" href="https://twitter.com/kuleuven_igem"><img alt="Twitter"
 +
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b8/KU_Leuven_Twitter-logo.png"
 +
                                width="100%"></a>
 +
                        </div>
  
−
</div>
+
                        <div id="summarylogofacebook">
 +
                            <a alt="Facebook" height="50px"
 +
                                href="https://www.facebook.com/KULeuveniGEM?fref=ts"><img alt="mail" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/df/KU_Leuven_Fblogo.png"
 +
                                width="100%"></a>
 +
                        </div>
  
 +
                        <div id="summarylogomail">
 +
                            <a href="mailto:igem@chem.kuleuven.be"><img alt="mail" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/11/KU_Leuven_mail.png"
 +
                                width="100%"></a>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>
  
−
<div id="summarywrapper">
+
                <div class="summary">
−
<div id="logowrapper">
+
                    <p>
−
<div id="logoiGEMKUL">
+
                        The fascinating properties of pattern creating bacteria can be translated into
−
  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/23/Team_KU_Leuven_banner.jpg"  alt="Logo" width="100%" >
+
                        the language of mathematics. In this subsection we investigate the
−
</div>
+
                        equations behind the behavior of the genetically modified organisms created in
−
 
+
                        the wetlab. For this purpose, a layered approach seems appropriate. Colony level modeling employs
−
<div id="center">
+
                        partial differential equations to describe large cell groups which are treated
−
<div id="pagetitle">
+
                        as a continuum. Internal level models describe the interactions that happen
−
<h2>Modeling</h2>
+
                        within single cells. Finally the hybrid model merges the two approaches into a
−
</div>
+
                        final description of our pattern forming cells.
−
 
+
                    </p>
−
<div id="scrolldown" class="center">
+
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/1d/KU_Leuven_Arrows_wiki.png" alt="Scroll down" width="100%">
+
−
</div>
+
−
 
+
−
</div>
+
−
 
+
−
<div id="summarylogos">
+
−
 
+
−
<div id="summarylogotwitter">
+
−
<a href="https://twitter.com/kuleuven_igem" height="100%"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b8/KU_Leuven_Twitter-logo.png" alt="Twitter" width="100%"></a> 
+
−
</div>
+
−
 
+
−
<div id="summarylogofacebook">
+
−
<a href="https://www.facebook.com/KULeuveniGEM?fref=ts" alt="Facebook" height="50px"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/df/KU_Leuven_Fblogo.png" alt="mail" width="100%"></a> 
+
−
</div>
+
−
 
+
−
<div id="summarylogomail">
+
−
<a href="mailto:igem@chem.kuleuven.be"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/11/KU_Leuven_mail.png" alt="mail" width="100%"></a> 
+
−
</div>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
−
 
+
−
<div class="summary">
+
−
<p>
+
−
The fascinating properties of pattern creating bacteria may be translated into the language of mathematics. In this subsection we are investigating the equations behind the behaviour of the genetically modified organisms created in the wetlab. We do so using a layered approach. Colony level modeling employs partial differential equations to describe large cell groups which are treated as a continuum. Internal level models describe the interactions that happen within single cells. Finally the hybrid model merges the two approaches into a final description of our pattern forming cells.
+
−
</p>                    <br/>
+
 
                     <br/>
 
                     <br/>
 
                     <br/>
 
                     <br/>
 
                     <br/>
 
                     <br/>
−
</div>
+
                    <br/>
 +
                </div>
  
 +
                <div class="subsections">
 +
                    <div class="subsectionwrapper">
 +
                        <div class="subimgrow">
 +
                         
 +
                            <div class="subimg">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
 +
                                    <img
 +
                                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png"
 +
                                        width="100%"></a>
 +
                            </div>
  
 +
                            <div class="whitespace"></div>
  
−
<div class="subsections">
+
                            <div class="subimg">
−
<div class="subsectionwrapper">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
−
<div class="subimgrow">
+
                                    <img
−
<div class="whitespace1"></div>
+
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/02/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Hybrid_model2.png"
−
<div class="subimg">
+
                                    width="100%"></a>
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top" >
+
                            </div>
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png" width="100%" ></a>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="whitespace">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
</div>
+
  
−
<div class="subimg">
+
                            <div class="subimg">
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/02/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Hybrid_model2.png" width="100%">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
−
</div>
+
                                    <img
 +
                                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/47/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Internal_model2.png"
 +
                                        width="100%"></a>
 +
                            </div>
  
−
<div class="whitespace">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
</div>
+
  
−
<div class="subimg">
+
                            <div class="subimg">
−
  <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/47/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Internal_model2.png" width="100%"></a>
+
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b1/KU_Leuven_Wiki_Button_Flux2.png"
−
</div>
+
                                        width="100%"></a>
 +
                            </div>
  
 +
                           
 +
                        </div>
  
 +
                        <div class="subtextrow">
 +
                         
 +
                            <div class="subtext">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
 +
                                    <h2>Colony</h2>
 +
                                    <p>
 +
                                        Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of partial differential
 +
                                        equations. These equations are simulated using finite differences.
 +
                                     
 +
                                    </p>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
  
−
<div class="whitespace">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
</div>
+
  
−
<div class="subimg">
+
                            <div class="subtext">
−
  <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b1/KU_Leuven_Wiki_Button_Flux2.png" width="100%"></a>
+
                                    <h2>Hybrid</h2>
−
</div>
+
                                    <p>The hybrid model represents an intermediate level of detail in between the colony level model and the internal model. Bacteria are treated as individual agents, while chemical species are modeled using partial differential equations. </p>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
  
 +
                            <div class="whitespace"></div>
  
 +
                            <div class="subtext">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
 +
                                    <h2>Internal</h2>
 +
                                    <p>Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations. </p>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
  
−
<div class="whitespace1"></div>
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
</div>
+
  
−
<div class="subtextrow">
+
                            <div class="subtext">
−
<div class="whitespace1"></div>
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
−
  <div class="subtext">
+
                                    <h2>FBA (Toulouse)</h2>
−
    <a href = "https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
+
                                    <p>
−
    <h2>Colony level</h2>
+
                                        As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse
−
        <p>
+
                                        team. This is the flux balance analysis they performed for us.<br/>
−
          Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential equations. These equations are simulated    using finite differences. <br/>
+
                                    </p>
−
            <div class="more"><p>Learn more</p>
+
                                </a>
−
            </div>
+
                            </div>
−
        </p>
+
                         
−
    </a>
+
                        </div>
−
  </div>
+
  
−
<div class="whitespace">
+
                        <div class="subimgreadmore">
−
</div>
+
                         
 +
                            <div class="subimgrm">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
 +
                                    <div id="more">
 +
                                        <img alt="Read more" height="40%"
 +
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
 +
                                            width="85%">
 +
                                    </div>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
  
−
  <div class="subtext">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
    <a href = "">
+
−
    <h2>Hybrid model</h2>
+
−
        <p>
+
−
          Coming soon <br/>
+
−
        </p>
+
−
    </a>
+
−
  </div>
+
  
−
<div class="whitespace">
+
                            <div class="subimgrm">
−
</div>
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
 +
                                    <div id="more">
 +
                                        <img alt="Read more" height="40%"
 +
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
 +
                                            width="85%">
 +
                                    </div>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
  
−
  <div class="subtext">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
    <a href = "Modeling/Internal">
+
−
    <h2>Internal model</h2>
+
−
        <p>
+
−
          Coming soon <br/>
+
−
        </p>
+
−
    </a>
+
−
  </div>
+
  
 +
                            <div class="subimgrm">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
 +
                                    <div id="more">
 +
                                        <img alt="Read more" height="40%"
 +
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
 +
                                            width="85%">
 +
                                    </div>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="whitespace"></div>
  
 +
                            <div class="subimgrm">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
 +
                                    <div id="more">
 +
                                        <img alt="Read more" height="40%"
 +
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
 +
                                            width="85%">
 +
                                    </div>
 +
                                </a>
 +
                               
 +
                            </div>
  
−
<div class="whitespace">
+
                        </div>
−
</div>
+
                    </div>
  
−
  <div class="subtext">
+
                    <div class="subimgrowm">
−
    <a href = "https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
+
                        <div class="subimgm">
−
    <h2>The Toulouse model</h2>
+
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
−
        <p>
+
                                <b>Colony</b>
−
          As a part of our modeling cooperation the Toulouse team performed a flux balance analysis for us.<br/>
+
                                <img
−
        </p>
+
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png"
−
    </a>
+
                                    width="100%"></a>
−
  </div>
+
                        </div>
−
<div class="whitespace1"></div>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="subimgreadmore">
+
                        <div class="whitespace"></div>
−
<div class="whitespace1"></div>
+
−
<div class="subimgrm">
+
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
+
−
<div id="more">
+
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png" height="40%" width="85%" alt="Read more">
+
−
</div>
+
−
</a>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="whitespace">
+
                        <div class="subtextm">
−
</div>  
+
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
 +
                                <p>
 +
                                    Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential
 +
                                    equations. These equations are simulated using finite differences.
 +
                                    <br/>
 +
                                </p>
 +
                            </a>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
  
−
<div class="subimgrm">
+
                    <div class="subimgrowm">
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/">
+
                        <div class="whiterow"></div>
−
<div id="more">
+
                    </div>
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png" height="40%" width="85%" alt="Read more">
+
−
</div>
+
−
</a>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="whitespace">
+
                    <div class="subimgrowm">
−
</div>  
+
                        <div class="subimgm">
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
 +
                            <b>Hybrid</b>
 +
                            <img
 +
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/02/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Hybrid_model2.png"
 +
                                width="100%"></a>
 +
                        </div>
  
−
<div class="subimgrm">
+
                        <div class="whitespace"></div>
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
+
−
<div id="more">
+
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png" height="40%" width="85%" alt="Read more">
+
−
</div>
+
−
</a>
+
−
</div>
+
−
<div class="whitespace1"></div>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="subimgrm">
+
                        <div class="subtextm">
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
+
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
−
<div id="more">
+
                                <p>
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png" height="40%" width="85%" alt="Read more">
+
                                    Our hybrid model merges both colony and internal level to define the cell-cell
−
</div>
+
                                    interactions of our pattern forming cells.  
−
</a>
+
                                </p>
−
</div>
+
                            </a>
−
<div class="whitespace1"></div>
+
                        </div>
−
</div>
+
                    </div>
  
 +
                    <div class="subimgrowm">
 +
                        <div class="whiterow"></div>
 +
                    </div>
  
−
<div class="subimgrowm">
+
                    <div class="subimgrowm">
−
<div class="subimgm">
+
                        <div class="subimgm">
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top" >
+
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
−
    <b>Colony level</b>
+
                            <b>Internal</b>
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png" width="100%" ></a>
+
                            <img
−
</div>
+
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/47/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Internal_model2.png"
 +
                                width="100%"></a>
 +
                        </div>
  
−
<div class="whitespace">
+
                        <div class="whitespace"></div>
−
</div>
+
  
−
  <div class="subtextm">
+
                        <div class="subtextm">
−
    <a href = "https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
+
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
−
        <p>
+
                                <p>Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations.
−
          Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential equations. These equations are simulated    using finite differences. <br/>
+
                                </p>
−
        </p>
+
                            </a>
−
    </a>  
+
                        </div>
−
  </div>
+
                    </div>
−
</div>
+
  
−
<div class="subimgrowm">
+
                    <div class="subimgrowm">
−
<div class="whiterow">
+
                        <div class="whiterow"></div>
−
</div>
+
                    </div>
−
</div>
+
  
−
<div class="subimgrowm">
+
                  <div class="subimgrowm">
−
<div class="subimgm">
+
−
    <b>Hybrid model</b>
+
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/02/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Hybrid_model2.png" width="100%">
+
−
</div>
+
  
−
<div class="whitespace">
+
                        <div class="subimgm">
−
</div>
+
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
 +
                            <b>FBA (Toulouse)</b>
 +
                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b1/KU_Leuven_Wiki_Button_Flux2.png"
 +
                                width="100%">
 +
                            </a>
 +
                        </div>
  
−
<div class="subtextm">
+
                        <div class="whitespace"></div>
−
    <a href = "">
+
−
        <p>
+
−
          Coming soon <br/>
+
−
        </p>
+
−
    </a>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="subimgrowm">
+
                        <div class="subtextm">
−
<div class="whiterow">
+
                              <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
−
</div>
+
                                <p>
−
</div>
+
                                    As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse
 +
                                        team. This is the flux balance analysis they performed for us.<br/>
 +
                                </p>
 +
                              </a>                           
 +
                        </div>
 +
                       
 +
                    </div>
  
−
<div class="subimgrowm">
 
−
<div class="subimgm">
 
−
    <b>Internal model</b>
 
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/47/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Internal_model2.png" width="100%">
 
−
</div>
 
  
−
<div class="whitespace">
+
                </div>
−
</div>
+
            </div>
 +
        </div>
  
−
  <div class="subtextm">
+
        <div id="summarywrapper">
−
    <a href = "">
+
            <div class="summary">
−
        <p>
+
                <h3>
−
          Coming soon <br/>
+
                    Contact
−
        </p>
+
                </h3>
−
    </a>  
+
                <p style="font-size:1.3em; text-align: center">
−
  </div>
+
                    Address: Celestijnenlaan 200G room 00.08 - 3001 Heverlee<br>
−
</div>
+
                    Telephone: +32(0)16 32 73 19<br>
−
</div>
+
                    Email: igem@chem.kuleuven.be<br>
−
</div>
+
                </p>
−
</div>
+
            </div>
 +
        </div>
  
−
<div id="summarywrapper">
+
        <div class="whiterow"></div>
−
<div class="summary">
+
−
<h3> Contact </h3>
+
−
<p style="font-size:1.3em; text-align: center">
+
−
Address: Celestijnenlaan 200G room 00.08 - 3001 Heverlee<br>
+
−
Telephone: +32(0)16 32 73 19<br>
+
−
Email: igem@chem.kuleuven.be<br> 
+
−
</p>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="whiterow"></div>
+
        <div id="footer">
 +
            <div class="rowfooter">
 +
                <div class="emptyfooter"></div>
 +
                <div id="bioscenter">
 +
                    <a href="http://www.kuleuven.be/bioscenter/"><img alt="bioSCENTer"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3c/KU_Leuven_Logo_BioSCENTer.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div class="emptyfooter"></div>
 +
            </div>
  
−
<div id="footer">
+
            <div class="rowfooter">
−
<div class="rowfooter">
+
                <div id="lrd">
−
  <div class="emptyfooter">
+
                    <a href="http://lrd.kuleuven.be/"><img alt="KU Leuven Research & Development"
−
  </div>
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b4/KU_Leuven_HR_LRD_CMYK_LOGO.jpg"
−
  <div id="bioscenter">
+
                        width="95%"></a>
−
      <a href="http://www.kuleuven.be/bioscenter/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3c/KU_Leuven_Logo_BioSCENTer.png" alt="bioSCENTer" width="95%"></a>
+
                </div>
−
  </div>
+
                <div id="youreca">
−
  <div class="emptyfooter">
+
                    <a href="http://www.kuleuven.be/onderzoek/youreca/"><img alt="YOURECA"
−
  </div>
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4f/KU_Leuven_YOURECA.png" width="95%"></a>
−
</div>
+
                </div>
 +
                <div id="solvay">
 +
                    <a href="http://www.solvay.com/"><img alt="SOLVAY"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/89/KU_Leuven_Solvay_Transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="medicine">
 +
                    <a href="http://gbiomed.kuleuven.be/english"><img alt="Faculty of Medicine"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/83/KU_Leuven_Biomedische_Wetenschappen_logo_.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
            </div>
  
−
<div class="rowfooter">
+
            <div class="rowfooter">
−
      <div id="lrd">
+
                <div id="imec">
−
      <a href="http://lrd.kuleuven.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b4/KU_Leuven_HR_LRD_CMYK_LOGO.jpg" alt="KU Leuven Research & Development" width="95%"></a>
+
                    <a href="http://www2.imec.be/be_en/home.html"><img alt="imec"
−
  </div>  
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/70/KU_Leuven_Imec_logo_transparant.png"
−
  <div id="youreca">
+
                        width="95%"></a>
−
       <a href="http://www.kuleuven.be/onderzoek/youreca/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4f/KU_Leuven_YOURECA.png" alt="YOURECA" width="95%"></a>
+
                </div>
 +
                <div id="genzyme">
 +
                    <a href="http://www.genzyme.be/"><img alt="Genzyme"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b7/KU_Leuven_Genzyme_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="eppendorf">
 +
                    <a href="https://www.eppendorf.com/BE-en/"><img alt="Eppendorf"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/96/KU_Leuven_Logo_Eppendorf_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
<div id="saillart">
 +
       <a href="http://www.glasatelier-saillart.be/English/english.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/ce/KU_Leuven_Sponsor_Saillard.png" alt="Glasatelier Saillart" width="95%"></a>
 
   </div>
 
   </div>
−
  <div id="solvay">
+
                <div id="kuleuven">
−
      <a href="http://www.solvay.com/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/89/KU_Leuven_Solvay_Transparant.png" alt="SOLVAY" width="95%"></a>
+
                    <a href="http://www.kuleuven.be/english"><img alt="bioSCENTer"
−
  </div>
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/08/KULEUVEN_groot.png" width="95%"></a>
−
  <div id="medicine">
+
                </div>
−
      <a href="http://gbiomed.kuleuven.be/english"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/83/KU_Leuven_Biomedische_Wetenschappen_logo_.png" alt="Faculty of Medicine" width="95%"></a>
+
                <div class="spacefooter"></div>
−
  </div>
+
                <div id="gips">
−
</div>
+
                    <a href="http://www.gipsmineral.de/"><img alt="Gips Mineral"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3d/KU_Leuven_Gips_Mineral_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="kolo">
 +
                    <a><img alt="Ko-Lo Instruments"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/15/KUL_Ko-Lo_Instruments_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
            </div>
  
−
  <div class="rowfooter">
+
            <div class="rowfooter">
−
<div id="imec">
+
                <div id="bioke">
−
      <a href="http://www2.imec.be/be_en/home.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/70/KU_Leuven_Imec_logo_transparant.png" alt="imec" width="95%"></a>
+
                    <a href="https://www.bioke.com/"><img alt="Bioké"
−
  </div>
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e1/KUL_Biok%C3%A9_logo_transparant.png"
−
<div id="genzyme">
+
                        width="95%"></a>
−
      <a href="http://www.genzyme.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b7/KU_Leuven_Genzyme_logo_transparant.png" alt="Genzyme" width="95%"></a>
+
                </div>
−
  </div>
+
<div class="logonormal">
−
  <div id="eppendorf">
+
<div id="regensys">
−
      <a href="https://www.eppendorf.com/BE-en/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/96/KU_Leuven_Logo_Eppendorf_transparant.png" alt="Eppendorf" width="95%"></a>
+
−
  </div>
+
−
<div id="kuleuven">
+
−
      <a href="http://www.kuleuven.be/english"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/08/KULEUVEN_groot.png" alt="bioSCENTer" width="95%"></a>
+
−
  </div>
+
−
<div class="spacefooter">
+
−
</div>
+
−
<div id="gips">
+
−
      <a href="http://www.gipsmineral.de/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3d/KU_Leuven_Gips_Mineral_logo_transparant.png" alt="Gips Mineral" width="95%"></a>
+
−
  </div>
+
−
<div id="kolo">
+
−
      <a><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/15/KUL_Ko-Lo_Instruments_logo_transparant.png" alt="Ko-Lo Instruments" width="95%"></a>
+
−
    </div>
+
−
<div id="regensys">
+
 
       <a href="http://regenesys.eu/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/eb/KU_Leuven_Logo_Regenesys_Transparant.png" alt="Regenesys" width="95%"></a>
 
       <a href="http://regenesys.eu/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/eb/KU_Leuven_Logo_Regenesys_Transparant.png" alt="Regenesys" width="95%"></a>
 
   </div>
 
   </div>
−
</div>
+
<div class="whiterow"></div>
−
 
+
−
<div class="rowfooter">
+
−
<div id="bioke">
+
−
      <a href="https://www.bioke.com/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e1/KUL_Biok%C3%A9_logo_transparant.png" alt="Bioké" width="95%"></a>
+
−
  </div>
+
 
   <div id="thermofisher">
 
   <div id="thermofisher">
 
       <a href="https://www.fishersci.com/us/en/home.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/KUL_Fischer_Scientific_logo_transparant.png" alt="Thermo Fisher Scientific" width="95%"></a>
 
       <a href="https://www.fishersci.com/us/en/home.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/KUL_Fischer_Scientific_logo_transparant.png" alt="Thermo Fisher Scientific" width="95%"></a>
 
   </div>
 
   </div>
 +
</div>
 +
    <div class="logonormal2">
 
<div id="vwr">
 
<div id="vwr">
 
       <a href="https://be.vwr.com/store/?&_requestid=866148&_DARGS=/store/cms/be.vwr.com/nl_BE/header_20159241139103.jsp.1_AF&_dynSessConf=4047468000326453053&targetURL=/store/%3F%26_requestid%3D866148&lastLanguage=en&/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=&_D%3AcurrentLanguage=+&currentLanguage=en&_D%3AlastLanguage=+&_D%3A/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=+"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/8d/KU_Leuven_Logo_VWR_transparant_.png" alt="VWR" width="95%"></a>
 
       <a href="https://be.vwr.com/store/?&_requestid=866148&_DARGS=/store/cms/be.vwr.com/nl_BE/header_20159241139103.jsp.1_AF&_dynSessConf=4047468000326453053&targetURL=/store/%3F%26_requestid%3D866148&lastLanguage=en&/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=&_D%3AcurrentLanguage=+&currentLanguage=en&_D%3AlastLanguage=+&_D%3A/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=+"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/8d/KU_Leuven_Logo_VWR_transparant_.png" alt="VWR" width="95%"></a>
 
   </div>
 
   </div>
−
<div id="footerimg">
+
<div class = "whiterow"></div>
−
  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b9/KU_Leuven_Zebra_spots_wiki_footer_main.png" width="95%">
+
<div id="lgc">
−
  </div>
+
<a href="http://www.lgcgroup.com/our-science/genomics-solutions/#.Vfx9V9yLTIU">
 +
                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e6/KU_Leuven_LOGO_LGC.png" alt="LGC Genomics" width="80%">
 +
</a>
 +
</div>
 +
</div>
 +
                <div id="footerimg">
 +
                    <img
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b9/KU_Leuven_Zebra_spots_wiki_footer_main.png"
 +
                        width="95%">
 +
                </div>
 +
              <div class="logonormal2">
 
  <div id="gimv">
 
  <div id="gimv">
 
       <a href="http://www.gimv.com/en"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/ac/KU_Leuven_Logo_Gimv_Transparant.png" alt="Gimv" width="95%"></a>
 
       <a href="http://www.gimv.com/en"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/ac/KU_Leuven_Logo_Gimv_Transparant.png" alt="Gimv" width="95%"></a>
 
   </div>
 
   </div>
−
  <div id="machery">
+
<div class = "whiterow"></div>
−
       <a href="http://www.filterservice.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/41/KU_Leuven_Macherey_Nagel_logo_transparant.png" alt="Machery Nagel" width="95%"></a>
+
<div id="sopach">
 +
       <a href="http://www.sopachem.com/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/5/55/KU_Leuven_Sopachem.jpeg" alt="Sopachem" width="95%"></a>
 
   </div>
 
   </div>
 +
</div>
 +
                <div id="machery">
 +
                    <a href="http://www.filterservice.be/"><img alt="Machery Nagel"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/41/KU_Leuven_Macherey_Nagel_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 
<div class="logosmall">
 
<div class="logosmall">
 
     <div id="sigma">
 
     <div id="sigma">
 
       <a href="https://www.sigmaaldrich.com/belgium-nederlands.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4b/KUL_Sigma-Aldrich_logo_transparant.png" alt="Sigma-Aldrich" width="95%"></a>
 
       <a href="https://www.sigmaaldrich.com/belgium-nederlands.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4b/KUL_Sigma-Aldrich_logo_transparant.png" alt="Sigma-Aldrich" width="95%"></a>
 
     </div>
 
     </div>
−
     <div id="egilabo">
+
    <div class="whiterow"></div>
 +
     <div id="egilab">
 
       <a href="http://www.egilabo.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e9/KUL_Egilabo_logo_transparant.png" alt="Egilabo" width="95%"></a>
 
       <a href="http://www.egilabo.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e9/KUL_Egilabo_logo_transparant.png" alt="Egilabo" width="95%"></a>
 
     </div>
 
     </div>
−
   </div>  
+
    <div class="whiterow"></div>
−
</div>
+
    <div id="novolab">
 +
      <a href="https://www.novolab.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4c/KU_Leuven_Novalab.png" alt="Novolab" height="95%"></a>
 +
    </div>
 +
   </div>  
 +
            </div>
  
−
</body>
+
        </body>
−
</html>
+
    </html>

Latest revision as of 09:37, 20 October 2015

Logo
Logo

Modeling

Twitter
mail
mail

The fascinating properties of pattern creating bacteria can be translated into the language of mathematics. In this subsection we investigate the equations behind the behavior of the genetically modified organisms created in the wetlab. For this purpose, a layered approach seems appropriate. Colony level modeling employs partial differential equations to describe large cell groups which are treated as a continuum. Internal level models describe the interactions that happen within single cells. Finally the hybrid model merges the two approaches into a final description of our pattern forming cells.





Colony

Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of partial differential equations. These equations are simulated using finite differences.

Hybrid

The hybrid model represents an intermediate level of detail in between the colony level model and the internal model. Bacteria are treated as individual agents, while chemical species are modeled using partial differential equations.

Internal

Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations.

FBA (Toulouse)

As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse team. This is the flux balance analysis they performed for us.
Read more
Read more
Read more
Read more
Colony

Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential equations. These equations are simulated using finite differences.

Hybrid

Our hybrid model merges both colony and internal level to define the cell-cell interactions of our pattern forming cells.

Internal

Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations.

FBA (Toulouse)

As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse team. This is the flux balance analysis they performed for us.

Contact

Address: Celestijnenlaan 200G room 00.08 - 3001 Heverlee
Telephone: +32(0)16 32 73 19
Email: igem@chem.kuleuven.be