Difference between revisions of "Team:KU Leuven/Modeling"

(Undo revision 258615 by V0lta (talk))
Line 1: Line 1:
 
{{KU_Leuven}}
 
{{KU_Leuven}}
 
{{KU_Leuven/css}}
 
{{KU_Leuven/css}}
−
<html>
+
<html>
−
    <head>
+
  
−
        <script>
+
<script>
−
            $(document).onload(function () {
+
$(document).onload(function() {
−
                $(".main-navm").hide();
+
  $(".main-navm").hide();
−
            });
+
});
−
        </script>
+
</script>
  
−
        <style>
+
<style>
−
            #topimg {
+
−
                background: url("https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/d8/KU_Leuven_Frog_patterns.jpg") no-repeat center center fixed;
+
−
                -webkit-background-size: cover;
+
−
                -moz-background-size: cover;
+
−
                -o-background-size: cover;
+
−
                background-size: cover;
+
−
            }
+
−
            #outreach {
+
−
                background-color: transparent;
+
−
                border-style: solid;
+
−
                border: 0 solid transparent;
+
−
                border-bottom: 5px solid #8b7a57;
+
−
            }
+
−
            #centernav:hover #outreach {
+
−
                /* this is active when your mouse moves is over the item */
+
−
                border: 0 solid transparent;
+
−
                border-bottom: 0 solid transparent;
+
−
            }
+
−
            .main-navm:hover #outreach {
+
−
                /* this is active when your mouse moves is over the item */
+
−
                border: 0 solid transparent;
+
−
                border-right: 0 solid transparent;
+
−
            }
+
−
            @media screen and (max-width: 1000px) {#outreach {
+
−
                    border-bottom: 5px solid transparent;
+
−
                    border-right: 5px solid #8b7a57;
+
−
                }
+
−
            }
+
−
            #content {
+
−
                background-color: transparent;
+
−
            }
+
−
        </style>
+
  
−
        <link href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif"
+
#topimg {
−
            rel="icon"/>
+
    background: url(https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/19/KUL_Chameleon_stripes.jpg) no-repeat center center fixed;
−
        <link / </head
+
    background-size: contain
−
            href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif"
+
  -webkit-background-size: cover;
−
            rel="shortcut icon">
+
  -moz-background-size: cover;
−
    </head>
+
  -o-background-size: cover;
−
    <body>
+
  background-size: cover;
 +
}
  
−
        <div id="headimg">
+
#modeling{
−
            <div id="topimg"></div>
+
    background-color: transparent;
 +
    border-style: solid;
 +
    border: 0px solid transparent;
 +
    border-bottom: 5px solid #8b7a57;   
 +
}
  
−
            <div id="hiddenimg">
+
#centernav:hover #modeling {  /* this is active when your mouse moves is over the item */
−
                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/bb/KU_Leuven_Zebra2.PNG"
+
    border: 0px solid transparent;
−
                    width="100%">
+
    border-bottom: 0px solid transparent;
−
            </div>
+
}
  
−
        </div>
+
.main-navm:hover #modeling {  /* this is active when your mouse moves is over the item */
 +
    border: 0px solid transparent;
 +
    border-right: 0px solid transparent;
 +
}
  
−
        <div id="summarywrapper">
+
@media screen and (max-width: 1000px) {
−
            <div id="logowrapper">
+
#modeling {
−
                <div id="logoiGEMKUL">
+
    border-bottom: 5px solid transparent;
−
                    <img alt="Logo"
+
    border-right: 5px solid #8b7a57;
−
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/23/Team_KU_Leuven_banner.jpg"
+
}
−
                        width="100%">
+
}
−
                </div>
+
  
−
                <div id="center">
+
#content {
−
                    <div id="pagetitle">
+
    background-color:transparent;
−
                        <h2>Outreach</h2>
+
}
−
                    </div>
+
−
                    <div class="center" id="scrolldown">
+
−
                        <img alt="Scroll down"
+
−
                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/1d/KU_Leuven_Arrows_wiki.png"
+
−
                            width="100%">
+
−
                    </div>
+
−
                </div>
+
  
−
                <div id="summarylogos">
+
</style>
 +
<head>
 +
<link rel="icon" href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif" />
 +
<link rel="shortcut icon" href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif" /
 +
</head>
 +
<body>
 +
<div id="headimg">
 +
<div id="topimg">
 +
</div>
  
−
                    <div id="summarylogotwitter">
+
<div id="hiddenimg">
−
                        <a height="100%" href="https://twitter.com/kuleuven_igem"><img alt="Twitter"
+
  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/bb/KU_Leuven_Zebra2.PNG" width="100%">
−
                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b8/KU_Leuven_Twitter-logo.png"
+
</div>
−
                            width="100%"></a>
+
−
                    </div>
+
  
−
                    <div id="summarylogofacebook">
 
−
                        <a alt="Facebook" height="50px"
 
−
                            href="https://www.facebook.com/KULeuveniGEM?fref=ts"><img alt="mail" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/df/KU_Leuven_Fblogo.png"
 
−
                            width="100%"></a>
 
−
                    </div>
 
  
−
                    <div id="summarylogomail">
+
</div>
−
                        <a href="mailto:igem@chem.kuleuven.be"><img alt="mail" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/11/KU_Leuven_mail.png"
+
−
                            width="100%"></a>
+
−
                    </div>
+
−
                </div>
+
−
            </div>
+
−
            <div class="summary">
+
−
                <p>
+
−
                    Our work is worth little if our results are not accepted or wanted by the
+
−
                    public. Therefore learning about the perception of synthetic biology is crucial.
+
−
                    Additionally, to gain the trust of the public a sound ethical foundation as a
+
−
                    base for our work is necessary. In our survey we learned, that most people only
+
−
                    accept synthetic biology if they feel educated about the subject. Therefore we
+
−
                    went to schools to teach students some synthetic biology fundamentals. Finally
+
−
                    to boost the impact of our project we collaborated with other teams to make our
+
−
                    and their projects better.
+
−
                </p>
+
−
                <br/>
+
−
                <br/>
+
−
                <br/>
+
−
                <br/>
+
−
            </div>
+
−
        </div>
+
  
−
        <div class="subsections">
 
−
            <div class="subsectionwrapper">
 
−
                <div class="subimgrow">
 
−
                    <div class="whitespaceside"></div>
 
−
                    <div class="subimg">
 
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Outreach/Survey">
 
−
                            <img
 
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/36/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Survey2.png"
 
−
                                width="100%">
 
−
                        </a>
 
−
                    </div>
 
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
<div id="summarywrapper">
 +
<div id="logowrapper">
 +
<div id="logoiGEMKUL">
 +
  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/23/Team_KU_Leuven_banner.jpg"  alt="Logo" width="100%" >
 +
</div>
  
−
                    <div class="subimg">
+
<div id="center">
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Public">
+
<div id="pagetitle">
−
                            <img
+
<h2>Modeling</h2>
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/84/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Outreach2.png"
+
</div>
−
                                width="100%">
+
−
                        </a>
+
−
                    </div>
+
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
<div id="scrolldown" class="center">
 +
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/1d/KU_Leuven_Arrows_wiki.png" alt="Scroll down" width="100%">
 +
</div>
  
−
                    <div class="subimg">
+
</div>
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Ethics">
+
−
                            <img
+
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/70/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Ethics2.png"
+
−
                                width="100%">
+
−
                        </a>
+
−
                    </div>
+
−
                    <div class="whitespaceside"></div>
+
−
                </div>
+
  
−
                <div class="subtextrow">
+
<div id="summarylogos">
−
                    <div class="whitespaceside"></div>
+
−
                    <div class="subtext">
+
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Outreach/Survey">
+
−
                            <h2>Survey</h2>
+
−
                            <p>We conducted a survey to shed light on the perception of synthetic biology in
+
−
                                Belgium.
+
−
                            </p>
+
−
                        </a>
+
−
                    </div>
+
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
<div id="summarylogotwitter">
 +
<a href="https://twitter.com/kuleuven_igem" height="100%"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b8/KU_Leuven_Twitter-logo.png" alt="Twitter" width="100%"></a> 
 +
</div>
  
−
                    <div class="subtext">
+
<div id="summarylogofacebook">
−
                        <a href=" https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Public">
+
<a href="https://www.facebook.com/KULeuveniGEM?fref=ts" alt="Facebook" height="50px"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/df/KU_Leuven_Fblogo.png" alt="mail" width="100%"></a>
−
                            <h2>Public Engagement</h2>
+
</div>
−
                            <p>How we engaged the generally and intra university-wise.
+
−
                            </p>
+
−
                        </a>
+
−
                    </div>
+
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
<div id="summarylogomail">
 +
<a href="mailto:igem@chem.kuleuven.be"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/11/KU_Leuven_mail.png" alt="mail" width="100%"></a> 
 +
</div>
 +
</div>
 +
</div>
  
−
                    <div class="subtext">
+
<div class="summary">
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Ethics">
+
<p>
−
                            <h2>Ethics</h2>
+
The fascinating properties of pattern creating bacteria may be translated into the language of mathematics. In this subsection we are investigating the equations behind the behaviour of the genetically modified organisms created in the wetlab. We do so using a layered approach. Colony level modeling employs partial differential equations to describe large cell groups which are treated as a continuum. Internal level models describe the interactions that happen within single cells. Finally the hybrid model merges the two approaches into a final description of our pattern forming cells.
−
                            <p>
+
</p>                   <br/>
−
                                What we learned from a panel of experts we invited to discuss ethical and legal
+
                     <br/>
−
                                questions.
+
                     <br/>
−
                            </p>
+
                    <br/>
−
                        </a>
+
</div>
−
                     </div>
+
−
                     <div class="whitespaceside"></div>
+
−
                </div>
+
  
−
                <div class="subimgreadmore">
 
−
                    <div class="whitespaceside"></div>
 
−
                    <div class="subimgrm">
 
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Outreach/Survey">
 
−
                            <div id="more">
 
−
                                <img alt="Read more" height="40%"
 
−
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
 
−
                                    width="85%">
 
−
                            </div>
 
−
                        </a>
 
−
                    </div>
 
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
 
  
−
                    <div class="subimgrm">
+
<div class="subsections">
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Public">
+
<div class="subsectionwrapper">
−
                            <div id="more">
+
<div class="subimgrow">
−
                                <img alt="Read more" height="40%"
+
<div class="whitespace1"></div>
−
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
+
<div class="subimg">
−
                                    width="85%">
+
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top" >
−
                            </div>
+
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png" width="100%" ></a>
−
                        </a>
+
</div>
−
                    </div>
+
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
<div class="whitespace">
 +
</div>
  
−
                    <div class="subimgrm">
+
<div class="subimg">
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Ethics">
+
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/02/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Hybrid_model2.png" width="100%">
−
                            <div id="more">
+
</div>
−
                                <img alt="Read more" height="40%"
+
−
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
+
−
                                    width="85%">
+
−
                            </div>
+
−
                        </a>
+
−
                    </div>
+
−
                    <div class="whitespaceside"></div>
+
−
                </div>
+
−
            </div>
+
−
            <div class="whiterow"></div>
+
−
            <div class="subsectionwrapper">
+
−
                <div class="subimgrow">
+
−
                    <div class="whitespace1"></div>
+
−
                    <div class="subimg">
+
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Education">
+
−
                            <img
+
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/78/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Education2.png"
+
−
                                width="100%">
+
−
                        </a>
+
−
                    </div>
+
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
<div class="whitespace">
 +
</div>
  
−
                    <div class="subimg">
+
<div class="subimg">
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Collaborations">
+
  <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
−
                            <img
+
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/47/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Internal_model2.png" width="100%"></a>
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e0/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Collaboration2.png"
+
</div>
−
                                width="100%">
+
−
                        </a>
+
−
                    </div>
+
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
 
  
−
                    <div class="subimg">
 
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Symposium">
 
−
                            <img
 
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/a0/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Symposium2.png"
 
−
                                width="100%">
 
−
                        </a>
 
−
                    </div>
 
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
<div class="whitespace">
 +
</div>
  
−
                    <div class="subimg">
+
<div class="subimg">
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven">
+
  <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
−
                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/cb/KUL_Wiki_Button_-_Back.png"
+
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b1/KU_Leuven_Wiki_Button_Flux2.png" width="100%"></a>
−
                                width="100%">
+
</div>
−
                        </a>
+
−
                    </div>
+
  
−
                    <div class="whitespace1"></div>
 
−
                </div>
 
  
−
                <div class="subtextrow">
 
−
                    <div class="whitespace1"></div>
 
−
                    <div class="subtext">
 
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Education">
 
−
                            <h2>Education</h2>
 
−
                            <p>
 
−
                                We went teaching and devised an educational card game, which is fun to play.
 
−
                            </p>
 
−
                        </a>
 
−
                    </div>
 
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
<div class="whitespace1"></div>
 +
</div>
  
−
                    <div class="subtext">
+
<div class="subtextrow">
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Collaborations">
+
<div class="whitespace1"></div>
−
                            <h2>Collaborations</h2>
+
  <div class="subtext">
−
                            <p>
+
    <a href = "https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
−
                                We collaborated with other teams to make their and our work even better.
+
    <h2>Colony level</h2>
−
                            </p>
+
        <p>
−
                        </a>
+
          Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential equations. These equations are simulated    using finite differences. <br/>
−
                    </div>
+
            <div class="more"><p>Learn more</p>
 +
            </div>
 +
        </p>
 +
    </a>  
 +
  </div>
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
<div class="whitespace">
 +
</div>
  
−
                    <div class="subtext">
+
  <div class="subtext">
 +
    <a href = "">
 +
    <h2>Hybrid model</h2>
 +
        <p>
 +
          Coming soon <br/>
 +
        </p>
 +
    </a>
 +
  </div>
  
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Symposium">
+
<div class="whitespace">
−
                            <h2>Symposium</h2>
+
</div>
−
                            <p>
+
−
                                We hosted a symposium with other iGEM teams attended and got interesting
+
−
                                speakers to broaden our horizons.
+
−
                            </p>
+
−
                        </a>
+
−
                    </div>
+
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
  
−
                    <div class="subtext">
+
  <div class="subtext">
 +
    <a href = "Modeling/Internal">
 +
    <h2>Internal model</h2>
 +
        <p>
 +
          Coming soon <br/>
 +
        </p>
 +
    </a>
 +
  </div>
  
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven">
 
−
                            <h2>Back</h2>
 
−
                            <p>
 
−
                                Go back to the main page.
 
−
                            </p>
 
−
                        </a>
 
−
                    </div>
 
  
−
                    <div class="whitespace1"></div>
 
−
                </div>
 
  
−
                <div class="subimgreadmore">
+
<div class="whitespace">
−
                    <div class="whitespace1"></div>
+
</div>
−
                    <div class="subimgrm">
+
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Education">
+
−
                            <div id="more">
+
−
                                <img alt="Read more" height="40%"
+
−
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
+
−
                                    width="85%">
+
−
                            </div>
+
−
                        </a>
+
−
                    </div>
+
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
  <div class="subtext">
 +
    <a href = "https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
 +
    <h2>The Toulouse model</h2>
 +
        <p>
 +
          As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse team. This is the flux balance analysis
 +
          they performed for us.<br/>
 +
        </p>
 +
    </a>
 +
  </div>
 +
<div class="whitespace1"></div>
 +
</div>
  
−
                    <div class="subimgrm">
+
<div class="subimgreadmore">
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Collaborations">
+
<div class="whitespace1"></div>
−
                            <div id="more">
+
<div class="subimgrm">
−
                                <img alt="Read more" height="40%"
+
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
−
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
+
<div id="more">
−
                                    width="85%">
+
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png" height="40%" width="85%" alt="Read more">
−
                            </div>
+
</div>
−
                        </a>
+
</a>
−
                    </div>
+
</div>
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
<div class="whitespace">
 +
</div>  
  
−
                    <div class="subimgrm">
+
<div class="subimgrm">
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Symposium">
+
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/">
−
                            <div id="more">
+
<div id="more">
−
                                <img alt="Read more" height="40%"
+
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png" height="40%" width="85%" alt="Read more">
−
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
+
</div>
−
                                    width="85%">
+
</a>
−
                            </div>
+
</div>
−
                        </a>
+
−
                    </div>
+
−
                    <div class="whitespace1"></div>
+
−
                </div>
+
  
−
                <!--          Mobile starts here!!!        -->
+
<div class="whitespace">
−
                <div class="subimgrowm">
+
</div>  
−
                    <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Outreach/Survey">
+
−
                        <div class="subimgm">
+
−
                            <b>Survey</b>
+
−
                            <img
+
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/36/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Survey2.png"
+
−
                                width="100%">
+
−
                        </div>
+
  
−
                        <div class="whitespace"></div>
+
<div class="subimgrm">
 +
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
 +
<div id="more">
 +
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png" height="40%" width="85%" alt="Read more">
 +
</div>
 +
</a>
 +
</div>
 +
<div class="whitespace1"></div>
  
−
                        <div class="subtextm">
+
<div class="subimgrm">
−
                            <p>
+
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
−
                                We did a survey to shed light on the perception of synthetic biology in belgium.
+
<div id="more">
−
                            </p>
+
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png" height="40%" width="85%" alt="Read more">
−
                        </div>
+
</div>
−
                    </a>
+
</a>
−
                </div>
+
<div class="whitespace1"></div>
 +
</div>
  
−
                <div class="subimgrowm">
+
</div>
−
                    <div class="whiterow"></div>
+
</div>
−
                </div>
+
  
−
                <div class="subimgrowm">
+
<div class="subimgrowm">
−
                    <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Public">
+
<div class="subimgm">
−
                        <div class="subimgm">
+
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top" >
−
                            <b>Survey</b>
+
    <b>Colony level</b>
−
                            <img
+
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png" width="100%" ></a>
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/84/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Outreach2.png"
+
</div>
−
                                width="100%">
+
−
                        </div>
+
  
−
                        <div class="whitespace"></div>
+
<div class="whitespace">
 +
</div>
  
−
                        <div class="subtextm">
+
  <div class="subtextm">
−
                            <p>
+
    <a href = "https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
−
                                How we interacted with the public in and outside of KU-Leuven.
+
        <p>
−
                            </p>
+
          Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential equations. These equations are simulated    using finite differences. <br/>
−
                        </div>
+
        </p>
−
                    </a>
+
    </a>  
−
                </div>
+
  </div>
 +
</div>
  
−
                <div class="subimgrowm">
+
<div class="subimgrowm">
−
                    <div class="whiterow"></div>
+
<div class="whiterow">
−
                </div>
+
</div>
 +
</div>
  
−
                <div class="subimgrowm">
+
<div class="subimgrowm">
−
                    <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Ethics">
+
<div class="subimgm">
−
                        <div class="subimgm">
+
    <b>Hybrid model</b>
−
                            <b>Ethics</b>
+
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/02/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Hybrid_model2.png" width="100%">
−
                            <img
+
</div>
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/70/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Ethics2.png"
+
−
                                width="100%">
+
−
                        </div>
+
  
−
                        <div class="whitespace"></div>
+
<div class="whitespace">
 +
</div>
  
−
                        <div class="subtextm">
+
<div class="subtextm">
−
                            <p>
+
    <a href = "">
−
                                We invited a panel of experts to discuss ethical questions with us.
+
        <p>
−
                            </p>
+
          Coming soon <br/>
−
                        </div>
+
        </p>
−
                    </a>
+
    </a>  
−
                </div>
+
</div>
 +
</div>
  
−
                <div class="subimgrowm">
+
<div class="subimgrowm">
−
                    <div class="whiterow"></div>
+
<div class="whiterow">
−
                </div>
+
</div>
 +
</div>
  
−
                <div class="subimgrowm">
+
<div class="subimgrowm">
−
                    <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Education">
+
<div class="subimgm">
−
                        <div class="subimgm">
+
    <b>Internal model</b>
−
                            <b>Education</b>
+
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/47/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Internal_model2.png" width="100%">
−
                            <img
+
</div>
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/78/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Education2.png"
+
−
                                width="100%">
+
−
                        </div>
+
  
−
                        <div class="whitespace"></div>
+
<div class="whitespace">
 +
</div>
  
−
                        <div class="subtextm">
+
  <div class="subtextm">
−
                            <p>
+
    <a href = "">
−
                                We went teaching and devised an educational card game, which is fun to play.
+
        <p>
−
                            </p>
+
          Coming soon <br/>
−
                        </div>
+
        </p>
−
                    </a>
+
    </a>
−
                </div>
+
  </div>
 +
</div>
 +
</div>
 +
</div>
 +
</div>
  
−
                <div class="subimgrowm">
+
<div id="summarywrapper">
−
                    <div class="whiterow"></div>
+
<div class="summary">
−
                </div>
+
<h3> Contact </h3>
 +
<p style="font-size:1.3em; text-align: center">
 +
Address: Celestijnenlaan 200G room 00.08 - 3001 Heverlee<br>
 +
Telephone: +32(0)16 32 73 19<br>
 +
Email: igem@chem.kuleuven.be<br> 
 +
</p>
 +
</div>
 +
</div>
  
−
                <div class="subimgrowm">
+
<div class="whiterow"></div>
−
                    <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Collaborations">
+
−
                        <div class="subimgm">
+
−
                            <b>Collaborations</b>
+
−
                            <img
+
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e0/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Collaboration2.png"
+
−
                                width="100%">
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="whitespace"></div>
+
  
−
                        <div class="subtextm">
+
<div id="footer">
−
                            <p>
+
<div class="rowfooter">
−
                                We worked together with other teams to make their and our projects better.
+
  <div class="emptyfooter">
−
                            </p>
+
  </div>
−
                        </div>
+
  <div id="bioscenter">
−
                    </a>
+
      <a href="http://www.kuleuven.be/bioscenter/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3c/KU_Leuven_Logo_BioSCENTer.png" alt="bioSCENTer" width="95%"></a>
−
                </div>
+
  </div>
 +
  <div class="emptyfooter">
 +
  </div>
 +
</div>
  
−
                <div class="subimgrowm">
+
<div class="rowfooter">
−
                    <div class="whiterow"></div>
+
      <div id="lrd">
−
                </div>
+
      <a href="http://lrd.kuleuven.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b4/KU_Leuven_HR_LRD_CMYK_LOGO.jpg" alt="KU Leuven Research & Development" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
  <div id="youreca">
 +
      <a href="http://www.kuleuven.be/onderzoek/youreca/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4f/KU_Leuven_YOURECA.png" alt="YOURECA" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
  <div id="solvay">
 +
      <a href="http://www.solvay.com/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/89/KU_Leuven_Solvay_Transparant.png" alt="SOLVAY" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
  <div id="medicine">
 +
      <a href="http://gbiomed.kuleuven.be/english"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/83/KU_Leuven_Biomedische_Wetenschappen_logo_.png" alt="Faculty of Medicine" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
</div>
  
−
                <div class="subimgrowm">
+
  <div class="rowfooter">
−
                    <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Symposium">
+
<div id="imec">
−
                        <div class="subimgm">
+
      <a href="http://www2.imec.be/be_en/home.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/70/KU_Leuven_Imec_logo_transparant.png" alt="imec" width="95%"></a>
−
                            <b>Symposium</b>
+
  </div>
−
                            <img
+
<div id="genzyme">
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/a0/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Symposium2.png"
+
      <a href="http://www.genzyme.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b7/KU_Leuven_Genzyme_logo_transparant.png" alt="Genzyme" width="95%"></a>
−
                                width="100%">
+
  </div>
−
                        </div>
+
  <div id="eppendorf">
−
                        <div class="whitespace"></div>
+
      <a href="https://www.eppendorf.com/BE-en/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/96/KU_Leuven_Logo_Eppendorf_transparant.png" alt="Eppendorf" width="95%"></a>
−
 
+
  </div>
−
                        <div class="subtextm">
+
<div id="kuleuven">
−
                            <p>
+
      <a href="http://www.kuleuven.be/english"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/08/KULEUVEN_groot.png" alt="bioSCENTer" width="95%"></a>
−
                                We hosted a symposium with other iGEM teams attended and got interesting
+
  </div>
−
                                speakers to broaden our horizons.
+
<div class="spacefooter">
−
                            </p>
+
</div>
−
                        </div>
+
<div id="gips">
−
                    </a>
+
      <a href="http://www.gipsmineral.de/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3d/KU_Leuven_Gips_Mineral_logo_transparant.png" alt="Gips Mineral" width="95%"></a>
−
                </div>
+
  </div>
−
                <div class="subimgrowm">
+
<div id="kolo">
−
                    <div class="whiterow"></div>
+
      <a><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/15/KUL_Ko-Lo_Instruments_logo_transparant.png" alt="Ko-Lo Instruments" width="95%"></a>
−
                </div>
+
−
 
+
−
                <div class="subimgrowm">
+
−
                    <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven">
+
−
                        <div class="subimgm">
+
−
                            <b>Back</b>
+
−
                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/cb/KUL_Wiki_Button_-_Back.png"
+
−
                                width="100%">
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="whitespace"></div>
+
−
 
+
−
                        <div class="subtextm">
+
−
                            <p>
+
−
                                Go back to the main page.
+
−
                            </p>
+
−
                        </div>
+
−
                    </a>
+
−
                </div>
+
−
 
+
−
            </div>
+
−
        </div>
+
 
     </div>
 
     </div>
 +
<div id="regensys">
 +
      <a href="http://regenesys.eu/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/eb/KU_Leuven_Logo_Regenesys_Transparant.png" alt="Regenesys" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
</div>
  
−
    <div id="summarywrapper">
+
<div class="rowfooter">
−
        <div class="summary">
+
<div id="bioke">
−
            <h3>
+
      <a href="https://www.bioke.com/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e1/KUL_Biok%C3%A9_logo_transparant.png" alt="Bioké" width="95%"></a>
−
                Contact
+
  </div>
−
            </h3>
+
  <div id="thermofisher">
−
            <p style="font-size:1.3em; text-align: center">
+
      <a href="https://www.fishersci.com/us/en/home.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/KUL_Fischer_Scientific_logo_transparant.png" alt="Thermo Fisher Scientific" width="95%"></a>
−
                Address: Celestijnenlaan 200G room 00.08 - 3001 Heverlee<br>
+
  </div>
−
                Telephone n°: +32(0)16 32 73 19<br>
+
<div id="vwr">
−
                Mail: igem@chem.kuleuven.be<br>
+
      <a href="https://be.vwr.com/store/?&_requestid=866148&_DARGS=/store/cms/be.vwr.com/nl_BE/header_20159241139103.jsp.1_AF&_dynSessConf=4047468000326453053&targetURL=/store/%3F%26_requestid%3D866148&lastLanguage=en&/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=&_D%3AcurrentLanguage=+&currentLanguage=en&_D%3AlastLanguage=+&_D%3A/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=+"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/8d/KU_Leuven_Logo_VWR_transparant_.png" alt="VWR" width="95%"></a>
−
            </p>
+
  </div>
−
        </div>
+
<div id="footerimg">
−
    </div>
+
  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b9/KU_Leuven_Zebra_spots_wiki_footer_main.png" width="95%">
 +
  </div>
 +
<div id="gimv">
 +
      <a href="http://www.gimv.com/en"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/ac/KU_Leuven_Logo_Gimv_Transparant.png" alt="Gimv" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
  <div id="machery">
 +
      <a href="http://www.filterservice.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/41/KU_Leuven_Macherey_Nagel_logo_transparant.png" alt="Machery Nagel" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
<div class="logosmall">
 +
    <div id="sigma">
 +
      <a href="https://www.sigmaaldrich.com/belgium-nederlands.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4b/KUL_Sigma-Aldrich_logo_transparant.png" alt="Sigma-Aldrich" width="95%"></a>
 +
    </div>
 +
    <div id="egilabo">
 +
      <a href="http://www.egilabo.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e9/KUL_Egilabo_logo_transparant.png" alt="Egilabo" width="95%"></a>
 +
    </div>
 +
  </div>  
 +
</div>
  
−
    <div class="whiterow"></div>
 
−
 
−
    <div id="footer">
 
−
        <div class="rowfooter">
 
−
            <div class="emptyfooter"></div>
 
−
            <div id="bioscenter">
 
−
                <a href="http://www.kuleuven.be/bioscenter/"><img alt="bioSCENTer"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3c/KU_Leuven_Logo_BioSCENTer.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div class="emptyfooter"></div>
 
−
        </div>
 
−
 
−
        <div class="rowfooter">
 
−
            <div id="lrd">
 
−
                <a href="http://lrd.kuleuven.be/"><img alt="KU Leuven Research & Development"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b4/KU_Leuven_HR_LRD_CMYK_LOGO.jpg"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div id="youreca">
 
−
                <a href="http://www.kuleuven.be/onderzoek/youreca/"><img alt="YOURECA"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4f/KU_Leuven_YOURECA.png" width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div id="solvay">
 
−
                <a href="http://www.solvay.com/"><img alt="SOLVAY"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/89/KU_Leuven_Solvay_Transparant.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div id="medicine">
 
−
                <a href="http://gbiomed.kuleuven.be/english"><img alt="Faculty of Medicine"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/83/KU_Leuven_Biomedische_Wetenschappen_logo_.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
        </div>
 
−
 
−
        <div class="rowfooter">
 
−
            <div id="imec">
 
−
                <a href="http://www2.imec.be/be_en/home.html"><img alt="imec"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/70/KU_Leuven_Imec_logo_transparant.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div id="genzyme">
 
−
                <a href="http://www.genzyme.be/"><img alt="Genzyme"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b7/KU_Leuven_Genzyme_logo_transparant.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div id="eppendorf">
 
−
                <a href="https://www.eppendorf.com/BE-en/"><img alt="Eppendorf"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/96/KU_Leuven_Logo_Eppendorf_transparant.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div id="kuleuven">
 
−
                <a href="http://www.kuleuven.be/english"><img alt="bioSCENTer"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/08/KULEUVEN_groot.png" width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div class="spacefooter"></div>
 
−
            <div id="gips">
 
−
                <a href="http://www.gipsmineral.de/"><img alt="Gips Mineral"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3d/KU_Leuven_Gips_Mineral_logo_transparant.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div id="kolo">
 
−
                <a href=""><img alt="Ko-Lo Instruments"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/15/KUL_Ko-Lo_Instruments_logo_transparant.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div id="regensys">
 
−
                <a href="http://regenesys.eu/"><img alt="Regenesys"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/eb/KU_Leuven_Logo_Regenesys_Transparant.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
        </div>
 
−
 
−
        <div class="rowfooter">
 
−
            <div id="bioke">
 
−
                <a href="https://www.bioke.com/"><img alt="Bioké"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e1/KUL_Biok%C3%A9_logo_transparant.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div id="thermofisher">
 
−
                <a href="https://www.fishersci.com/us/en/home.html"><img alt="Thermo Fisher Scientific"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/KUL_Fischer_Scientific_logo_transparant.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div id="vwr">
 
−
                <a
 
−
                    href="https://be.vwr.com/store/?&_requestid=866148&_DARGS=/store/cms/be.vwr.com/nl_BE/header_20159241139103.jsp.1_AF&_dynSessConf=4047468000326453053&targetURL=/store/%3F%26_requestid%3D866148&lastLanguage=en&/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=&_D%3AcurrentLanguage=+&currentLanguage=en&_D%3AlastLanguage=+&_D%3A/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=+"><img alt="VWR"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/8d/KU_Leuven_Logo_VWR_transparant_.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div id="footerimg">
 
−
                <img
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b9/KU_Leuven_Zebra_spots_wiki_footer_main.png"
 
−
                    width="95%">
 
−
            </div>
 
−
            <div id="gimv">
 
−
                <a href="http://www.gimv.com/en"><img alt="Gimv"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/ac/KU_Leuven_Logo_Gimv_Transparant.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div id="machery">
 
−
                <a href="http://www.filterservice.be/"><img alt="Machery Nagel"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/41/KU_Leuven_Macherey_Nagel_logo_transparant.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div class="logosmall">
 
−
                <div id="sigma">
 
−
                    <a href="https://www.sigmaaldrich.com/belgium-nederlands.html"><img alt="Sigma-Aldrich"
 
−
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4b/KUL_Sigma-Aldrich_logo_transparant.png"
 
−
                        width="95%"></a>
 
−
                </div>
 
−
                <div id="egilabo">
 
−
                    <a href="http://www.egilabo.be/"><img alt="Egilabo"
 
−
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e9/KUL_Egilabo_logo_transparant.png"
 
−
                        width="95%"></a>
 
−
                </div>
 
−
            </div>
 
−
        </div>
 
−
    </div>
 
 
</body>
 
</body>
 
</html>
 
</html>

Revision as of 01:57, 16 September 2015

Logo
Logo

Modeling

Twitter
mail
mail

The fascinating properties of pattern creating bacteria may be translated into the language of mathematics. In this subsection we are investigating the equations behind the behaviour of the genetically modified organisms created in the wetlab. We do so using a layered approach. Colony level modeling employs partial differential equations to describe large cell groups which are treated as a continuum. Internal level models describe the interactions that happen within single cells. Finally the hybrid model merges the two approaches into a final description of our pattern forming cells.





Colony level

Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential equations. These equations are simulated using finite differences.

Learn more

Hybrid model

Coming soon

Internal model

Coming soon

The Toulouse model

As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse team. This is the flux balance analysis they performed for us.
Read more
Read more
Read more
Read more
Colony level

Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential equations. These equations are simulated using finite differences.

Hybrid model

Coming soon

Internal model

Coming soon

Contact

Address: Celestijnenlaan 200G room 00.08 - 3001 Heverlee
Telephone: +32(0)16 32 73 19
Email: igem@chem.kuleuven.be