Difference between revisions of "Team:KU Leuven/Modeling"

 
(23 intermediate revisions by 5 users not shown)
Line 2: Line 2:
 
{{KU_Leuven/css}}
 
{{KU_Leuven/css}}
 
<html>
 
<html>
−
    <head>
 
  
−
        <script>
+
    <script>
−
            $(document).onload(function () {
+
        $(document).onload(function () {
−
                $(".main-navm").hide();
+
            $(".main-navm").hide();
−
            });
+
        });
−
        </script>
+
    </script>
 +
 
 +
    <style>
  
−
         <style>
+
         #topimg {
−
            #topimg {
+
            background: url("https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/19/KUL_Chameleon_stripes.jpg") no-repeat center center fixed;
−
                background: url("https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/d8/KU_Leuven_Frog_patterns.jpg") no-repeat center center fixed;
+
            background-size:contain -webkit-background-size: cover;
−
                -webkit-background-size: cover;
+
            -moz-background-size: cover;
−
                -moz-background-size: cover;
+
            -o-background-size: cover;
−
                -o-background-size: cover;
+
            background-size: cover;
−
                background-size: cover;
+
        }
 +
        #modeling {
 +
            background-color: transparent;
 +
            border-style: solid;
 +
            border: 0 solid transparent;
 +
            border-bottom: 5px solid #8b7a57;
 +
        }
 +
        #centernav:hover #modeling {
 +
            /* this is active when your mouse moves is over the item */
 +
            border: 0 solid transparent;
 +
            border-bottom: 0 solid transparent;
 +
        }
 +
        .main-navm:hover #modeling {
 +
            /* this is active when your mouse moves is over the item */
 +
            border: 0 solid transparent;
 +
            border-right: 0 solid transparent;
 +
        }
 +
        @media screen and (max-width: 1000px) {#modeling {
 +
                border-bottom: 5px solid transparent;
 +
                border-right: 5px solid #8b7a57;
 
             }
 
             }
−
            #outreach {
+
        }
−
                background-color: transparent;
+
        #content {
−
                border-style: solid;
+
             background-color: transparent;
−
                border: 0 solid transparent;
+
        }
−
                border-bottom: 5px solid #8b7a57;
+
    </style>
−
            }
+
    <head>
−
            #centernav:hover #outreach {
+
−
                /* this is active when your mouse moves is over the item */
+
−
                border: 0 solid transparent;
+
−
                border-bottom: 0 solid transparent;
+
−
             }
+
−
            .main-navm:hover #outreach {
+
−
                /* this is active when your mouse moves is over the item */
+
−
                border: 0 solid transparent;
+
−
                border-right: 0 solid transparent;
+
−
            }
+
−
            @media screen and (max-width: 1000px) {#outreach {
+
−
                    border-bottom: 5px solid transparent;
+
−
                    border-right: 5px solid #8b7a57;
+
−
                }
+
−
            }
+
−
            #content {
+
−
                background-color: transparent;
+
−
            }
+
−
        </style>
+
−
 
+
 
         <link href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif"
 
         <link href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif"
 
             rel="icon"/>
 
             rel="icon"/>
Line 49: Line 49:
 
             href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif"
 
             href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif"
 
             rel="shortcut icon">
 
             rel="shortcut icon">
−
    </head>
+
        <body>
−
    <body>
+
            <div id="headimg">
 +
                <div id="topimg"></div>
  
−
        <div id="headimg">
+
                <div id="hiddenimg">
−
            <div id="topimg"></div>
+
                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/bb/KU_Leuven_Zebra2.PNG"
−
 
+
−
            <div id="hiddenimg">
+
−
                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/bb/KU_Leuven_Zebra2.PNG"
+
−
                    width="100%">
+
−
            </div>
+
−
 
+
−
        </div>
+
−
 
+
−
        <div id="summarywrapper">
+
−
            <div id="logowrapper">
+
−
                <div id="logoiGEMKUL">
+
−
                    <img alt="Logo"
+
−
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/23/Team_KU_Leuven_banner.jpg"
+
 
                         width="100%">
 
                         width="100%">
 
                 </div>
 
                 </div>
  
−
                <div id="center">
 
−
                    <div id="pagetitle">
 
−
                        <h2>Outreach</h2>
 
−
                    </div>
 
−
                    <div class="center" id="scrolldown">
 
−
                        <img alt="Scroll down"
 
−
                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/1d/KU_Leuven_Arrows_wiki.png"
 
−
                            width="100%">
 
−
                    </div>
 
−
                </div>
 
−
 
−
                <div id="summarylogos">
 
−
 
−
                    <div id="summarylogotwitter">
 
−
                        <a height="100%" href="https://twitter.com/kuleuven_igem"><img alt="Twitter"
 
−
                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b8/KU_Leuven_Twitter-logo.png"
 
−
                            width="100%"></a>
 
−
                    </div>
 
−
 
−
                    <div id="summarylogofacebook">
 
−
                        <a alt="Facebook" height="50px"
 
−
                            href="https://www.facebook.com/KULeuveniGEM?fref=ts"><img alt="mail" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/df/KU_Leuven_Fblogo.png"
 
−
                            width="100%"></a>
 
−
                    </div>
 
−
 
−
                    <div id="summarylogomail">
 
−
                        <a href="mailto:igem@chem.kuleuven.be"><img alt="mail" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/11/KU_Leuven_mail.png"
 
−
                            width="100%"></a>
 
−
                    </div>
 
−
                </div>
 
 
             </div>
 
             </div>
−
            <div class="summary">
 
−
                <p>
 
−
                    Our work is worth little if our results are not accepted or wanted by the
 
−
                    public. Therefore learning about the perception of synthetic biology is crucial.
 
−
                    Additionally, to gain the trust of the public a sound ethical foundation as a
 
−
                    base for our work is necessary. In our survey we learned, that most people only
 
−
                    accept synthetic biology if they feel educated about the subject. Therefore we
 
−
                    went to schools to teach students some synthetic biology fundamentals. Finally
 
−
                    to boost the impact of our project we collaborated with other teams to make our
 
−
                    and their projects better.
 
−
                </p>
 
−
                <br/>
 
−
                <br/>
 
−
                <br/>
 
−
                <br/>
 
−
            </div>
 
−
        </div>
 
  
−
        <div class="subsections">
+
             <div id="summarywrapper">
−
             <div class="subsectionwrapper">
+
                 <div id="logowrapper">
−
                 <div class="subimgrow">
+
                     <div id="logoiGEMKUL">
−
                     <div class="whitespaceside"></div>
+
                         <img alt="Logo"
−
                    <div class="subimg">
+
                             src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/23/Team_KU_Leuven_banner.jpg"
−
                         <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Outreach/Survey">
+
                            width="100%">
−
                             <img
+
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/36/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Survey2.png"
+
−
                                width="100%">
+
−
                        </a>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
  
−
                     <div class="whitespace"></div>
+
                     <div id="center">
 +
                        <div id="pagetitle">
 +
                            <h2>Modeling</h2>
 +
                        </div>
  
−
                    <div class="subimg">
+
                        <div class="center" id="scrolldown">
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Public">
+
                             <img alt="Scroll down"
−
                             <img
+
                                 src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/1d/KU_Leuven_Arrows_wiki.png"
−
                                 src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/84/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Outreach2.png"
+
 
                                 width="100%">
 
                                 width="100%">
−
                         </a>
+
                         </div>
−
                    </div>
+
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
 
−
 
−
                    <div class="subimg">
 
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Ethics">
 
−
                            <img
 
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/70/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Ethics2.png"
 
−
                                width="100%">
 
−
                        </a>
 
 
                     </div>
 
                     </div>
−
                    <div class="whitespaceside"></div>
 
−
                </div>
 
  
−
                <div class="subtextrow">
+
                     <div id="summarylogos">
−
                     <div class="whitespaceside"></div>
+
−
                    <div class="subtext">
+
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Outreach/Survey">
+
−
                            <h2>Survey</h2>
+
−
                            <p>We conducted a survey to shed light on the perception of synthetic biology in
+
−
                                Belgium.
+
−
                            </p>
+
−
                        </a>
+
−
                    </div>
+
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
                        <div id="summarylogotwitter">
 +
                            <a height="100%" href="https://twitter.com/kuleuven_igem"><img alt="Twitter"
 +
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b8/KU_Leuven_Twitter-logo.png"
 +
                                width="100%"></a>
 +
                        </div>
  
−
                    <div class="subtext">
+
                        <div id="summarylogofacebook">
−
                        <a href=" https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Public">
+
                            <a alt="Facebook" height="50px"
−
                            <h2>Public Engagement</h2>
+
                                href="https://www.facebook.com/KULeuveniGEM?fref=ts"><img alt="mail" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/df/KU_Leuven_Fblogo.png"
−
                            <p>How we engaged the generally and intra university-wise.
+
                                width="100%"></a>
−
                            </p>
+
                        </div>
−
                        </a>
+
−
                    </div>
+
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
                        <div id="summarylogomail">
−
 
+
                            <a href="mailto:igem@chem.kuleuven.be"><img alt="mail" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/11/KU_Leuven_mail.png"
−
                    <div class="subtext">
+
                                width="100%"></a>
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Ethics">
+
                         </div>
−
                            <h2>Ethics</h2>
+
−
                            <p>
+
−
                                What we learned from a panel of experts we invited to discuss ethical and legal
+
−
                                questions.
+
−
                            </p>
+
−
                         </a>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
−
                    <div class="whitespaceside"></div>
 
 
                 </div>
 
                 </div>
  
−
                 <div class="subimgreadmore">
+
                 <div class="summary">
−
                     <div class="whitespaceside"></div>
+
                     <p>
−
                    <div class="subimgrm">
+
                        The fascinating properties of pattern creating bacteria can be translated into
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Outreach/Survey">
+
                        the language of mathematics. In this subsection we investigate the
−
                            <div id="more">
+
                        equations behind the behavior of the genetically modified organisms created in
−
                                <img alt="Read more" height="40%"
+
                        the wetlab. For this purpose, a layered approach seems appropriate. Colony level modeling employs
−
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
+
                        partial differential equations to describe large cell groups which are treated
−
                                    width="85%">
+
                        as a continuum. Internal level models describe the interactions that happen
 +
                        within single cells. Finally the hybrid model merges the two approaches into a
 +
                        final description of our pattern forming cells.
 +
                    </p>
 +
                    <br/>
 +
                    <br/>
 +
                    <br/>
 +
                    <br/>
 +
                </div>
 +
 
 +
                <div class="subsections">
 +
                    <div class="subsectionwrapper">
 +
                        <div class="subimgrow">
 +
                         
 +
                            <div class="subimg">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
 +
                                    <img
 +
                                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png"
 +
                                        width="100%"></a>
 
                             </div>
 
                             </div>
−
                        </a>
 
−
                    </div>
 
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
                            <div class="whitespace"></div>
  
−
                    <div class="subimgrm">
+
                            <div class="subimg">
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Public">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
−
                            <div id="more">
+
                                    <img
−
                                <img alt="Read more" height="40%"
+
                                     src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/02/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Hybrid_model2.png"
−
                                     src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
+
                                     width="100%"></a>
−
                                     width="85%">
+
 
                             </div>
 
                             </div>
−
                        </a>
 
−
                    </div>
 
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
                            <div class="whitespace"></div>
  
−
                    <div class="subimgrm">
+
                            <div class="subimg">
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Ethics">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
−
                            <div id="more">
+
                                    <img
−
                                <img alt="Read more" height="40%"
+
                                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/47/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Internal_model2.png"
−
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
+
                                        width="100%"></a>
−
                                    width="85%">
+
 
                             </div>
 
                             </div>
−
                        </a>
 
−
                    </div>
 
−
                    <div class="whitespaceside"></div>
 
−
                </div>
 
−
            </div>
 
−
            <div class="whiterow"></div>
 
−
            <div class="subsectionwrapper">
 
−
                <div class="subimgrow">
 
−
                    <div class="whitespace1"></div>
 
−
                    <div class="subimg">
 
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Education">
 
−
                            <img
 
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/78/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Education2.png"
 
−
                                width="100%">
 
−
                        </a>
 
−
                    </div>
 
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
                            <div class="whitespace"></div>
  
−
                    <div class="subimg">
+
                            <div class="subimg">
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Collaborations">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
−
                            <img
+
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b1/KU_Leuven_Wiki_Button_Flux2.png"
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e0/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Collaboration2.png"
+
                                        width="100%"></a>
−
                                width="100%">
+
                            </div>
−
                        </a>
+
−
                    </div>
+
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
                           
 +
                        </div>
  
−
                    <div class="subimg">
+
                        <div class="subtextrow">
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Symposium">
+
                         
−
                            <img
+
                            <div class="subtext">
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/a0/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Symposium2.png"
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
−
                                width="100%">
+
                                    <h2>Colony</h2>
−
                        </a>
+
                                    <p>
−
                    </div>
+
                                        Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of partial differential
 +
                                        equations. These equations are simulated using finite differences.
 +
                                     
 +
                                    </p>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
                            <div class="whitespace"></div>
  
−
                    <div class="subimg">
+
                            <div class="subtext">
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
−
                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/cb/KUL_Wiki_Button_-_Back.png"
+
                                    <h2>Hybrid</h2>
−
                                 width="100%">
+
                                    <p>The hybrid model represents an intermediate level of detail in between the colony level model and the internal model. Bacteria are treated as individual agents, while chemical species are modeled using partial differential equations. </p>
−
                        </a>
+
                                 </a>
−
                    </div>
+
                            </div>
  
−
                    <div class="whitespace1"></div>
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
                </div>
+
  
−
                <div class="subtextrow">
+
                            <div class="subtext">
−
                    <div class="whitespace1"></div>
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
−
                    <div class="subtext">
+
                                    <h2>Internal</h2>
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Education">
+
                                    <p>Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations. </p>
−
                            <h2>Education</h2>
+
                                </a>
−
                            <p>
+
                            </div>
−
                                We went teaching and devised an educational card game, which is fun to play.
+
−
                            </p>
+
−
                        </a>
+
−
                    </div>
+
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
                            <div class="whitespace"></div>
  
−
                    <div class="subtext">
+
                            <div class="subtext">
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Collaborations">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
−
                            <h2>Collaborations</h2>
+
                                    <h2>FBA (Toulouse)</h2>
−
                            <p>
+
                                    <p>
−
                                We collaborated with other teams to make their and our work even better.
+
                                        As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse
−
                            </p>
+
                                        team. This is the flux balance analysis they performed for us.<br/>
−
                        </a>
+
                                    </p>
−
                    </div>
+
                                </a>
 +
                            </div>
 +
                         
 +
                        </div>
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
                        <div class="subimgreadmore">
 +
                         
 +
                            <div class="subimgrm">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
 +
                                    <div id="more">
 +
                                        <img alt="Read more" height="40%"
 +
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
 +
                                            width="85%">
 +
                                    </div>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
  
−
                    <div class="subtext">
+
                            <div class="whitespace"></div>
  
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Symposium">
+
                            <div class="subimgrm">
−
                            <h2>Symposium</h2>
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
−
                            <p>
+
                                    <div id="more">
−
                                We hosted a symposium with other iGEM teams attended and got interesting
+
                                        <img alt="Read more" height="40%"
−
                                speakers to broaden our horizons.
+
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
−
                            </p>
+
                                            width="85%">
−
                        </a>
+
                                    </div>
−
                    </div>
+
                                </a>
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
                            </div>
  
−
                    <div class="subtext">
+
                            <div class="whitespace"></div>
  
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven">
+
                             <div class="subimgrm">
−
                             <h2>Back</h2>
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
−
                            <p>
+
                                    <div id="more">
−
                                Go back to the main page.
+
                                        <img alt="Read more" height="40%"
−
                            </p>
+
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
−
                        </a>
+
                                            width="85%">
−
                    </div>
+
                                    </div>
−
 
+
                                </a>
−
                    <div class="whitespace1"></div>
+
−
                </div>
+
−
 
+
−
                <div class="subimgreadmore">
+
−
                    <div class="whitespace1"></div>
+
−
                    <div class="subimgrm">
+
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Education">
+
−
                            <div id="more">
+
−
                                <img alt="Read more" height="40%"
+
−
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
+
−
                                    width="85%">
+
 
                             </div>
 
                             </div>
−
                        </a>
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
                    </div>
+
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
                            <div class="subimgrm">
−
 
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
−
                    <div class="subimgrm">
+
                                    <div id="more">
−
                        <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Collaborations">
+
                                        <img alt="Read more" height="40%"
−
                            <div id="more">
+
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
−
                                <img alt="Read more" height="40%"
+
                                            width="85%">
−
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
+
                                    </div>
−
                                    width="85%">
+
                                </a>
 +
                               
 
                             </div>
 
                             </div>
−
                        </a>
 
−
                    </div>
 
  
−
                    <div class="whitespace"></div>
+
                         </div>
−
 
+
−
                    <div class="subimgrm">
+
−
                         <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Symposium">
+
−
                            <div id="more">
+
−
                                <img alt="Read more" height="40%"
+
−
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
+
−
                                    width="85%">
+
−
                            </div>
+
−
                        </a>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
−
                    <div class="whitespace1"></div>
 
−
                </div>
 
  
−
                <!--          Mobile starts here!!!        -->
+
                    <div class="subimgrowm">
−
                <div class="subimgrowm">
+
−
                    <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Outreach/Survey">
+
 
                         <div class="subimgm">
 
                         <div class="subimgm">
−
                             <b>Survey</b>
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
−
                            <img
+
                                <b>Colony</b>
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/36/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Survey2.png"
+
                                <img
−
                                width="100%">
+
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png"
 +
                                    width="100%"></a>
 
                         </div>
 
                         </div>
  
Line 370: Line 267:
  
 
                         <div class="subtextm">
 
                         <div class="subtextm">
−
                             <p>
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
−
                                 We did a survey to shed light on the perception of synthetic biology in belgium.
+
                                 <p>
−
                            </p>
+
                                    Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential
 +
                                    equations. These equations are simulated using finite differences.
 +
                                    <br/>
 +
                                </p>
 +
                            </a>
 
                         </div>
 
                         </div>
−
                     </a>
+
                     </div>
−
                </div>
+
  
−
                <div class="subimgrowm">
+
                    <div class="subimgrowm">
−
                    <div class="whiterow"></div>
+
                        <div class="whiterow"></div>
−
                </div>
+
                    </div>
  
−
                <div class="subimgrowm">
+
                    <div class="subimgrowm">
−
                    <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Public">
+
 
                         <div class="subimgm">
 
                         <div class="subimgm">
−
                             <b>Survey</b>
+
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
 +
                             <b>Hybrid</b>
 
                             <img
 
                             <img
−
                                 src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/84/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Outreach2.png"
+
                                 src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/02/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Hybrid_model2.png"
−
                                 width="100%">
+
                                 width="100%"></a>
 
                         </div>
 
                         </div>
  
Line 393: Line 293:
  
 
                         <div class="subtextm">
 
                         <div class="subtextm">
−
                             <p>
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
−
                                 How we interacted with the public in and outside of KU-Leuven.
+
                                 <p>
−
                            </p>
+
                                    Our hybrid model merges both colony and internal level to define the cell-cell
 +
                                    interactions of our pattern forming cells.  
 +
                                </p>
 +
                            </a>
 
                         </div>
 
                         </div>
−
                     </a>
+
                     </div>
−
                </div>
+
  
−
                <div class="subimgrowm">
+
                    <div class="subimgrowm">
−
                    <div class="whiterow"></div>
+
                        <div class="whiterow"></div>
−
                </div>
+
                    </div>
  
−
                <div class="subimgrowm">
+
                    <div class="subimgrowm">
−
                    <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Ethics">
+
 
                         <div class="subimgm">
 
                         <div class="subimgm">
−
                             <b>Ethics</b>
+
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
 +
                             <b>Internal</b>
 
                             <img
 
                             <img
−
                                 src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/70/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Ethics2.png"
+
                                 src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/47/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Internal_model2.png"
−
                                 width="100%">
+
                                 width="100%"></a>
 
                         </div>
 
                         </div>
  
Line 416: Line 318:
  
 
                         <div class="subtextm">
 
                         <div class="subtextm">
−
                             <p>
+
                             <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
−
                                 We invited a panel of experts to discuss ethical questions with us.
+
                                 <p>Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations.
−
                            </p>
+
                                </p>
 +
                            </a>
 
                         </div>
 
                         </div>
−
                     </a>
+
                     </div>
−
                </div>
+
  
−
                <div class="subimgrowm">
+
                    <div class="subimgrowm">
−
                    <div class="whiterow"></div>
+
                        <div class="whiterow"></div>
−
                </div>
+
                    </div>
  
−
                <div class="subimgrowm">
+
                  <div class="subimgrowm">
−
                    <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Practices/Education">
+
−
                        <div class="subimgm">
+
−
                            <b>Education</b>
+
−
                            <img
+
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/78/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Education2.png"
+
−
                                width="100%">
+
−
                        </div>
+
  
−
                        <div class="whitespace"></div>
 
−
 
−
                        <div class="subtextm">
 
−
                            <p>
 
−
                                We went teaching and devised an educational card game, which is fun to play.
 
−
                            </p>
 
−
                        </div>
 
−
                    </a>
 
−
                </div>
 
−
 
−
                <div class="subimgrowm">
 
−
                    <div class="whiterow"></div>
 
−
                </div>
 
−
 
−
                <div class="subimgrowm">
 
−
                    <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Collaborations">
 
 
                         <div class="subimgm">
 
                         <div class="subimgm">
−
                             <b>Collaborations</b>
+
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
−
                             <img
+
                             <b>FBA (Toulouse)</b>
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e0/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Collaboration2.png"
+
                             <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b1/KU_Leuven_Wiki_Button_Flux2.png"
 
                                 width="100%">
 
                                 width="100%">
 +
                            </a>
 
                         </div>
 
                         </div>
−
                        <div class="whitespace"></div>
 
  
−
                        <div class="subtextm">
 
−
                            <p>
 
−
                                We worked together with other teams to make their and our projects better.
 
−
                            </p>
 
−
                        </div>
 
−
                    </a>
 
−
                </div>
 
−
 
−
                <div class="subimgrowm">
 
−
                    <div class="whiterow"></div>
 
−
                </div>
 
−
 
−
                <div class="subimgrowm">
 
−
                    <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Symposium">
 
−
                        <div class="subimgm">
 
−
                            <b>Symposium</b>
 
−
                            <img
 
−
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/a0/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Symposium2.png"
 
−
                                width="100%">
 
−
                        </div>
 
 
                         <div class="whitespace"></div>
 
                         <div class="whitespace"></div>
  
 
                         <div class="subtextm">
 
                         <div class="subtextm">
−
                            <p>
+
                              <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
−
                                 We hosted a symposium with other iGEM teams attended and got interesting
+
                                 <p>
−
                                speakers to broaden our horizons.
+
                                    As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse
−
                            </p>
+
                                        team. This is the flux balance analysis they performed for us.<br/>
 +
                                </p>
 +
                              </a>                           
 
                         </div>
 
                         </div>
−
                    </a>
+
                       
−
                </div>
+
                     </div>
−
                <div class="subimgrowm">
+
−
                     <div class="whiterow"></div>
+
−
                </div>
+
  
−
                <div class="subimgrowm">
 
−
                    <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven">
 
−
                        <div class="subimgm">
 
−
                            <b>Back</b>
 
−
                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/cb/KUL_Wiki_Button_-_Back.png"
 
−
                                width="100%">
 
−
                        </div>
 
−
                        <div class="whitespace"></div>
 
  
−
                        <div class="subtextm">
 
−
                            <p>
 
−
                                Go back to the main page.
 
−
                            </p>
 
−
                        </div>
 
−
                    </a>
 
 
                 </div>
 
                 </div>
−
 
 
             </div>
 
             </div>
 
         </div>
 
         </div>
−
    </div>
 
  
−
    <div id="summarywrapper">
+
        <div id="summarywrapper">
−
        <div class="summary">
+
            <div class="summary">
−
            <h3>
+
                <h3>
−
                Contact
+
                    Contact
−
            </h3>
+
                </h3>
−
            <p style="font-size:1.3em; text-align: center">
+
                <p style="font-size:1.3em; text-align: center">
−
                Address: Celestijnenlaan 200G room 00.08 - 3001 Heverlee<br>
+
                    Address: Celestijnenlaan 200G room 00.08 - 3001 Heverlee<br>
−
                Telephone n°: +32(0)16 32 73 19<br>
+
                    Telephone: +32(0)16 32 73 19<br>
−
                Mail: igem@chem.kuleuven.be<br>
+
                    Email: igem@chem.kuleuven.be<br>
−
            </p>
+
                </p>
 +
            </div>
 
         </div>
 
         </div>
−
    </div>
 
  
−
    <div class="whiterow"></div>
+
        <div class="whiterow"></div>
  
−
    <div id="footer">
+
        <div id="footer">
−
        <div class="rowfooter">
+
            <div class="rowfooter">
−
            <div class="emptyfooter"></div>
+
                <div class="emptyfooter"></div>
−
            <div id="bioscenter">
+
                <div id="bioscenter">
−
                <a href="http://www.kuleuven.be/bioscenter/"><img alt="bioSCENTer"
+
                    <a href="http://www.kuleuven.be/bioscenter/"><img alt="bioSCENTer"
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3c/KU_Leuven_Logo_BioSCENTer.png"
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3c/KU_Leuven_Logo_BioSCENTer.png"
−
                    width="95%"></a>
+
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div class="emptyfooter"></div>
 
             </div>
 
             </div>
−
            <div class="emptyfooter"></div>
 
−
        </div>
 
  
−
        <div class="rowfooter">
+
            <div class="rowfooter">
−
            <div id="lrd">
+
                <div id="lrd">
−
                <a href="http://lrd.kuleuven.be/"><img alt="KU Leuven Research & Development"
+
                    <a href="http://lrd.kuleuven.be/"><img alt="KU Leuven Research & Development"
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b4/KU_Leuven_HR_LRD_CMYK_LOGO.jpg"
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b4/KU_Leuven_HR_LRD_CMYK_LOGO.jpg"
−
                     width="95%"></a>
+
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="youreca">
 +
                     <a href="http://www.kuleuven.be/onderzoek/youreca/"><img alt="YOURECA"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4f/KU_Leuven_YOURECA.png" width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="solvay">
 +
                    <a href="http://www.solvay.com/"><img alt="SOLVAY"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/89/KU_Leuven_Solvay_Transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="medicine">
 +
                    <a href="http://gbiomed.kuleuven.be/english"><img alt="Faculty of Medicine"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/83/KU_Leuven_Biomedische_Wetenschappen_logo_.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 
             </div>
 
             </div>
−
            <div id="youreca">
 
−
                <a href="http://www.kuleuven.be/onderzoek/youreca/"><img alt="YOURECA"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4f/KU_Leuven_YOURECA.png" width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div id="solvay">
 
−
                <a href="http://www.solvay.com/"><img alt="SOLVAY"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/89/KU_Leuven_Solvay_Transparant.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div id="medicine">
 
−
                <a href="http://gbiomed.kuleuven.be/english"><img alt="Faculty of Medicine"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/83/KU_Leuven_Biomedische_Wetenschappen_logo_.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
        </div>
 
  
−
        <div class="rowfooter">
+
            <div class="rowfooter">
−
            <div id="imec">
+
                <div id="imec">
−
                <a href="http://www2.imec.be/be_en/home.html"><img alt="imec"
+
                    <a href="http://www2.imec.be/be_en/home.html"><img alt="imec"
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/70/KU_Leuven_Imec_logo_transparant.png"
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/70/KU_Leuven_Imec_logo_transparant.png"
−
                     width="95%"></a>
+
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="genzyme">
 +
                     <a href="http://www.genzyme.be/"><img alt="Genzyme"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b7/KU_Leuven_Genzyme_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="eppendorf">
 +
                    <a href="https://www.eppendorf.com/BE-en/"><img alt="Eppendorf"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/96/KU_Leuven_Logo_Eppendorf_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
<div id="saillart">
 +
      <a href="http://www.glasatelier-saillart.be/English/english.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/ce/KU_Leuven_Sponsor_Saillard.png" alt="Glasatelier Saillart" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
                <div id="kuleuven">
 +
                    <a href="http://www.kuleuven.be/english"><img alt="bioSCENTer"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/08/KULEUVEN_groot.png" width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div class="spacefooter"></div>
 +
                <div id="gips">
 +
                    <a href="http://www.gipsmineral.de/"><img alt="Gips Mineral"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3d/KU_Leuven_Gips_Mineral_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="kolo">
 +
                    <a><img alt="Ko-Lo Instruments"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/15/KUL_Ko-Lo_Instruments_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 
             </div>
 
             </div>
−
            <div id="genzyme">
 
−
                <a href="http://www.genzyme.be/"><img alt="Genzyme"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b7/KU_Leuven_Genzyme_logo_transparant.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div id="eppendorf">
 
−
                <a href="https://www.eppendorf.com/BE-en/"><img alt="Eppendorf"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/96/KU_Leuven_Logo_Eppendorf_transparant.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div id="kuleuven">
 
−
                <a href="http://www.kuleuven.be/english"><img alt="bioSCENTer"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/08/KULEUVEN_groot.png" width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div class="spacefooter"></div>
 
−
            <div id="gips">
 
−
                <a href="http://www.gipsmineral.de/"><img alt="Gips Mineral"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3d/KU_Leuven_Gips_Mineral_logo_transparant.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div id="kolo">
 
−
                <a href=""><img alt="Ko-Lo Instruments"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/15/KUL_Ko-Lo_Instruments_logo_transparant.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
            <div id="regensys">
 
−
                <a href="http://regenesys.eu/"><img alt="Regenesys"
 
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/eb/KU_Leuven_Logo_Regenesys_Transparant.png"
 
−
                    width="95%"></a>
 
−
            </div>
 
−
        </div>
 
  
−
        <div class="rowfooter">
+
            <div class="rowfooter">
−
            <div id="bioke">
+
                <div id="bioke">
−
                <a href="https://www.bioke.com/"><img alt="Bioké"
+
                    <a href="https://www.bioke.com/"><img alt="Bioké"
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e1/KUL_Biok%C3%A9_logo_transparant.png"
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e1/KUL_Biok%C3%A9_logo_transparant.png"
−
                    width="95%"></a>
+
−
            </div>
+
−
            <div id="thermofisher">
+
−
                <a href="https://www.fishersci.com/us/en/home.html"><img alt="Thermo Fisher Scientific"
+
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/KUL_Fischer_Scientific_logo_transparant.png"
+
−
                    width="95%"></a>
+
−
            </div>
+
−
            <div id="vwr">
+
−
                <a
+
−
                    href="https://be.vwr.com/store/?&_requestid=866148&_DARGS=/store/cms/be.vwr.com/nl_BE/header_20159241139103.jsp.1_AF&_dynSessConf=4047468000326453053&targetURL=/store/%3F%26_requestid%3D866148&lastLanguage=en&/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=&_D%3AcurrentLanguage=+&currentLanguage=en&_D%3AlastLanguage=+&_D%3A/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=+"><img alt="VWR"
+
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/8d/KU_Leuven_Logo_VWR_transparant_.png"
+
−
                    width="95%"></a>
+
−
            </div>
+
−
            <div id="footerimg">
+
−
                <img
+
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b9/KU_Leuven_Zebra_spots_wiki_footer_main.png"
+
−
                    width="95%">
+
−
            </div>
+
−
            <div id="gimv">
+
−
                <a href="http://www.gimv.com/en"><img alt="Gimv"
+
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/ac/KU_Leuven_Logo_Gimv_Transparant.png"
+
−
                    width="95%"></a>
+
−
            </div>
+
−
            <div id="machery">
+
−
                <a href="http://www.filterservice.be/"><img alt="Machery Nagel"
+
−
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/41/KU_Leuven_Macherey_Nagel_logo_transparant.png"
+
−
                    width="95%"></a>
+
−
            </div>
+
−
            <div class="logosmall">
+
−
                <div id="sigma">
+
−
                    <a href="https://www.sigmaaldrich.com/belgium-nederlands.html"><img alt="Sigma-Aldrich"
+
−
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4b/KUL_Sigma-Aldrich_logo_transparant.png"
+
 
                         width="95%"></a>
 
                         width="95%"></a>
 
                 </div>
 
                 </div>
−
                 <div id="egilabo">
+
<div class="logonormal">
−
                     <a href="http://www.egilabo.be/"><img alt="Egilabo"
+
<div id="regensys">
−
                         src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e9/KUL_Egilabo_logo_transparant.png"
+
      <a href="http://regenesys.eu/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/eb/KU_Leuven_Logo_Regenesys_Transparant.png" alt="Regenesys" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
<div class="whiterow"></div>
 +
  <div id="thermofisher">
 +
      <a href="https://www.fishersci.com/us/en/home.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/KUL_Fischer_Scientific_logo_transparant.png" alt="Thermo Fisher Scientific" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
</div>
 +
    <div class="logonormal2">
 +
<div id="vwr">
 +
      <a href="https://be.vwr.com/store/?&_requestid=866148&_DARGS=/store/cms/be.vwr.com/nl_BE/header_20159241139103.jsp.1_AF&_dynSessConf=4047468000326453053&targetURL=/store/%3F%26_requestid%3D866148&lastLanguage=en&/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=&_D%3AcurrentLanguage=+&currentLanguage=en&_D%3AlastLanguage=+&_D%3A/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=+"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/8d/KU_Leuven_Logo_VWR_transparant_.png" alt="VWR" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
<div class = "whiterow"></div>
 +
<div id="lgc">
 +
<a href="http://www.lgcgroup.com/our-science/genomics-solutions/#.Vfx9V9yLTIU">
 +
                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e6/KU_Leuven_LOGO_LGC.png" alt="LGC Genomics" width="80%">
 +
</a>
 +
</div>
 +
</div>
 +
                 <div id="footerimg">
 +
                     <img
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b9/KU_Leuven_Zebra_spots_wiki_footer_main.png"
 +
                        width="95%">
 +
                </div>
 +
              <div class="logonormal2">
 +
<div id="gimv">
 +
      <a href="http://www.gimv.com/en"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/ac/KU_Leuven_Logo_Gimv_Transparant.png" alt="Gimv" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
<div class = "whiterow"></div>
 +
<div id="sopach">
 +
      <a href="http://www.sopachem.com/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/5/55/KU_Leuven_Sopachem.jpeg" alt="Sopachem" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
</div>
 +
                <div id="machery">
 +
                    <a href="http://www.filterservice.be/"><img alt="Machery Nagel"
 +
                         src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/41/KU_Leuven_Macherey_Nagel_logo_transparant.png"
 
                         width="95%"></a>
 
                         width="95%"></a>
 
                 </div>
 
                 </div>
 +
<div class="logosmall">
 +
    <div id="sigma">
 +
      <a href="https://www.sigmaaldrich.com/belgium-nederlands.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4b/KUL_Sigma-Aldrich_logo_transparant.png" alt="Sigma-Aldrich" width="95%"></a>
 +
    </div>
 +
    <div class="whiterow"></div>
 +
    <div id="egilab">
 +
      <a href="http://www.egilabo.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e9/KUL_Egilabo_logo_transparant.png" alt="Egilabo" width="95%"></a>
 +
    </div>
 +
    <div class="whiterow"></div>
 +
    <div id="novolab">
 +
      <a href="https://www.novolab.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4c/KU_Leuven_Novalab.png" alt="Novolab" height="95%"></a>
 +
    </div>
 +
  </div>
 
             </div>
 
             </div>
−
         </div>
+
 
−
     </div>
+
         </body>
−
</body>
+
     </html>
−
</html>
+

Latest revision as of 09:37, 20 October 2015

Logo
Logo

Modeling

Twitter
mail
mail

The fascinating properties of pattern creating bacteria can be translated into the language of mathematics. In this subsection we investigate the equations behind the behavior of the genetically modified organisms created in the wetlab. For this purpose, a layered approach seems appropriate. Colony level modeling employs partial differential equations to describe large cell groups which are treated as a continuum. Internal level models describe the interactions that happen within single cells. Finally the hybrid model merges the two approaches into a final description of our pattern forming cells.





Colony

Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of partial differential equations. These equations are simulated using finite differences.

Hybrid

The hybrid model represents an intermediate level of detail in between the colony level model and the internal model. Bacteria are treated as individual agents, while chemical species are modeled using partial differential equations.

Internal

Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations.

FBA (Toulouse)

As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse team. This is the flux balance analysis they performed for us.
Read more
Read more
Read more
Read more
Colony

Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential equations. These equations are simulated using finite differences.

Hybrid

Our hybrid model merges both colony and internal level to define the cell-cell interactions of our pattern forming cells.

Internal

Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations.

FBA (Toulouse)

As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse team. This is the flux balance analysis they performed for us.

Contact

Address: Celestijnenlaan 200G room 00.08 - 3001 Heverlee
Telephone: +32(0)16 32 73 19
Email: igem@chem.kuleuven.be