Difference between revisions of "Team:KU Leuven/Modeling"

 
(124 intermediate revisions by 8 users not shown)
Line 1: Line 1:
−
{{KU_Leuven_Test}}
+
{{KU_Leuven}}
 
{{KU_Leuven/css}}
 
{{KU_Leuven/css}}
−
<html>
+
<html>
−
<style>
+
  
 +
    <script>
 +
        $(document).onload(function () {
 +
            $(".main-navm").hide();
 +
        });
 +
    </script>
  
 +
    <style>
  
−
</style>
+
        #topimg {
 +
            background: url("https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/19/KUL_Chameleon_stripes.jpg") no-repeat center center fixed;
 +
            background-size:contain -webkit-background-size: cover;
 +
            -moz-background-size: cover;
 +
            -o-background-size: cover;
 +
            background-size: cover;
 +
        }
 +
        #modeling {
 +
            background-color: transparent;
 +
            border-style: solid;
 +
            border: 0 solid transparent;
 +
            border-bottom: 5px solid #8b7a57;
 +
        }
 +
        #centernav:hover #modeling {
 +
            /* this is active when your mouse moves is over the item */
 +
            border: 0 solid transparent;
 +
            border-bottom: 0 solid transparent;
 +
        }
 +
        .main-navm:hover #modeling {
 +
            /* this is active when your mouse moves is over the item */
 +
            border: 0 solid transparent;
 +
            border-right: 0 solid transparent;
 +
        }
 +
        @media screen and (max-width: 1000px) {#modeling {
 +
                border-bottom: 5px solid transparent;
 +
                border-right: 5px solid #8b7a57;
 +
            }
 +
        }
 +
        #content {
 +
            background-color: transparent;
 +
        }
 +
    </style>
 +
    <head>
 +
        <link href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif"
 +
            rel="icon"/>
 +
        <link / </head
 +
            href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif"
 +
            rel="shortcut icon">
 +
        <body>
 +
            <div id="headimg">
 +
                <div id="topimg"></div>
  
 +
                <div id="hiddenimg">
 +
                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/bb/KU_Leuven_Zebra2.PNG"
 +
                        width="100%">
 +
                </div>
  
−
<div id="headimg">
+
            </div>
−
<div id="topimg">
+
−
</div>
+
−
<div class="scrolldown">
+
−
<div class="center">
+
−
<img src="" alt="Scroll down" height="100%">
+
−
</div>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="summary">
+
            <div id="summarywrapper">
−
<text class="center">
+
                <div id="logowrapper">
−
<h2>Our Project</h2>
+
                    <div id="logoiGEMKUL">
−
<p> <br/></p>
+
                        <img alt="Logo"
−
</text>
+
                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/23/Team_KU_Leuven_banner.jpg"
−
</div>
+
                            width="100%">
 +
                    </div>
  
 +
                    <div id="center">
 +
                        <div id="pagetitle">
 +
                            <h2>Modeling</h2>
 +
                        </div>
  
−
<div class="summary">
+
                        <div class="center" id="scrolldown">
−
<text class="center">
+
                            <img alt="Scroll down"
−
<h2>Recent activity</h2>
+
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/1d/KU_Leuven_Arrows_wiki.png"
−
<p></p>
+
                                width="100%">
−
</text>
+
                        </div>
−
</div>
+
  
−
<div class="summary">
+
                    </div>
−
<text class="center">
+
−
<h2>Accomplishments</h2>
+
−
<p></p>
+
−
</text>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="summary">
+
                    <div id="summarylogos">
−
<text class="center">
+
−
<h2>Future</h2>
+
−
<p></p>
+
−
</text>
+
−
</div>
+
  
 +
                        <div id="summarylogotwitter">
 +
                            <a height="100%" href="https://twitter.com/kuleuven_igem"><img alt="Twitter"
 +
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b8/KU_Leuven_Twitter-logo.png"
 +
                                width="100%"></a>
 +
                        </div>
  
−
<div class="subsections">
+
                        <div id="summarylogofacebook">
 +
                            <a alt="Facebook" height="50px"
 +
                                href="https://www.facebook.com/KULeuveniGEM?fref=ts"><img alt="mail" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/df/KU_Leuven_Fblogo.png"
 +
                                width="100%"></a>
 +
                        </div>
  
−
<div class="subsectionswrapper">
+
                        <div id="summarylogomail">
−
<div Class="subsection">
+
                            <a href="mailto:igem@chem.kuleuven.be"><img alt="mail" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/11/KU_Leuven_mail.png"
−
<div class="subimg">
+
                                width="100%"></a>
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9d/KU_Leuven_test_Kasia.jpg" width="100%" height="100%" >
+
                        </div>
−
</div>
+
                    </div>
−
<div class="subtext">
+
                </div>
−
<h2>About the team</h2>
+
−
<p>Abilities or he perfectly pretended so strangers be exquisite. Oh to another chamber pleased imagine do in. Went me rank at last loud shot an draw. Excellent so to no sincerity smallness. Removal request delight if on he we.</p>
+
−
<div class="readmorebutton">
+
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Team/about"><img src="" alt="Read more" width="100%" height="100%" ></a>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="whitespace">
+
                <div class="summary">
−
</div>
+
                    <p>
 +
                        The fascinating properties of pattern creating bacteria can be translated into
 +
                        the language of mathematics. In this subsection we investigate the
 +
                        equations behind the behavior of the genetically modified organisms created in
 +
                        the wetlab. For this purpose, a layered approach seems appropriate. Colony level modeling employs
 +
                        partial differential equations to describe large cell groups which are treated
 +
                        as a continuum. Internal level models describe the interactions that happen
 +
                        within single cells. Finally the hybrid model merges the two approaches into a
 +
                        final description of our pattern forming cells.
 +
                    </p>
 +
                    <br/>
 +
                    <br/>
 +
                    <br/>
 +
                    <br/>
 +
                </div>
  
−
<div Class="subsection">
+
                <div class="subsections">
−
<div class="subimg">
+
                    <div class="subsectionwrapper">
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/a6/KU_Leuven_test_Eline.jpg" width="100%" height="100%" >
+
                        <div class="subimgrow">
−
</div>
+
                         
−
<div class="subtext">
+
                            <div class="subimg">
−
<h2>Members</h2>
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
−
<p>Now world own total saved above her cause table. Wicket myself her square remark the should far secure sex. Smiling cousins warrant law explain for whether.</p>
+
                                    <img
−
<div class="readmorebutton">
+
                                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png"
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Team/members"><img src="" alt="Read more" width="100%" height="100%" ></a>
+
                                        width="100%"></a>
−
</div>
+
                            </div>
−
</div>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="whitespace">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
</div>
+
  
−
<div Class="subsection">
+
                            <div class="subimg">
−
<div class="subimg">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/8a/KU_Leuven_test_Astrid.jpg" width="100%" height="100%" >
+
                                    <img
−
</div>
+
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/02/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Hybrid_model2.png"
−
<div class="subtext">
+
                                    width="100%"></a>
−
<h2>Mentors</h2>
+
                            </div>
−
<p>He as compliment unreserved projecting. Between had observe pretend delight for believe. Do newspaper questions consulted sweetness do. Our sportsman his unwilling fulfilled departure law.</p>
+
−
<div class="readmorebutton">
+
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Team/mentors"><img src="" alt="Read more" width="100%" height="100%" ></a>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="whitespace">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
</div>
+
  
−
<div Class="subsection">
+
                            <div class="subimg">
−
<div class="subimg">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/de/KU_Leuven_test_Laurens.jpg" width="100%" height="100%" >
+
                                    <img
−
</div>
+
                                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/47/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Internal_model2.png"
−
<div class="subtext">
+
                                        width="100%"></a>
−
<h2>Advisors</h2>
+
                            </div>
−
<p>Sportsman do offending supported extremity breakfast by listening. Decisively advantages nor expression unpleasing she led met. Estate was tended ten boy nearer seemed.</p>
+
−
<div class="readmorebutton">
+
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Team/Advisors"><img src="" alt="Read more" width="100%" height="100%" ></a>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
  
 +
                            <div class="whitespace"></div>
  
−
<div class="subsections">
+
                            <div class="subimg">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b1/KU_Leuven_Wiki_Button_Flux2.png"
 +
                                        width="100%"></a>
 +
                            </div>
  
−
<div class="subsectionswrappermain">
+
                           
−
<div Class="subsectionmain">
+
                        </div>
−
<div class="subimg">
+
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9d/KU_Leuven_test_Kasia.jpg" width="100%" height="100%" >
+
−
</div>
+
−
<div class="subtext">
+
−
<h2>Team</h2>
+
−
<p>Abilities or he perfectly pretended so strangers be exquisite. Oh to another chamber pleased imagine do in. Went me rank at last loud shot an draw. Excellent so to no sincerity smallness. Removal request delight if on he we.</p>
+
−
<div class="readmorebutton">
+
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Team"><img src="" alt="Read more" width="100%" height="100%" ></a>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="whitespacemain">
+
                        <div class="subtextrow">
−
</div>
+
                         
 +
                            <div class="subtext">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
 +
                                    <h2>Colony</h2>
 +
                                    <p>
 +
                                        Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of partial differential
 +
                                        equations. These equations are simulated using finite differences.
 +
                                     
 +
                                    </p>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
  
−
<div Class="subsectionmain">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
<div class="subimg">
+
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/a6/KU_Leuven_test_Eline.jpg" width="100%" height="100%" >
+
−
</div>
+
−
<div class="subtext">
+
−
<h2>Project</h2>
+
−
<p>Now world own total saved above her cause table. Wicket myself her square remark the should far secure sex. Smiling cousins warrant law explain for whether.</p>
+
−
<div class="readmorebutton">
+
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Project"><img src="" alt="Read more" width="100%" height="100%" ></a>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="whitespacemain">
+
                            <div class="subtext">
−
</div>
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
 +
                                    <h2>Hybrid</h2>
 +
                                    <p>The hybrid model represents an intermediate level of detail in between the colony level model and the internal model. Bacteria are treated as individual agents, while chemical species are modeled using partial differential equations. </p>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
  
−
<div Class="subsectionmain">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
<div class="subimg">
+
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/8a/KU_Leuven_test_Astrid.jpg" width="100%" height="100%" >
+
−
</div>
+
−
<div class="subtext">
+
−
<h2>Wet Lab</h2>
+
−
<p>He as compliment unreserved projecting. Between had observe pretend delight for believe. Do newspaper questions consulted sweetness do. Our sportsman his unwilling fulfilled departure law.</p>
+
−
<div class="readmorebutton">
+
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Wetlab"><img src="" alt="Read more" width="100%" height="100%" ></a>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="whitespacemain">
+
                            <div class="subtext">
−
</div>
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
 +
                                    <h2>Internal</h2>
 +
                                    <p>Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations. </p>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
  
−
<div Class="subsectionmain">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
<div class="subimg">
+
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/de/KU_Leuven_test_Laurens.jpg" width="100%" height="100%" >
+
−
</div>
+
−
<div class="subtext">
+
−
<h2>Business</h2>
+
−
<p>Sportsman do offending supported extremity breakfast by listening. Decisively advantages nor expression unpleasing she led met. Estate was tended ten boy nearer seemed.</p>
+
−
<div class="readmorebutton">
+
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Business"><img src="" alt="Read more" width="100%" height="100%" ></a>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="whitespacemain">
+
                            <div class="subtext">
−
</div>
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
 +
                                    <h2>FBA (Toulouse)</h2>
 +
                                    <p>
 +
                                        As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse
 +
                                        team. This is the flux balance analysis they performed for us.<br/>
 +
                                    </p>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
 +
                         
 +
                        </div>
 +
 
 +
                        <div class="subimgreadmore">
 +
                         
 +
                            <div class="subimgrm">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
 +
                                    <div id="more">
 +
                                        <img alt="Read more" height="40%"
 +
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
 +
                                            width="85%">
 +
                                    </div>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
 +
 
 +
                            <div class="whitespace"></div>
 +
 
 +
                            <div class="subimgrm">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
 +
                                    <div id="more">
 +
                                        <img alt="Read more" height="40%"
 +
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
 +
                                            width="85%">
 +
                                    </div>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
 +
 
 +
                            <div class="whitespace"></div>
 +
 
 +
                            <div class="subimgrm">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
 +
                                    <div id="more">
 +
                                        <img alt="Read more" height="40%"
 +
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
 +
                                            width="85%">
 +
                                    </div>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="whitespace"></div>
  
−
<div Class="subsectionmain">
+
                            <div class="subimgrm">
−
<div class="subimg">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/de/KU_Leuven_test_Laurens.jpg" width="100%" height="100%" >
+
                                    <div id="more">
 +
                                        <img alt="Read more" height="40%"
 +
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
 +
                                            width="85%">
 +
                                    </div>
 +
                                </a>
 +
                               
 +
                            </div>
 +
 
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
 
 +
                    <div class="subimgrowm">
 +
                        <div class="subimgm">
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
 +
                                <b>Colony</b>
 +
                                <img
 +
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png"
 +
                                    width="100%"></a>
 +
                        </div>
 +
 
 +
                        <div class="whitespace"></div>
 +
 
 +
                        <div class="subtextm">
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
 +
                                <p>
 +
                                    Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential
 +
                                    equations. These equations are simulated using finite differences.
 +
                                    <br/>
 +
                                </p>
 +
                            </a>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
 
 +
                    <div class="subimgrowm">
 +
                        <div class="whiterow"></div>
 +
                    </div>
 +
 
 +
                    <div class="subimgrowm">
 +
                        <div class="subimgm">
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
 +
                            <b>Hybrid</b>
 +
                            <img
 +
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/02/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Hybrid_model2.png"
 +
                                width="100%"></a>
 +
                        </div>
 +
 
 +
                        <div class="whitespace"></div>
 +
 
 +
                        <div class="subtextm">
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
 +
                                <p>
 +
                                    Our hybrid model merges both colony and internal level to define the cell-cell
 +
                                    interactions of our pattern forming cells.
 +
                                </p>
 +
                            </a>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
 
 +
                    <div class="subimgrowm">
 +
                        <div class="whiterow"></div>
 +
                    </div>
 +
 
 +
                    <div class="subimgrowm">
 +
                        <div class="subimgm">
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
 +
                            <b>Internal</b>
 +
                            <img
 +
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/47/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Internal_model2.png"
 +
                                width="100%"></a>
 +
                        </div>
 +
 
 +
                        <div class="whitespace"></div>
 +
 
 +
                        <div class="subtextm">
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
 +
                                <p>Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations.
 +
                                </p>
 +
                            </a>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
 
 +
                    <div class="subimgrowm">
 +
                        <div class="whiterow"></div>
 +
                    </div>
 +
 
 +
                  <div class="subimgrowm">
 +
 
 +
                        <div class="subimgm">
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
 +
                            <b>FBA (Toulouse)</b>
 +
                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b1/KU_Leuven_Wiki_Button_Flux2.png"
 +
                                width="100%">
 +
                            </a>
 +
                        </div>
 +
 
 +
                        <div class="whitespace"></div>
 +
 
 +
                        <div class="subtextm">
 +
                              <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
 +
                                <p>
 +
                                    As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse
 +
                                        team. This is the flux balance analysis they performed for us.<br/>
 +
                                </p>
 +
                              </a>                           
 +
                        </div>
 +
                       
 +
                    </div>
 +
 
 +
 
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
 
 +
        <div id="summarywrapper">
 +
            <div class="summary">
 +
                <h3>
 +
                    Contact
 +
                </h3>
 +
                <p style="font-size:1.3em; text-align: center">
 +
                    Address: Celestijnenlaan 200G room 00.08 - 3001 Heverlee<br>
 +
                    Telephone: +32(0)16 32 73 19<br>
 +
                    Email: igem@chem.kuleuven.be<br>
 +
                </p>
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
 
 +
        <div class="whiterow"></div>
 +
 
 +
        <div id="footer">
 +
            <div class="rowfooter">
 +
                <div class="emptyfooter"></div>
 +
                <div id="bioscenter">
 +
                    <a href="http://www.kuleuven.be/bioscenter/"><img alt="bioSCENTer"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3c/KU_Leuven_Logo_BioSCENTer.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div class="emptyfooter"></div>
 +
            </div>
 +
 
 +
            <div class="rowfooter">
 +
                <div id="lrd">
 +
                    <a href="http://lrd.kuleuven.be/"><img alt="KU Leuven Research & Development"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b4/KU_Leuven_HR_LRD_CMYK_LOGO.jpg"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="youreca">
 +
                    <a href="http://www.kuleuven.be/onderzoek/youreca/"><img alt="YOURECA"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4f/KU_Leuven_YOURECA.png" width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="solvay">
 +
                    <a href="http://www.solvay.com/"><img alt="SOLVAY"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/89/KU_Leuven_Solvay_Transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="medicine">
 +
                    <a href="http://gbiomed.kuleuven.be/english"><img alt="Faculty of Medicine"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/83/KU_Leuven_Biomedische_Wetenschappen_logo_.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
 
 +
            <div class="rowfooter">
 +
                <div id="imec">
 +
                    <a href="http://www2.imec.be/be_en/home.html"><img alt="imec"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/70/KU_Leuven_Imec_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="genzyme">
 +
                    <a href="http://www.genzyme.be/"><img alt="Genzyme"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b7/KU_Leuven_Genzyme_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="eppendorf">
 +
                    <a href="https://www.eppendorf.com/BE-en/"><img alt="Eppendorf"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/96/KU_Leuven_Logo_Eppendorf_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
<div id="saillart">
 +
      <a href="http://www.glasatelier-saillart.be/English/english.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/ce/KU_Leuven_Sponsor_Saillard.png" alt="Glasatelier Saillart" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
                <div id="kuleuven">
 +
                    <a href="http://www.kuleuven.be/english"><img alt="bioSCENTer"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/08/KULEUVEN_groot.png" width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div class="spacefooter"></div>
 +
                <div id="gips">
 +
                    <a href="http://www.gipsmineral.de/"><img alt="Gips Mineral"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3d/KU_Leuven_Gips_Mineral_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="kolo">
 +
                    <a><img alt="Ko-Lo Instruments"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/15/KUL_Ko-Lo_Instruments_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
 
 +
            <div class="rowfooter">
 +
                <div id="bioke">
 +
                    <a href="https://www.bioke.com/"><img alt="Bioké"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e1/KUL_Biok%C3%A9_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
<div class="logonormal">
 +
<div id="regensys">
 +
      <a href="http://regenesys.eu/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/eb/KU_Leuven_Logo_Regenesys_Transparant.png" alt="Regenesys" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
<div class="whiterow"></div>
 +
  <div id="thermofisher">
 +
      <a href="https://www.fishersci.com/us/en/home.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/KUL_Fischer_Scientific_logo_transparant.png" alt="Thermo Fisher Scientific" width="95%"></a>
 +
  </div>
 
</div>
 
</div>
−
<div class="subtext">
+
    <div class="logonormal2">
−
<h2>Journal</h2>
+
<div id="vwr">
−
<p>Sportsman do offending supported extremity breakfast by listening. Decisively advantages nor expression unpleasing she led met. Estate was tended ten boy nearer seemed.</p>
+
      <a href="https://be.vwr.com/store/?&_requestid=866148&_DARGS=/store/cms/be.vwr.com/nl_BE/header_20159241139103.jsp.1_AF&_dynSessConf=4047468000326453053&targetURL=/store/%3F%26_requestid%3D866148&lastLanguage=en&/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=&_D%3AcurrentLanguage=+&currentLanguage=en&_D%3AlastLanguage=+&_D%3A/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=+"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/8d/KU_Leuven_Logo_VWR_transparant_.png" alt="VWR" width="95%"></a>
−
<div class="readmorebutton">
+
  </div>
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Journal"><img src="" alt="Read more" width="100%" height="100%" ></a>
+
<div class = "whiterow"></div>
 +
<div id="lgc">
 +
<a href="http://www.lgcgroup.com/our-science/genomics-solutions/#.Vfx9V9yLTIU">
 +
                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e6/KU_Leuven_LOGO_LGC.png" alt="LGC Genomics" width="80%">
 +
</a>
 
</div>
 
</div>
 
</div>
 
</div>
 +
                <div id="footerimg">
 +
                    <img
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b9/KU_Leuven_Zebra_spots_wiki_footer_main.png"
 +
                        width="95%">
 +
                </div>
 +
              <div class="logonormal2">
 +
<div id="gimv">
 +
      <a href="http://www.gimv.com/en"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/ac/KU_Leuven_Logo_Gimv_Transparant.png" alt="Gimv" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
<div class = "whiterow"></div>
 +
<div id="sopach">
 +
      <a href="http://www.sopachem.com/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/5/55/KU_Leuven_Sopachem.jpeg" alt="Sopachem" width="95%"></a>
 +
  </div>
 
</div>
 
</div>
−
</div>
+
                <div id="machery">
−
</div>
+
                    <a href="http://www.filterservice.be/"><img alt="Machery Nagel"
−
 
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/41/KU_Leuven_Macherey_Nagel_logo_transparant.png"
−
 
+
                        width="95%"></a>
−
<div id="footer">
+
                </div>
−
  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b9/KU_Leuven_Zebra_spots_wiki_footer_main.png" height="100%">
+
<div class="logosmall">
−
</div>
+
    <div id="sigma">
−
 
+
      <a href="https://www.sigmaaldrich.com/belgium-nederlands.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4b/KUL_Sigma-Aldrich_logo_transparant.png" alt="Sigma-Aldrich" width="95%"></a>
−
 
+
    </div>
 +
    <div class="whiterow"></div>
 +
    <div id="egilab">
 +
      <a href="http://www.egilabo.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e9/KUL_Egilabo_logo_transparant.png" alt="Egilabo" width="95%"></a>
 +
    </div>
 +
    <div class="whiterow"></div>
 +
    <div id="novolab">
 +
      <a href="https://www.novolab.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4c/KU_Leuven_Novalab.png" alt="Novolab" height="95%"></a>
 +
    </div>
 +
  </div>
 +
            </div>
  
−
</html>
+
        </body>
 +
    </html>

Latest revision as of 09:37, 20 October 2015

Logo
Logo

Modeling

Twitter
mail
mail

The fascinating properties of pattern creating bacteria can be translated into the language of mathematics. In this subsection we investigate the equations behind the behavior of the genetically modified organisms created in the wetlab. For this purpose, a layered approach seems appropriate. Colony level modeling employs partial differential equations to describe large cell groups which are treated as a continuum. Internal level models describe the interactions that happen within single cells. Finally the hybrid model merges the two approaches into a final description of our pattern forming cells.





Colony

Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of partial differential equations. These equations are simulated using finite differences.

Hybrid

The hybrid model represents an intermediate level of detail in between the colony level model and the internal model. Bacteria are treated as individual agents, while chemical species are modeled using partial differential equations.

Internal

Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations.

FBA (Toulouse)

As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse team. This is the flux balance analysis they performed for us.
Read more
Read more
Read more
Read more
Colony

Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential equations. These equations are simulated using finite differences.

Hybrid

Our hybrid model merges both colony and internal level to define the cell-cell interactions of our pattern forming cells.

Internal

Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations.

FBA (Toulouse)

As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse team. This is the flux balance analysis they performed for us.

Contact

Address: Celestijnenlaan 200G room 00.08 - 3001 Heverlee
Telephone: +32(0)16 32 73 19
Email: igem@chem.kuleuven.be