Difference between revisions of "Team:KU Leuven/Modeling"

 
(110 intermediate revisions by 7 users not shown)
Line 1: Line 1:
 
{{KU_Leuven}}
 
{{KU_Leuven}}
 
{{KU_Leuven/css}}
 
{{KU_Leuven/css}}
−
{{KU_Leuven/wetlab/css}}
+
<html>
−
<html>
+
  
−
<style>
+
    <script>
−
#modeling{  
+
        $(document).onload(function () {
−
    background-color: transparent;
+
            $(".main-navm").hide();
−
    border-style: solid;
+
        });
−
     border: 0px solid transparent;
+
     </script>
−
    border-bottom: 5px solid #8b7a57;   
+
−
}
+
  
−
#centernav:hover #modeling {  /* this is active when your mouse moves is over the item */
+
     <style>
−
     border-style: solid;
+
−
    border-bottom: 0px solid transparent;
+
−
}
+
  
−
#content {
+
        #topimg {
−
    background-color:transparent;
+
            background: url("https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/19/KUL_Chameleon_stripes.jpg") no-repeat center center fixed;
−
}
+
            background-size:contain -webkit-background-size: cover;
 +
            -moz-background-size: cover;
 +
            -o-background-size: cover;
 +
            background-size: cover;
 +
        }
 +
        #modeling {
 +
            background-color: transparent;
 +
            border-style: solid;
 +
            border: 0 solid transparent;
 +
            border-bottom: 5px solid #8b7a57;
 +
        }
 +
        #centernav:hover #modeling {
 +
            /* this is active when your mouse moves is over the item */
 +
            border: 0 solid transparent;
 +
            border-bottom: 0 solid transparent;
 +
        }
 +
        .main-navm:hover #modeling {
 +
            /* this is active when your mouse moves is over the item */
 +
            border: 0 solid transparent;
 +
            border-right: 0 solid transparent;
 +
        }
 +
        @media screen and (max-width: 1000px) {#modeling {
 +
                border-bottom: 5px solid transparent;
 +
                border-right: 5px solid #8b7a57;
 +
            }
 +
        }
 +
        #content {
 +
            background-color: transparent;
 +
        }
 +
    </style>
 +
    <head>
 +
        <link href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif"
 +
            rel="icon"/>
 +
        <link / </head
 +
            href="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9c/Ku_Leuven_Favicon.gif"
 +
            rel="shortcut icon">
 +
        <body>
 +
            <div id="headimg">
 +
                <div id="topimg"></div>
  
−
</style>
+
                <div id="hiddenimg">
−
<body>
+
                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/bb/KU_Leuven_Zebra2.PNG"
 +
                        width="100%">
 +
                </div>
  
 +
            </div>
  
 +
            <div id="summarywrapper">
 +
                <div id="logowrapper">
 +
                    <div id="logoiGEMKUL">
 +
                        <img alt="Logo"
 +
                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/23/Team_KU_Leuven_banner.jpg"
 +
                            width="100%">
 +
                    </div>
  
−
<div id="headimg">
+
                    <div id="center">
−
<div id="topimg">
+
                        <div id="pagetitle">
−
</div>
+
                            <h2>Modeling</h2>
 +
                        </div>
  
−
<div id="logoiGEMKUL">
+
                        <div class="center" id="scrolldown">
−
  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/23/Team_KU_Leuven_banner.jpg"  alt="Logo" width="100%" >
+
                            <img alt="Scroll down"
−
</div>
+
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/1d/KU_Leuven_Arrows_wiki.png"
 +
                                width="100%">
 +
                        </div>
  
−
<div id="center">
+
                    </div>
−
<div id="pagetitle">
+
−
<h2>Modeling</h2>
+
−
</div>
+
  
−
<div id="scrolldown" class="center">
+
                    <div id="summarylogos">
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/1d/KU_Leuven_Arrows_wiki.png" alt="Scroll down" width="100%">
+
−
</div>
+
−
</div>
+
  
−
<div id="summarylogos">
+
                        <div id="summarylogotwitter">
 +
                            <a height="100%" href="https://twitter.com/kuleuven_igem"><img alt="Twitter"
 +
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b8/KU_Leuven_Twitter-logo.png"
 +
                                width="100%"></a>
 +
                        </div>
  
−
<div id="summarylogotwitter">
+
                        <div id="summarylogofacebook">
−
<a href="https://twitter.com/kuleuven_igem" height="100%"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b8/KU_Leuven_Twitter-logo.png" alt="Twitter" height="50px"></a>
+
                            <a alt="Facebook" height="50px"
−
</div>
+
                                href="https://www.facebook.com/KULeuveniGEM?fref=ts"><img alt="mail" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/df/KU_Leuven_Fblogo.png"
 +
                                width="100%"></a>
 +
                        </div>
  
−
<div id="summarylogofacebook">
+
                        <div id="summarylogomail">
−
<a href="https://www.facebook.com/KULeuveniGEM?fref=ts" alt="Facebook" height="50px"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/d/df/KU_Leuven_Fblogo.png" alt="mail" width="50px"></a>
+
                            <a href="mailto:igem@chem.kuleuven.be"><img alt="mail" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/11/KU_Leuven_mail.png"
−
</div>
+
                                width="100%"></a>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>
  
−
<div id="summarylogomail">
+
                <div class="summary">
−
<a href="mailto:igem@chem.kuleuven.be"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/11/KU_Leuven_mail.png" alt="mail" width="50px"></a>  
+
                    <p>
−
</div>
+
                        The fascinating properties of pattern creating bacteria can be translated into
 +
                        the language of mathematics. In this subsection we investigate the
 +
                        equations behind the behavior of the genetically modified organisms created in
 +
                        the wetlab. For this purpose, a layered approach seems appropriate. Colony level modeling employs
 +
                        partial differential equations to describe large cell groups which are treated
 +
                        as a continuum. Internal level models describe the interactions that happen
 +
                        within single cells. Finally the hybrid model merges the two approaches into a
 +
                        final description of our pattern forming cells.
 +
                    </p>
 +
                    <br/>
 +
                    <br/>
 +
                    <br/>
 +
                    <br/>
 +
                </div>
  
−
</div>
+
                <div class="subsections">
−
</div>
+
                    <div class="subsectionwrapper">
 +
                        <div class="subimgrow">
 +
                         
 +
                            <div class="subimg">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
 +
                                    <img
 +
                                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png"
 +
                                        width="100%"></a>
 +
                            </div>
  
 +
                            <div class="whitespace"></div>
  
 +
                            <div class="subimg">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
 +
                                    <img
 +
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/02/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Hybrid_model2.png"
 +
                                    width="100%"></a>
 +
                            </div>
  
−
<div id="summarywrapper">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
<div class="summary">
+
−
<p>
+
−
Patterns are fascinating, from the veins of a leaf to the spots on a zebra, from a single cell to a whole organism. Patterns are found everywhere in nature, but how these are formed is not entirely clear. We, the KU Leuven 2015 iGEM team, decided to work on the fundamental mechanisms behind pattern formation. The way cells interact to generate a specific pattern has triggered our curiosity and added a new dimension to the way the patterns are looked upon. Our mission is to create different and astonishing biological patterns with engineered bacteria for a better understanding of nature with the prospect of applying the knowledge in industry.
+
−
<br/>
+
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Project/About">Read more</a>
+
−
</p>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="subsections">
+
                            <div class="subimg">
−
<div class="subsectionwrapper">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
−
<div class="subimgrow">
+
                                    <img
−
<div class="subimg">
+
                                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/47/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Internal_model2.png"
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/9d/KU_Leuven_test_Kasia.jpg" width="100%" >
+
                                        width="100%"></a>
−
</div>
+
                            </div>
  
−
<div class="whitespace">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
</div>
+
  
−
<div class="subimg">
+
                            <div class="subimg">
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/8a/KU_Leuven_test_Astrid.jpg" width="100%">
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
−
</div>
+
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b1/KU_Leuven_Wiki_Button_Flux2.png"
 +
                                        width="100%"></a>
 +
                            </div>
  
−
<div class="whitespace">
+
                           
−
</div>
+
                        </div>
  
−
<div class="subimg">
+
                        <div class="subtextrow">
−
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/8a/KU_Leuven_test_Astrid.jpg" width="100%">
+
                         
−
</div>
+
                            <div class="subtext">
−
</div>
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
 +
                                    <h2>Colony</h2>
 +
                                    <p>
 +
                                        Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of partial differential
 +
                                        equations. These equations are simulated using finite differences.
 +
                                     
 +
                                    </p>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
  
−
<div class="subtextrow">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
<div class="subtext">
+
−
<h2>Model</h2>
+
−
<p>Mathematical models are indispensable to truly understand the mechanisms of pattern formation. Find out how we use different models to study the small-scale behavior that causes large-scale pattern formation.
+
−
<br/>
+
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Wetlab/About">Read more</a>
+
−
</p>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="whitespace">
+
                            <div class="subtext">
−
</div>
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
 +
                                    <h2>Hybrid</h2>
 +
                                    <p>The hybrid model represents an intermediate level of detail in between the colony level model and the internal model. Bacteria are treated as individual agents, while chemical species are modeled using partial differential equations. </p>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
  
−
<div class="subtext">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
<h2>Simulations</h2>
+
−
<p>A working model is just half of the work. To fit our model and then fine-tune the experimental conditions, we need to run simulations under different conditions.
+
−
<br/>
+
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Project/About">Read more</a>
+
−
</p>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="whitespace">
+
                            <div class="subtext">
−
</div>
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
 +
                                    <h2>Internal</h2>
 +
                                    <p>Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations. </p>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
  
−
<div class="subtext">
+
                            <div class="whitespace"></div>
−
<h2>Results</h2>
+
 
−
<p>Which patterns did we achieve in our simulations and how do they compare to the wet lab experiments? All your questions are answered are here.
+
                            <div class="subtext">
−
<br/>
+
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Project/About">Read more</a>
+
                                    <h2>FBA (Toulouse)</h2>
−
</p>
+
                                    <p>
 +
                                        As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse
 +
                                        team. This is the flux balance analysis they performed for us.<br/>
 +
                                    </p>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
 +
                         
 +
                        </div>
 +
 
 +
                        <div class="subimgreadmore">
 +
                         
 +
                            <div class="subimgrm">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
 +
                                    <div id="more">
 +
                                        <img alt="Read more" height="40%"
 +
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
 +
                                            width="85%">
 +
                                    </div>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
 +
 
 +
                            <div class="whitespace"></div>
 +
 
 +
                            <div class="subimgrm">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
 +
                                    <div id="more">
 +
                                        <img alt="Read more" height="40%"
 +
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
 +
                                            width="85%">
 +
                                    </div>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
 +
 
 +
                            <div class="whitespace"></div>
 +
 
 +
                            <div class="subimgrm">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
 +
                                    <div id="more">
 +
                                        <img alt="Read more" height="40%"
 +
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
 +
                                            width="85%">
 +
                                    </div>
 +
                                </a>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="whitespace"></div>
 +
 
 +
                            <div class="subimgrm">
 +
                                <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
 +
                                    <div id="more">
 +
                                        <img alt="Read more" height="40%"
 +
                                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/73/KUL_Wiki_Button_-_Read_more.png"
 +
                                            width="85%">
 +
                                    </div>
 +
                                </a>
 +
                               
 +
                            </div>
 +
 
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
 
 +
                    <div class="subimgrowm">
 +
                        <div class="subimgm">
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
 +
                                <b>Colony</b>
 +
                                <img
 +
                                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6a/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Colony_level2.png"
 +
                                    width="100%"></a>
 +
                        </div>
 +
 
 +
                        <div class="whitespace"></div>
 +
 
 +
                        <div class="subtextm">
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Top">
 +
                                <p>
 +
                                    Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential
 +
                                    equations. These equations are simulated using finite differences.
 +
                                    <br/>
 +
                                </p>
 +
                            </a>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
 
 +
                    <div class="subimgrowm">
 +
                        <div class="whiterow"></div>
 +
                    </div>
 +
 
 +
                    <div class="subimgrowm">
 +
                        <div class="subimgm">
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
 +
                            <b>Hybrid</b>
 +
                            <img
 +
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/02/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Hybrid_model2.png"
 +
                                width="100%"></a>
 +
                        </div>
 +
 
 +
                        <div class="whitespace"></div>
 +
 
 +
                        <div class="subtextm">
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Hybrid">
 +
                                <p>
 +
                                    Our hybrid model merges both colony and internal level to define the cell-cell
 +
                                    interactions of our pattern forming cells.
 +
                                </p>
 +
                            </a>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
 
 +
                    <div class="subimgrowm">
 +
                        <div class="whiterow"></div>
 +
                    </div>
 +
 
 +
                    <div class="subimgrowm">
 +
                        <div class="subimgm">
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
 +
                            <b>Internal</b>
 +
                            <img
 +
                                src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/47/KU_Leuven_Wiki_Button_-_Internal_model2.png"
 +
                                width="100%"></a>
 +
                        </div>
 +
 
 +
                        <div class="whitespace"></div>
 +
 
 +
                        <div class="subtextm">
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Internal">
 +
                                <p>Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations.
 +
                                </p>
 +
                            </a>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
 
 +
                    <div class="subimgrowm">
 +
                        <div class="whiterow"></div>
 +
                    </div>
 +
 
 +
                  <div class="subimgrowm">
 +
 
 +
                        <div class="subimgm">
 +
                            <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
 +
                            <b>FBA (Toulouse)</b>
 +
                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b1/KU_Leuven_Wiki_Button_Flux2.png"
 +
                                width="100%">
 +
                            </a>
 +
                        </div>
 +
 
 +
                        <div class="whitespace"></div>
 +
 
 +
                        <div class="subtextm">
 +
                              <a href="https://2015.igem.org/Team:KU_Leuven/Modeling/Toulouse">
 +
                                <p>
 +
                                    As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse
 +
                                        team. This is the flux balance analysis they performed for us.<br/>
 +
                                </p>
 +
                              </a>                           
 +
                        </div>
 +
                       
 +
                    </div>
 +
 
 +
 
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
 
 +
        <div id="summarywrapper">
 +
            <div class="summary">
 +
                <h3>
 +
                    Contact
 +
                </h3>
 +
                <p style="font-size:1.3em; text-align: center">
 +
                    Address: Celestijnenlaan 200G room 00.08 - 3001 Heverlee<br>
 +
                    Telephone: +32(0)16 32 73 19<br>
 +
                    Email: igem@chem.kuleuven.be<br>
 +
                </p>
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
 
 +
        <div class="whiterow"></div>
 +
 
 +
        <div id="footer">
 +
            <div class="rowfooter">
 +
                <div class="emptyfooter"></div>
 +
                <div id="bioscenter">
 +
                    <a href="http://www.kuleuven.be/bioscenter/"><img alt="bioSCENTer"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3c/KU_Leuven_Logo_BioSCENTer.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div class="emptyfooter"></div>
 +
            </div>
 +
 
 +
            <div class="rowfooter">
 +
                <div id="lrd">
 +
                    <a href="http://lrd.kuleuven.be/"><img alt="KU Leuven Research & Development"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b4/KU_Leuven_HR_LRD_CMYK_LOGO.jpg"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="youreca">
 +
                    <a href="http://www.kuleuven.be/onderzoek/youreca/"><img alt="YOURECA"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4f/KU_Leuven_YOURECA.png" width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="solvay">
 +
                    <a href="http://www.solvay.com/"><img alt="SOLVAY"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/89/KU_Leuven_Solvay_Transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="medicine">
 +
                    <a href="http://gbiomed.kuleuven.be/english"><img alt="Faculty of Medicine"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/83/KU_Leuven_Biomedische_Wetenschappen_logo_.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
 
 +
            <div class="rowfooter">
 +
                <div id="imec">
 +
                    <a href="http://www2.imec.be/be_en/home.html"><img alt="imec"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/70/KU_Leuven_Imec_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="genzyme">
 +
                    <a href="http://www.genzyme.be/"><img alt="Genzyme"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b7/KU_Leuven_Genzyme_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="eppendorf">
 +
                    <a href="https://www.eppendorf.com/BE-en/"><img alt="Eppendorf"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/9/96/KU_Leuven_Logo_Eppendorf_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
<div id="saillart">
 +
      <a href="http://www.glasatelier-saillart.be/English/english.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/ce/KU_Leuven_Sponsor_Saillard.png" alt="Glasatelier Saillart" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
                <div id="kuleuven">
 +
                    <a href="http://www.kuleuven.be/english"><img alt="bioSCENTer"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/08/KULEUVEN_groot.png" width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div class="spacefooter"></div>
 +
                <div id="gips">
 +
                    <a href="http://www.gipsmineral.de/"><img alt="Gips Mineral"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3d/KU_Leuven_Gips_Mineral_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
                <div id="kolo">
 +
                    <a><img alt="Ko-Lo Instruments"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/1/15/KUL_Ko-Lo_Instruments_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
 
 +
            <div class="rowfooter">
 +
                <div id="bioke">
 +
                    <a href="https://www.bioke.com/"><img alt="Bioké"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e1/KUL_Biok%C3%A9_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
<div class="logonormal">
 +
<div id="regensys">
 +
      <a href="http://regenesys.eu/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/eb/KU_Leuven_Logo_Regenesys_Transparant.png" alt="Regenesys" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
<div class="whiterow"></div>
 +
  <div id="thermofisher">
 +
      <a href="https://www.fishersci.com/us/en/home.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/KUL_Fischer_Scientific_logo_transparant.png" alt="Thermo Fisher Scientific" width="95%"></a>
 +
  </div>
 
</div>
 
</div>
 +
    <div class="logonormal2">
 +
<div id="vwr">
 +
      <a href="https://be.vwr.com/store/?&_requestid=866148&_DARGS=/store/cms/be.vwr.com/nl_BE/header_20159241139103.jsp.1_AF&_dynSessConf=4047468000326453053&targetURL=/store/%3F%26_requestid%3D866148&lastLanguage=en&/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=&_D%3AcurrentLanguage=+&currentLanguage=en&_D%3AlastLanguage=+&_D%3A/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=+"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/8d/KU_Leuven_Logo_VWR_transparant_.png" alt="VWR" width="95%"></a>
 +
  </div>
 +
<div class = "whiterow"></div>
 +
<div id="lgc">
 +
<a href="http://www.lgcgroup.com/our-science/genomics-solutions/#.Vfx9V9yLTIU">
 +
                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e6/KU_Leuven_LOGO_LGC.png" alt="LGC Genomics" width="80%">
 +
</a>
 
</div>
 
</div>
 
</div>
 
</div>
−
 
+
                <div id="footerimg">
−
<div class="center" id="footer">
+
                    <img
−
<div class="sponsorsleft">
+
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b9/KU_Leuven_Zebra_spots_wiki_footer_main.png"
−
  <div id="kuleuven">
+
                        width="95%">
−
  <a href="http://www.kuleuven.be/bioscenter/">
+
                </div>
−
  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/08/KULEUVEN_groot.png" alt="bioSCENTer" width="100%">
+
              <div class="logonormal2">
−
  </a>
+
  <div id="gimv">
−
  </div>
+
      <a href="http://www.gimv.com/en"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/ac/KU_Leuven_Logo_Gimv_Transparant.png" alt="Gimv" width="95%"></a>
−
  <div id="youreca">
+
  </div>
−
  <a href="http://www.kuleuven.be/bioscenter/">
+
<div class = "whiterow"></div>
−
  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4f/KU_Leuven_YOURECA.png" alt="YOURECA" width="100%">
+
  <div id="sopach">
−
  </a>
+
      <a href="http://www.sopachem.com/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/5/55/KU_Leuven_Sopachem.jpeg" alt="Sopachem" width="95%"></a>
−
  </div>
+
   </div>
−
</div>
+
−
  <div id="footercenter" >
+
−
  <div id="bioscenter">
+
−
  <a href="http://www.kuleuven.be/bioscenter/">
+
−
    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3c/KU_Leuven_Logo_BioSCENTer.png" alt="bioSCENTer" width="100%">
+
−
  </a>
+
−
  </div>
+
−
  <div id="footerimg">
+
−
  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b9/KU_Leuven_Zebra_spots_wiki_footer_main.png" width="100%">
+
−
  </div>
+
−
  </div>
+
−
<div class="sponsorsright">
+
−
  <div id="medicine">
+
−
  <a href="http://www.kuleuven.be/bioscenter/">
+
−
  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/22/KU_Leuven_Medicine.png" alt="Faculty of Medicine" width="100%">
+
−
  </a>
+
−
  </div>
+
−
  <div id="solvay">
+
−
   <a href="http://www.kuleuven.be/bioscenter/">
+
−
  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/8/89/KU_Leuven_Solvay_Transparant.png" alt="SOLVAY" width="100%">
+
−
  </a>
+
−
  </div>
+
−
</div>
+
−
<div id="fixer">
+
−
</div>
+
 
</div>
 
</div>
 +
                <div id="machery">
 +
                    <a href="http://www.filterservice.be/"><img alt="Machery Nagel"
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/41/KU_Leuven_Macherey_Nagel_logo_transparant.png"
 +
                        width="95%"></a>
 +
                </div>
 +
<div class="logosmall">
 +
    <div id="sigma">
 +
      <a href="https://www.sigmaaldrich.com/belgium-nederlands.html"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4b/KUL_Sigma-Aldrich_logo_transparant.png" alt="Sigma-Aldrich" width="95%"></a>
 +
    </div>
 +
    <div class="whiterow"></div>
 +
    <div id="egilab">
 +
      <a href="http://www.egilabo.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/e/e9/KUL_Egilabo_logo_transparant.png" alt="Egilabo" width="95%"></a>
 +
    </div>
 +
    <div class="whiterow"></div>
 +
    <div id="novolab">
 +
      <a href="https://www.novolab.be/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/4/4c/KU_Leuven_Novalab.png" alt="Novolab" height="95%"></a>
 +
    </div>
 +
  </div>
 +
            </div>
  
−
</body>
+
        </body>
−
</html>
+
    </html>

Latest revision as of 09:37, 20 October 2015

Logo
Logo

Modeling

Twitter
mail
mail

The fascinating properties of pattern creating bacteria can be translated into the language of mathematics. In this subsection we investigate the equations behind the behavior of the genetically modified organisms created in the wetlab. For this purpose, a layered approach seems appropriate. Colony level modeling employs partial differential equations to describe large cell groups which are treated as a continuum. Internal level models describe the interactions that happen within single cells. Finally the hybrid model merges the two approaches into a final description of our pattern forming cells.





Colony

Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of partial differential equations. These equations are simulated using finite differences.

Hybrid

The hybrid model represents an intermediate level of detail in between the colony level model and the internal model. Bacteria are treated as individual agents, while chemical species are modeled using partial differential equations.

Internal

Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations.

FBA (Toulouse)

As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse team. This is the flux balance analysis they performed for us.
Read more
Read more
Read more
Read more
Colony

Our colony layer model relies on a Keller-Segel type system of differential equations. These equations are simulated using finite differences.

Hybrid

Our hybrid model merges both colony and internal level to define the cell-cell interactions of our pattern forming cells.

Internal

Our internal model aims to simulate the internal dynamics of every cell with a system of ordinary differential equations.

FBA (Toulouse)

As a part of our modeling cooperation we exchanged models with the Toulouse team. This is the flux balance analysis they performed for us.

Contact

Address: Celestijnenlaan 200G room 00.08 - 3001 Heverlee
Telephone: +32(0)16 32 73 19
Email: igem@chem.kuleuven.be